[요지] 청구법인이 위 시험용역 등의 제공대가에 대하여 부가가치세를 신고납부한 것은 타당하다고 인정되므로 청구법인이 제공한 용역을 부가가치세가 면제되는 것으로 판정하고 동 매입세액을 불공제한 과세처분은 부당하므로 취소하여야 한다고 판단됨
[요지] 청구법인이 위 시험용역 등의 제공대가에 대하여 부가가치세를 신고납부한 것은 타당하다고 인정되므로 청구법인이 제공한 용역을 부가가치세가 면제되는 것으로 판정하고 동 매입세액을 불공제한 과세처분은 부당하므로 취소하여야 한다고 판단됨
[참조결정] 국심1989광0241
[주 문] 이천세무서장이 96.7.2 청구법인에게 결정·고지한 91년 제1기～95년 제1기분 부가가치세 68,438,160원(명세:별지)의 과세처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 사실 및 처분개요 청구법인은 “화재로 인한 재해보상과 보험가입에 관한 법률” 제1조의 규정에 의거 73.5.15에 설립된 비영리 사단법인으로서 동법 제15조에 규정된 업무를 수행하고 있다. 한편, 청구법인은 국무총리지시 제5호(78.3.22) 및 재무장관승인(80.12.31)에 따라 86.4.11 청구법인 부설 OOOO연구소를 설립하였다. 위 연구소는 화재예방과 소화시설에 관한 기술적인 시험, 연구 개발업무를 수행함에 있어서 상당한 비용이 소요됨으로 업무수행에 따른 소요비용을 행정기관이나 손해보험회사를 제외한 외부의뢰자로부터 수혜자부담 원칙에 따라 유료로 징수하고 있다. 청구법인은 위 연구소의 사업중 수탁시험업무, 인증업무, 설비사용계약 등은 부가가치세 과세사업으로 구분하고 기술연구용역과 OO기술실무교육 등은 면세사업으로 구분하여, 과세사업분에 대하여는 86.10이래 현재까지 계속하여 부가가치세를 신고납부하여 왔다. 처분청은 위 연구소가 비영리공익단체에 해당되어 부가가치세 면제사업체에 해당하므로 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 제1호에 의거 매입세액을 공제할 수 없다는 이유로, 96.7.2 청구법인에게 91년 제1기～95년 제1기분 부가가치세를 68,438,160원을 결정·고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.8.27 심사청구를 거쳐 96.12.10 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
(1) 청구법인이 청구법인 부설 OOOO연구소가 제공하는 용역을 구체적 내용에 따라 개별적으로 부가가치세 과세분과 면세분으로 구분하여 부가가치세 매출세액을 계산하고, 매입세액중 부가가치세법시행령 제61조 제1항 규정의 면세분에 대한 매입세액은 불공제하여 부가가치세를 신고한 것은 다음과 같은 이유로 타당하므로 이 사건 과세처분은 부당하다.
① 청구법인은 86.7월 당시에 OOOO연구소가 제공하는 용역이 부가가치세 면세대상인지 여부에 대하여 처분청에 개별적으로 문의하였으나 구체적인 답변을 얻을 수 없었기에 당시 재무부세제국 및 외부조세전문가의 자문과 청구법인 소속 실무자들의 검토결과, 정밀한 신고납부를 위하여 OOOO연구소가 제공하는 용역을 구체적인 거래사실별로 과세여부와 면세여부를 판단하여 86.10월에 과세거래와 면세거래로 구분하여 과세거래분에 대하여는 매출세액을 징수하여 부가가치세를 신고납부 하였다.
② 청구법인은 86.7월 당시에는 매출세액과 매입세액이 향후 얼마나 발생할지 예측불가능한 상태에서 매출세액을 징수납부하지 않을 경우에는 세무조사 등 여러가지 세법상 불이익이 발생할 것으로 예상되어 비교적 과세대상이 될 소지가 있는 부분은 과세거래로 보아 성실하게 부가가치세를 신고납부 하였다.
③ 한편 국세청 예규(부가 22601-1530, 86.7.28)을 보면, 전단부분은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 제1호의 내용을 법령 그대로 원칙적이고 일반적인 의견을 표시한 것에 불과하고, 실제로 세법을 해석하고 적용함에 있어서는 청구법인이 수행하고 있는 업무가 고유목적사업인지 여부와 실비 또는 무상공급용역인지 여부는 거래사실을 구체적·개별적으로 판단한 후 적용할 사항이므로 실질적으로는 전단이 아닌 후단에 따라 판단하여야 할 것이다.
