토지의 양도시기를 검인계약서상의 잔금지급약정일로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부(취소)

[주 문] 김포세무서장이 96.12.16 청구인에게 결정고지한 94년도 귀속분 양도소득세 75,935,010원의 과세처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 경기도 김포군 대곳면 OOO리 OOOOO, 『전』1,381㎡, 같은리 OOOOO, 『전』141㎡, 같은리 OOOOO, 『묘지』188㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 3필지를 부동산매매계약서상 잔금지급일인 94.5.20 청구외 (주)OO금속과 청구외 OOO에게 양도하고 93년에 산정한 기준시가에 의하여 95.5.22 양도소득세 과세표준 확정신고를 하였다. 처분청은 쟁점토지의 검인계약서상 잔금지급약정일인 94.7.29을 양도시기로 보아 94년에 산정한 기준시가(94년 개별공시지가 공표: 94.6.30)를 적용하여 96.12.16 청구인에게 94년 귀속분 양도소득세 75,935,010원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.3.18 심사청구를 거쳐 97.6.16 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 비철주물제조업체인 OO금속(개인사업자)을 경영하던 자로 인력확보 등을 위하여 병역특례업체로 지정받고자 94.1.1 동업체를 (주)OO금속(법인사업자)으로 전환하였고 청구인은 쟁점토지를 (주)OO금속 등에 양도하기로 하고 94.4.20 매매계약을 체결하였으며 같은해 4.27 중도금, 같은해 5.20 잔금을 지불하였으며 94.8.3 소유권을 등기이전하였다. 소유권이전등기가 늦어진 이유는 쟁점토지중 청구인 소유 같은곳 OOOOO와 청구외 OOO 소유 같은곳 OOOOO 토지의 교환을 위하여 분할등의 절차를 거치는 동안 2개월의 시일이 소요되었기 때문이다. 따라서 쟁점토지의 양도시기는 등기에 필요한 형식적인 검인계약서상의 잔금지급약정일인 94.7.29가 아니고 실지로 잔금을 지급한 94.5.20이므로 처분청의 이 건 양도소득세 과세는 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지의 양도시 검인계약서상 잔금지급약정일이 94.7.29로 되어 있고 청구외 (주)OO금속의 장부상 현금계정의 지급일과 예금통장상의 예금지급일과 일치하지 아니하며, 매매대금에 관한 청구인의 사용처 등을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점토지의 양도에 대한 사실상의 잔금청산일이 94.5.20이라는 청구인 주장은 인정하기 어렵다. 또한 청구인은 쟁점토지의 양수인 (주)OO금속의 대표이사로서 특수관계자에 해당하여 청구인이 제시한 매매계약서 등은 신뢰성이 없으므로 처분청이 쟁점토지의 소유권이전 등기시 제출한 검인계약서의 잔금지급약정일인 94.7.29을 양도시기로 보아 기준시가에 의거 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 쟁점은 쟁점토지의 양도시기를 검인계약서상의 잔금지급약정일로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제27조에서 “자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제53조 제1항에서 “법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.”고 하고 있으며 같은조 같은항 제1호는 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계

(1) 청구인이 대표이사로 있는 (주)OO금속은 88.8월 창업되었으며 주물제품을 생산하고 있고 종업원은 15명이며 95년매출액은 약 17억원이고 92.11.12 중력식금형제조법에 관한 기술개발로 (사)한국주조공학회로부터 해봉기술상을 수상하였으며 94.11.29 병무청으로부터 병역특례지정업체로 선정되었음이 확인된다.

(2) 처분청의 과세자료에 의하면 청구인은 쟁점토지를 청구외 (주)OO금속과 청구외 OOO에게 양도한 이후인 95.5.22 양도소득세 과세표준 확정신고를 한 사실이 확인된다.

(3) 청구인이 제출한 쟁점토지의 매매계약서와 검인계약서의 주요내용은 아래와 같다. 매매계약서 검인계약서 비 고·계약일 94.4.20 94.6.28·같은곳 OOO 토지 및 건물은 94.4.27 소유권을 (주)OO금속에 이전 분할전지번분할후지번·OOO OOO·OOOOO OOOOO, OOOOO·OOOOO OOOOO, OOOOO·중도금 4.27

•·잔금지급일 5.20 7.29·매매물건 3필지 2필지 소 재 지 경기도 김포군 대곳면 OOO리 좌 동 번지 및 면적 토지:OOO(458㎡), OOOOO(1,381㎡), OOO(188㎡) 건물:164.7㎡ 토지:OOOOO(1,381㎡), OOOOO(188㎡)

(4) 청구인이 제출한 부동산 교환계약서에 의하면 청구인과 청구외 OOO은 각각 청구인 소유 같은곳 OOOOO중 토지 141㎡와 OOO 소유 같은곳 OOO의 토지 188㎡를 조건없이 94.4.20 교환하기로 계약한 사실이 있다.

(5) 청구인이 제출한 등기부상에 기재된 일자별 사실관계는 아래와 같다. 일 자 사 실 관 계 비 고 94.4.27

① 청구인은 매매계약서상 OOO, OOOOO, OOO(OOOOO)번 토지와 OOO지상의 건물을 (주)OO금속에 양도

② OOO번지 토지와 건물은 94.4.27 (주)OO 금속에 소유권 이전 ※청구인은 OOO 번지와 OOOOO 번지를 혼용 94.5.31

① 청구외 OOO 소유 OOOOO토지를 OOOOO과 OOOOO으로 분할 94.6.20

① 청구외 OOO 소유 OOOOO을 청구인에게 소유권 이전

② 청구인 소유 OOOOO의 1522분의 141을 OOO이 소유권 공유 94.8.3

① 청구인 소유 OOOOO, OOOOO토지를 (주)OO금속에 소유권 이전

② 청구인 소유의 OOOOO중 청구외 OOO 공유분을 OOOOO로 분할하여 소유권 이전

(6) 청구인이 제출한 사업자등록증과 폐업신고서를 보면 94.1.31 청구인은 부동산임대사업자로 등록하여 쟁점토지 등을 (주)OO금속에 임대하여 오다가 쟁점토지 등을 94.4.20 (주)OO금속에 양도하기로 계약한 후인 94.4.27 처분청에 부동산임대업을 폐업신고한 사실이 있다.

