세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부(경정)

[주 문] 평택세무서장이 97.7.3 청구법인에 결정고지한 97년 제1기 예정분 부가가치세 128,370,000원의 부과처분은 청구법인이 97.3.31자로 주식회사 OO으로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액 116,700,000원을 매출세액에서 공제하는 것으로하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 주식회사 OO(이하 “청구외법인”이라 한다)은 77.6월 설립된 종합건설업체로서 92.12.5 경기도 평택시 OO동 OOOOO, OOO 대지 9,870㎡ 및 지상 공장건물 A, B동 1,085.11㎡(이하 “기존공장”이라 한다)를 준공하여 콘크리트타일, 벽돌 및 블록제조업을 영위하다가 인조대리석의 일종인 연마지석(테라조 타일)을 생산하기 위하여 96.4.24 공장증설허가를 받아 위 기존공장 외에 같은 동 OOOOOO, OOOO 대지 17,582㎡ 및 지상 공장건물 C, D동 4,039.17㎡(이하 “증설공장”이라 하고, 기존공장과 증설공장을 합하여 “쟁점공장”이라 한다)에 대한 증설공사(총 공사비 2,700,000,000원 예상)를 진행하던 중 96.8.27자로 子회사인 청구법인을 설립하였다. 청구법인은 쟁점공장에 대하여 96.8.27 청구외법인과 사업포괄양·수도 계약을 체결하고, 96.8.31을 기준일로 하여 쟁점공장을 양수하면서 기준일 현재 증설공사의 완성된 기성금 1,422,948,111원에 대하여는 건설가계정에 계상하였고, 잔여 공정부분에 대하여는 96.9.1 도급인을 청구법인, 수급인을 청구외법인으로, 도급액을 1,300,000,000원으로 하여 건설공사도급계약을 체결하였으며, 그 후 청구법인은 97.3.31 위 도급액 중 기성금액 1,167,000,000원에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 청구외법인으로부터 교부받고 그 매입세액 116,700,000원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 97년 제1기 예정분 부가가치세를 조기환급신고하였다. 처분청은 청구법인의 부가가치세 조기환급신고에 대해 현지조사하여 증설공사용역의 공급시기를 증설공장의 건축물 사용승인일 96.10.28로 보아 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 하여 쟁점매입세액을 불공제하고 97.7.3 청구법인에 97년 제1기 예정분 부가가치세 128,370,000원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.7.31 심사청구를 거쳐 97.11.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 증설공장의 건축물은 96.10.28 사용승인을 받았으나, 건축물 사용승인이후에도 증설공장의 생산능력확충을 위한 연마지석(테라조) 공사를 계속하던중 당초 도급계약서상의 공사기한인 96.10.15에 공사를 완성할 수 없어 청구법인과 청구외법인은 96.10.14 공사기한을 97.6.30로 연장하는 건설공사 변경도급계약서를 체결하였고, 96.12.20 청구외법인이 부도로 공사가 중단 방치된 상태로 되기전까지 공사가 계속되었음이 연마지석(테라조) 설비공사업체인 이태리 OOOOOOOOOO사의 작업일보, 청구법인의 하도급업체인 주식회사 OO기공외 9개업체의 도급계약서 및 세금계산서 발행내역, 청구외법인의 공사현장소장이 96.9월～97.3월까지 청구한 현장소요자금청구서 및 역삼세무서장이 발행한 청구외법인의 96년도 재무제표증명원상 미완성공사로 기록된 쟁점공장의 현장별 원가명세 등에 의하여 확인된다. 다만, 공사가 완공된 후 정상적인 공급시기에 세금계산서를 발행하는 것이 원칙이나, 청구외법인의 화의절차로 인하여 부득이 공급시기 이전에 세금계산서를 발행할 수밖에 없었고, 이는 공급시기 이전에 세금계산서를 발행하는 경우 그 발행한 때를 공급시기로 보게 되어 있는 바, 동 공급시기에 교부받은 정당한 세금계산서임에도 불구하고 여러 공사중 일부인 증설공장의 건축물에 대한 사용승인일을 공급시기로 보아 건축물 사용승인일 이후에 세금계산서를 교부받았다 하여 쟁점세금계산서를 단순히 사실과 다른 세금계산서로 보고 쟁점매입세액불공제한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구외법인의 96.4.24자 공장증설허가서에 준공예정일이 96.10.30로 되어 있고, 증설공장중 C동은 공장, D동은 전시실이며 96.10.28 건축물 사용승인서 및 건축물대장상에도 이와 같은 사실이 확인되나 D동은 C동과 동일한 공장으로 변경된 