[요지] 건축설계변경을 하여 공장건설을 완료하여 제품생산이 개시된 후 증축하여 전체를 취득목적에 사용하는 경우 비록 5년 내에 공장건축면적 전부를 착공하지 못하였다 하더라도 연장승인을 얻은 경우 비업무용 해당 여부를 판정하는 공장건축물기준면적계산시 공장건축면적은 건축계획면적으로 계산하는 것이 타당함
[요지] 건축설계변경을 하여 공장건설을 완료하여 제품생산이 개시된 후 증축하여 전체를 취득목적에 사용하는 경우 비록 5년 내에 공장건축면적 전부를 착공하지 못하였다 하더라도 연장승인을 얻은 경우 비업무용 해당 여부를 판정하는 공장건축물기준면적계산시 공장건축면적은 건축계획면적으로 계산하는 것이 타당함
[주 문] 동래세무서장이 96.7.15 청구법인에게 경정고지한 91.1.1～12.31 사업연도분 법인세 331,493,880원 및 92.1.1～92.12.31 사업연도분 법인세 345,871,210원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 경상남도 창원시 OO동 OOOO 소재 OOOO공업공단내의 공장용지 57,069.80㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 87.6.2 산업기지개발공사로부터 취득하여 87.6.1 공장설치신고를 하고, 89.10.11 콘크리트흄관 및 알미늄압연 및 압출업공장 건축허가(건축면적 9,946.07㎡)를 받아 90.2.29 건축공사를 착공하였다. 또한, 청구법인은 91.1.17 위 착공한 공장건축물 중 5,747㎡를 가사용승인 받고, 91.5.14 청구법인의 공장업종을 구조용 금속판제조업으로 변경하기로 하고 OOOO공업공단으로부터 업종변경에 대한 동의를 받았으며, 92.9.23 공장건축 변경허가【건축면적 19,709.82㎡(당초 건축허가 면적 9,946.07㎡가 포함된 면적임)】를 받아 같은날 착공하여 93.8.5 1차로 공장건설(공장건축면적 19,709.82㎡)을 완료하였다. 또한, 그후 수차례 증축하여 96.10.29 에는 최종적으로 공장 24,103.96㎡를 건설완료하였다. 위 사실에 대하여 처분청은 청구법인의 91사업연도(1.1～12.31 이하같다) 및 92사업연도의 법인세를 경정함에 있어서 91.1.1～91.5.13 기간동안에는 공장건축면적을 9,946.07㎡(콘크리트흄관 제조시설 3,054.44㎡, 알미늄압연 및 압출업제조시설 6,891.63㎡)로 하여 쟁점토지중 공장기준면적을 47,773.48㎡로 하여 기준면적초과토지 9,296.32㎡를 계산하고, 91.5.14～92.9.22 기간동안에는 공장건축면적 9,946.07㎡를 모두 구조용금속판 제조업시설로 보아 공장기준면적을 28,417.34㎡로 하여 기준면적초과토지 28,652.46㎡를 계산하고 이를 각각 비업무용토지로 하여 관련지급이자(91사업연도 585,163,703원, 92사업연도 722,716,980원) 및 비업무용부동산유지비(91사업연도 10,343,390원, 92사업연도 40,258,120원)를 손금불산입하여 96.7.15 청구법인에게 91사업연도분 법인세 331,493,880원 및 92사업연도분 법인세 345,871,210원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.8.26 심사청구를 거쳐 96.12.18 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
(1) 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호에서는 비업무용부동산은 “당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로 대통령령이 정하는 것”이라고 규정하고 있는 바,
① 청구법인은 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제38조 제1항의 규정에 따라 관리기관인 OOOO공업단지와의 입주계약에 의거 쟁점토지를 취득하여 89.10.11 공장 건축허가를 득하고 90.2.29 건축공사에 착공하였으며, 92.9.23 변경건축허가를 받아 93.8.5 공장건설을 완료하고 제품생산을 위한 사업목적에 직접 사용하고 있으며,
② 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제42조 제1항 제1호 내지 제5호의 규정에 의하면 입주기업체가 정당한 사유없이 건설에 착수하지 아니하거나 시설의 준공후 그 사업에 착수하지 아니하면 입주계약 자체가 해지되며, 이건 입주계약서 제3조 및 제9조의 규정에 의하면 쟁점토지를 매매 및 양도할 경우에는 입주계약을 해지하도록 하고 있으며, 같은법 제41조에 의하면 입주계약한 용도에 사용하지 아니한 경우 환수하도록 규정하고 있기 때문에 쟁점토지는 매매, 양도등의 처분을 할 수 없는 토지이므로 당초부터 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유할 수 없는 토지이다.
