구공장의 양도가 조세감면규제법 제67조의 12의 규정에 의하여 양도소득세가 전액 면제되는 경우인지 여부 (신공장의 취득가액이 구공장의 양도가액을 초과하는 것인지 여부)(취소)

[주 문] 도봉세무서장이 ’96.2.16 청구인에게 한 ’90년도 귀속분 양도 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구인은 조명기구 제조업을 영위하는 개인사업자로서 경기도 포천군 군내면 OO리 OOOOOO, 공장용지 3,176㎡ 및 공장건물 989.4㎡(이하 “구공장”이라 한다)를 ’87.11.13 취득하여 가동하다가 공장이전 목적으로 ’90.8.2 양도한 후 ’91.5.31 양도소득 확정신고시 구공장의 양도가액을 180,000,000원(검인계약서상 거래금액)으로 하고, 이전할 공장의 취득예정가액을 200,000,000원으로 하여 조세감면규제법 제67조의 12의 규정에 의거 양도소득세 면제신청을 하였으며, ’91.7.11 경기도 양주군 은현면 OO리 OOOOO 소재의 공장용지 3,698㎡ 및 공장건물 1,143.5㎡(이하 “신공장”이라 한다)를 다시 취득하여 현재까지 사업을 계속 영위하고 있다. 처분청은 구공장 양도에 대하여 기준시가로 과세하면서 구공장 양도가액 및 신공장 취득가액을 검인계약서상의 거래가액(구공장 양도가액: 180,000,000원, 신공장 취득가액: 102,996,000원)으로 결정하여 조세감면규제법 제67조의 12 제1항 및 같은법 시행령 제55조의 10 제1항 제2호의 규정에 의거 신공장 취득가액이 구공장 양도가액에서 차지하는 비율(57.22%)에 해당하는 양도소득세는 감면하고 나머지 ’90년도 귀속분 양도소득세 24,522,540원 및 동 방위세 4,904,500원을 ’96.2.16 청구인에게 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’96.4.10 심사청구를 거쳐 ’96.7.19 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청은 구공장 양도가액과 신공장 취득가액을 검인계약서에 기재된 거래가액으로 결정하여 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 구공장은 대지면적이 3,176㎡로서 실지양도가액이 222,000,000원이며 신공장은 대지면적이 3,698㎡로서 실지취득가액이 230,000,000원인 바, 이와 같이 신공장은 구공장에 비하여 대지면적과 그 가액이 크므로 이러한 경우 조세감면규제법상 구공장 양도에 대하여 양도소득세가 전액면제되는 경우에 해당하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 구공장의 양도가액이 222,000,000원이고 신공장의 취득가액은 230,000,000원이라는 주장이나 이에 대한 구체적인 증빙자료(금융자료 등)의 제시가 없어 이를 신빙성 있는 것으로 보기 어렵고, 청구인이 양도소득세 신고시 제시한 구공장과 신공장의 양도 및 취득시의 매매계약서(검인계약서)에 의하면 구공장의 양도가액은 180,000,000원으로 되어 있고, 신공장의 취득가액은 102,996,000원으로 되어 있어 처분청이 동 매매계약서에 기재된 거래가액에 의해 감면율을 계산하여 과세한 것은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 구공장의 양도가 조세감면규제법 제67조의 12의 규정에 의하여 양도소득세가 전액 면제되는 경우인지 여부 (신공장의 취득가액이 구공장의 양도가액을 초과하는 것인지 여부)
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제67조의 12 제1항(’91.12.27 개정전의 것)에서 『개인이 2년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위 안의 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세를 면제한다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제55조의 10 제1항(’91.12.31 개정전의 것) 본문에서 『법 제67조의 12 제1항의 규정에 의하여 면제하는 세액은 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액중 적은 금액으로 한다.』고 규정하면서, 그 제1호에서 『면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액』이라고 규정하고 있으며, 그 제2호에서 『면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액』이라고 규정하고 있는 바, 이와 같이 신공장의 대지면적과 가액이 구공장의 대지면적과 가액을 초과하는 경우에는 구공장의 양도에 대한 양도소득세가 전액 면제되는 것임을 알 수 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 구공장 양도에 대한 양도소득세를 감면한 내용을 보면, 공장의 대지면적을 기준으로 감면율(신공장 대지면적 / 구공장 대지면적)을 계산하는 경우, 신공장의 대지면적(3,698㎡)이 구공장의 대지면적(3,176㎡)보다 커서 감면율이 100%이고, 공장의 가액을 기준으로 감면율(신공장 취득가액 / 구공장 양도가액)을 계산하면, 신공장의 취득가액(102,996,000원)이 구공장의 양도가액(180,000,000원)보다 적어 감면율이 57.22%로 되어 이러한 경우 조세감면규제법 시행령 제55조의 10 제1항의 규정에 의거 위 2개의 감면율 중 감면율이 낮은 57.22%를 적용하여 감면세액을 산정하였으며, 처분청에서 감면율을 계산하면서 신공장 취득가액을 102,996,000원으로 하고, 구공장의 양도가액을 180,000,000원으로 한 근거를 보면, 실지거래가액이나 장부가액 등을 조사하여 밝혀진 가액이 아니고 신공장 및 구공장의 소유권이전등기 신청시 작성한 검인계약서에 기재된 거래금액을 적용한 것임이 이 건 과세자료에 의해 확인된다.

(2) 청구인이 증빙자료로 제시한 구공장 양도 및 신공장 취득시의 일반매매계약서 원본에 의하면, 구공장 양도가액은 222,000,000원으로 되어 있고, 신공장 취득가액은 230,000,000원으로 되어 있으며, 또한 신공장의 장부상 취득가액은 245,782,350원(취득부대비용 포함)으로 되어 있어 신공장 취득가액이 구공장 양도가액을 초과하는 것으로 나타나고 있으며, 한편, 구공장 및 신공장의 가액을 기준시가로 비교하여 보면, 구공장의 양도가액은 182,017,311원이고 신공장의 취득가액은 218,682,600원으로 나타나고 있어 기준시가에 의한 가액의 경우도 신공장 취득가액이 구공장 양도가액을 초과하는 것으로 되어 있는 바, 이와 같이 청구인이 주장하는 구공장 및 신공장에 대한 실지거래가액과 기준시가에 의한 가액 등을 비교하여 볼 때, 적어도 신공장 취득가액이 구공장 양도가액보다는 높았던 것으로 보인다.

(3) 일반적으로 부동산거래를 할 때 작성하는 검인계약서는 거래당사자간의 소유권이전등기신청의 편의를 위하여 실제거래내용과는 다르게 거래금액 등을 기재하는 것이 상례인 점으로 미루어 보면, 처분청이 위 검인계약서상의 거래금액을 근거로 하여 구공장 양도에 대한 양도소득세 감면율을 계산한 것은 타당성이 있다고 보기 어렵다. 위와 같이 처분청이 구공장 양도에 대한 양도소득세 감면율을 산정하면서 계산근거로 삼은 검인계약서상의 거래금액은 실제거래내용을 반영한 가액으로는 볼 수 없고, 구공장 양도 및 신공장 취득시 작성한 일반매매계약서상의 거래금액과 기준시가에 의한 가액을 보면, 모두 신공장의 취득가액이 구공장의 양도가액보다는 더 높았던 것으로 확인되므로 구공장 양도에 따른 양도소득세는 전액 감면되어야 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.