[요지] 거주자에 해당하던 종중이 신청에 의해 법인으로 전환된 경우 종전의 종중대표자 개인명의로 원천징수된 이자소득세를 법인의 기납부세액으로 공제하여 환급함
[요지] 거주자에 해당하던 종중이 신청에 의해 법인으로 전환된 경우 종전의 종중대표자 개인명의로 원천징수된 이자소득세를 법인의 기납부세액으로 공제하여 환급함
[주 문] OO세무서장이 96.4.25 청구법인에게 환급을 거부한 95.3.18 ～ 95.12.31 사업년도분 법인세 99,863,330원은 이를 환급한다.
[이 유]
1. 원처분개요 OO조씨 OO공 OO파 종중인 청구법인은 종전에 소득세법상 거주자(개인)로 보는 법인격 없는 단체로서 납세의무를 이행하여 오다가 95.3.18 국세기본법 제13조 제2항에 의한 처분청의 승인에 따라 세법상 법인격이 부여된 단체로서 종전에 개인의 자격으로 OO은행외 10개 금융기관에 가입한 가계금전신탁 등 예금에 대하여 95.3.18～95.12.31 사업년도중 그 이자를 지급받으면서 다음과 같이 원천징수된 동 이자소득에 대한 원천징수세액 104,813,640원을 96.3.30 위 같은 사업년도분 법인세 신고시 이를 기납부세액으로 환급신고하였다. 〈쟁점이자소득 및 원천징수 현황〉 (단위: 원) 원천징수 세 목 원 금 쟁점 이자소득 원천징수 세액 이자발생 기간 이자지급일 합 계 4,925,876,472 524,991,651 104,813,640 92.12.16 ～95.12.27 95.3.18 ～95.12.27 법인세 870,923,712 24,751,623 4,950,310 소득세 4,054,952,760 500,240,028 99,863,330 처분청은 96.4.25 청구법인이 기납부세액으로 신고한 위 104,813,640원중 청구법인 명의의 법인세로 원천징수된 4,950,310원만 환급결정하고 종전의 청구종중 대표자 개인 명의의 소득세로 원천징수된 99,863,330원에 대하여는 환급을 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.6.17 심사청구를 거쳐 96.10.2 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 94.12.22 세법 개정시 국세기본법 제13조 제2항 및 제3항이 신설되어 법인격없는 단체중 법인으로서의 사회적 실체성이 인정되고 일정한 요건을 갖춘 경우 납세자의 신청에 의하여 법인으로 볼 수 있는 근거규정이 마련되었고, 법인세법 제12조의 2의 개정규정에서도 종전에 일부 비영리 공익법인에 국한하여 설정할 수 있던 고유목적사업준비금이 모든 비영리법인으로 확대되어 비영리법인은 이자소득금액 전액에 대하여 고유목적사업준비금을 100% 설정하여 손금으로 인정받게 됨으로써 기 원천징수된 이자소득에 대한 법인세를 전액 환급받아 일정기간내 목적사업에 사용할 재원을 확충할 수 있도록 세제상 지원을 받게 되었는 바, 청구법인은 당초 소득세법상 1거주자인 종중으로서 이자소득에 대한 분리과세방법에 의한 완납적 원천징수로 납세의무를 이행하여 오다가 위 세법개정에 따른 세제지원을 받을 목적으로 인격을 법인으로 신청하여 처분청으로부터 승인받은 후, 가입당시 개인 명의로 되어 있던 예금명의를 청구법인 명의로 전환하고자 하였으나 금융기관의 내부규정상 개인 명의를 법인 명의로 변경하고자 하는 경우에는 이자손실을 감수하고 중도 해약후 재가입하여야 한다는 금융기관의 안내에 따라 막대한 이자수입 감소를 방지하기 위하여 부득이 만기가 도래하거나 기타 불가피한 사유로 중도해지하는 금융상품에 대하여는 재가입시 법인명의로 하고 나머지 기왕의 개인명의 금융상품은 그대로 유지하여 개인명의의 이자소득세로 원천징수된 것인 바, 국세기본법 제13조 제2항 후단에서 개인으로 보던 단체가 법인으로 전환된 경우에도 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다고 밝히고 있는 바와 같이 세법 적용에 있어서만 법인으로 보는 것일 뿐 청구종중의 단체로서의 실질이 변경된 것이 아닐 뿐만 아니라 쟁점이자소득을 청구법인의 수입이자로 계상하고 있으므로 청구법인이 법인으로 전환된 후 비록 종전의 종중개인 명의로 이자소득세로 원천징수된 것이라 하더라도 실질과세의 원칙상 기납부된 원천징수세액으로 법인세에서 공제하여 이를 환급하는 것이 타당하다(주청구).
