[주 문] 원주세무서장이 1995.7.1 청구법인에게 결정고지한 1989.10. 1～1990.9.30 사업년도분 법인세 1,061,652,500원 및 동 방위세 162,763,560원의 과세처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분개요 청구법인은 강원도 원주시 OO동 OOOO에서 OO상사주식회사라는 상호로 장류 제조업 및 부동산임대업을 영위하는 법인으로서 서울특별시 강서구 OO동 OOO 외 41필지의 잡종지 43,939㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 보유해 오던중, 1971.7.19 개정 시행된 구 하천법(법률 제2292호)의 규정에 의하여 쟁점토지중 39필지가 1981.11.2부터 1983.1.20까지의 사이에 국 명의로 소유권보존등기 되고 나머지 3필지는 1990.3.16 국 명의로 소유권이전등기 된 후, 청구법인은 관리청인 서울특별시가 서울민사지방법원에 공탁한 쟁점토지의 손실보상금을 1990.3.12 수령한 사실이 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 손실보상금을 지급받은 1990.3.12에 쟁점토지의 실질적인 소유권이전이 있은 것으로 보아 1995.7.1 청구법인에게 1989.10.1～1990.9.30 사업년도분 법인세 1,090,728,190원 및 동 방위세 167,221,200원을 결정고지하였다가 1995.10.17 위 세액을 법인세 1,061,652,500원 및 동 방위세 162,763,560원으로 오류정정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1995.8.29 이의신청 및 1995.11.9 심사청구를 거쳐 1996.1.22 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 쟁점토지는 법률에 의하여 국유화되었으므로 양도시기는 하천법이 개정·시행된 1971.7.19이고 법인세법의 규정에 의하여 보는 경우에도 쟁점토지중 대부분의 토지는 등기접수일인 1981년～1983년이 양도시기이므로 이 건 과세처분은 국세부과제척기간이 도과된 처분으로서 부당한 처분이고 또한 쟁점토지는 하천법의 규정에 의하여 국유로 되었으므로 구 조세감면규제법(1990.12.31 법률 제4285호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의거 조세감면대상이며, 이 경우 법정기한내에 특별부가세 감면신청서를 제출하지 않았더라도 감면요건에 해당되면 특별부가세를 면제하는 경우에 해당되므로 당초처분은 취소되어야 한다.
- 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점토지의 양도시기를 구 하천법의 법률시행일인 1971.7.19자를 쟁점토지의 양도시기로 하여야 한다고 주장하나 이를 세법상 양도시기로 규정한 조항이 없고, 청구법인은 소득세법시행령 제53조의 규정을 들어 쟁점토지가 국가(건설부) 명의로 소유권이전등기가 된 1981년～1983년간을 양도시기로 보아 이 건 과세처분은 이미 국세부과제척기간이 경과된 처분으로서 부당하다고 주장하나 쟁점토지는 구 하천법 제3조의 규정에 의거 하천구역으로 편입되어 대가 지불없이 국가가 일방적으로 국가소유로 취득등기한 것이므로 국가징발권의 한 형태이고 이를 양도로 볼 수 없으며, 이 건 쟁점토지가 국가로 등기될 당시에는 유상으로 이전되지 않은 상태이고 청구법인이 쟁점토지의 보상금을 수령하였을 때 비로소 유상양도된 것으로 보아야 하고, 토지수용법 또는 기타 법률의 규정에 의한 수용으로서 당해토지의 보상금을 공탁하는 경우의 양도시기는 보상금의 공탁일이라는 유권해석도 있으며, 청구법인도 쟁점토지의 보상금을 수령하기 전까지는 쟁점토지를 법인소유 자산으로 회계처리하고 있다가 보상금 수령후 법인소유 자산에서 제외한 점 등으로 보더라도 쟁점토지의 양도시기를 보상금이 공탁된 1990.3.12자로 보는 것이 타당하고 쟁점토지는 1989.5.4 건설부고시 제220호에 의하여 OO지구 택지예정지구로 편입되어 서울특별시 도시개발공사가 손실보상을 위한 보상금을 1990.3.12자 공탁한 것이므로 구 조세감면규제법 제60조 제1항 제3호 및 같은법시행령 제49조 제1항 제1호에 의한 감면대상에 해당되나 위 감면은 같은법 제60조 제3항에 의하여 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용하도록 되어 있으므로 청구법인의 주장은 이유없으며 당초 결정이 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 이 건 심판청구는 구 하천법의 규정에 의하여 국유로 된 토지의 양도시기를 보상금 수령일로 보아 과세한 처분의 당부에 대하여 다툼이 있다.