④ 따라서, 청구법인이 OOOO연구소가 제공하는 용역을 그 구체적인 내용에 따라 부가가치세 과세분과 면세분으로 구분하여 과세분에 대하여 부가가치세를 신고납부한 것은 타당하므로 처분청의 이 사건 과세처분은 부당하다.
(2) 또한 청구법인은 국세청예규 부가22601-1530(86.7.28)에 따라 구체적이고 개별적인 업무내용에 의거 86년 제2기 부가가치세 신고납부 때부터 지금까지 10년간이나 계속해서 동일한 기준과 방법에 따라 신고납부하였고 처분청은 동기준과 방법에 따라 1년에 2회씩 약20회에 걸쳐 추징세액과 환급세액을 경정통지하였음에도 불구하고 갑자기 이를 부인함은 법적안정성이나 행정처분의 예측가능성을 심하게 훼손하는 것이라 아니할 수 없는 바, 이는 아래와 같은 이유로 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙과 동법 제18조 제3항의 소급과세금지원칙에 위배되는 부당한 과세처분 행위이다.
① 국세기본법기본통칙 2-2-01-18(세법해석의 기준)에서『법 제18조 제3항에서 ‘세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후’란 성문화의 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것』이라고 명시한 바와 같이 행정처분의 선례가 약20회나 반복되었으므로 납세자는 그 선례의 존재를 확신하게 된 것이고, 이 신뢰에는 납세자에게 귀책사유가 있다고 할 수 없으며 위 확신에 따라 10년간이나 계속해서 동일한 기준위에서 반복적으로 신고납부를 해왔으며,
② 대법원판례(88누3. 88.2.14)에서와 같이 과세관청이 그 사항에 대하여 세금을 부과할 수 있음을 알면서도 계속 반복적으로 동일한 기준에 의거 경정 및 환급해준 것은 명시적 의사표시가 된 것으로 볼 수 있고,
③ 국세심판례(국심 89광241. 89.5.16) 에서도 “신의성실의 원칙은 과세관청의 언동을 신뢰한 납세자의 신뢰이익을 보호하려는 데 근본취지가 있으며, 이의 해당여부 판단은 당해 사실의 내용과 사실상태의 존속기간 및 납세자의 지위나 과세관청의 묵시적 언동 등을 고려하여 종합적으로 판단하여야 할 것” 이라고 적시한 바가 있다.
④ 또한 이 사건의 경우, OOOO연구소가 제공하는 용역이 과세냐 면세냐의 사실판단 문제 및 실비여부, 수익성 그리고 영리성 등에 있어서의 구분이 모호하여 획일적 구분이 불가능하고, 약10년간 매년2회의 예정신고 및 2회의 확정신고 납부행위의 계속적인 반복성과 장기성, 처분청이 10년간 연2회씩 확정신고분에 대한 경정조사와 경정처분을 지속한 사실 등을 종합판단할 때, 처분청의 이 사건 과세처분은 부당하다.
⑤ 따라서 청구법인이 국세청의 유권해석에 따라 OOOO연구소가 제공하는 용역거래사실을 개별적·구체적으로 과세거래와 면세거래로 구분 판단하여 86년 사업개시 당시부터 10년이나 동일한 기준에 의거 부가가치세를 징수, 신고납부하였고, 과세관청도 이를 계속 인정하는 처분을 행하여 왔던 것을 갑자기 95년 제2기분에 와서 과거 10년 관행을 무시하고 새로운 처분을 함은 신의성실원칙에 위반되고, 또한 청구법인이 OOOO연구소가 제공하는 용역을 개별적이고 구체적인 거래사실에 따라 과세분과 면세분을 구분하여 과세분에 대하여 부가가치세를 신고납부한 것이 타당함에도 일괄적으로 면세거래로 간주하여 한 이 사건 과세처분은 부당하므로 취소하여야 한다
(1) OOOO연구소는 공익단체인 청구법인이 그 고유목적사업의 내실을 기하기 위해 설립한 부설연구소로 화재예방과 소화시설에 관한 기술적인 시험·연구·개발업무를 주로 수행하고 있고, 시험용역 및 연구용역의 제공에 따른 대가를 실비로 받고 있음이 법인 정관 및 내부업무규정 등에 의해 확인되고 있으므로 부가가치세법 제12조 제1항 및 같은법 시행령 제37조 제1호에 규정하고 있는 공익단체가 고유사업목적을 위해 실비로 공급하는 용역에 해당되어 부가가치세 면세대상이라고 판단된다. (국세청 심사결정 중부96-387, 96.5.31 결정 참조) 따라서 면세사업과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 바, 처분청이 청구법인이 신고시 공제한 매입세액을 불공제하여 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다.
