주차장공사관련 매입세액의 실지귀속이 불분명하므로 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장업의 수입금액으로 안분계산함(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분의 개요 청구법인은 의료업을 영위하는 비영리법인으로서 주차장설비공사(지하 및 지상 3층 주차장으로서 공사기간은 94.11월부터 96.11월까지임)와 관련하여 수취한 매입세금계산서는 동 법인이 영위하는 면세사업인 의료업과 관련된 것으로 보아 95년 제2기분 및 96년 제1기분 부가가치세 예정신고 및 확정신고시에 공제받지 못하는 매입세액으로 신고하였다. 그러나 이후 청구법인이 운영하는 주차장이 부가가치세 과세대상이라는 처분청의 부가가치세 수정신고 권고에 따라 96.10.25 수정신고시에는 주차장업을 부가가치세 과세대상으로 신고하면서 위 매입세금계산서의 매입세액 중 경정청구기간 미경과분 221,172,726원(95년 제2기분 90,445,454원, 96년 제1기분 130,727,272원)에 대하여는 아래와 같이 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였으며, 같은 날 이루어진 96년 제2기분 부가가치세 예정신고시에는 매입세액 73,636,364원(위 경정청구시 매입세액 221,172,726원과 함께 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제대상으로 하고 환급세액을 66,580,623원으로 하여 신고하였다. 처분청은 쟁점매입세액이 청구법인이 겸영하고 있는 부가가치세 면세사업인 의료업과 과세사업인 부동산임대업 및 주차장업의 공통매입세액에 해당한다고 하여 이를 면세 및 과세수입금액으로 안분계산하여 산출한 면세사업관련 매입세액을 불공제하고 아래와 같이 해당 부가가치세를 경정고지하였다. (금액단위: 원) 과세기간 매입세금계산서 수취내용 경정청구세액 예정신고환급세액 고지일자 고지세액 공급가액 매입세액 95.2기 904,454,545 90,445,454 76,373,391

• 96.12.16 9,617,850 96.1기 1,307,272,726 130,727,272 115,386,007

• 96.12.16 11,634,870 96.2 예정 736,363,636 73,636,364

• 66,580,623 96.11.16 80,821,800 계 2,948,090,907 294,809,090 191,759,398 66,580,623 102,074,520 청구법인은 이에 불복하여 96.12.31 심사청구를 거쳐 97.4.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 부가가치세 면세사업인 의료업을 영위함과 동시에 병원시설의 일부를 타인에게 임대하고 이에 대하여는 부가가치세를 신고납부하여 왔다. 그러나 청구법인이 관리하고 있는 주차장의 경우는 기존의 무료주차장으로는 증가하는 주차수요를 충족할 수 없어 95년 이후 2차에 걸쳐 새로 주차장을 설치하고 무료 및 유료주차를 구분하여 주차료를 징수하였으나 주차료는 청구법인의 주업인 의료업의 종된 사업에서 발생한 수입으로 보아 부가가치세 신고납부를 하지 아니하였다. 이후 주차장업이 부가가치세 대상이라는 처분청의 지적에 따라 청구법인이 부가가치세 수정신고를 하면서 주차장설비공사 관련 매입세액공제신청을 하였으나 처분청은 동 매입세액이 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되는 재화에 대한 매입세액이라고 하여 공제되는 매입세액을 부가가치세법시행령 제61조 제1항에 따라 해당수입금액에 따라 안분계산하였다. 그러나 매입세액 공제에 있어 안분계산은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액의 경우에 해당한다고 할 것이며 이 건과 같이 당해 매입세액 관련 설비의 사용에 따른 실지귀속이 분명하다면 안분계산대상이 될 수 없는 것인 바, 쟁점매입세액은 청구법인이 영위하고 있는 의료업과는 관련이 전혀 없는 주차장업에서 발생한 것이므로 전액 매입세액으로 공제되어야 하며 설령 안분계산대상이라고 하더라도 이를 의료수입과 주차장 수입으로 안분할 것이 아니라 주차장수입 중 의료업무와 관련이 있는 무료주차 환산분과 유료주차수입으로 안분하는 것이 타당하다. 따라서 청구법인에게 부과된 부가가치세 중 95년 제2기분 9,617,850원과 96년 제1기분 11,634,870원 및 96년 제2기 예정분 80,821,800원은 취소되어야 한다.

3. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점매입세액이 주차장설비관련 매입세액으로서 과세사업에 귀속됨이 분명하고 용역의 무상공급은 과세대상에 해당하지 아니하므로 주차요금의 일부를 면제하여 준다고 하더라도 쟁점매입세액은 전액을 과세사업에 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나 의료업을 주업으로 하는 청구법인이 내원환자에게 4시간까지는 주차료를 면제하는 점 등을 볼 때 동 주차장은 면세사업인 의료업을 위한 부대시설이므로 쟁점매입세액은 면세관련 매입세액에 해당한다. 한편 종합병원에서 부설주차장을 설치운영하고 징수하는 주차료는 면세되는 의료업에 필수적으로 부수되는 용역에 해당되지 않으므로 부가가치세가 과세되는 것이다(국세청 예규 부가 46015-1744, 94.8.26). 그러하다면 청구법인이 신축한 주차장은 과세사업과 면세사업에 공하는 시설로서 동 주차장 신축을 위한 매입세액은 공통매입세액이라 할 것이므로 처분청이 부가가치세법 제61조 제1항의 규정에 의거 안분계산한 면세사업에 관련된 매입세액 상당액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 경정고지한 처분은 잘못이 없다.

4. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 부가가치세 면세사업인 의료업과 과세사업인 부동산임대업 및 주차장업을 영위하는 청구법인이 부설주차장 설비공사를 하면서 수취한 매입세금계산서의 쟁점매입세액을 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 하고 공제되는 과세대상 매입세액을 청구법인의 면세 및 과세수입금액으로 안분계산한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 및 제2항 제4호에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하는 것이나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 아래 산식에 의하여 계산한다고 규정하고 있다. 한편 같은 법 시행규칙 제18조의 2 제1항은 위 산식의 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점매입세액이 부가가치세 과세사업에 사용되고 있음이 확인되므로 이는 실지귀속이 확인되는 매입세액으로서 전액 매입세액공제를 하여야 하며 설령 쟁점매입세액을 전시법령에서 규정하고 있는 안분계산대상이라고 하더라도 이를 의료업수입과 주차장수입으로 안분할 것이 아니라 주차장수입 중 의료업과 관련이 있는 무료주차 수입금액 환산분과 유료주차수입금액으로 안분하여야 한다고 주장하면서 청구법인의 주차관리일지 및 주차관리 전산자료 등을 제시하고 있다.

(2) 청구법인이 제시한 위 증빙을 보면 청구법인은 주차장을 직접 관리하고 있는데 주차장별로 무료주차 및 유료주차 등으로 구분하여 주차관리내역을 전산처리하고 있다. 살피건대 청구법인이 환자와 응급실 내원차량에 대하여는 4시간 무료주차를 허용하고, 공무 및 업무수행 차량에 대하여는 당일 1회에 한하여 1시간 무료주차를 허용하며 나머지 주차차량에 대하여는 소정의 주차료를 징수하고 있으므로 쟁점매입세액과 관련된 주차장에서 발생한 수입도 청구법인의 주업인 의료업과 관련된 주차수입과 의료업과 관련이 없는 주차수입으로 구분할 수 있는 것으로 보이는 면도 있다. 그러나 청구법인의 주차장이 의료업부분과 공간적으로 별도로 구분되는 것도 아니고 청구법인이 의료업과 관련없이 주차장업만을 영위하기 위하여 쟁점매입세액관련 주차장공사를 한 것으로도 보이지 아니한다. 따라서 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장업을 겸영하는 사업자인 청구법인이 환자 등에게 소정시간 주차료를 받지 아니하는 것은 청구법인이 주차장을 의료업에 공하기 때문임에 비추어 볼 때 청구법인의 주차장은 면세사업과 과세사업에 공통으로 사용되는 시설이라고 할 것이다.

(3) 그러하다면 부가가치세법상의 전시법령이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 공제대상 매입세액을 공급가액으로 안분계산하도록 규정하고 있으므로 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되고 있는 주차장의 공사와 관련된 쟁점매입세액은 청구법인의 의료업의 수입금액과 주차장업의 수입금액으로 안분계산하는 것이 타당하다고 판단된다.(재정경제원 소비 46015-300, 97.10.15 및 국세청 부가 46015-1458, 97.6.28도 같은 뜻임)

• 라. 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.