교회건물로 사용하면서 청구교회 명의로 등기되어 있는 건물의 양도에 대하여 이를 자산의 양도로 보아 교회대표자인 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부(취소)

[주 문] 파주세무서장이 96.4.19 청구인에게 결정고지한 90년도 귀속 분 양도소득세 1,551,940원 및 동 방위세 155,180원 합계 1,707,120원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분내용 청구인은 경기도 고양시 OOO동 OOO 위 지상건물 3층 1호 116.19㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 88.2.9 취득하여 대한예수교장로회 OOO교회(이하 “청구교회”라 한다) 명의로 등기한 후 90.2.14 청구외 OOO에게 양도하였다. 처분청은 쟁점건물의 양도에 대하여 자산을 양도한 것으로 보아 96.4.19 청구교회 대표자인 청구인에게 90년도 귀속분 양도소득세 1,551,940원 및 동 방위세 155,180원 합계 1,707,120원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.6.18 심사청구를 거쳐 96.10.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구교회는 대한예수교장로회 총회에 소속되어 있는 교회로서 세법상 법인으로 보는 단체에 해당되고, 쟁점건물은 청구교회 명의로 취득등기한 후 2년이상 종교고유목적으로 사용하다가 비좁아서 이를 양도하고 동일건물에 위치한 경기도 고양시 OOO동 OOO 위 지상건물 2층 1호 및 2층 2호 252.835㎡(이하 “쟁점외건물” 이라 한다)를 취득하여 현재 청구교회 건물로 사용하고 있는 바와 같이 쟁점건물의 경우 종교고유목적으로 사용하다 양도한 것이므로 이를 법인으로 보아 세법을 적용하여 양도소득세를 비과세하여야 함에도, 처분청이 청구교회의 대표자인 청구인에게 과세한 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구교회는 재단법인 대한예수교장로회 총회 유지재단에 소속되어 있기는 하나, 교회자체가 주무관청의 허가를 받아 설립되거나 법인으로 등기되지 않았고, 위 총회 유지재단의 승인없이도 소유부동산의 취득 및 처분이 가능할 뿐만 아니라 대표자 또는 관리인이 선임되어 있거나 이익의 분배방법 및 분배비율등이 정하여져 있지 않는 점등으로 보아 청구교회를 법인으로 볼 수는 없을 것이므로 처분청이 청구교회의 대표자인 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 교회건물로 사용하면서 청구교회 명의로 등기되어 있는 쟁점건물의 양도에 대하여 이를 자산의 양도로 보아 교회대표자인 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제13조 및 동법시행령 제8조에 의하면, 법인격이 없는 사단·재단 기타단체중 주무관청의 허가를 받아 설립한 사단·재단 또는 기타단체로서 등기되지 아니한 것과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 이를 법인으로 보아 세법을 적용하도록 규정하고 있는 바, 법인으로 보는 교회가 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산은 등기부상의 명의에 불구하고 이를 교회의 고유목적에 직접 사용하는 경우에는 고유목적용 기본재산으로 보아야 할 것이다.〔구 법인세법 기본통칙 7-3-18...59의 3(93.2.1 삭제) 같은 뜻임〕
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 쟁점건물의 양도에 대하여 청구교회의 대표자인 청구인에게 양도소득세를 과세하였으나, 청구인은 쟁점건물이 청구교회의 신도들이 출연한 헌금으로 취득한 재산으로서 청구교회 명의로 등기되어 있고, 취득후 교회건물로 사용하다 비좁아서 동일건물에 위치한 쟁점외건물로 넓혀 가기 위하여 쟁점건물을 양도한 것이므로 이를 법인재산으로 보아 비과세하여야 한다고 주장함으로써 쟁점건물을 법인재산으로 볼 수 있는지에 대하여 다툼이 있다.

(2) 위 관련법령에 의하면, 교회가 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산으로서 교회의 고유목적에 직접 사용하는 경우에는 등기부상의 명의에 불구하고 이를 법인재산으로 보도록 규정하고 있다. 따라서 등기부상 쟁점건물이 청구인 개인명의로 등기되어 있는 이 건의 경우 쟁점건물이 교회신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산으로서 교회의 고유목적에 직접 사용되고 있는지에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인이 제시한 법인설립허가서, 소속증명서 및 재직증명서를 종합하여 보면, 청구교회는 대한예수교장로회 총회(총회장 OOO)산하 서울교회에 소속된 교회로서 청구인은 동 교회에서 목사로 재직중이고, 위 대한예수교장로회 총회(합동측) 유지재단은 82.6.29 문화부장관으로부터 허가를 받은 재단법인임이 확인되고 있다. 따라서 청구교회는 재단법인으로 허가받은 대한예수교장로회 총회(합동측) 유지재단에 소속되어 있는 교회임을 알 수 있고, 87.10.15 고양군수가 발행한 종교단체 등록증명서에 의하면, 쟁점건물에 소재한 청구교회(대표자 청구인)가 종교단체로 등록되어 있으며, 청구교회는 법인고유번호(OOO)가 지정되어 있음이 91.3.28 파주세무서장이 청구교회에 회신한 공문(직세22631-1243, 91.3.25)에 의하여 확인되고 있는 점등에 비추어 볼때, 청구교회는 법인으로 보여지고, 둘째, 등기부등본상 쟁점건물은 청구교회 명의로 등기되어 있으며, 대한예수교장로회총회 OOO 총회장의 사실증명서 (본부 제80-6202호, 96.3.15)에 의하면, 청구교회는 쟁점건물을 87.5.15부터 동 교회건물로 사용하고 있음이 확인되고 있는 바와 같이 쟁점건물은 종교고유목적으로 사용하던 교회재산임을 알 수 있다.

(3) 위 사실관계 및 정황에 비추어 볼 때, 쟁점건물은 청구교회 재산으로서 취득후 종교고유목적으로 사용하다 양도한 사실이 인정된다 할 것이므로 이를 청구인의 개인재산으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.