사실이 청구인이 제시한 사진등에 의하여 확인되고, 증설공장의 건설도급계약서상의 대금지급시기는 “공사완공후”라고 되어 있으며, 완공후 언제 지불된 것인지 구체적인 지급일은 불분명하고, 당초 공사기간이 96.9.1～96.10.15이며, 건축물 사용승인일이 96.10.28이나 96.10.14 작성한 건설공사 변경도급계약서의 계약내용은 준공기간을 97.6.30로 무려 8개월이상을 늦추어 연장하였는데 이에 대한 구체적인 사유의 제시가 없으며, 연장공사금액 내역과 같은 증빙서류도 없어 계약의 신빙성을 인정하기 어렵고, 이 건 건설도급계약서상의 도급금액 1,300,000,000원에 대하여 작성된 도급내역서에 의하면 각 공정별로 공사가액이 산정되어 있으나, 청구법인이 제시한 청구외법인과 변경계약한 하도급업자의 계약내용을 살펴보면 철골, 전기, 설비공사 등의 공사기간 및 공사대금 등이 상이하고, 96.10.28 건축물 사용승인일 이후 96.11월과 96.12월에 중액된 금액으로 변경계약한 사실로 보아 당초 도급계약과 관련된 공사로 보기 어려우며, 처분청에서 증설공장의 도급액 1,300,000,000원(부가가치세 별도)은 건축허가 및 건축물 사용승인시의 C동 공장과 D동 전시장 등에 대한 이 건 도급계약으로 보아 건축물 사용승인일을 공사용역의 제공이 완료되는 때로 봄은 달리 잘못이 없어 보인다. 한편, 증설공장에 대하여 청구법인과 청구외법인과의 당초 공사도급계약서에 의하여 그 계약내용을 살펴보면, 공사기간은 96.9.1～96.10.15로 되어 있고, 공사대금 1,300,000,000원은 공사완공후 지급하도록 약정되어 있는 바, 동 계약서의 내용에 의할 때 이 건 공사용역은 완성도지급, 중간지급, 장기할부, 조건부공급 등이 아닌 통상적인 의미의 공사용역 공급계약으로 봄이 타당하며, 이와 같은 통상적인 용역 공급의 경우 그 공급시기는 『역무의 제공이 완료되는 때』라 할 것인 바, 이 건 증설공장의 경우 건축물 사용승인일 이후에도 도급계약에 대한 공사가 계속적으로 수행되었다면 그 공사용역의 제공이 완료되는 때를 공급시기로 보아야 하나, 다른 반증이 없는 한 건축물 사용승인일을 공급시기로 봄이 타당하므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제9조 제2항에서 “용역의 공급시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제3항에서 “사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제22조에서 “법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다(단서생략)”고 규정하면서, 제1호는 “통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때”, 제2호는 “완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”, 제3호는 “제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때”로 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제16조 제1항은 위의 공급시기에 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하면서, 제1호는 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (단서생략)”이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구외법인은 92.12.5 기존공장(A, B동)을 준공하여 콘크리트타일, 벽돌 및 불록을 생산하다가 95.11.13 인조대리석의 일종인 연마지석(테라조)를 생산하기 위하여 기존공장외에 위 생산설비를 설치하기 위하여 공장증설(C, D동)계획을 수립하고, 96.4.24 평택시송탄출장소장으로부터 공장증설허가를 받았으며, 96.5.6 평택시장으로부터 건축허가를 받아 증설공사를 진행하던 중 96.8.27자로 子회사인 청구법인(청구외법인이 청구법인의 총 발행주식 중 96.5%를 소유하고 있음)을 설립한 사실이 공장신설계획서, 공장증설허가서(송탄 55142-OOOO, 96.4.24) 및 건축허가서(허가번호 96-OOOO) 등에 의하여 확인되고 있고, 청구법인은 쟁점공장에 대하여 96.8.27 청구외법인과 사업포괄양·수도 계약을 체결하고, 96.8.31을 기준일로 하여 쟁점공장을 양수하면서 기준일 현재 증설공사의 완성된 기성금 1,422,948,111원에 대하여는 건설가계정에 계상하였고, 잔여 공정부분에 대하여는 96.9.1 청구외법인과 다음과 같이 건설공사도급계약을 체결한 사실이 영업양·수도계약서 및 건설공사도급계약서 등에 의하여 확인되고 있으며, 【 건설공사도급계약 체결 내용 】