③ 따라서 쟁점토지는 공장건축을 완료하여 사업 목적대로 제품생산에 사용하고 있으며, 당초부터 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위한 것이 아니므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) 예비적 청구로서 쟁점토지는 국가관리공단인 OOOO공업단지에 속한 공장용지로서 공장건축을 위한 추진내용에서 보는 바와 같이 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(구 공업배치법 및 공업단지 관리법)의 각 규정에 부합하게 공장을 건설 완료하고 가동중인 공장인 바, 비업무용부동산 해당여부를 판정함에 있어서 90.4.4 개정전의 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목의 규정에 의하면 공장용 건축물 부속토지에 대하여는 공업배치법 제6조의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 토지를 비업무용부동산으로 보고 있으며, 공업배치법 제6조 및 상공부 고시 제86-20호에 의하면 공장건축면적에는 공장설치신고일로부터 5년내의 공장건축계획분을 포함하여 계산하도록 규정하고 있으므로 청구법인이 87.6.1 창원시에 신고한 공장설치 신고서상의 공장건축계획면적인 24,041.15㎡를 공장건축면적으로 하여 기준면적을 계산하여야 한다.
(3) 또한, 예비적 청구로서 처분청은 공장건축중에 당초의 업종을 변경하는 경우 업종 변경일을 OOOO공업공단의 업종 변OO의일(91.5.14)로 보고 있으나, 실질적으로나 행정적으로 업종변경 절차가 종료되는 건축변경허가일(92.9.23)을 업종변경일로 보고 공장입지 기준면적을 계산하여야 한다. 청구법인은 87.3.9 OOOO공업공단에 입주기업체 신청시 콘크리트 구조재 및 철강보강 제품제조업(공장입지 기준 면적율: 10%)을 신청하였으나 87.5.9 당시 계속되는 건축자재 파동으로 인하여 막대한 양의 시멘트와 철강이 소요되는 기신청한 업종을 축소하고 원료획득이 용이한 알미늄 압연 및 압출업(공장입지 기준면적율: 40%)을 추가하게 되었다. 그러나 공장건설이 본격적으로 추진되고 있던 1991년까지 시멘트, 철강 및 알미늄등에 대한 원재료 구득난이 계속됨에 따라 청구법인은 안정적인 원료공급이 보장되고 생산제품의 판로가 용이한 금속판 제조업 및 금속구조제 제조업(공장입지 기준면적율: 35%)으로 업종을 변경할 필요성이 대두되어 이에 OOOO공업공단으로 부터 91.5.14 업종변경 동의를 얻어 92.9.23 건축변경허가를 받게 되었는 바, 비업무용 부동산의 판정은 실질적인 용도변경일을 기준으로 기준초과면적이 있는지를 판단하여야 할 것이므로 다음과 같은 이유로 공단이 당초 승인한 업종인 공장기준 면적율 10%와 40%의 해당업종은 처음으로 건축허가를 받아 건설에 착공한 90.9.29 부터 적용되고, 변경업종인 35%의 해당업종은 공단의 업종변경 동의를 얻고 이에 따른 변경건축허가를 받아 공사에 착수하게 된 92.9.23 부터 적용되어야 한다. 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대한 공장입지 기준면적 계산시 업종변경일을 91.5.14로 본 것은 잘못이고 업종변경일을 92.9.23로 보아 기준면적을 계산하여 비업무용 부동산에 관련된 지급이자를 부인하여야 할 것이다.
