토지의 양도에 대한 특별부가세 면제 여부

심판청구를 기각합니다.

○○○농지개량조합(조합장 ○○○, 이하 "청구법인"이라 한다)은 용배수로 부지인 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대 369.7㎡등 8필지 3,277.7㎡(이하 "쟁점토지"라 한다. 내역별첨)를 1993.1.4∼1993.4.29 사이에 양도하고 농어민지원시설을 대체 취득하였다 하여 쟁점토지의 양도에 대하여 1994.3월 특별부가세 감면신청을 하였는 바, 처분청은 청구법인이 농어민지원시설을 대체 취득한 것이 아니라 용배수로 유지관리비로 사용하였다 하여 1993사업연도분 특별부가세 감면세액 319,880,267원에 이자상당액 135,656,859원을 가산하여 1997.6.24. 청구법인에게 1996.1.1∼1996.12.31 사업년도분 법인세로 455,536,850원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.8.13 심사청구를 거쳐 1997.11.24 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 조합구역안의 농지개량시설을 설치하거나 유지관리하고 구획정리사업 및 농지개량사업등을 수행함으로써 조합원의 농업생산능력증대에 기여함을 목적으로 하고 있는 바, 청구법인이 93년도 양도한 쟁점토지는 수십년간 구거로 사용하던 것으로 청구법인의 고유목적사업인 용배수를 위해 사용하던 토지이며 쟁점토지를 1993년도 1,870,050,000원에 매각하고 1,982,790,000원의 대체취득자산을 취득한 바 있고 소정의 세액면제신청서등을 제출하여 면제요건을 충족하였으므로 1993사업년도를 기준으로 한다 하더라도 이 건 특별부가세 과세처분은 취소되어야 하며, 또한 청구법인이 양도전 2년이내 및 양도후 3년 이내인 1991년부터 1996년까지를 기준으로 한다 하더라도 대체자산으로 취득한 농어민 지원시설은 12,341,828,000원으로 1993년도의 쟁점토지 양도가액인 1,870,050,000원을 초과하여 대체취득하였으므로 이 건 과세를 취소하여야 한다. 청구법인은 용배수로(흙으로 된 수로를 철근콘크리트 구조물로 대체)에 대한 투자비를 기중에는 관행에 의해 유지관리비라는 계정과목으로 회계처리를 하다가 결산시에는 용배수로 계정과목으로 과목대체를 하여 고정자산으로 회계처리하고 있음에도 국세청장이 이를 기존시설의 개보수나 현상유지 또는 개선을 위하여 지출한 것이라고 보아 대체자산의 취득으로 인정하지 아니한 것은 잘못이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 농업생산력증대에 기여할 목적으로 농지개량조합법에 의하여 설립된 공공법인으로 보유하고 있던 관할내의 농업용시설용지인 토지중 1993년도에 일반인에게 양도한 1,982,790,685원(공공용지로 수용된 16억원은 제외)으로 대체자산을 취득하였다고 재산취득명세를 제출하면서 법인세특별부가세 감면신청을 하였으나 관련법 규정을 보면, 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도한 다음 다른 시설을 취득하여 고유목적에 사용하여야 한다고 함은 그 전제가 사업용 자산이라 하더라도 양도전과 동일한 사업을 위한 대체자산을 취득하는 경우를 말한다고 규정하고 있는 바, 그 취득재산 내용중 유지관리비 명목의 1,636,843,040원은 기존시설의 보수 및 유지복구에 관련되었거나 현상유지를 위한 개량정도에 그치는 것이고, 시설인 건물 및 전기장치공사도 기존시설의 전기시설보수나 보조설비인 정문 및 경계철책 등의 설치 보수이며, 나머지도 공구 및 가구나 비품의 취득비로 전부가 새로운 시설로 보기는 어려운 것들로 이를 시설을 대체하였다고 보기는 어려우므로 특별부가세 감면을 배제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점 청구법인이 업무용으로 사용하던 쟁점토지를 양도하고 법인의 목적사업에 필요한 다른 고정자산을 취득한 것으로 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 구조세감면규제법(1991.12.27 법률 제4451호로 개정된 것) 제67조의 13 제1항은 "법인이 5년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령으로 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다"고 규정하고 있다. 같은법시행령(1991.12.31 대통령령 제13545호로 개정된 것) 제55조의 11 제1항에서 "특별부가세가 면제되는 토지등은 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다"고 규정하고 제3호에서 "재무부령이 정하는 '농어민지원시설'을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해 토지등"이라고 규정하고 동 제3항에서 "특별부가세의 면제는 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일부터 3년이내에 다음 각호의 1에 해당하는 고정자산(대체취득자산)을 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다. 다만, 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 대체취득자산을 취득한 경우에는 그 취득일로부터 2년이내에 토지등을 양도하여야 한다"고 규정하고 제3호에서 "제1항 제3호의 경우에는 재무부령이 정하는 농어민지원시설"이라고 규정하고 동 제4항에는 "특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 재무부령이 정하는 양도명세서 및 취득명세(계획)서를 첨부하여 제출하여야 하며, 새로운 대체취득자산의 취득일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 취득명세서 및 양도명세(계획)서를 제출하여야 한다"고 규정하고 있다. 같은법시행규칙(1992.3.3. 재무부령 제1878호로 개정된 것) 제20조의9 제2항은 "재무부령이 정하는 농어민지원시설이라 함은 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합 및 조합연합회가 소유하는 토지등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용토지등을 말한다. 다만 다음 각호의 1에 해당하는 토지등을 제외한다.