(2) 또한, 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하는 것인 바 이를 살펴본다. 청구법인은 86.8.14 연구소 개업당시 연구소가 실비로 공급하는 용역이 부가가치세 과세대상이 되는지 여부를 질의하였고, 이에 대해 국세청이 “주무관청에 등록된 비영리공익단체가 고유사업목적을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이나, 이를 구체적인 거래사실에 의해 판단하여야 한다”라고 답변하였다. 청구법인은 이에 대해 이를 과세사업으로 판단하고 현재까지 부가가치세를 신고하였으나, 국세청의 이러한 답변 및 처분청이 청구법인의 신고내용을 아무런 이의없이 받아들였다는 사실만으로는 과세관청이 청구법인이 공급하는 재화나 용역이 과세대상이라는 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없을 뿐만 아니라 청구법인은 위의 국세청 질의시에 고유목적을 위하여 실비로 용역을 공급한다고 질의하여 이는 면세대상이라는 답변을 받았음에도 불구하고, 단서의 구체적인 거래사실에 의해 판단하여야 한다는 것을 청구법인이 자의적으로 해석하여 부가가치세 과세사업으로 판단하였으므로 청구법인에게 귀책사유가 없었다고 할 수도 없다 할 것이다. (대법원 95누7376, 95.9.29 판결 참조)이다. 그러므로 과세관청의 공적인 견해표명이 없었고, 납세자에게도 귀책사유가 있는 이 건의 경우 신의성실의 원칙을 적용할 수는 없다고 하겠다. 따라서, 처분청이 OOOO연구소가 공급하는 용역 및 재화를 부가가치세 면세로 판정하고, 이에 따른 매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 의거 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인 부설 OOOO연구소가 제공하는 용역이 모두 부가가치세 면세대상 용역인지 여부 즉, OOOO연구소가 제공하는 시험, 인증용역등이 공익단체인 청구법인의 고유목적사업을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역으로 부가가치세 면세대상 용역에 해당하는지 여부와
(2) OOOO연구소가 제공하는 위 시험, 인증용역 등을 부가가치세 면세대상 용역으로 볼 경우에도 청구법인이 시험, 인증용역등을 과세대상 용역으로 판단하여 86년 제2기부터 이 사건 과세처분일 현재까지 10년간 계속하여 그에 대한 부가가치세를 신고납부하여 왔고 처분청도 이 사건 과세처분일 현재까지는 면세사업자에 해당함을 이유로 경정처분등의 조치를 취하지 아니하다가 96.7.2 (이 사건 부가가치세 고지일) 갑자기 면세대상 용역으로 판단하고 (면세사업자로 판단하고) 부가가치세를 경정고지한 것이 국세기본법 제15조(신의성실의 원칙) 및 제18조 제3항(소급과세금지의 원칙)에 위배되는지 여부를 가리는데 있다.
(1) 관계법령
① 부가가치세법 제1조 (과세대상) 제1항은『부가가치세 다음 각호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 재화 또는 용역의 공급 2. (생략)』라고 규정하고 있고
② 부가가치세법 제12조 (면세) 제1항 제16호는『종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것』은 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있으며 동법시행령 제37조 (종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위)는 본문에서『법 제12조 제1항 제16호에서 “재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.』라고 하면서 제1호에서『주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역』이라고 규정하고 있다.