(7) 청구인은 무통장입금증 등을 제시하면서 쟁점토지의 매매계약서상 잔금지급일(94.5.20)에 잔금을 수령하여 (주)OO금속 설립 전에 얻은 사채 등을 변제하였다고 주장하였다. (단위: 원) 일 자 수령인 금 액 거 래 은 행 비 고 94.5.20 OOO 10,910,000 OOOO은행 OO지점·확인서 및 타행환입금의뢰서 94.5.20 OOO 15,000,000 OOOO은행 OO지점 94.5.27 OOO 10,000,000 OOOO은행 OO지점 94.5.31 김포세무서 3,313,110·종합소득세 납부 합 계 39,223,110·잔금: 40,000,000원

(8) 청구인이 신청한 쟁점토지의 토지거래허가에 대하여 김포군수는 아래와 같이 허가하였다. 소 재 지 매수인 매도인 면 적 허가날짜 비고 대곳면 OOO리 OOOOO OOO OOO 141㎡ 94.5.24 〃 OOOOO OOO OOO 188㎡ 6.13 〃 OOOOO 〃 OOOOO (주)OO금속 OOO 1,522㎡ 188㎡ 6.28

(9) 청구인이 제출한 (주)OO금속의 94.1.1～12.31 제무제표중 쟁점토지의 양수와 관련된 내용은 아래와 같다. (가) 대차대조표 (단위: 원) 과 목 94년 93년 비 고·토 지 103,258,430 0·건 물 40,407,845 0 (나) 보조부 (단위: 원) 과 목 일 자 비 고 94.4.20 4.22 4.27 5.20·현금 지출 15,750,000 50,000,000 40,000,000·OO은행 예금통장 예금인출 수입 50,000,000 39,910,000·토 지 58,000,000 42,750,000·건 물 4,545,455

• 라. 판단

(1) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구인은 (주)OO금속에게 쟁점토지 등을 94.1.31부터 임대하여 주다가 94.4.20 이를 양도하기로 매매계약을 체결하였으며, 94.4.27 우선 청구인 소유의 같은곳 OOOOO 토지와 그 지상건물을 (주)OO금속에게 양도하면서 소유권을 이전하였고 같은날 부동산임대업을 폐업하였다.

(2) 청구인은 향후 (주)OO금속이 공장부지를 효율적으로 이용할 수 있도록 청구인 소유 같은곳 OOOOO 토지중 141㎡와 청구외 OOO 소유 같은곳 OOOOO중 188㎡를 서로 교환하기로 하고 94.5.24 청구인 소유의 위 토지 141㎡를 청구외 OOO에게 양도할 수 있도록 토지거래허가권자인 김포군수로부터 토지거래허가를 취득하였다. 한편 청구외 OOO도 94.5.31 자기소유의 같은곳 OOOOO 토지중 위 188㎡를 제외한 나머지 부분을 OOOOO으로 분할한 후 94.6.13 동 OOOOO 토지188㎡를 청구인에게 양도할 수 있도록 토지거래허가를 받았으며, 청구인과 청구외 OOO은 94.6.20 그 각각의 소유권을 등기이전(교환)하였다. 청구인은 94.8.3 청구인 소유의 같은곳 OOOOO 토지(청구외 OOO에게 양도한 141㎡ 제외)와 청구외 OOO에게서 소유권 이전받은 같은곳 OOOOO 토지 188㎡를 (주)OO금속에게 소유권이전하였다.

(3) 이와 같은 일련의 토지교환·이전 과정을 볼 때 청구인이 (주)OO금속과 쟁점토지에 대하여 매매계약을 체결한 후 공장부지를 정비하기 위한 과정을 거치느라고 쟁점토지의 소유권이전 등기가 늦어졌다는 청구인 주장이 인정되고, 또한 토지거래허가지역내의 토지매매의 경우 토지매도인과 토지매수인이 매매계약을 체결한 후 당해 지자체에 토지거래허가를 신청하는 것이 일반적임을 감안할 때, 쟁점토지중 같은곳 OOOOO 토지 141㎡를 청구외 OOO에게 양도(교환)하기 위한 토지거래허가를 94.5.24 취득한 이 건의 경우 쟁점토지에 대하여 토지거래허가일 이후인 94.6.28 매매계약을 체결한 것으로 되어 있는 검인계약서 보다는 토지거래허가일 이전인 94.4.20 매매계약을 체결하면서 “OOOOOOO는 전이므로 관청의 허가가 지연되더라도 매도인은 본건에 대한 소송 및 이의를 제기할 수 없다”고 특약하고 있는 매매계약서가 신빙성이 있어 보인다.

(4) 또한 청구인이 94.5.20 (주)OO금속으로부터 수령하여 청구외 OOO 등에게 지급한 금액 및 청구인의 종합소득세 납부 영수증에 기재된 금액 등의 합계액이 39,223,110원이고, 같은날 (주)OO금속의 OO은행 계좌에서 39,910,000원이 인출된 사실은 쟁점토지의 잔금지급일이 94.5.20이라는 청구인의 주장을 뒷받침한다고 하겠다.

(5) 따라서 이 건 심판청구는 청구인 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.