구 조세감면규제법시행령 제2조 제2항(95.12.30 개정전)의 규정에 의거 중소기업의 업종별 자산총액의 규모기준(250억원)을 초과하여 중소기업으로 의제되고 있는 법인이 위 자산총액 규모기준을 초과하여 중소기업으로 의제되고있는 다른 법인을 흡수합병하는 경우 이를 중소기업으로 보아 조세감면규제법령상 세액감면등의 조세특례규정을 적용할 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 이천세무서장이 95.12.1 청구법인에 한 94.1.1-94.12.31 사업년 도분 법인세 1,010,865,350원 및 농어촌특별세 20,313,810원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구법인은 주류제조업을 영위하는 법인으로서 93사업년도말 현재 자산총액이 356억원으로 중소기업기본법시행령 별표2에서 규정하는 중소기업 업종별 자산총액의 규모기준인 250억원을 초과하는 상태에서 93사업년도말의 자산총액이 271억원으로 위 중소기업 자산총액 규모기준을 초과하는 청구외 주식회사 OOOO(이하 “청구외법인”이라 한다)을 93.12.31 흡수합병 한 후 94.1.1-94.12.31 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액신고시 조세감면규제법 제7조의 규정에 의한 중소제조업에 대한 특별세액감면을 적용하여 95.3.30 아래와 같이 신고하였다. * 청구법인 신고 및 처분청 경정내용 (단위:원) 구분 신고(A) 경정(B) 증감(B-A) 당기순이익 8,069,962,476 8,069,962,476

• 소득 조정 익금산입 7,317,222,558 7,500,067,971 182,845,413 손금산입 1,460,236,575 1,460,236,575

