[요지] 공유수면매립지의 취득시 공유수면점용권의 포기대가를 지급한 경우 토지의 취득원가에 포함하여 자산증가분을 익금으로 보아 법인세를 과세한 처분은 타당함
[요지] 공유수면매립지의 취득시 공유수면점용권의 포기대가를 지급한 경우 토지의 취득원가에 포함하여 자산증가분을 익금으로 보아 법인세를 과세한 처분은 타당함
[주 문] 남인천세무서장이 96.10.17 청구법인에게 결정고지한 90.10.1～91.9.30 사업년도 법인세 1,862,612,870원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 인천광역시 남구 OO동 OOOOO에 본점을 두고 합판제조 및 판매업을 영위하는 법인으로서 73.2.16～86.2.15까지 13년 동안 인천광역시 남구 OO동 OOOOO 지선 공유수면 10,800㎡(이하 “쟁점공유수면”이라 한다)를 인천지방해운항만청장으로부터 매 1년단위로 쟁점공유수면점용 및 사용허가를 받아 매년 사용료를 납부하고 청구법인의 원목저목장으로 사용해오다가 83.8.9 쟁점공유수면을 포함한 197,200평에 대한 공유수면매립계획승인을 건설부장관으로부터 받은 청구외 OO종합개발주식회사(88.8.8 OO건설주식회사로 상호변경되었고 93.8.9 OO개발주식회사로 상호변경됨, 이하 “OO개발”이라 한다)가 공유수면매립법 제5조의 규정에 의하여 청구법인에게 쟁점공유수면에 관한 매립동의요청을 해 옴에 따라 84.6.27 청구법인이 인천광역시 동구 OO동 OOOOOOO 잡종지 23,140.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매립원가에 취득하는 조건으로 매립동의서 및 합의서를 작성하여 OO개발에게 교부하였고 OO개발은 90.9월 공유수면매립공사를 준공하여 90.12.17 청구법인에게 쟁점토지를 2,275,000,000원에 분양하였으며 91.3.2 쟁점토지의 소유권이전등기를 청구법인 앞으로 마친 후 청구법인은 쟁점토지의 취득가액을 2,275,000,000원으로 하여 토지계정에 계상하였다. 처분청은 청구법인이 청구외 OO개발(주)로부터 취득한 쟁점토지 취득가액에는 쟁점토지 취득당시 청구법인이 실지로 지급한 금2,275,000,000원 외에 청구법인의 쟁점공유수면 점용 및 사용허가로 인하여 발생한 권리(이하 “쟁점공유수면점용권”이라 한다) 포기대가도 포함되어 있는 것으로 보아 쟁점토지의 취득가액을 청구법인이 장부상 계상한 금2,275,000,000원에서 금 5,322,315,000원(취득당시 한국감정원의 소급감정가액)으로 수정하고 그 차액 금3,047,315,000원을 쟁점토지의 당초 취득가액에 가산한 후 청구법인의 91사업년도 소득금액계산시 이를 익금에 산입하여 96.10.17 청구법인에게 법인세 1,862,612,870원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1996.11.25 심사청구를 거쳐 1997.2.28 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 청구법인이 OO개발과 작성한 쟁점공유수면에 관한 매립동의서 및 합의서는 공유수면매립공사완료 후 매매로 취득할 쟁점토지의 가격과 위치를 특정시킬 수 있는 일방예약완결권을 청구법인에게 부여한 것에 불과한 것이고, 청구법인은 점용 및 사용허가기간이 1년이고 점용료가 약 5백만원인 쟁점공유수면점용권을 장부상 자산으로 등재하고 이를 감가상각한 사실이 없을 뿐만 아니라 쟁점토지를 취득할 당시부터 쟁점토지의 취득가액을 2,275,000,000원으로 장부에 계상하고 회계처리를 해 온 점, 또 국세청도 기업회계기준 및 관행에 따라 자산을 저가매입하게 된 사유에 관계없이 취득당시 실지 지급한 매입가액을 취득가액으로 하는 취득원가주의를 채택하고 있는 점을 미루어 볼 때 쟁점토지의 취득가액은 청구법인이 쟁점토지 매입당시 OO개발에게 실지로 지급한 금액인 2,275,000,000원으로 하여야 한다.
3. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점토지를 단순거래에 의하여 취득한 것이 아니고 그 취득에는 쟁점공유수면점용권의 포기에 따른 대가 내지는 보상이 포함되어 있다 할 것이므로 쟁점토지의 취득가액은 구 법인세법시행령 제48조 제2항 제3호의 규정에 따라 취득당시의 정상가액(5,322,315,000원)으로 보아야 하므로 정상가액과 저가매입한 가액과의 차액을 쟁점토지의 당초 취득가액에 산입하고 이를 익금에 가산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
(1) 청구법인의 쟁점공유수면점용 및 사용에 대한 연장허가 내용 청구법인은 73.2.16부터 매1년 단위로 공유수면관리법 제4조 제1항 및 같은법시행규칙 제2조의 3 별표1(공유수면 점용 또는 사용허가기간) 제10호의 규정에 의하여 인천지방해운항만청장으로부터 쟁점공유수면에 대하여 점용 및 사용허가를 받아 쟁점공유수면을 청구법인의 원목저목장으로 사용하였는 바, 85.2.9 청구법인이 쟁점공유수면에 대하여 인천지방해운항만청장으로부터 쟁점공유수면점용기간 연장허가 내용을 보면 점용면적이 당초 3,267.2평에서 1,052.7평으로 축소되었고 점용기간은 1년으로서 85.2.16～86.2.15까지로 하며 그 점용료는 1,663,000원(84.2.16～85.2.15까지 연장허가 받은 점용면적 3,267.2평에 대한 점용료는 5,227,520원임)으로 하되, 다만 동지역은 건설부 매립면허지역으로서 매립공사로 인하여 본 공유수면점용이 불가능할 때에는 위 점용기간만료 이전이라도 동허가를 취소할 수 있으며 이에 대하여 당청에 일체의 손해배상을 청구할 수 없다는 조건하에 연장허가를 받은 사실이 인천지방해운항만청의 공유수면점용기간 연장허가공문에 의하여 확인된다.
(2) 청구법인과 OO개발간에 체결된 쟁점공유수면 매립동의서 및 합의서에 대하여 본다. (가) 84.6.27 청구법인이 OO개발과 쟁점공유수면에 관한 매립동의서 및 합의서를 작성하게 된 경위를 보면, OO개발의 입장에서는 공유수면매립법 제5조(면허의 요건)의 규정에 의하여 쟁점공유수면 점용권자인 청구법인의 매립동의가 필요하였고 청구법인의 입장에서는 OO개발의 쟁점공유수면 매립 후 청구법인에게 원하는 위치와 규모의 육상 원목저목장을 확보할 필요성이 각각 일치하게 되어 그 동의서 및 합의서를 작성하게 되었고, (나) 그 합의서 내용으로 청구법인은 쟁점공유수면매립공사에 관한 동의서를 OO개발에 수교하고 OO개발은 청구법인으로부터 위 동의를 얻는 대신 동 매립공사완료 후 쟁점토지【쟁점공유수면을 매립한 토지와 인접토지 합계 23,140.5㎡(7,000평)】를 청구법인에게 매립원가에 매도할 것을 서로 합의한 사실이 쟁점공유수면매립에 관한 동의서와 합의서에 의하여 각각 확인되나, 청구법인이 쟁점토지를 OO개발로부터 취득함에 있어서 청구법인과 OO개발이 서로합의하여 쟁점공유수면점용권의 포기대가에 대한 재산적 가치를 약 30억원으로 평가한 후 청구법인이 이를 OO개발에 양도하고 매립공사완료 후 청구법인이 취득할 쟁점토지를 시가로 평가한 금액중 쟁점토지의 매립원가(실제로는 매립원가의 2.2배)를 제외한 나머지 금액은 위 쟁점공유수면점용권의 포기대가로 충당하기로 하는 특약은 위 동의서 및 합의서 어느 곳에서도 확인되지 아니한다.
(3) 청구법인이 쟁점토지 취득당시 OO개발에 실지로 지급한 금액이 얼마인지에 대하여 본다. 청구법인이 OO개발로부터 쟁점토지를 매입할 당시 실지로 지급한 금액은 2,275,000,000원으로서 청구법인과 처분청간에 다툼이 없고, 이는 쟁점토지 매매계약서, 청구법인의 장부상 토지계정에 의하여 각각 확인되고 있는 바, 쟁점토지 매매계약서 제1조 제1호에서 청구법인과 OO개발은 쟁점토지의 분양대금을 2,275,000,000원(7,000평×325,000원/평)으로 한다고 분명히 약정하고 있는 반면 그외에 특약으로 쟁점토지의 분양대금 및 대금지급방법을 약정함에 있어서 그 분양대금을 한국감정원 감정가액 등 시가로 하되 청구법인이 현금으로 지급할 2,275,000,000원을 제외한 나머지 금액에 대하여는 쟁점공유수면점용권의 포기대가와 상계하기로 약정한 사실은 확인되지 않을 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 위하여 위 금 2,275,000,000원을 OO개발에 지급한 것 외에 장부상 다른 자산으로 대체지급되거나 다른 자산이 감소된 사실은 없는 것으로 확인된다.