(2) 설사 이자소득 발생 全기간에 대한 전체 이자소득에 대하여 기납부 법인세액으로 인정받지 못한다 하더라도 최소한 법인으로 승인받은 이후부터 만기 또는 중도 해약시점까지 법인으로 존속하여 온 기간분에 대하여 발생한 이자소득에 대하여는 기간별로 안분계산하여 기납부 법인세액으로 공제하여야 한다(예비청구).
3. 심리 및 판단
1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또 는 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것”이라고 규정하고 있다. 한편, 법인세법 제31조 제1항에서 제26조의 규정에 의하여 신고한 내국법인은 그 신고한 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준에 제22조의 규정을 적용하여 계산한 법인세액과 제22조의 2의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세액을 합한 세액에서 다음 각호의 법인세액(가산세액을 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업년도의 소득에 대한 법인세로서 당해 신고기간내에 정부에 납부하여야 한다고 규정하면서 그 제4호에서 제39조의 규정에 의하여 당해사업년도에 원천징수된 세액을 규정하고 있고, 같은법 제39조 제1항에서 소득세법 제142조 제1항 제1호의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다), 동법 제18조 제1항 제6호의 증권투자신탁수익의 분배금 또는 동법 제142조 제1항 제5호의 기타소득금액을 내국법인에게 지급하는 자(이하 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 정부에 납부하여야 한다(후단 생략)고 규정하면서 그 제1호에서 이자소득금액의 경우에는 100분의 20(단서 생략)이라고 규정하고 있으며, 같은법 제17조 제1항에서 내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다고 규정하면서, 그 구체적 손익의 귀속사업년도를 정하고 있는 같은법시행령 제36조 제1항 및 동항 제8호에서 위임을 받은 같은법시행규칙 제14조의 4 제2항에서 위 같은 시행령 제19조 제3항 각호의 금융기관등 외의 법인의 이자소득의 귀속사업년도는 대통령령 제14467호 소득세법시행령(94.12.31 개정) 제45조의 규정에 의한 수입시기가 속하는 사업년도로 한다고 규정하고, 위 소득세법시행령 같은 조에서 이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다고 하면서 그 제4호에서 보통예금·정기예금·적금 또는 부금의 이자의 경우 약정에 의한 이자지급일 등을, 그 제6호에서 신탁의 수익의 경우 수익계산기간의 만료일 등을 각 그 수입시기로 규정하고 있다.
(1) 청구법인은 88.10.26 OO시에 OO조씨 OO공 OO파 종중으로 등록된 종중으로서 95.3.8 처분청의 승인에 의하여 법인으로 전환된 사실, 법인으로 전환되기 전에는 소득세법상 거주자로서 그 대표자 명의로 납세의무를 이행하여 온 사실, 법인으로 전환된 최초 사업년도에 지급된 이자소득에 대하여 위 원처분개요중 “쟁점이자소득 및 원천징수 현황”표에 기재된 바와 같이 소득세 또는 법인세로 원천징수된 사실에 대하여는 종중등록증명서, 원천징수영수증, 법인세 과세표준금액 및 세액 경정결의서 등 관련서류에 의하여 확인되고 다툼이 없으며, 청구법인이 법인세 신고시 처분청에 제출한 최초 사업년도에 대한 재무제표에 의하면 쟁점이자소득금액에 대한 원금을 예금자산으로 계상하고 있고, 쟁점이자소득금액은 수입이자로 계상하고 있는 사실이 확인되고 있으며, 청구법인에게 쟁점이자소득금액을 지급한 금융기관의 지점장등이 확인한 바에 의하면 청구법인이 처분청으로부터 법인으로 승인받은 후 예금계좌 명의를 법인명의로 변경하여 법인세로 원천징수하여 줄 것을 요청하였으나 은행의 내부규정에 의하여 기가입상태에서 이자손실없이 계좌의 인격을 개인에서 법인으로 전환하는 것이 불가능하고 법인명의로 금융거래를 하려면 부득이 이자손실을 감수하고 중도해약한 후 재가입하여야 한다는 뜻을 표명하여 청구법인에서는 재가입분 금융상품부터 법인명의로 거래하였으며 기존의 금융거래분에 대하여는 가입당시의 인격에 의거 소득세와 동 소득할 주민세로 원천징수하였다고 확인하고 있고, 청구법인이 일부 가입하고 있는 가계금전신탁의 경우 한국외환은행 내부규정 제71조에 의하면 이 신탁의 수익자는 위탁자로 하고 실명의 개인에 한한다고 규정하고 있다.
