[주 문] 강동세무서장이 청구인에게 1996.3.16자로 결정고지한 1990년 를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 0 청구인은 서울특별시 강동구 OO동 OOOOO OOOOO OOOOOO OO에 소재한 대한예수교 장로회 OO교회(이하 “청구교회”라 한다)의 목사이다. 처분청은 청구교회가 서울특별시 강동구 OO동 OOOOOO 대지 330.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1989.9.12 취득하여 1990.5.31 양도한 데 대하여 1996.3.16 쟁점교회의 목사인 청구인에게 1990년 귀속분 양도소득세 34,781,390원 및 동 방위세 6,956,270원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.5.15 심사청구를 거쳐 1996.8.27 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구교회는 교회를 건축하기 위해 쟁점토지를 매입하였으나 1982.10.28 잔금을 지급하고 교회명의로 등기이전 중 사기를 당하여 1982.11.24 서울 동부지원에 제소한 후 7년여가 지난 1989.3.14 대법원의 확정판결을 받아 1989.9.12 “대한예수교장로회 OO교회” 명의로 소유권을 이전하였으나 7년여 소송을 거치는 동안 교인의 수가 반으로 줄어 쟁점토지의 주위에 주택이 들어서서 교회신축이 어려워짐에 따라 교회부속주차장으로 사용하던 중 당회 등의 결의에 따라 쟁점토지를 양도하고 현위치로 이전하였다. 청구교회는 1979.5.13 교회설립 후 1982.6.29 민법 제32조의 규정에 의거 문화체육부 제454호로 설립 허가된 재단법인 대한예수교 장로회(합동측) 총회유지재단의 산하 서울동노회에 소속되어 선교활동을 해왔고 1989.9.1 강동구청에 종교단체로 등록(등록번호 OOOOOOOOOOO)하였으며 강동세무서 법인세과에서는 1991.7.31 청구교회를 법인격없는 사단·재단·기타 단체로 보아 납세고유법호(212-82-00900)까지 지정하여 통지한 바 있으므로 청구교회는 공익(종교의 보급 및 교화)을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 국세기본법에 의거 법인으로 보아 법인세법 제59조의2의 특별부가세(세율 25%)를 과세함이 타당하므로 이 건 양도소득세 과세는 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 청구교회가 법인으로 등기하지 않는 사실에 대하여는 다툼이 없다. 국세기본법에 의하면 법인격없는 사단·재단·기타단체가 『① 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단·기타단체로서 등기되지 않은 것 ② 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것』의 요건을 갖춘 경우에는 법인으로 보아 세법을 적용하도록 하고 있다. 청구교회의 경우 민법 제32조의 규정에 의하여 문화체육부장관의 허가를 받아 설립된 재단법인 대한예수장로회 총회 유지재단 산하 서울동노회 소속 교회임이 확인되고 있어 청구교회는 재단법인 대한예수교장로회 총회 유지재단에 소속된 교회이나 청구교회 단독으로는 법인으로 등기되지 아니하고 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되지 않았다. 또한 청구교회는 단체의 대표자 또는 관리인이 선임되어 있고, 이익의 분배방법 및 분배비율이 정하여져 있지 아니하므로 1거주자로 보아야 하는 것이므로 종교법인이 고유목적 사업에 사용한 토지 등의 특별부가세 감면규정은 적용되지 아니한다 하겠으며, 쟁점교회를 1거주자로 보아 양도소득세 과세한 당초처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구교회를 법인으로 볼 수 있는지 여부
- 나. 관련법령 국세기본법 제13조 제1항에서는 “법인격이 없는 사단·재단·기타단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이법과 세법을 적용한다”고 규정하고 있으며 동 법 시행령 제8조에서는 “법 제13조 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 사단·재단·기타단체는 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단·기타단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것”이라고 규정하고 있다. 소득세법 제1조 제3항에서 “법인격 없는 사단·재단·기타단체중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 외의 단체로서 그 단체의 대표자 또는 관리인이 선임되어 있고, 이익의 분배방법 및 분배비율이 정하여져 있지 아니한 경우에는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다”고 규정하고 있다.
- 다. 사실 및 판단 청구교회가 1979.5.13 교회를 개척 설립한 후 1982.6.29 민법 제32조에 의거 법인설립허가를 받은 재단법인 대한예수교 장로회(합동측) 총회 유지재단의 산하 서울동노회에 소속되어 선교활동을 하여 온 사실이 문화체육부장관의 법인설립허가서 소속증명서 등에 의하여 확인되고 있으며 청구교회는 1989.9.1 부동산등기법 제41조의 2의 규정에 근거하여 강동구청의 종교단체 등록대장에 등재되었고 강동세무서 법인세과에서 1991.7.31자로 비영리법인의 납세고유법호를 부여하여 통지한 사실도 확인되고 있다. 한편, 청구교회가 1982년도에 쟁점토지를 교회건축부지로 매입하여 건축을 추진해 오다가 대법원 판결에 의하여 1989.9.12 청구교회 명의로 소유권이 전등기한 후 교회신축이 어려워짐에 따라 교회부속주차장으로 사용하였다가 1995.5.31 양도한 사실이 대법원 판결내용(87다카 1574, 1989.3.14 선고), 교회요람, 교회주보(1989.8.20～1991.1.1) 및 쟁점토지 매도 및 대토구입과 관련한 당회회의록(1989.8.20자)등에 의하여 나타나고 있다. 위와 같은 사실에 비추어 판단해 볼 때 청구교회 개별교회를 주무관청의 허가를 받아 설립된 단체나 주무관청에 등록한 단체로 보기는 어렵지만 청구교회는 공익을 목적으로 출연한 기본재산이 있는 단체로 보는 것이 타당한 것으로 판단되며(국세기본법 기본통칙 1-4-02....13등 참조), 따라서 청구교회와 같이 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단은 등기되지 아니하더라도 국세기본법시행령 제8조 제2호에 해당되어 법인으로 보는 단체에 해당되고 이 건과 같이 교회신축을 목적으로 취득한 토지를 고유목적인 교회신축에 직접 사용하지 않고 양도한 경우의 소득은 특별부가세가 과세되는 것이 타당한 것이므로(국세청예규 법인 1264.21-2782, 1983.8.10자등 같은 뜻임) 청구교회를 거주자로 보고 대표자에게 양도소득세를 과세한 당초처분은 부당한 것으로 판단된다. 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.