신법 제22조의 2 제1항 제1호를 적용함에 있어서 “자기자본”을 신 시행령 제39조 제1항을 적용하여 계산할 것인지 아니면 구 시행령 제67조의 4를 적용하여 계산할 것인지 여부(취소)

[주 문] 김포세무서장이 1996.12.16 청구법인에게 한 1994사업년도분 법인세 91,934,140원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 1994.12.31 삭제된 법인세법 시행령(이하 “구 시행령”이라 한다) 제67조의 4의 규정을 적용하면 1994.12.31 현재 청구법인의 자기자본 총액이 100억원을 초과하지 아니하므로 적정유보초과소득에 대한 법인세 납부대상이 아니라고 하여 적정유보초과소득을 계산하지 아니하고 1994사업년도분 법인세를 신고 납부하였다. 처분청은 청구법인이 비상장법인이고 1994.12.31 개정된 법인세법 시행령(이하 “신 시행령”이라 한다) 제39조의 규정에 의하면 1994.12.31 현재 청구법인의 자기자본은 13,117,320,375원으로서 100억원을 초과하므로 적정유보초과소득에 대한 법인세 납부대상 법인임에도 적정유보초과소득을 계산하지 아니하고 법인세를 신고 납부하였다 하여, 1996.12.16 청구법인에게 1994사업년도분 적정유보초과소득 490,158,611원에 대한 법인세 91,934,140원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.1.15 심사청구를 거쳐 1997.3.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청은 1994.12.22 법률 제4804호로 개정된 법인세법(이하 “신법”이라 한다) 제22조의 2의 규정을 적용하여 적정유보초과소득을 계산, 이 건 법인세를 부과하였으나, 자기자본의 계산방법으로서 구 시행령 제67조의 4에서는 “대차대조표상 주식발행자본금액 및 잉여금의 합계액에서 동법 시행령 제84조 제2항의 규정에 의하여 적립한 적립금, 주식할인발행차금, 배당건설이자와 당기순이익 또는 당기순손실을 차감”하여 자기자본총액을 계산하도록 하였으나 1994.12.31 시행령을 개정하면서 동 조항을 삭제하였으며, 신 시행령 제39조에서는 “당해 사업년도 종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제”하여 자기자본을 계산하도록 하였는 바, 위 신 시행령 제39조의 적용시기에 대하여는 부칙에서 달리 규정하고 있지 않으므로 일반적 적용례에 따라 1995.1.1 이후 최초로 개시하는 사업년도분부터 적용하여야 하며, 청구법인의 경우 구 시행령 제67조의 4의 규정에 의하여 계산한 자기자본 총액은 7,803,614,455원으로 100억원을 초과하지 않아 적정유보초과소득 계산대상 법인이 아니므로 이 건 법인세는 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 첫째, 신법 제22조의 2 제1항의 규정은 동 부칙 제2조의 규정에 따라 동 법률 공포후 최초로 종료하는 사업년도부터 적용하여야 하므로 이 건 청구의 대상이 되는 1994사업년도부터 신법에 따라 적정유보초과소득계산 대상이 되는지 여부를 판단하여야 할 것이고, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 둘째, 신법 제22조의 2 제1항 제1호에서 적정유보초과소득계산 대상을 각 사업년도 종료일 현재의 자기자본이 100억원을 초과하는 법인으로 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 1994사업년도 종료일 현재의 자기자본은 13,117,320,375원으로서 100억원을 초과한 사실이 제시된 대차대조표에 의거 확인되고 있다. 셋째, 청구법인은 자기자본의 계산기준을 구 시행령 제67조의 4 규정에 의하여 계산하는 것이 합리적이라고 주장하고 있으나, 동 규정은 구법 제22조의 2 제1항 제1호에서 위임한 “대통령령이 정하는 자기자본의 총액”에 대한 해석규정으로 그 상위인 법률이 개정되면서 위임내용을 삭제하고 “자기자본이 100억원을 초과하는 법인”으로 규정하고 있음에 비추어 동 규정을 적용할 여지가 없다 할 것이다. 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때 청구법인은 1994사업년도 종료일 현재 자기자본이 100억원을 초과하는 법인에 해당한다 할 것이고, 이에 따라 처분청이 관계법령에 의거 적정유보초과소득에 대한 법인세를 부과한 당초의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 신법 제22조의 2 제1항 제1호를 적용함에 있어서 “자기자본”을 신 시행령 제39조 제1항을 적용하여 계산할 것인지 아니면 구 시행령 제67조의 4를 적용하여 계산할 것인지 여부에 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 1994.12.22 개정된 법인세법 제18조 제1항 제2호에서는 당해 사업년도 종료일 현재의 대통령령이 정하는 자기자본(이하 “자기자본”이라 하고, 이 호에서는 50억원을 한도로 한다)에 100분의 2를 곱하여 산출한 금액이라고 규정하고 있고, 같은법 제22조의 2 제1항에서 상장법인 외의 내국법인으로서 다음 각호의 1에 해OO는 법인에 있어서 대통령령이 정하는 각 사업년도의 유보소득이 적정유보소득을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액(이하 “적정유보초과소득”이라 한다)에 100분의 15를 곱하여 산출한 세액과 제22조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액을 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세로 한다고 규정하면서, 제1호에 각 사업년도 종료일 현재의 자기자본이 100억원을 초과하는 법인이라고 규정하고 있고, 같은법 부칙 제2조에서 이 법은 1995.1.1 이후 최초로 개시하는 사업년도부터 적용한다고 규정하고 있고, 동조 단서에서는 제22조의 2 개정규정은 이 법 공포후 최초로 종료하는 사업년도분부터 적용한다고 규정하고 있다. 한편, 구 시행령 제67조의 4에서는 「법 제22조의 2 제1항 제1호에서 “자기자본의 총액”이라 함은 대차대조표상의 주식발행자본금 및 잉여금의 합계액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액을 말한다.

