청구법인이 90.1.1 이후 수도권안에서 창업한 경우로 보아 중소기업투자세액공제를 배제한 처분의 당부(경정)

[주 문] 성남세무서장이 96.11.16 청구법인에게 결정고지한 94사업연도분 법인세 10,146,220원, 95사업연도분 법인세 16,124,610원의 과세처분은 93, 94, 95사업년도의 투자금액중 증차분을 제외한 투자금액에 상당하는 세액을 중소기업투자세액으로 공제하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 78.10.13 택시운송사업을 영위할 목적으로 설립하여 동사업을 영위하던중 85.9.18 동 사업을 (합자)OO운수에 포괄양도한 후 페업함으로써 법인제적되었다가 그 후 91.11.1 제적법인을 부활한 후 위 (합자)OO운수로부터 사업일체를 포괄양수하여 사업을 재개한 영리내국법인이다. 청구법인은 94, 95사업연도 법인세 신고시에 조세감면규제법 제5조의 규정에 의한 중소기업투자세액공제(세액공제액: 94사업연도분 2,748,307원, 95사업연도분 14,658,746원, 합계 16,407,053원)를 하였다. 처분청은, 청구법인이 90.1.1이후 수도권안에서 창업한 법인에 해당하는 것으로 보아 위 중소기업투자세액공제를 배제하는 한편 수입금액 누락분을 익금가산하고 지급증빙 없는 복리후생비 등을 손금불산입하여 청구법인의 94, 95사업년도 법인세를 경정하고, 96.11.16 청구법인에게 94사업연도분 법인세 10,146,220원, 95사업연도분 법인세 16,124,610원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.1.8 심사청구를 거쳐 97.3.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 조세감면규제법 제47조의 입법취지는 수도권안에서 산업시설과 기업활동의 집중을 억제하고 새로운 법인의 설립을 억제하는데 있다고 할 것인 바 청구법인의 경우와 같이 기존에 설립되어 운수회사를 운영하다가 사고로 인한 보험료과다로 더 이상 사업을 계속할 수 없어 (자)OO운수에 사업용자산 및 부채을 포괄적으로 양도하였다가, 그 후 다시 사업용 총자산과 총부채을 양수한 것은 조세감면규제법 제43조의 6에 규정한 창업에 해당되지 않으므로 처분청이 이를 창업에 해당하는 것으로 보아 중소기업투자세액공제를 배제한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 이건 사실관계를 보면 청구법인은 78.10.13 OOOO(주)라는 상호로 택시운송사업을 영위하는 법인을 설립하고 사업을 개시하였으나 85.9.30 그 사업에 관한 권리와 의무 일체를 청구외 (합자)OO운수에 양도하고 택시사업을 폐업하였으며 장기간(6년간) 휴면후 91.11.1일 세적을 부활, 사업을 재개하고 청구외 (합자)OO운수의 택시사업 일체를 양수받았으며 94년부터 95년까지 사업용고정자산인 택시를 증차하고 이 건에 대하여 중소기업투자세액공제를 받은 사실, 위 사실에 대하여 처분청은 중소기업투자세액공제대상이 아니라는 이유로 조세감면배제규정을 적용하여 법인세를 결정고지한 사실이 확인된다. 살피건데 이 건 당사자간의 다툼은, 청구법인의 사업용 고정자산투자에 대한 중소기업투자세액공제의 적법성 유무에 있고 청구법인이 장기폐업후 사업재개한 행위가 창업이 아니고 90.1.1 이전부터 계속하여 동종의 사업을 영위하여 온 것으로 보아 조세감면규제법 제5조의 규정을 적용하여 중소기업투자세액공제함이 마땅하다는 주장이고, 처분청은 청구법인이 85년 사업의 포괄양도로 폐업후 장기간 제적되었다가 부활되어 91년 사업을 개시하였으므로 창업법인에 해당되어 중소기업투자세액을 공제받을 수 없다는 주장이다. 한편, 이 건 투자세액공제와 관련한 법규정을 살펴보면 조세감면규제법 제47조(법률 제4666호로 개정전의 법 제43조의 6)는 수도권안에 소재하는 사업의 지방이전을 유도하고 지방산업의 경영여건 향상을 지원하기 위한 조세지원제도의 하나로 수도권안의 투자에 대하여는 조세감면을 배제하기 위한 규정임을 알 수 있고 같은법 시행령 제47조 제1항에서 창업이라 함은 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것을 말한다라고 정의하고 있으므로 청구법인은 폐업후 제적되었다가 부활한 91.11.1에 창업한 법인으로 보아야 할 것이고 90.1.1 이전부터 계속하여 사업을 영위하는 사업장에 사업용 고정자산을 새로이 설치하기 위한 투자라고 보기에는 어렵다 할 것이다. 또한 청구법인이 중소기업투자세액 공제대상이라고 주장하며 제시하는 질의회신문(법인 46102-650, 93.3.17)에서 수도권내에서 기존공장을 법인전환해 동종의 사업을 계속하는 경우 창업에 해당하지 않는다 함은 개인의 장기사업자가 법인전환하여 동일성을 유지하며 사업을 계속 영위하는 경우를 의미하는 것으로 청구법인의 경우와 같이 타 법인을 양도양수로 인수하는 경우는 이에 해당하지 않으며, 증설투자에 관련하여 청구법인이 제시한 다른 회신문(법인46012-3598, 94.12.30)의 내용에서 기존사업용 고정자산과 용도, 목적이 동일한 고정자산으로 대체하는 것은 증설투자에 해당하지 아니한다 함은 90.1.1이전부터 계속하여 사업을 영위하는 기업의 고정자산 대체를 의미하는 것이므로 91.11월 개업하여 새로이 증차하는 경우는 이에 해당하지 않는다고 판단된다. 위 사실들을 모두어 보면, 청구법인은 창업으로 인한 수도권내의 투자이므로 투자세액공제는 마땅히 배제되어야 할 것이고 91.11.1 현재 90.1.1 이전부터 계속하여 사업을 영위한 법인에도 해당되지 아니하므로 수도권내의 지역에서 택시운송업을 위하여 사업용 고정자산(택시)을 증설투자한 것을 수도권안의 투자로 보아 조세감면배제규정을 적용한 처분청의 처분은 적법하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 90.1.1 이후 수도권안에서 창업한 경우로 보아 중소기업투자세액공제를 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