(1) “공장 건축면적”에 공장설치 신고일로부터 5년내의 공장건축계획분(5년내에 착공하지 아니한 분)을 포함할 수 있는 지 여부를 보면, 공장용 건축물의 부속토지에 대한 비업무용부동산의 판정기준을 규정하고 있는 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목은 90.4.4 재무부령 제1818호로 개정되었으나, 동 부칙 제4조 제2항에 의하면 “이 규칙 시행(90.4.4)전에 착공한 건축물의 부속토지에 관하여는 종전의 제18조 제3항 제2호의 규정에 의한다”고 규정하고 있고, 위 개정전 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목을 보면, 공장용 건축물의 부속토지는 “공업 배치법 제6조의 규정에 의한 기준면적을 초과”하는 토지를 비업무용부동산으로 규정하고 있다. 공업배치법 제6조에서는 상공부장관은 관계부처의 장과 협의하여 공장입지의 기준을 고시하여야 한다고 규정하고 있고, 86.6.4 상공부 고시 제86-20, 제3조(기준공장 면적율)나목의 내용을 보면, “공장건축면적”에는 공장설치 신고일로부터 5년내의 공장건축분을 포함할 수 있다고 되어 있다. 당청의 질의에 대한 통상산업부장관의 회신내용을 보면, 상공부 고시 제86-20(86.6.4.)제3조 제2호 나목에서 “5년내의 공장건축 계획분”의 구체적 범위는 “공장 설치 신고시 첨부된 사업계획서 중 신고수리된 연차별 공장건축계획에 포함되는 건축물 및 옥외사업장을 의미한다”고 회신하고 있는 바, 청구법인의 공장설립시 연차별 공장건축계획이 수립되어 있는지를 보면 공장 설치 신고대장상 건축면적은 24,041.15㎡로 등재되어 있음이 확인되고(공단 OOOOOOOOO, 96.10.31), 또한 동 공단의 회신내용등에 의하여 판단해 보면 위 24,041.15㎡를 연차별 건축계획면적으로 보아도 되는 것으로 판단되나, 법인세법 시행규칙 제18조 제6항의 규정에 의하면, 일반적으로 토지에 대한 비업무용부동산 해당여부의 판정은 토지를 취득하여 건설에 착공한 때를 업무에 직접 사용한 것으로 보는 것이며, 청구법인은 공장설치 신고일(87.6.1)로부터 5년이 되는 92.5.31 현재 공장설치신고시의 건축계획면적(24,041.15㎡)대로 건물이 준공되지 않았고, 건축허가를 받은 9,946㎡를 제외하고는 착공도 하지 않았으며, 준공면적인 19,702㎡로 건축허가를 변경하여 착공하였다고 볼 수 있는 시기는 92.9.23 로 보아야 할 것이다. 따라서, 상공부고시 제86-20에서 규정한 “5년내 건축계획분”을 공장건축면적에 포함시킨다 하더라도 법인세법 시행규칙 제18조 제6항에 의거 동 기간내에 연차별 계획에 따른 착공을 하지 않고 건설을 하지 아니한 분에 대하여는 비업무용으로 판정하여야 할 것이다.