2. 부동산매매사업, 부동산임대사업, 제조가공사업 및 신용사업용토지 등

3. 사원용 주택”이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 양도한데 대하여 업무용 대체자산을 취득한 것으로 볼 수 없다 하여 특별부가세 면제를 배제하고 과세하였는 바, 청구법인은 쟁점토지를 양도하고 업무용 대체자산을 취득하였으므로 쟁점토지에 대하여 특별부가세가 면제되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구등 조합구역안의 관개·배수시설·농업용 도로·기타 농지의 보전이나 그 이용에 필요한 시설을 설치하거나 유지관리하고 농지구획정리사업 및 농사개량사업등을 수행함으로써 조합원의 농업생산력 증대에 기여함을 목적으로 설립되었음이 청구법인의 정관에 나타나 있다.

(2) 관련등기부등본에 의하면 쟁점토지는 1977.1.1 이전 취득된 토지로 당초 지목은 구거(용배수로 및 그 부지) 및 잡종지로서 1989.12.7부터 1991.8.16 사이에 대지로 지목이 변경(○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 661.0㎡는 1993.8.2 답으로 지목변경 되었다가 같은날 대지로 지목변경됨)되어 1993.1.4∼1993.4.29 사이에 양도되었음이 확인된다

(3) 청구법인은 쟁점토지의 양도대금 1,870,050,000원으로 1993년도중 법인고유목적사업용 자산인 용배수로 설치비 1,636,843,040원, 전기기계장치 287,733,000원, 건물 및 기타 58,214,645원등 합계 1,982,790,685원의 대체자산을 취득하였다 하여 전시 조세감면규제법시행령 제55조의11 제4항에 의하여 1994.3월 특별부가세 면제신청을 하였음이 청구법인이 제시한 세액감면신청서에 의해 확인된다.

(4) 청구법인이 종전에 소유하던 구거 및 잡종지 4,481㎡(이하 "종전토지"라 한다)가 토지구획정리사업실시로 쟁점토지중 2,616.7㎡를 환지받았는 바, ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대 369.7㎡외 3필지 1,022.6㎡를 환지받은 ○○○토지구획정리사업지구는 1979.11.27 착공하여 1987.4.23 완공되었으며, ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대 580㎡를 환지받은 ○○○ 제○○○토지 구획정리사업은 1977.11.1 착공하여 1982.12.1 완공되었으며 ○○시 ○○○동 ○○○ 대 384.7㎡외 2필지 1,014.1㎡를 환지받은 ○○○ 제○○○토지 구획정리사업은 1977.11.1 착공되어 1988.6.27 완공된 것으로 청구법인이 제시한 쟁점토지내역(별첨)에 나타나 있다.