• 소득금액 13,926,948,459 14,109,793,872 182,845,413 공제감면세액 779,401,296

• △779,401,296 처분청은 청구법인의 경우 중소기업자산총액 규모기준인 250억원을 초과하여 중소기업으로 의제되고 있는 법인들간에 합병한 경우로서 이러한 경우 구 조세감면규제법시행령 제2조 제2항(95.12.30 개정전)에서 규정한 중소기업으로 볼 수 없다 하여 중소제조업에 대한 세액감면등 조세감면규제법령상의 조세특례를 배제하고 95.12.1 청구법인에 94.1.1-94.12.31 사업년도분 법인세 1,010,865,350원 및 농어촌특별세 20,313,810원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.1.22 심사청구를 거쳐 96.5.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 구 조세감면규제법시행령 제2조 제2항에서 『중소기업이 규모의 확대, 다른 중소기업과의 합병으로 인한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도 개시일부터 2년간은 중소기업으로 본다』고 규정하고 있는 바, 청구법인과 같이 93사업년도말에 중소기업기본법시행령에서 정하는 자산총액의 규모기준을 초과하는 법인이 다른법인을 흡수합병하는 경우 동 규정을 배제한다는 예외규정을 두지 않고 있으므로 청구법인을 94사업년도까지는 중소기업으로 보아야함에도 처분청에서 청구법인을 94사업년도부터 일반법인으로 보아 중소제조업에 대한 조세감면규제법령상 조세특례규정을 배제하여 법인세등을 과세함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 구 조세감면규제법시행령 제2조 제2항에서 규정하는 『중소기업자가 다른 중소기업자와의 합병의 사유로 중소기업자가 아닌 자로 된 때』의 중소기업자는 중소기업기본법 제2조 제1항에서 규정하는 업종별 종업원수기준 및 자산총액 기준이내의 중소기업자를 말하는 것으로서 (국세청 법인 46012-3517, 94.12.22. 같은뜻임) 청구법인은 93.12.31일 현재 자산총액이 356억원으로 중소기업의 업종별 자산총액의 규모기준(250억원)을 초과하여 중소기업기본법 제2조 제1항에서 규정하는 중소기업자가 아니며 또한 청구법인이 흡수합병한 청구외 법인도 93.12.31일 현재 자산총액이 271억원으로 위 중소기업업종별 자산총액의 규모기준을 초과하여 중소기업기본법 제2조 제1항에서 규정하는 중소기업자가 아니다. 따라서 구조세감면규제법시행령 제2조 제2항에서 규정한 『중소기업이 중소기업기본법 제2조 제2항에 규정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도 개시일로부터 2년간 중소기업으로 본다』는 규정은 중소기업자가 아닌 청구법인이 중소기업자가 아닌 청구외법인을 흡수합병한 경우에는 적용되지 아니하므로 처분청이 중소제조업에 대한 조세감면규제법령상 조세특례규정을 배제하고 과세함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 구 조세감면규제법시행령 제2조 제2항(95.12.30 개정전)의 규정에 의거 중소기업의 업종별 자산총액의 규모기준(250억원)을 초과하여 중소기업으로 의제되고 있는 법인이 위 자산총액 규모기준을 초과하여 중소기업으로 의제되고있는 다른 법인을 흡수합병하는 경우 이를 중소기업으로 보아 조세감면규제법령상 세액감면등의 조세특례규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제7조(중소제조업에 대한 특별세액감면) 제1항(94.12.22 개정전) 본문에서『제조업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다』고 규정하고 있고, 구 조세감면규제법시행령 제2조(중소기업의 범위) 제1항(95.12.30 개정전)에서『“중소기업”이라 함은 제조업·광업·건설업·운수업·수산업·도매업·소매업·부가통신업, 제6조 제2항의 규정에 의한 엔지니어링사업에 해당하는 건축·공학 및 기술검사서비스업, 제6조 제3항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(이하 “중소기업해당사업”이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 상시 사용하는 종업원수가 300인(건설업의 경우에는 200인, 도매업 및 소매업의 경우에는 20인)이하인 기업을 말하되, 중소기업기본법시행령 별표 1에 규정된 업종(중소기업 해당사업의 업종에 한한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업인 경우에는 동표의 기준에 해당하는 기업(중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 소기업의 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 당해 기업의 자산총액이 중소기업기본법시행령 별표2에 규정된 업종별 자산총액의 규모기준을 초과하는 기업은 이를 중소기업으로 보지 아니한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항(95.12.30 개정전)에서『제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 중소기업기본법 제2조 제2항의 규정에 의한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도 개시일부터 2년간은 중소기업으로 본다』고 규정하고 있다. 한편, 중소기업기본법 제2조(중소기업자의 범위) 제1항에서는『이 법에 의하여 국가시책의 대상이 되는 중소기업자는 소기업자와 중기업자로 구분하되, 그 구분기준은 별표와 같다. 다만, 업종의 특성과 자산규모등을 참작하여 대통령령으로 구분기준을 달리할 수 있다』고 규정하고 있고, 같은조 제2항(95.1.5 개정전)에서『제1항의 경우에 중소기업자가 그 규모의 확대, 다른 중소기업자와의 합병 기타 대통령령이 정하는 사유로 중소기업자가 아닌 자로 된 때에는 그 사유가 발생한 년도의 다음년도로부터 3년간은 이를 중소기업자로 본다』고 규정하고 있으며, 같은법시행령 별표2(업종별자산총액의 규모기준)에서 음식료품제조업의 경우 자산총액이 250억원이내의 경우에 중소기업의 범위에 해당하는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 청구외법인의 각 사업년도말 현재의 자산총액의 변동내역을 보면 대차대조표등 재무제표에 의해 다음과 같이 확인된다. (단위: 억원) 구 분 ’92년 ’93년 ’94년 비 고 합병전 합병후 청 구 법 인 청구외법인 225 224 356 271 627

• 983

• 청구법인이 93.12.31 청구외 법인을 흡수합병 위와 같이 청구법인과 청구외법인은 92사업년도 까지는 자산총액이 250억원 미만으로서 구조세감면규제법 시행령 제2조 제1항 및 중소기업기본법시행령 별표 2의 규정에 의한 중소기업에 해당되나 93사업년도에는 자산총액이 250억원을 초과하게 되어 구조세감면규제법시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 93 및 94사업년도의 2개 사업년도의 경우는 양 법인의 합병전 상태에서 각각 중소기업으로 의제되는 사업년도 이었음을 알 수 있다.