(4) OO개발이 쟁점토지를 양도한 후 중랑세무서장에게 특별부가세를 신고한 내역에 대하여 본다. OO개발은 쟁점토지를 양도하고 그 양도가액을 2,275,000,000원(청구법인의 쟁점토지 취득가약: 325,000원/평), 그 취득가액을 1,021,347,285원(OO개발의 쟁점토지 매립원가: 145,907원/평), 그 양도차익을 1,253,652,715원으로 하여 특별부가세를 신고한 사실이 신고서에 의하여 확인되는 바, 이는 청구법인과 OO개발간에 작성된 쟁점공유수면 매립동의서 및 합의서의 내용과는 달리 청구법인이 쟁점토지를 매립원가의 2.2배에 상당하는 금액으로 취득한 것임을 알 수 있다.
(5) 쟁점공유수면점용권에 대한 청구법인의 회계처리 현황에 대하여 살펴본다. 기업회계기준 제22조에서는 무형자산의 과목으로 영업권, 공업소유권, 광업권, 어업권(입어권 포함), 차지권(지상권 포함), 기타의 무형자산으로 분류하고 있고 무형고정자산은 당해권리의 설정등에 소요된 일체의 지출액을 그 취득원가로 계상하여 법인세법에 규정된 내용연수 기간동안 상각하도록 규정하고 있으나, 법인세법시행규칙 별표3에서 정하고 있는 무형고정자산의 내용연수표상에는 공유수면점용권에 대하여 그 내용연수를 규정한 바가 없으며, 청구법인은 쟁점공유수면점용권의 점용 및 사용허가기간이 1년이어서 매년 연장허가를 받아야 함에 따라 쟁점공유수면점용권을 감가상각대상으로서의 청구법인의 자산계정에 계상하지 않고 단순히 쟁점공유수면점용권의 점용료(84년은 5,227,520원, 85년은 1,663,000원)를 비용계정인 제조원가로 회계처리한 사실이 관련기록에 의하여 확인된다.
(1) 청구법인은 쟁점공유수면점용기간 연장허가를 받을 때 매년 납부한 점용료를 비용계정인 제조원가로 계상하여 회계처리를 하였을 뿐 쟁점공유수면점용권을 청구법인의 자산으로 인식하고 이를 장부에 계상하거나 감가상각한 사실은 없을 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점토지를 취득함에 있어서 금2,275,000,000원을 지급한 사실외에 장부상 다른 자산으로 대체지급되거나 다른자산이 감소된 사실 또한 없으므로 쟁점토지의 취득가액이 위 금2,275,000,000원을 초과되는 것으로 볼 수 있는 장부상 근거는 없는 것으로 보이고
(2) 쟁점공유수면매립에 관한 동의서와 합의서 및 쟁점토지 매매계약서에서 청구법인이 쟁점토지를 매립원가(실제로는 매립원가의 2.2배)에 취득하기로 약정한 점 또는 쟁점토지의 분양대금을 2,275,000,000원으로 약정한 점 외에 청구법인이 쟁점공유수면점용권의 포기대가를 약 30억원에 평가하여 이를 OO개발에 양도하고 공유수면매립공사준공 후 청구법인이 취득할 쟁점토지의 취득가액을 시가로 평가하여 청구법인이 현금으로 지급할 금2,275,000,000원을 제외한 나머지 금액에 대하여는 쟁점공유수면점용권의 포기대가와 상계하기로 약정한 사실이 없는 점등을 미루어 볼 때, 청구법인이 OO개발에 쟁점공유수면매립에 관한 동의를 해주는 대신 공유수면매립공사준공 후 청구법인이 OO개발로부터 매수하게 될 쟁점토지의 위치, 면적, 취득가액, 취득시기를 본계약체결의 내용으로 할 것을 약정하고 있는 쟁점공유수면매립 관련 합의서는 민법 제564조(매매의 일방예약)에서 규정하고 있는 매매의 일방예약에 해당된다 할 것인 바, 이와 같이 청구법인은 쟁점공유수면매립에 관한 동의를 OO개발에 해주는 대신(또는 쟁점공유수면점용을 포기하는 조건으로) 쟁점토지에 대한 매매의 일방예약완결권을 취득하게 된 것이고, 쟁점토지 취득당시 청구법인은 위 매매의 일방예약완결권을 행사함으로서 쟁점토지를 저가매입하게 된 것이라 할 것이므로, 청구법인의 쟁점공유수면매립에 관한 동의는 청구법인이 쟁점공유수면점용권을 포기하는 처분행위로서 청구법인이 쟁점토지를 매립원가(실제로는 매립원가의 2.2배)에 취득할 수 있도록 하는 권리로서 매매의 일방예약완결권을 발생시키는 위 합의서가 작성되면 그 효과는 완결되는 것이므로 따라서 쟁점공유수면매립에 관한 동의는 청구법인이 쟁점토지를 저가매입할 수 있도록 한 간접적인 동기에 불과한 것이라 