(5) 또한 청구법인은 쟁점토지중 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○는 1927.6.17 취득하여 1992.11.20 매매를 원인으로 1993.7.16 ○○○등 4인에게 양도하였으며 1993.8.2 답으로 지목이 변경되었다가 같은날 대지로 변경되었고 1993.12.21 같은동 ○○○ 대 246㎡, 같은동 ○○○ 대 123㎡, 같은동 ○○○ 대 149㎡, 같은동 ○○○ 대 143㎡로 분할되었음이 관련등기부등본에 의해 확인되고 있어 위 토지는 양도당시 이전부터 구거로 사용되지 않은 것으로 인정된다.

(6) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면 농어촌근대화촉진법 제158조 제1항 제3호에 의하여 도시계획으로 인하여 구거가 대지로 변경되거나 환지등으로 고유업무에 사용할 수 없게 되는 때에는 당해 농지개량시설을 폐지하고 이를 매각하여 매각대금으로 대체자산을 취득하는 등 농지개량사업을 위하여 사용되어야 하는 바, 쟁점토지는 토지구획정리사업시행과 도시계획으로 인하여 구거가 대지로 지목변경된 것으로 청구법인의 불가항력적인 사정으로 업무로 사용할 수 없게 되어 양도하게 되었고 동 양도대금으로 업무용 대체자산을 취득하였다고 하고 있어 청구법인이 쟁점토지를 양도당시 업무용으로 사용하지 않았음을 알 수 있다.

(7) 법인의 특별부가세 면제를 규정하고 있는 전시 법령을 보면 "법인이 5년이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다"고 규정하고 있는 바, 특별부가세는 자산의 양도시기에 과세요건이 성립되는 것이므로 구조세감면규제법 제67조의 13 제1항을 적용함에 있어서, 법인이 업무용으로 직접 사용하였는지 여부는 일시적으로 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 양도당시의 현황을 기준으로 판단하여야 할 것이다.

(8) 위 사실관계를 종합해보면 쟁점토지중 환지받은 2,616.7㎡는 과거에는 업무용으로 사용하였다 하더라도 토지구획정리사업이 착공된 1977.11.1부터는 농업용 배수로로 사용되었다고 보기 어려울 뿐만 아니라 환지받은 토지를 토지구획정리사업이 완공(11982.1.2∼1988.6.27)된 후 5∼11년이 지나서 양도하였고 또 쟁점토지중 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대 661.0㎡도 양도당시 이전부터 업무용으로 사용하지 아니하여 쟁점토지는 양도당시 청구법인의 업무용토지라고 인정 할 수 없다 할 것이다. 따라서 쟁점토지의 양도는 청구법인이 5년이상 계속하여 업무용으로 직접사용한 토지를 양도한 것이 아니어서 청구법인이 쟁점토지의 양도대금으로 대체자산을 취득하였는지 여부에 불구하고 특별부가세 면제대상이 아니라고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 쟁점토지 양도에 대하여 특별부가세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 〈별 첨: 쟁점토지 내역〉 환 지 토 지 종 전 토 지 사업명 착공일 지 목 변경일 비 고 동 지번 지목 지적 동 지번 지목 지적 (㎡)

○○○

○○○ 대 369.7

○○○ 〃

○○○

○○○ 구 〃 664 73

○○○토지 구획정리 79.12.17 90.9.24. 착공 79.11.27.(○○시공고 제552호) 완공 87.4.23. (○○시공공고 제90호) 〃

○○○ 대 106.3

○○○ 〃

○○○

○○○ 잡 구 203 162 〃 〃 89.12.7. 〃

○○○ 〃 327.4 〃

○○○ 구 698 〃 〃 90.9.24. 〃

○○○ 〃 219.2

○○○

○○○ 구 410 〃 〃. 91.8.16.

○○○

○○○ 대 580

○○○

○○○

○○○

○○○

○○○

○○○ 구 〃 〃 〃 〃 198 483 145 17 13

○○○제○○○토지 구획정리사업 77.11.1. 91.6.21. 착공 77.1.1. 완공 82.12.1. (토지대장 참고) (환지처분증명원)

○○○

○○○ 대 384.7

○○○

○○○ 구 562

○○○제○○○토지구획정리사업 〃 90.4.25. 착공 77.11.1. 완공 88.6.27 (토지대장 참고) (환지처분증명원) 〃

○○○ 대 629.4

○○○

○○○

○○○ 구 구 724 129 〃 〃 90.4.25.

○○○

○○○ 대 661

○○○

○○○ 답 661