(2) 청구법인이 청구외법인을 흡수 합병한 날은 93.12.31로서 처분청은 청구법인 및 청구외법인 모두 중소기업으로 의제되고 있는 기간중에 합병된 경우로 이러한 경우 위 구조세감면규제법 제2조 제2항의 규정에 의한 의제 중소기업으로 볼 수 없다하여 청구법인의 94사업년도 법인세의 세액감면등을 배제한 것이다.

(3) 중소기업 의제에 관한 관련규정의 개정내용을 보면, 95.12.30 개정전의 구조세감면규제법 시행령 제2조 제2항의 규정과 95.1.5 개정전의 구 중소기업기본법 제2항의 규정에서 당해 중소기업이 그 규모의 확대, 다른 중소기업과의 합병으로 인하여 자산총액이 250억원을 초과하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세년도 개시일부터 2년간은 중소기업으로 보도록 되어 있고, 95.12.30 개정후의 조세감면규제법 제2조 제2항의 규정과 95.1.5 개정후의 중소기업기본법 제2조 제3항 및 중소기업기본법시행령 제5조 제1호(95.7.1 개정)의 규정에서는 당해 중소기업이 그 규모의 확대등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 과세년도 개시일부터 2년간은 중소기업으로 보도록 되어 있으나 중소기업외의 기업과의 합병 또는 중소기업으로 의제되고 있는 기업과의 합병의 경우는 중소기업으로 보지 아니하는 것으로 되어있다. 이와 같이 이 건 청구법인의 94사업년도의 경우에 적용되던 구조세감면규제법시행령 제2조 제2항은 중소기업으로 의제되고 있는 법인간에 합병할 경우 이를 중소기업으로 볼 수 없다는 명문규정이 없고, 96.1.1이후 개시되는 사업년도부터 적용되는 조세감면규제법시행령 제2조 제2항의 단서(95.12.30개정)에서 비로소 중소기업으로 의제되고 있는 법인간에 합병할 경우에 중소기업에서 제외한다는 규정을 명문화 하였다. 살피건대, 조세감면규제법령상 중소기업에 대한 조세지원은 중소기업의 구조개선과 경쟁력강화등을 통한 성장발전을 촉진하고자 하는데 그 취지가 있다 할 것인바, 구 조세감면규제법시행령 제2조 제2항에서 당해 중소기업이 규모의 확대 및 합병으로 중소기업 자산총액의 규모기준(250억원)을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 2년간은 중소기업으로 의제하도록 되어있고 청구법인과 청구외법인의 경우처럼 중소기업으로 의제되고 있는 중소기업간에 합병하는 경우 이를 중소기업에서 제외한다는 명문규정이 없을 뿐만 아니라 의제중소기업의 합병전 당초 의제기간에 대한 기득권보호측면등을 감안할때 의제중소기업간에 합병한 경우라 하더라도 당초 의제기간 동안에는 중소기업으로 보아 조세지원에 관한 규정을 적용함이 타당하다 할 것이다. 위에서 본바와 같이 청구법인의 경우 청구외법인간의 합병시점(93.12.31) 부터 다시 기산하여 2년동안 중소기업으로 보기는 어렵다 하더라도 당초 중소기업의제기간인 94사업년도말 까지는 중소기업으로 보아야 할 것이므로 처분청이 의제중소기업간에 합병하였다는 이유만으로 세액감면등 조세특례규정을 배제하고 과세한 것은 잘못이라 하겠다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.