(2) 공장건축 중에 업종을 변경하는 경우 업종 변경일을 OOOO공업공단의 업종변OO의일(91.5.14)로 볼 것인지 건축허가 변경일(92.9.23)로 볼 것인 지 여부를 보면 청구법인은 87.6.1 공장설치 신고시 공장업종을 알미늄압연 및 압출업(분류번호 OOOOO)으로 신고한 후 91.1.5 을 개업일로 하고 업종을 구조용금속판 제품제조업으로 91.2.28 사업자등록을 신청하여 91.3.9 사업자 등록증을 교부받은 사실과 91.5.14 OOOO공업공단으로 부터 “생산업종”을 당초 공장 등록당시의 알루미늄 압연 및 압출업에서 구조용 금속판제품제조업(분류번호 OOOOO)과 금속구조제 제조업(분류번호 OOOOO)으로 하고, “생산제품”에 있어서도 당초의 콘크리트 흄관, 알루미늄 봉, 알루미늄 관, 알루미늄 판, 자동연결못, 스테이플에서 싱글 단열판넬, 엠보스강판, 라미나강판, 특수제진강판, 초경면 스텐레스강판으로 변경하는 내용의 공업단지 입주변경 동의를 받은 사실이 있다. 이 건 OOOO공업공단의 동의는 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제38조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공업단지입주계약 변경신청서에 의한 것으로 동 변경신청서상에는 사업자등록증, 재무제표, 사업계획서 등을 첨부하도록 되어 있으며, 청구법인은 이에 따라 사업개요, 생산 및 판매계획, 소요자금 조달방법, 생산방식 및 공정표, 원부자재 조달계획, 공장건설 추진일정, 국제수지효과등 구체적인 사업계획을 수립한 상태에서 이들 서류를 첨부하여 변경신청서를 제출하였고, 관리공단도 위와 같이 청구법인의 주요사업계획에 대해 검토를 한 후 신청한 내용대로 91.5.14 동의한 점 등으로 보아 이건의 경우 더이상의 사업변경을 할 수 없는 상황이었으므로 “공단의 입주계약변경등의 여부가 결정되고 난 후에만 업종변경을 위한 구체적인 사업계획을 수립한다”는 청구법인의 주장은 타당하다고 할 수 없고, 실질적으로 뿐만 아니라 행정적으로 변경절차가 종료되는 OOOO공업공단의 동의일(91.5.14)을 업종변경일로 봄이 타당하다.
3. 심리 및 판단
(2) 법령규정을 종합하여 판정해야 하는 경우, 예비적 청구로서 첫째, 공장건축면적에 공장설치신고일로부터 5년내의 공장건축계획분(5년내에 착공하지 아니한 분)을 포함할 수 있는지 여부, 둘째, 공장건축중에 업종을 변경하는 경우, 공장기준면적을 계산함에 있어서 업종변경일을 OOOO공업공단의 업종변OO의일(91.5.14)로 볼 것인지 아니면 건축허가변경일(92.9.23)로 볼 것인지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.
(1) 법인세법 제18조의 3 제1항 본문 및 제1호에서 『당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 “대통령령이 정하는 것”』을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 “대통령령이 정하는 바”에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 같은법 시행령 제43조의 2 제1항 본문에서 『법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 말한다』고 규정하고, 그 제2호에서는 “업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산”이라고 규정하고, 같은조 제3항에서는 “제1항의 규정에 의한 비업무용부동산등의 판정기준에 관하여는 재부부령이 정한다”고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제18조 제3항 본문에서 『영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다“고 하면서 제1호부터 제22호까지 규정하고 있다.
(2) 위 관계법령에서 보는 바와 같이 “비업무용부동산”에 관하여 본 법에서는 그 취지만을 정하고 그 기준에 관하여는 시행령에 위임하고 있고, 다시 구체적인 판정기준에 관하여는 재무부령에 위임하여 규정하고 있으므로 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부는 위 관계법령의 취지와 그 기준 및 구체적 사실관계에 따라 판정하여야 할 것이다.