(1) 조세감면규제법 제5조(중소기업투자세액공제) 제1항은『중소기업이 사업용 자산을 새로이 취득하여 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)한 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자한 경우에는 그 투자금액의 100분의 5)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다』라고 규정하고 있고, 동법 제47조(수도권안의 투자에 대한 조세감면배제) 제1항은『내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권안에서 창업하는 경우 (수도권외의 지역에 소재하는 기업이 수도권안에 새로이 사업장을 설치하는 경우를 포함한다) 수도권안에 소재하는 당해 사업용 고정자산에 대하여는 제5조·제10조·제18조·제21조·제25조 내지 제27조 및 제88조의 규정을 적용하지 아니한다』라고 규정하고 있고, 동조 제2항은 90.1.1전부터 수도권안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인이 수도권안에 소재하는 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용 고정자산으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 중소기업투자세액공제를 적용하지 아니한다고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제47조(수도권안의 투자에 대한 조세감면배제) 제1항은『법 제47조 제1항 및 제3항에서 “창업” 이라 함은 각각 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것을 말한다』라고 규정하고 있고, 제2항은『법 제47조 제2항 본문에서 대통령령이 정하는 증설투자 라 함은 1990년 1월 1일부터 계속하여 사업을 영위하는 사업자에 사업용 고정자산을 새로이 설치하기 위한 투자로서 기존의 사업용 고정자산을 대체하기 위한 투자에 해당하지 아니하는 것을 말한다』라고 규정하고 있다.