③ 한편 부가가치세법 제17조 (납부세액) 제2항 제4호는『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다) 은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단
① 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구법인은 OOOO연구소가 제공하는 용역중 일반업체 등으로 부터 제품개발 및 기준적합여부 판단 등을 의뢰받고 제공하는 시험용역, 인증대상 제품의 품질을 확인하고 제조자가 당해 제품을 인증기준 및 관련 규격의 요구조건대로 생산하고 있는지 여부를 인정하는 인증용역 및 동 인증제품에 대한 품질유지확보를 위하여 심사·제품시험에 소요되는 사후관리 비용, 자체시험시설을 확보하지 못하고 있는 제조업체가 제품을 생산하여 성능 등을 확인하기 위하여 연구소 시험시설을 사용하는 경우 동 시험시설 사용용역, 기타 인증제품의 품질확보를 위하여 하는 연간 2～3회의 공장심사 및 인증제품시험에 소요되는 사후관리비용 등은 부가가치세 과세대상 용역으로 구분하고, 단체 또는 개인에게 제공하는 방화정보자료, 정기간행물, 기타 협회자료 제공에 소요되는 인건비 및 자료비, 제조업체 소방시설설계업자 또는 방화관리자에게 제공하는 교육용역, 일반기업이나 공공기관이 소방시설이나 건축물, 기타 위험물 시설 등에 대한 안전성, 위험성 및 그에 대한 안전대책을 강구하기 위해 연구소에 연구용역을 의뢰한 경우에 제공하는 기술연구용역 등은 면제대상용역으로 구분하여, 과세대상용역으로 구분한 용역에 대하여는 86.10월 부터 이 사건 심판청구일 현재까지 계속하여 부가가치세를 신고 납부한 사실이 확인되고 있다.
② 청구법인이 최근의 94년1기～96년2기 과세기간동안 처분청에 신고한 매출과표 및 매출세금계산서 매수는 다음과 같다. (단위: 매, 천원) 과 세 기 간 매 출 세금계산서 매수 매 출 과 표 94년 1기 612 246,551,647 2기 514 326,646,472 95년 1기 567 307,981,604 2기 753 401,385,804 96년 1기 928 441,923,354 2기 1,080 612,101,834 계 4,454 2,336,591,715
③ 부가가치세법 제12조 및 동법시행령 제37조 제1호의 규정취지를 종합해 볼 때, 공익단체 등이 공급하는 재화와 용역이 면세되기 위하여는 첫째, 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체로서 둘째, 주무관청에 등록되어야 하며 셋째, 당해 단체의 고유목적을 위한 일시적인 공급이거나 혹은 실비 또는 무상대가로의 공급이어야 하는 3가지 요건을 동시에 충족하여야 하며 어느 한 요건이라도 충족되지 않으면 면세되지 않는 것으로 해석된다. 한편 부가가치세법상 부가가치세가 과세되는 용역을 공급하는 사업과 면세되는 용역을 공급하는 사업을 영위하는 사업자의 경우 부가가치세 과세대상 용역에 대하여는 부가가치세를 신고납부할 의무가 있음이 명백하다.
④ 살피건대, 처분청은 OOOO연구소가 제공하는 용역 전부를 부가가치세 면제대상 용역으로 보아 이 사건 부가가치세를 과세하였으나 첫째, 청구법인이 제공한 시험용역, 인증용역, 시험시설 사용용역, 사후관리용역 등 용역의 공급은 부가가치세법 제1조 제1항에서 과세대상으로 규정하고 있고, 둘째, 청구법인은 86년부터 심판청구일 현재까지 위 용역이 부가가치세 과세대상 용역에 해당하는 것으로 판단하고 부가가치세를 신고납부하여 왔으며, 셋째, 위 시험용역 및 인증용역 등의 수수료 금액수준이 상당히 고액이고, 용역제공회수가 연간 1,000～2,000회에 이르고 있으며 (세금계산서 발행회수: 94년 1,126건, 95년 1320건, 96년 2,008건), 또한 용역수수료 금액의 규모가 상당하고 그 매출액이 점점 증가하고 있는 점(94년 597백만원, 95년 709백만원, 96년 1,054백만원) 등에 비추어 볼 때 당해 시험용역 및 인증용역 등이 부가가치세가 면제되는 일시적인 공급에 해당한다거나 실비 또는 무상으로 제공하는 용역으로는 볼 수 없다고 인정된다.
⑤ 위 사실관계 및 관계법령을 종합해 볼 때, 청구법인이 위 시험용역 등의 제공대가에 대하여 부가가치세를 신고납부한 것은 타당하다고 인정되므로 청구법인이 제공한 용역을 부가가치세가 면제되는 것으로 판정하고 동 매입세액을 불공제한 이 사건 과세처분은 부당하므로 취소하여야 한다고 판단된다.