- 나. 관련법령 법인세법 제59조의2 제1항은 『특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리(...........)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다』고 규정하고 있고 같은조 제4항은 『토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있으며 같은법시행령 제124조의2 제11항은 『법 제59조의2 제4항의 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용한다』고 규정하고 있다. 소득세법시행령 제53조 제1항 본문은 『법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다』고 규정하고 있고 그 제1호에서 제5호까지에는 『대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우』등에 대하여 열거하고 있다. 법인세법 제59조의2 제2항은 『제1항에서 “양도”라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도·교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (이하 생략)』고 규정하고 있다. 한편 하천법 제2조 제1항 제1호는 『“하천”이라 함은 공공의 이해에 밀접한 관계가 있는 하천으로서 대통령령으로 그 명칭과 구간이 지정된 것을 말한다』고 규정하고 있고, 같은법 제3조는 『하천은 이를 국유로 한다』고 규정하고 있으며 같은법 부칙(1971.1.19 법률 제2292호로 개정된 것) 제1항은 『이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다』규정하고 있고 1984.12.31 개정된 같은법 부칙(법률 제3782호) 제2조 제1항은 『이 법 시행전에 토지가 제2조 제1항 제2호 가목에 해당되어 하천구역으로 되었거나, 1971.1.19 공포된 법률 제2292호의 시행으로 제외지안에 있던 토지가 국유로 된 경우에는 관리청이 그 손실을 보상하여야 한다』고 규정하고 있다.
- 다. 하천부지 국유화에 따른 손실보상금 수령일을 양도시기로 보아 과세한 처분의 당부 쟁점토지는 1935년경 조선총독부가 한강본류 좌안에 양천제를 축조함에 따라 그 제방으로부터 하심측에 위치하게 되어 제외지안의 토지로 되었고 1971.7.19 개정시행된 구 하천법(법률 제2292호) 제3조의 『하천은 이를 국유로 한다』는 규정에 의거 하천구역에 편입되어 1981.11.2부터 1983.1.20까지 쟁점토지중 39필지의 토지가 국 명의로 보존등기 되었고 나머지 3필지의 토지는 1990.3.16 국 명의로 소유권이전등기 되었으며 이에 따른 손실보상금은 하천법중 개정법률(1984.12.31 법률 제3782호로 개정된 것) 부칙 제2조 및 법률 제3782호 하천법중개정법률부칙 제2조의 규정에 의한 하천편입토지의 보상에 관한 규정(1986.6.12 대통령령 제11919호로 공포된 것, 이하 “하천편입토지 보상 규정”이라 한다)에 근거하여 쟁점토지의 관리청인 서울특별시장이 1990.3.12 서울민사지방법원에 공탁하였고 청구법인은 공탁된 손실보상금을 이의제기를 유보하고 동일자에 수령한 것으로 되어 있다. 법인세법 제59조의2 제2항에 의하면 “양도”라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도·교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있는 바, 쟁점토지는 1971.7.19 구 하천법(법률 제2292호)의 개정시행에 따라 국유로 됨에 따라 국가는 쟁점토지를 원시취득하였으나 당시 하천법에는 국유화에 대응한 손실보상 규정이 없었고 또한 실제로도 당시에 보상금이 지급된 바도 없기 때문에 청구법인은 쟁점토지의 소유권을 대가없이 상실한 것으로 판단된다. 위 하천법은 1984.12.31에 이르러 부칙(법률 제3782호) 제2조에 토지국유화에 따른 손실을 보상하도록 규정하였고 1986.6.12 하천편입토지 보상 규정을 제정하였으며 청구법인은 1990.3.12 서울민사지방법원에 공탁된 하천편입토지의 손실보상금을 수령하였지만 이는 쟁점토지 소유권 상실후의 하천편입토지의 손실보상청구권에 대한 손실보상금이고 쟁점토지가 유상으로 소유권이전된 것은 아니라고 본다. 따라서 청구법인이 쟁점토지를 양도한 것으로 볼 수 없으므로 위 손실보상금 수령에 대해 청구법인이 소득세법 제142조 제1항 제5호의 기타 소득금액을 지급받은 것으로 보아 과세하는 것은 별론으로 하고 쟁점토지를 1990.3.12 양도한 것으로 보아 청구법인에게 법인세(특별부가세)를 부과한 과세처분은 잘못된 것으로 판단된다.
- 마. 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.