(2) 한편, 중소기업창업지원법 시행령 제2조 제1항은 타인으로부터 사업을 승계하여 승계전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우와 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우 및 폐업후 사업을 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우는 창업의 범위에 해당하지 아니한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 관련기록에 의하면, 청구법인은 78.10.13 OOOO(주)라는 상호로 택시운송사업을 영위하는 법인을 설립하고 사업을 개시하다 85.9.30 그 사업에 관한 권리와 의무일체를 청구외 (합자)OO운수에 양도하고 택시사업을 폐업하여 장기간(6년간) 휴면후 91.11.1 세적을 부활하여 사업을 재개하고 청구외(자) OO운수의 택시사업 일체를 양수받았으며 94년도에 136,933,246원, 95년도에 12,238,140원 상당의 사업용 고정자산인 택시를 취득하고 이에 대한 중소기업투자세액공제를 적용하여 94사업년도에 2,748,307원, 95사업년도에 14,658,746원의 중소기업투자세액공제를 받은 사실(세액공제는 이월공제액 7,200,177원이 포함된 금액임), 이에 처분청은 청구법인이 90.1.1 이후 수도권안에서 창업한 법인에 해당하므로 중소기업투자세액공제대상이 아니라는 이유로 위 중소기업투자세액공제를 배제한 사실이 확인되고 있다.

(2) 조세감면규제법 제47조(수도권안의 투자에 대한 조세감면배제)는 수도권안에 산업시설 및 기업활동의 집중을 억제하고 수도권안에 소재하는 기업의 지방이전을 유도함과 아울러 지방산업의 경영여건향상을 지원하기 위하여 보강한 조세지원제도의 하나로서 내국인이 90.1.1이후 수도권안에서 창업하는 경우에는 중소기업투자세액공제를 배제한다고 규정하고 있다.

(3) 처분청은, 청구법인이 90.1.1이후 창업한 법인에 해당한다는 이유로 중소기업투자세액공제를 배제하였으나, 청구법인은 택시운송업을 영위하다가 (합자)OO운수에 포괄양도한 후 폐업하였고 그 후 다시 위 (합자)OO운수로부터 사업일체를 포괄양수받아 사업을 재개하고 있는 바 조세감면규제법 제47조 및 동법 시행령 제47조에서 창업(수도권안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것)의 경우에 조세감면을 배제한다고 규정하고 있는 것은 수도권안의 산업시설 및 기업활동의 집중을 억제하는데 그 입법취지가 있다고 볼 때 이미 수도권내에 소재한 기업을 인수(포괄양수)한 경우는 새로이 사업장을 설치한 경우가 아니어서 수도권안에 기업수가 증가되었다고 볼 수 없어 위 시행령에서 규정하는 창업으로 볼 수 없다고 보이는 점, 중소기업창업지원법시행령 제2조에서 사업을 승계한 경우와 폐업후 사업을 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우는 창업의 범위에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있는 점, 수도권내의 기존공장을 법인전환해 동종사업을 영위하는 경우는 위 규정의 창업에 해당되지 아니하므로 세액공제가 가능하다는 예규(법인 46012-650, 93.3.17)의 내용(개인사업자의 법인전환과 법인간의 사업양수도는 사업의 주체가 바뀐다는 점에서 둘 다 사업을 승계한 경우로 볼 수 있음)을 종합해 볼 때, 청구법인은 위 조세감면규제법 제47조 제1항에서 규정하는 90.1.1 이후 수도권안에서 창업한 경우에 해당하지 않는다고 봄이 타당하므로 청구법인이 90.1.1 이후에 창업한 경우에 해당한다고 보아 중소기업투자세액공제를 배제한 이 건 과세처분은 부당한 것으로 판단된다.

(4) 다만, 94년도중 차량취득에 투자한 금액 136,933,246원(관련 중소기업투자세액공제액: 6,846,662원) 중 증차분(5대)에 해당하는 30,332,118원에 대하여는 조세감면규제법 제47조 제2항의 규정에 의하여 이에 해당하는 중소기업투자세액공제(관련세액: 1,516,606원)를 배제함이 타당하다 할 것이므로 청구법인이 94사업년도중 차량취득에 투자한 금액 136,933,246원중 증차분 30,332,118원을 차감한 106,601,128원에 대한 세액공제액 5,330,056원을, 95사업년도중 차량취득에 투자한 금액 12,238,140원에 대한 세액공제액 611,907원을, 93사업년도중 차량취득에 투자한 금액중 증차분을 제외한 금액에 상당하는 세액공제액(이월공제액)을 위 각 사업년도분 법인세에서 공제하여야 할 중소기업투자세액으로 보아 이 건 법인세를 경정하여야 할 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.