(2) 법인격 없는 단체등에 대한 과세방법을 규정하고 있던 종전의 국세기본법(94.12.22 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 및 같은법시행령 제8조, 소득세법 제1조 제3항 및 같은법시행규칙 제2조의 규정 등을 종합하여 보면, 첫째, 국세기본법시행령 제8조 소정의 요건을 갖춘 법인격 없는 단체등은 법인으로 보아 과세하고 둘째, 첫째 방법의 법인으로 보는 외에는 개인으로 보아 과세하되 소득세법 제1조 제3항 소정의 요건을 갖춘 단체는 그 구성원과는 별개로 그 단체 자체를 1거주자로 보아 과세하며 셋째, 개인으로 보는 단체중 위 둘째 방법의 1거주자로 보는 단체외에는 그 구성원의 공동사업으로 보아 과세하는 등 법인격없는 단체등에 대하여 세법이 정한 일정 요건의 충족 여부에 따라 세 가지 유형으로 정부가 최종적으로 그 인격을 확정하여 과세하도록 하던 것을, 94.12.22 국세기본법 제13조 제2항을 신설시 법인격 없는 단체등이 일정 요건을 갖춘 경우에는 법인격을 선택하여 취득할 수 있도록 하면서 그 단서에서 이 경우 단체등의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다고 경과규정을 둔 것은 법인격 없는 단체등에게 세법상 그 구성원과는 독립된 사회적 실체로서 권리의무의 주체가 될 수 있도록 그 길을 열어 주는 한편, 종전의 개인으로서의 지위를 법인이 포괄적으로 승계하도록 한 데 그 입법취지가 있다 할 것이므로, 법인전환전 종중 개인 명의로 가지고 있던 쟁점예금 및 그 이자청구권은 법인전환과 동시에 청구법인에게 그대로 승계되고 법인전환후 실현된 이자소득은 그 예금주 명의가 개인인지 또는 법인인지 여부에 불구하고 청구법인에게 귀속된다 할 것이고, 또한 비록 쟁점이자소득이 청구종중 대표자 개인의 지위에서 예금에 가입한 시점부터 청구법인이 법인으로 전환된 이후 도래된 이자지급 시기까지 그 예치기간의 경과에 따라 발생된 것이기는 하나 손익의 귀속시기에 관하여 이른바 권리의무 확정주의를 취하고 있는 전시 법인세법 관련규정을 감안하여 보면 동 이자소득의 지급시기에 청구법인의 이자수입으로 확정된다 할 것인 바, 쟁점이자소득이 위와 같이 청구법인에 귀속되는 한 그 이자소득에 대한 원천징수세액 역시 그 실질적인 부담자는 청구법인이라 할 것이므로, 설사 청구법인이 법인으로 전환된 후 쟁점예금의 형식적인 명의변경 절차를 거치지 아니하여 그 이자지급시 청구종중 대표자 개인 명의의 소득세로 원천징수된 세액이라 할지라도 청구법인의 법인세 결정시 이를 기납부세액으로 공제하여 환급하는 것이 실질과세의 원칙상 타당한 것으로 판단된다. 이와 그 견해를 달리하면서 대표자 개인 명의로 원천징수된 것이라 하여 이를 법인세에서 기납부세액으로 공제할 수 없다는 처분청 및 국세청장 의견은 동일한 이자소득에 대하여 개인으로서 부담한 원천징수 소득세와 법인의 익금에 산입된 수입이자에 대한 법인세를 2중으로 과세하는 결과가 되어 부담의 공평 차원에서도 심히 그 균형을 잃은 처분이라 아니할 수 없다.
(3) 예비청구는 주청구가 인용되어 심리의 실익이 없으므로 그 판단을 생략한다.