토지가 그 양도계약당시 사실상 ‘나지’인 것으로 보아 장기보유특별공제 배제한 처분의 당부(경정)

[주 문] 원주세무서장이 1996.4.16. 청구인에게 한 ’92년도 귀속분 양 도소득세 67,797,320원의 부과처분은 장기보유특별공제액을 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구인은 강원도 원주시 OO동 OOOOO에 주소를 두고 있는 자로서, 1975.3.25. 강원도 원주시 OO동 OOOOO 소재 田 2,096㎡를 취득하여 그 중 990㎡를 1991.11.22. 주택건설등록업자인 청구외 주식회사 OO건설(이하 “청구외 법인”이라 한다)에 양도하기로 계약체결하고, 이를 1992.5.30. 분할(분할토지: 강원도 원주시 OO동 OOOOO 외 1필지로서, 이하 “쟁점토지”라 한다)하여 청구외 법인에 양도하였다. 처분청은 청구인이 청구외 법인에 양도한 쟁점토지가 1985.12.16. ‘일반주거지역’으로 편입된 토지로서 1990.1.1. 기준으로 평가된 당해토지의 개별공시지가가 ‘대지’에 준하는 가격으로 책정되었고, 또한 양도계약당시 청구인이 쟁점토지위에 농작물을 경작하였다고 인정할만한 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하는 점으로 볼 때, 쟁점토지의 경우 그 양도계약당시 사실상 ‘대지’인 것으로 추정된다 하여 양도소득금액의 계산에 있어서 장기보유특별공제액의 공제를 배제한 후 1996.4.16. 청구인에게 ‘92년도 귀속분 양도소득세 67,797,320원을 결정고지하였다. 청구인은 위 처분에 불복하여 1996.6.13. 심사청구를 거쳐 1996.9.21. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 1975.3.25. 쟁점토지 등을 취득하여 현재까지 그 소재지에 거주하면서 농업을 영위해 왔고, 그 양도계약당시에도 실제로 경작하였음에도 처분청이 쟁점토지를 사실상 ‘나지’로 추정하여 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지는 1985.12.16. 도시계획상 ‘일반주거지역’으로 편입된 토지로서, 1990.1.1.자 기준의 개별공시지가도 ‘대지’에 준하는 가격으로 산정되었고, 또한 쟁점토지가 그 양도계약당시 ‘농지’임을 객관적인 증빙자료 제시하여 입증하지 못하고 있으므로 쟁점토지를 사실상의 ‘나지’로 보아 장기보유특별공제액을 공제배제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 쟁점은 쟁점토지가 그 양도계약당시 사실상 ‘나지’인 것으로 보아 장기보유특별공제 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 쟁점토지 양도당시 시행되던 장기보유특별공제에 관한 규정인 구소득세법 제23조 제2항을 보면, “양도소득금액은 당해자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액 (이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액 (이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다“고 규정하면서, 그 제2호에 “제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액 (이하 “장기보유특별공제액”이라 한다). 가.... (기재생략), 나. 당해자산의 보유기간이 10년 이상인 것은 양도차익의 100분의 30” 이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제46조의 3【장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지】를 보면, “법 제23조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지라 함은 나대지 (재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다).... (중략).... 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다 (90.12.31. 개정)”고 규정되어 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점토지가 1985.12.16. 부터 도시계획상 ‘일반주거지역’으로 편입되어 있고, 쟁점토지에 대한 1990.1.1.자 기준의 개별공시지가가 인근의 ‘대지’에 준하는 가격으로 책정되어 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점토지는 그 공부상의 지목에 불구하고 양도계약당시 사실상 ‘나지’로 인정된다 하여 그 양도소득금액의 계산에 있어서 장기보유특별공제액의 공제를 배제하였다.

(2) 그러나, 청구인이 제시한 ‘청구인의 주민등록등본’에 의하면 청구인은 쟁점토지의 분할전 지번 (강원도 원주시 OO동 OOOOO)에 1978.5.12. 전입한 이래 지금까지 계속 거주하는 것으로 기재되어 있고, 원주시장이 1996.9.10. 발급한 ‘농지원부’ (1991.2.15. 최초작성) 및 1996.6.12. 발급한 ‘자경증명발급신청서’에 의하면 쟁점토지 등의 경우 사실상 ‘농지’로서 청구인이 직접 자경한 것으로 기재되어 있을 뿐 아니라 청구인은 지금도 분할양도하고 남은 토지 (1,106㎡)를 자경하고 있는 것으로 되어 있으며, 또한 청구인과 청구외 법인간에 체결한 ‘부동산매매계약서’중 제7조 제4항에 “지상에 추수하여 야적한 농작물 및 재배중인 농작물이 있을시는 권리행사에 지장이 없도록 청구인은 계약후 즉시 정리하여야 하며, 제반문제 발생시 청구인이 책임을 진다”고 기재되어 있는 점으로 볼 때 쟁점토지가 그 양도계약당시 농작물의 경작에 이용된 것으로 보이는 점, 기타 청구인이 쟁점토지를 그 양도계약시까지 직접 자경하였다고 인근주민들이 사실확인하고 있는 점 등을 종합해 볼 때, 쟁점토지는 그 양도계약시까지 청구인이 직접 자경한 농지였던 것으로 인정된다.

(3) 그렇다면, 청구인이 10년이상 보유한 사실에는 다툼이 없는 쟁점토지의 경우 그 양도소득금액의 계산에 있어서 구소득세법 제23조 제2항 제2호 및 동법시행령 제46조의3의 규정에 의하여 그 해당 장기보유특별공제액을 공제함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 청구주장에 이유가 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.