• 공사기간: 96.9.1 ～ 96.10.15

• 도급금액: 1,430,000,000원

○ 공급가액 1,300,000,000원

○ 부가가치세액: 130,000,000원

• 기성부분급의 시기 및 방법: 공사완공후

• 도급인: 주식회사 OO건업

• 수급인: 주식회사 OO 청구법인은 96.10.14 청구외법인과 공사예정기한을 당초 96.10.15에서 97.6.30로 연장하는 변경도급계약을 체결하였고, 96.10.28 평택시장으로부터 증설공장의 건축물 사용승인(C, D동)을 받은 사실이 건설공사 변경도급계약서 및 건축물 사용승인서(허가번호 96-41)에 의하여 확인되고 있고, 증설공사의 수급인인 청구외법인이 96.12.20 부도발생하여 96.12.23 주거래은행인 OO은행으로부터 당좌거래정지됨에 따라 증설공사가 중단되었고, 청구법인은 증설공사의 건설공사도급액중 97.3.31 현재의 기성금액 1,167,000,000원에 대한 쟁점세금계산서를 청구외법인으로부터 교부받아 97.4.25 처분청에 97년 제1기 예정분 부가가치세 신고시 쟁점매입세액을 조기환급신청한 사실이 확인되고, 처분청은 증설공사의 공급시기를 건축물 사용승인일인 96.10.28로 보아 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 하여 쟁점매입세액을 불공제하고 97.7.1 청구법인에 이 건 부가가치세를 과세하였음이 과세자료에 의하여 확인되고 있다. 청구법인은 증설공장을 청구외법인이 당초 96.10.15 준공할 예정으로 96.4.24부터 공사를 진행하였으나 공정부진으로 전체공정의 약 25% 상태에서 96.8.27 청구법인에 쟁점공장 전체를 양도하였고, 청구법인은 증설공사를 던중 평택시로부터 청구외법인은 중소기업법 제2조 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의거 중소기업에 해당되지 않아 중소기업 고유업종인 연마지석(테라조) 제조업(분류번호 26992)을 허가할 수 없다는 통지를 받고, 이미 공장증설계획에 따라 막대한 예산을 투입하여 기계장치등을 이태리 OOOOOOOOOO OOOOOOOOO OOOOOO로부터 수입 및 제작하였을 뿐만 아니라 건축공사가 진행된 상태에서 이를 중단할 수 없어 건축물에 대한 사용허가를 먼저 받은 후에 연마지석(테라조)공사를 계속하기로 내부적으로 결정한 후, 96.10.14 차후 공사예정기간 및 상황을 감안하여 97.6.30까지 건설공사 변경도급계약을 체결하고, C동의 잔여공정 및 D동의 실질적인 기계설치공사(이태리 수입한 기계장치를 위 회사의 기술자가 설치)를 계속하던 중 청구외법인이 96.12.20 주거래은행인 OO은행으로부터 부도처리되어 공사가 중단되었고, 청구법인은 정상적인 공급시기(공사완공후)에 세금계산서를 교부받아야 하나, 청구외법인의 부도로 법원의 화해개시 및 재산보전처분 결정에 따라 법원선정 정리위원의 조사 및 의견 제출을 위한 채권·채무를 확정 시켜야 하므로 청구법인에 대한 기성금액을 확정(공사진척도 89%)하고, 부가가치세 예정신고기간의 종료일인 97.3.31자로 쟁점공장의 건설공사도급액중 97.3.31 현재의 기성금액 1,167,000,000원에 대한 세금계산서를 청구외법인으로부터 교부받았다고 주장하고 있는 바, 이에 대햐여 살펴본다. 