공장 지방이전에 대한 양도소득세 감면시 구공장 양도가액을 실지거래가액으로 하여 감면세액을 계산한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 대구광역시 달서구 OO동 OOOOO에서 화공약품 제조공장을 경영하다가 1993.12.29 위 제조공장의 토지 3,798㎡ 및 공장등 건물 718.6㎡(이하 “구공장”이라 한다)를 3,101,119,158원에 양도하고, 구공장을 경상북도 달성군 화원읍 OO리 OOOOOO(OO공단 2차2지구)로 이전하기 위하여 1995.3.19 대지 5,001.7㎡ 및 동 지상 공장건물 2,228.88㎡와 기계장치등(이하 “신공장”이라 한다)을 1,888,390,694원(토지 및 건물 1,606,354,777원, 기계장치 282,035,917원)에 취득하였다. 청구인은 구공장을 양도하고 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 “구 조세감면규제법”이라 한다) 제42조 제2항의 규정에 의하여 공장지방이전에 대한 양도소득세 감면신청을 함에 있어서 감면비율 계산시 구공장 양도가액은 기준시가로 하고, 신공장 취득가액은 취득예상가액으로 하여 양도소득세 805,345,608원이 전액 감면되는 것으로 신고하였다. 처분청은 이에 대하여 구공장 양도가액 및 신공장 취득가액을 실지거래가액에 의하여 감면비율을 계산하여 구공장 양도에 따른 양도소득세가 490,405,959원만이 감면되는 것으로 계산하고 가산세를 합하여 1996.6.30 청구인에게 1993년도 귀속 양도소득세 346,433,700원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1997.8.1 심사청구를 거쳐 1997.11.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청은 구 조세감면규제법 제42조 제2항을 적용함에 있어서 같은 법 시행령 제36조 제1항에서 규정한 구공장의 토지·건물의 양도가액을 양도당시의 실지거래가액으로 보았으나, 위 시행령 제36조 제1항에서는 감면비율 계산시 적용할 양도가액에 대하여 어떠한 규정도 두고 있지 아니하다. 따라서 당해 감면규정이 양도소득세에 대한 감면이므로 양도가액은 소득세법상의 양도가액과 동일한 것으로 해석하여야 할 것인 바, 구 소득세법 제23조 제4항에서는 토지·건물의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가로 한다고 규정하고 대통령령이 정하는 예외적인 경우에만 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있으며, 이 건의 경우 구공장에 대한 양도소득세를 기준시가로 하여 그 과세표준과 세액을 계산하여 신고하였으며, 또한 처분청도 양도소득세 산출세액 계산시 기준시가에 의하여 결정하였다. 그럼에도 불구하고 감면할 세액의 계산시에만 양도가액을 실지거래가액에 의하고 있는 바, 그 적용의 명확성을 상실하고 있으며, 일의적이지 못하고 타당성이 없다하겠다. 따라서 이 건 양도소득세 감면세액 계산에 있어서 구공장의 양도가액을 기준시가에 의하여 계산하여 그 세액을 경정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 구 조세감면규제법 제42조 제2항에서는 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 공장 지방이전에 대한 양도소득세를 감면하는 위 조세감면규제법의 취지는 대도시 안에 있는 공장을 지방으로 이전하는 경우에 신공장가액(공장용지, 건물, 기계장치 취득에 소요된 금액)에 보전되는 구공장 양도가액에 대한 조세지원제도로서 이 경우 구공장가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치중 양도한 자산의 양도가액과 양도하지 아니하는 자산의 이전완료일 현재의 장부가액과 이전비용의 합계액으로 하고, 신공장가액은 토지·건물 및 기계장치의 이전완료일 현재의 장부가액과 이전비용의 합계액으로 한다고 하여 실지거래가액에 근거할 것을 전제로 하고 있는 바, 이 때 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액이라 함은 실지거래가액을 의미한다고 하겠다(재일 01254-2698, 1992.10.27 참조). 따라서 처분청이 이 건 공장이전에 대한 감면세액을 계산함에 있어서 구공장 양도가액을 실지거래가액으로 하여 감면세액을 계산하여 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건은 공장 지방이전에 대한 양도소득세 감면시 구공장 양도가액을 실지거래가액으로 하여 감면세액을 계산한 처분의 당부를 가리는데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관계법령 구 조세감면규제법 제42조 제2항에서는 “대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제36조 제1항에서는 “법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액에 이전후의 공장(신공장)의 가액이 이전전의 공장(구공장)의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 “구공장”의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치등의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의 합계액으로 하고, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 처분청의 이 건 구공장 양도에 대한 양도소득세의 감면세액 계산내용을 보면, 양도소득세 산출세액 805,345,608원에 신공장의 취득가액(실지거래가액 1,888,390,694원)이 구공장의 양도가액(실지거래가액 3,101,119,158원)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액 490,405,959원으로 하였음을 알 수 있다.

(2) 판 단 구 조세감면규제법 제42조 제2항에서 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있는 취지는 대도시 안에서 공장을 소유·경영하다가 이를 지방으로 이전하기 위하여 종전에 운영하던 공장을 양도하는 자에게 양도소득세 감면의 혜택을 줌으로써 공장의 지방이전을 유도하고, 이전 후에도 계속하여 공장운영을 할 수 있도록 공장이전을 지원하는 한편, 그 감면혜택이 부동산투기에 악용됨을 방지하려는 데에 있는 것으로서 이러한 취지를 살리기 위하여 구 조세감면규제법 시행령 제36조 제1항은 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율, 즉 구공장의 처분대금중 신공장 마련에 투입된 금액이 차지하는 비율만큼의 양도소득세액을 면제하는 것으로 하면서, 신공장의 가액을 장부가액(이는 실지거래가액을 의미한다 할 것이다)으로 하는 것에 대응하여 구공장의 가액을 “양도가액”으로 하고 있는 점으로 보면, 위 “양도가액”은 소득세법상의 양도가액중 실지거래가액을 의미하는 것이라고 봄이 상당하고, 만약 이와 달리 위 “양도가액”이 기준시가를 의미하는 것이라 한다면 구공장의 가액은 과소계상됨에 반하여 신공장의 가액은 과대계상되어 면제비율이 과다하게 산정되는 불합리한 결과가 초래되어 부당하다 할 것이다(대법원 95누7222, 1995.9.29 같은 뜻임). 따라서 처분청이 구공장의 양도가액을 실지거래가액으로 하여 이 건 감면비율을 계산한 것은 정당한 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.