과세특례포기신고로 일반과세자가 되었던 자가 관련법의 개정으로 간이과세자로 과세유형이 전환된 경우에 있어 재고납부세액을 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 내용 청구인은 경기도 오산시 O동 OOOO에서 부동산임대업(이하 “쟁점사업”이라고 한다)을 영위하는 자로서 95.3.31 과세특례포기신고로 일반과세자로 과세유형을 전환하여 사업용 신축건물의 매입세액 49,076,430원을 공제 받았으며, 부가가치세법 개정으로 96.7.1부터 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환되었으나 96년도 1기 부가가치세 확정신고시에 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 신고하지 아니하였다. 이에 처분청은 기 공제된 매입세액중 기간별 감가상각 해당액을 제외하고 산출한 96년도 2기 부가가치세 11,778,340원을 97.2.5 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.2.13 심사청구를 거쳐 97.4.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 95.3.31 과세특례포기신고를 하였으므로 98.6.30까지는 일반과세자인데 부가가치세법의 개정으로 간이과세자로 유형전환 한 것은 부당하며, 유형전환 하더라도 95년도 1년간 쟁점사업의 공급대가가 48백만원 미만이므로 과세특례자에 해당하는데도 간이과세자로 유형전환하여 재고납부세액을 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 과세특례포기신고로 인하여 일반과세자로 전환된 자이며 95년도 1년간 쟁점사업의 공급가액이 150백만원 미만이므로 개정된 부가가치세법에 의하여 96.7.1부터 간이과세자로 유형전환 되어야 하며, 일반과세자에서 간이과세자로 유형전환된 자는 건물 및 구축물의 재고납부세액을 신고하여야 하나 이를 이행하지 아니하였으므로 청구인에게 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 과세특례포기신고로 일반과세자가 되었던 자가 관련법의 개정으로 간이과세자로 과세유형이 전환된 경우에 있어 재고납부세액을 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제25조 제1항(95.12.29 개정)에서 『다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업을 제외한다.

1. 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 1억 5천만원에 미달하는 개인사업자로서 제2호의 규정에 해당하지 아니하는 자(이하 “간이과세자”라 한다)

2. 직적 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)』로 규정하고, 같은 법 제26조의 2(93.12.31 신설)에서 『일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다』고 규정하고, 같은 법 제30조 제1항(95.12.29 개정)에서 『간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 제25조 제1항의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정을 적용받을 수 있다. 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제74조의 4 제3항 제3호(95.12.30 개정)에서 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 직접 제작·건설 또는 신축한 자산에 대하여 아래 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다』고 규정하고 있다. ×(1-×경과된 과세기간의 수)×(1-법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율) 같은 법 부칙(95.12.29 법률 제5032호) 제3조 제1항에서 『95.1.1일부터 12.31까지의 재화 또는 용역의 공급대가(95년도 중간에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 제25조 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액)가 제25조 제1항 제1호의 개정규정에 의한 금액에 미달하는 개인 일반과세자에 대하여는 96.7.1부터 간이과세자에 관한 규정을 적용한다. 다만, 당해 사업자가 일반과세자로 적용받고자 사업장 관할세무서장에게 96.6.20까지 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다』고 규정하고 같은 법 시행령 부칙(95.12.30 대통령령 제14863호, 96.7.1 신설) 제4조 제3항에서 『이 영 시행전에 종전의 제78조 제1항의 규정에 의하여 과세특례포기신고서를 제출한 자로서 96.7.1자로 간이과세자에 관한 규정을 적용받을 수 있게 된 자가 96년도 2기 과세기간부터 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 96.7.25까지 관할세무서장에게 일반과세적용을 신고하여야 한다』고 규정하고 있으며, 같은 부칙 제6조(96.7.1 개정)에서 『이 영 시행으로 인하여 96.7.1자로 일반과세자로부터 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 자(이하 “과세특례전환자등”이라 한다)가 96.6.30 현재 보유하던 재고품 및 감가상각자산(간이과세자로 변경되는 경우에는 건물 및 구축물을 제외한다)에 대하여는 법 제74조의 4의 규정을 적용하지 아니한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 95.3.31 과세특례포기신고를 하였으므로 98.6.30까지는 일반과세자임에도 간이과세자로 유형전환한 것과, 유형전환 하더라도 95년도 공급대가가 48백만원 미만이므로 과세특례자에 해당하여 재고납부세액 신고 제외대상자인데 재고납부세액을 과세한 처분은 부당하다는 주장인 바 이를 살펴보면, 청구인은 과세특례포기신고로 인하여 95.7.1부터 일반과세자로 유형전환 되었으므로 부가가치세법 시행령 제30조 제1항의 규정에 의하여 일반과세를 적용받고자 하는 달의 1일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지(98.6.30까지)는 과세특례에 관한 규정을 적용 받을 수 없다 할 것이며, 부가가치세법 부칙(95.12.29 법률 제5032호) 제3조 제1항에 의하여 95.1.1～12.31의 1년간 재화 또는 용역의 공급대가가 1억5천만원에 미달하는 개인 일반과세자는 96.7.1부터 간이과세자에 대한 규정을 적용받아야 하며, 청구인의 주장과 같이 일반과세자로 적용받고자 하는 경우에는 간이과세자 시행전인 96.6.20까지 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하고, 이 때까지 신고하지 못한 자는 96.7.25까지 신고하도록 되어 있음에도 불구하고 청구인은 이를 신고하지 아니하였으므로 과세특례포기신고를 하여 일반과세자로 유형전환하고 95.1.1부터 12.31까지의 용역대가가 39,347,995원인 청구인에 대하여 96.7.1부터 간이과세자로 유형전환한 것은 관련법 규정을 적법하게 적용하였다고 판단된다. 또한 일반과세자에서 간이과세자로 전환한 자는 건물 등 감각상각대상 자산에 대하여는 공제받은 매입세액에 대하여 96년 예정신고시 납부세액에 재고납부세액을 가산하여 신고하여야 하는데 청구인은 이를 신고하지 아니하였으므로 처분청에서 재고납부세액을 가산하여 부가가치세를 결정고지한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.