공부상 농지(전)이지만 청구인이 직접 자경하지 아니한 쟁점토지의 양도소득에 대한 양도소득세를 감면하는 경우 농어촌특별세도 비과세되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 77.1.1.(의제 취득일)에 취득한 경기도 의정부시 OO동 OOOOO 전 9,843㎡ 중 ½지분 4,921.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 94.12.30. 의정부시에 협의 양도하고 95.2.2. 94년도분 양도소득세 74,655,330원을 신고 납부하였다. 처분청은 쟁점토지를 자경농지로 인정하지 아니하고 농어촌특별세의 과세대상에 해당하는 것으로 보아 95.9.16. 청구인에게 94년 귀속분 양도소득세분 농어촌특별세 44,431,460원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.10.31. 심사청구를 거쳐 96.1.10. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 의정부시에 협의양도하고 양도소득세 산출세액의 70%를 감면받았는 바, 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항에 의하면 조세감면규제법에 의하여 양도소득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세를 비과세한다고 규정되어 있으므로 쟁점토지에 대한 농어촌특별세를 과세한 이 건 처분은 부당하며, 국세청은 94.12.30. 예규를 통하여 청구인과 같은 경우에 비과세된다고 밝힌 후 95.5.31. 자 예규는 농어촌특별세가 부과되는 것으로 해석하였고, 국세기본법 기본통칙 2-2-02...18에 의하면 “새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다”고 규정하고 있으며, 청구인의 경우 납세의무성립일은 94.12.31. 이므로 위 국세기본통칙에 의하여 95.5.31. 자 국세청장의 예규는 납세의무성립일 이후 것이며 적용될 여지가 없으므로 95.5.31. 자 예규를 적용한 이 건 처분은 소급과세에 해당하고 국세기본법의 신의성실원칙에 반하는 것으로 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 농어촌특별세의 비과세는 조세감면규제법의 규정에 의하여 양도소득세 감면되는 토지로서 조세감면규제법 제55조(자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제) 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 농지세 과세대상인 토지에 한하여 적용되는 것인 바(재일 46014-11720, 95.7.8. 같은 취지임) 쟁점토지를 청구인이 직접 자경하지 아니하였음이 의정부시 공영개발사업소의 영농보상비 지급명세서에 의하여 확인되는 이 건의 경우 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 감면분에 농어촌특별세를 과세한 처분청의 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 공부상 농지(전)이지만 청구인이 직접 자경하지 아니한 쟁점토지의 양도소득에 대한 양도소득세를 감면하는 경우 농어촌특별세도 비과세되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 농어촌특별세법 제2조 제1항 및 제3조 제1호에서 “조세감면규제법등에 의하여 소득세등을 감면받은 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다”고 규정하고 있고, 같은법 제4조 제2호 및 같은법시행령 제4조 제1항 제1호에서는 “농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 토지”를 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용당함으로 인하여 얻은 소득에 대한 양도소득세를 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하여 감면받은 경우에는 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있다.

(2) 한편, 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항에서는 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다.

• 다. 사실 및 판단

(1) 쟁점토지는 94.9.14. 의정부 OO지구 택지개발인가된 구역내에 편입된 토지로서 94.12.30. 의정부시에 협의양도하였고, 이에 따라 발생한 소득에 대한 양도소득세는 조세감면규제법령의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 70이 감면된 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 의정부시의 쟁점토지에 대한 지장물조사대상, 영업손실보상 대장 등에 의하면 쟁점토지에 세입자인 청구외 OOO가 비닐하우스를 설치하여 화원을 영위하는 등 OOO를 실 경작자로 인정하여 청구외 OOO에게 95.7.1. 농작물에 대한 보상금 3,300,000원을 지급한 사실이 확인되는 바, 쟁점토지는 청구인이 OOO에게 화원으로 임대한 것이므로 자경하지 아니한 사실은 분명하다.

(3) 위 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정은 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세 대상에 해당되고 93.12.31. 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세등의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우에 그 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 비과세한다는 의미인 바, 이 건의 경우 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 농지가 아닌 전으로서 그 양도소득세 감면은 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 비과세 대상에 해당되지 아니하므로 위 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 적용대상이 아니다.

• 라. 결론 이상의 법령의 규정 및 사실을 종합해 볼 때, 쟁점토지에 대한 양도소득세가 감면되므로 자경농지에 해당여부에 관계없이 농어촌특별세가 비과세되어야 한다거나 이건이 소급과세에 해당한다는 청구인의 주장은 법령 해석의 오해에서 비롯된 것으로 이유없고, 처분청의 과세처분은 적법 타당하며, 따라서, 위 부과처분의 취소를 구하는 이 건 심판청구는 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.