1. 제84조 제2항의 규정에 의하여 적립한 적립금

2. 주식할인발행차금

3. 배당건설이자

4. 당기순이익 또는 당기순손실」이라고 규정하고 있고, 신 시행령 제39조 제1항에서는 법 제18조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 자기자본”이라 함은 당해 사업년도 종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액(법 제22조의 2의 규정이 적용되는 경우를 제외하고는 당해 사업년도가 1년 미만인 법인의 경우에는 그 금액을 12로 나눈 금액에 당해 사업년도의 월수를 곱하여 계산한 금액으로 하며, 이하 “자기자본”이라 한다)을 말한다고 규정하고 있으며, 신 시행령 부칙 제2조에서 이 영은 1995년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업년도분부터 적용한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 신법 제22조의 2 제1항 제1호에서는 각 사업년도 종료일 현재의 자기자본이 100억원을 초과하는 법인이라고 규정하고 있는 바, “자기자본”에 대하여는 같은법 제18조 제1항 제2호에서 대통령령이 정하는 자기자본(이하 “자기자본”이라 한다)이라고 규정하고 있고 이를 위임받은 신 시행령 제39조 제1항에서 “자기자본”의 개념을 규정하고 있으므로 신법 제22조의 2 제1항 제1호에서 규정하는 자기자본에 대하여는 일응 신 시행령 제39조 제1항의 규정을 적용해야 할 것으로 보인다. 그러나 시행시기를 보면 신법 제18조 제1항 제2호는 같은법 부칙 제2조에 의거 1995.1.1 이후 최초로 개시하는 사업년도인 1995사업년도분부터 적용토록 되어 있고, 신 시행령 제39조 제1항도 같은 시행령 부칙 제2조에 의거 1995.1.1 이후 최초로 개시하는 사업년도인 1995사업년도분부터 적용토록 되어 있는 반면, 신법 제22조의 2 제1항은 같은법 부칙 제2조의 단서 규정에 의거 동법 공포후 최초로 종료하는 사업년도인 1994사업년도분부터 적용토록 되어 있어 시행시기가 서로 일치하지 않음을 알 수 있다.

(2) 신법 제22조의 2를 1994사업년도분부터 적용하는데 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며, 동 규정에 의하면 1994사업년도 종료일 현재의 자기자본이 100억원을 초과하는 법인은 적정유보초과소득에 대한 1994년도분 법인세를 납부하여야 하는 바, 그 “자기자본”의 의미 또는 계산방법을 규정하고 있는 같은법 제18조 제1항 제2호 및 같은법 시행령 제39조 제1항은 1995사업년도분부터 적용하도록 되어 있어 1994사업년도분까지는 구 시행령 제67조의 4를 적용해야 할 것이므로, 1994사업년도분에 대하여는 구 시행령 제67조의 4의 “자기자본총액” 계산방법에 의하여 자기자본을 산출하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

(3) 이 경우 회계이론상 타인자본에 대응하는 개념으로 파악되는 자기자본을 법률에서는 “자기자본”으로, 동 법률의 위임을 받은 시행령에서는 “자기자본총액”으로 각기 다르게 나타내는 결과를 초래하지만 이는 입법상의 잘못에 기인하는 바, 이와같이 1994사업년도분에 한하여는 신법 제22조의 2 적용시 구 시행령 제67조의 4를 적용함으로써 법적 공백상태를 방지하고 법 적용의 구체적 타당성도 확보할 수 있을 것으로 보인다(대법 96누11068, 1997.3.28 같은뜻임).

(4) 그렇다면 구 시행령 제67조의 4의 규정에 의하여 계산한 청구법인의 1994.12.31 현재 자기자본은 7,803,614,455원으로서 100억원을 초과하지 않아 적정유보초과소득에 대한 법인세 납부대상 법인에 해OO지 아니하므로 적정유보초과소득에 대하여 과세한 이 건 법인세 부과처분은 취소함이 타OO다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.