할 것이며, 그리고 청구법인이 약 30억원에 상당하는 재산적 가치를 가진 쟁점공유수면점용권을 포기하고 공유수면매립공사준공 후 청구법인이 OO개발로부터 쟁점토지를 취득하게 될 때 시가로 평가한 쟁점토지의 취득가액중 청구법인이 현금으로 지급할 금2,275,000,000원을 제외한 나머지 금액은 쟁점공유수면점용권의 포기대가와 상계된 것이라는 처분청 주장에 대하여 살펴보면, 민법상 상계라함은 채권자와 채무자가 서로 동종의 채권·채무(주로 금전채무의 경우가 대부분이다)를 가지는 경우에 그 채권과 채무를 대등액에서 소멸시키는 의사표시를 말하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 청구법인은 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점공유수면매립에 관한 동의서 및 합의서에 따라 일종의 형성권으로서 쟁점토지 매매예약과 관련된 일방예약완결권과 쟁점토지 매매계약서에서 약정한 쟁점토지 매매대금 2,275,000,000원을 OO개발에 지급할 채무를 지고 있는 것 외에 OO개발에 대하여 다른 어떤 채권·채무도 가지고 있지 않으며, OO개발 또한 쟁점토지 매매계약서에서 약정한 쟁점토지 매매대금 2,275,000,000원을 청구법인으로부터 지급받을 채권외에 청구법인에 대하여 다른 어떤 채권·채무를 가지고 있지 않으므로 결국 쟁점공유수면점용권의 포기대가가 시가로 평가한 쟁점토지의 취득가액중 청구법인이 현금으로 지급할 금2,275,000,000원을 제외한 나머지 금액과 상계되었다(이는 쟁점토지의 취득가액에 쟁점공유수면점용권의 포기대가가 포함되었다는 것과 동일함)는 주장은 민법상 상계법리에 비추어 볼 때 성립될 수 없는 것이라 할 것이고
(3) 한편 공유수면관리법 제8조(권리의무의 양도등) 및 공유수면매립법 제5조(면허의 요건)에서 규정한 바와 같이 현실적으로 공유수면점용권의 재산적 가치를 인정하는 경우에도 처분청은 쟁점공유수면점용권의 포기대가를 산정하여 그 손익귀속 사업년도에 청구법인의 익금으로 산입한 후 법인세를 과세하여야 할 것이나, 이 경우 쟁점공유수면점용권의 포기대가에 대한 손익귀속시기는 법인세법 제17조(손익의 귀속사업년도) 제3항의 규정에 의하여 쟁점공유수면에 대한 연장사용허가기간 종료일인 86.2.15이 속하는 사업년도(85.10.1～86.9.30)에 해당된다 할 것이므로 쟁점공유수면점용권의 포기대가에 대한 법인세부과제척기간 또한 종료되었다 할 것이며
(4) 법인이 특수관계에 있는 자로부터 자산을 시가에 미달하게 취득한 경우에 그 자산을 저가매입하게 된 원인관계에 상관없이 정상가액과 취득가액과의 차액을 무상으로 받은 자산의 가액으로 보지 않거나 또는 이를 법인의 익금에 산입하지 않는 것 처럼(그러나 자산을 저가양도한 자에 대하여는 특수관계 여부에 따라 그 차액을 기부금으로 보거나 또는 부당행위계산부인하여 법인세를 과세함) 청구법인이 쟁점토지를 저가매입함에 따라 생긴 그 저가매입가액과 정상가액과의 차액에 대하여는 국세청 과세관행으로 확립되어 있는 취득원가 주의에 따라 이를 익금에 가산할 수 없으며(국세청 법인1264.21-592, 84.2.15·법인22601-2497, 86.8.9 같은뜻)
(5) 청구법인이 쟁점토지를 저가매입함으로써 발생한 정상가액과의 차액에 대하여는 당해 자산을 처분할 때 처분이익이 그 만큼 많이 계상되는 결과가 될 것이므로 결국 저가매입으로 인한 정상가액과의 차액을 청구법인이 쟁점토지의 취득원가에 가산하지 않더라도 각사업년도의 소득으로 반영되는 것이므로 청구법인이 저가매입액을 쟁점토지의 취득가액으로 계상하였다 하더라도 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로는 볼 수 없다 할 것이다. 위 사실들과 관련법령을 종합하여 보면, 쟁점토지의 취득가액은 청구법인이 약정(쟁점공유수면매립에 관한 합의서와 쟁점토지 매매계약서)에 의하여 쟁점토지를 OO개발로부터 취득하면서 실지로 지급한 금2,275,000,000원으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.