(1) 관계법령 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 본문에서는 『영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다』고 규정하고 있고, 제2호 가목(90.4.4 개정전의 것)에서는 공장용 건축물의 부속토지의 경우에는 “공업배치법 제6조의 규정에 의한 기준면적”을 초과하는 토지를 규정하고 있다. 또한, 동 시행규칙 부칙(90.4.4. 재무부령이 제1818호) 제4조 제2항에서는 “90.4.4 이전에 착공한 건축물의 부속토지는 종전의 규정에 의한다”고 되어 있다. 한편, 공업배치법 제6조에서는 “상공부장관은 관계부처의장과 협의하여 다음 각호의 사항에 관한 공장입지의 기준을 정하여 이를 고시하여야 한다”고 규정하고, 제1호에서는 『제조업종별 공장건축면적에 대한 대지면적의 비율(이하 “기준공장면적율”이라 한다)』을 규정하고 있다. 상공부고시 제86-20호 제1호에서는 제조업종별 기준공장면적율을 규정하고 있고, 제2호 나목에서는 “공장건축면적에는 공장설치신고일로부터 5년내의 공장건축계획분을 포함할 수 있다”고 규정하고 있다. 한편, 구공업배치법을 대체하고 있는 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제42조 제1항 제1호에서는 “입주계약을 체결한 후 정당한 사유없이 상공부령이 정하는 기간내에 그 공장 기타의 시설의 건설에 착수하지 아니한 때”에는 관리기관은 그 입주계약을 해지할 수 있다고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제41조에서는 “관리기관은 입주기업체 또는 지원기관이 분양 받은 공장용지의 일부가 입주계약에 의한 용도에 사용되지 아니하고 있을 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 제39조 제5항 전단의 규정에 의한 가격을 지급하고 그 용지를 환수할 수 있다”고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 청구법인은 쟁점토지를 87.6.1 산업기지개발공사로부터 취득하여 같은날 공장설치신고를 하였는 바 그 신고내용을 보면 다음과 같다. 공장건축면적은 24,041.15㎡로 하고, 업종은 콘크리트흄관 제조 및 알미늄 압연 및 압출업을 영위하는 것으로 하고, 공장건축물의 연차별건축계획은 1987년 9,604.90㎡, 1988년 10,116.25㎡, 1989년 4,320㎡(합계 24,041.51㎡)로 하였으며, 준공예정일은 90.9.30로 하였다. 위 신고된 내용은 구공업배치법 제7조 제1항 및 제2항, 동법시행령 제4조 제1항의 규정에 의하여 수차례 변경신고 되었다. 또한, 청구법인은 89.10.11 공장건축허가(허가면적 9,946.07㎡)를 받아 90.2.29 건축공사를 착공하여 91.1.17 건축면적 5,747㎡를 가사용승인을 받고, 91.5.14 OOOO공업공단으로 부터 업종변OO의(변경업종: 구조용금속판 제조업)를 받아 92.9.23 건축면적 19,709.82㎡(당초 허가면적 포함)의 공장건축변경허가를 받아 93.8.5 1차 공장건설(건축면적 19,709.82㎡)을 완료하고 제품생산을 개시하였으며, 그 후 여러차례 증축을 하여 96.10.29 최종적으로 공장건설(건축면적 24,103.96㎡)을 완료하였다.
(3) 적용 및 판단 구공업배치법 제6조 제1호 및 상공부고시 제86-20호의 규정에 의하면 “공장건축면적에는 공장설치신고일로부터 5년내의 공장건축계획분을 포함할 수 있다.”고 규정하고 있는 바, 공장설치신고시 그 신고서에 첨부한 사업계획서상에 기재된 공장건축계획분을 포함하여 공장건축물부속토지의 기준면적을 계산하는 것이 타당하다 할 것이다.(국심 93경 2201, 93.12.24 같은 뜻임) 청구법인은 87.6.1 공장설치 신고시 공장건축면적을 24,041.14㎡, 준공예정일은 90.9.30 로 하기로 하였으나, 청구법인이 당초에 제조하기로 한 콘크리트흄관은 그 당시 건축경기과열로 시멘트수요가 급증하고, 가격이 폭등하는 등으로 하여 제품의 원료조달이 어려워 부득이 업종을 변경하지 않을 수 없어 구조용 금속판제조업으로 업종을 변경하기로 하고, 관련법령의 규정에 의하여 OOOO공업공단의 업종변OO의를 받고, 건축설계변경을 한 후, 공장건축변경허가를 득하여 93.8.5 1차 공장건설을 완료하여 제품생산이 개시되었고, 그 후 증축하여 당초 계획면적에 해당하는 건축물을 96.10.29 최종적으로 건설완료한 사실이 확인되며, 비록 5년내에 공장건축면적 전부를 착공하지 못하였다 하더라도 관련법령의 규정에 의하여 연장승인을 득하였으므로 이 건 비업무용해당여부를 판정하는 공장건축물기준면적계산시 공장건축면적은 90.2.29(1차 착공)부터 당초 건축계획면적인 24,041.15㎡로 계산하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 91사업연도 및 92사업연도중에 구공업배치법 제6조의 규정에 의한 기준면적을 계산하면 쟁점토지중 기준면적을 초과하는 비업무용 토지는 없게 되므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자 및 동 부동산유지관리비를 손금불산입한 것은 위법하다 할 것이다.