첫째, 처분청은 당초 도급계약서상 준공기한이 96.10.15이나, 96.10.14 작성한 변경 도급계약서상 준공기한을 8개월 이상 늦추어 연장(97.6.30)한 사유의 제시가 없고, 연장 공사금액 내역과 같은 증빙서류도 없으므로 변경도급계약서가 신빙성이 없다는 의견이나, 청구법인은 D동은 건축물 허가상으로는 전시실등으로 되어 있으나 실제로는 연마지석(테라조)공장을 건설하기 위한 것으로서, 청구외법인과 하도급 업체인 OO건설(주)등 9개 업체간에는 각각 계약내용 변경합의서가 작성되었음이 확인되므로 변경 도급계약이 이루어진 것으로 보이고, 둘째, 처분청은 청구법인과 청구외법인의 도급계약 내역서에 의하면 각 공정별로 공사가액이 산정되어 있으나, 하도급업자의 계약내용을 보면, 철골, 전기, 설비공사등의 공사기간 및 공사대금 등이 상이하고, 96.10.28 준공일 이후 96.11월과 96.12월에 증액된 금액으로 변경계약한 것으로 보아 변경 계약한 하도급업자의 계약내용이 당초 청구법인과 청구외법인의 도급계약과 관련된 공사가 아니라는 의견이나, 청구법인은 계약내용 변경합의서등을 보면, 당초 공사의 증액 및 연장공사인 사실과 이 계약에 의하여 계속공사를 한 후 대금지급 및 세금계산서를 발행한 시기가 96.11월과 96.12월임이 하도급 계약업체별 계산서 발행현황에 의하여 확인되므로 변경 계약한 하도급업자의 계약내용이 당초 청구법인과 청구외법인의 도급계약과 관련된 공사임이 확인된다고 보이며, 셋째, 처분청은 사용승인일 이후에 당초 도급계약에 대한 공사가 계속적으로 수행된 증빙이 없다는 의견이나 청구법인은 청구외법인의 공장 증설계획서, 공장증설허가서, 사업포괄양·수도 계약서, 건설공사도급계약서, 공사비정산 내역 관련 자료, 현장별 공사원가증명원 및 공사현장 사진등을 제시하고 있고, 청구법인이 제시한 위 입증자료에 의하면, 쟁점공장의 증설공사는 공장 건축물만을 증설하기 우한 것이 아니라, 생산능력확충을 위한 공장증설로 보이고, 청구외법인에서 당초 총공사비를 약 27억원으로 예상하여 공사를 진행중 96.8.31 양수·도 계약체결시 14억원을 건설가계정으로 계상하여 기성금으로 양도하였으며, 96.9.1 도급계약체결시 잔여공정부분을 13억원으로 도급계약을 체결한 후, 97.3.31 잔여공정의 기성금을 11억원으로 확정하여 쟁점세금계산서를 발행한 사실이 확인되고, 현장사진을 보면, 기계설치에 따른 잔여공사등이 심리일 현재까지도 완공되지 아니한 것으로 보이며, 기타 수입기계장치 명세등의 자료를 보면, D동 연마지석(테라조) 공장의 기계장치를 이태리 OOOOOOOOOO OOOOOOOOO OOOOO와 95.11.30 구매계약을 체결하고, 96.4.29 수입통관하였으며, 주식회사 OO기공과 기타 기계장치에 대해 납품계약서를 작성한 사실로 볼 때, 건축물 승인검사일 이후에도 쟁점공장의 증설공사를 계속하였다고 보인다. 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 용역의 공급시기(공사완공후)가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 용역의 공급시기로 보아야 하고, 이 건의 경우 공장증설이 생산능력확충을 위한 것이라면 건축물 사용승인일에 용역의 공급이 완료되었다고 보기 어려우며, 당초 도급계약서상의 준공예정일을 변경 계약할만한 사유가 있었다고 인정되고, 연장 공사가 당초 공장증설을 위한 계속공사임이 하도급 업체와의 변경합의서등에 의하여 확인된다고 보이므로 처분청이 이 건 공사용역의 공급시기를 쟁점공장의 건축물사용승인일인 96.10.28로 보아 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액 불공제한 처분은 잘못이라고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.