대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세등 감면에 있어서 공장용지와 공장건축물중 일부를 임대하다가 양도한 경우 임대공장건물부분에 상당한 공장입지기준 면적에 대하여 감면을 배제한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판OO를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 OO법인은 충북 음성군 삼성면 OO리 OOO(이하 “신공장”이라 한다)에 본점 및 제조장을 둔 법인으로서 93.5.12 대구광역시 북구 OO동 OOOOO외 35필지 공장용지 16,815㎡ 및 공장건물 6,642.25㎡(이하 “구공장”이라 한다) 중 공장용지 5,085㎡ 및 공장건물 6,642.25㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 같은시 서구 OO동 OOOOOO 소재 주식회사 OO(이하 “OO외법인”이라 한다)에게 5,760,000,000원을 매매대금으로 하여 양도하고 93.1.1.～93.12.31 사업년도분 법인세 신고시 대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세 등 1,893,993,886원을 감면신청한 것에 대하여 처분청은 OO법인이 구 공장 중 임대부동산을 88년 6월부터 쟁점부동산의 양도일까지 임대하였고 나머지 공장건물 3,465㎡만 OO법인의 제조업에 직접 사용하다가 쟁점부동산을 양도하였으므로 제조업에 직접 사용되는 공장건물면적(3,465.45㎡)에 의하여 산출한 공장입지 기준면적(7,623.99㎡)이 제조업해당 공장용지면적(16,815㎡)에서 차지하는 비율(55.91%)을 쟁점부동산 중 제조업해당분 공장용지(4,890.3㎡)에 직접 적용한 기준면적(2,734.17)과 쟁점부동산의 공장용지 면적(5,085㎡)에 대한 비율을 법인세와 특별부가세의 산출세액에 적용한 1,519,605,824원을 감면세액으로 하고 93년 귀속분 법인세 182,259,870원 및 특별부가세 276,440,266원 합계 458,700,253원을 95.10.16일 결정고지하였다. OO인은 이에 불복하여 95.12.13 심사OO를 거쳐 96.4.2 심판OO를 제기하였다.

2. OO주장 및 국세청장 의견

• 가. OO주장 처분청에서는 대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세 등 감면에 있어서 구 공장의 전체 건물면적중 임대부분의 건물면적을 제외하고 제조업에 직접 사용되는 공장건물면적에 의하여 공장입지 기준면적을 계산하여 총 공장용지면적 중 기준면적이 차지하는 비율을 쟁점부동산의 공장용지 면적에 안분계산하여 감면세액을 산출하였으나, OO법인의 경우 구 공장을 취득하여 14년 동안 제조업에 직접사용하다가 경기침체로 부득이 경영개선의 일환책으로 재조업을 영위하는 OO외 21인에게 일부부동산을 임대하다가 92.7월부터 동년 12월까지 임대차계약을 해지하고 원상회복하여 본래용도대로 사용중 OO외 법인에게 구공장 중 일부인 쟁점부동산을 93.5.12일 양도하였는 바, 중소제조업체의 제조공장으로 임대하였다고 하여 『공장』의 형태가 바뀐 것도 아니며 감면대상자인 『대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 자기 계산하에 직접 영위한 사업자』의 지위가 바뀐 것이 아니고 일부 임대공장 면적을 감면대상에서 배제한다는 규정이 없는 이상 의심스러운때는 국고불이익으로 하여야 한다는 세법 해석원칙으로 보아도 감면대상 기준면적에 포함하여 감면세액을 계산하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견

(1) 대도시안의 공장을 지방으로 이전하는 경우 동 공장에 양도에 따른 법인세 및 특별부가세를 감면하고 있으나, 제조공장의 경우 지방세법 제84조의 4 제3항 제6호에 규정하는 『공장입지 기준면적』을 초과하는 부분에 대하여는 대도시안의 공장을 지방으로 이전하는 경우에는 감면을 배제하고 있음을 알 수 있고

(2) 처분청에 의하면 OO법인이 구공장중 임대부동산을 88년6월부터 쟁점부동산의 양도일까지 OO외 21인에게 임대하고 있었음을 알 수 있으며

(3) 타인에게 임대하던 공장을 지방으로 이전하는 경우 대도시안의 공장을 지방으로 이전하더라도 공장 양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세의 감면을 배제하도록 하고 있으며(통칙 2--12-10···42)

(4) 『임대하던 공장』이란 『제조장 단위로 독립된 공장을 임대하는 것을 말한다고 유권해석을 하고 있으며(국세청 법인 22601-3607, 1988.12.9)

(5) 조세감면규제법 시행규칙 제13조의2에서 『공장입지 기준면적』을 계산시 제조공장으로 한정하고 있는 바, 이건과 같이 대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세등 감면에 있어서 공장용지와 공장건축물 중 일부는 임대하고 나머지는 OO법인의 제조업에 사용하다가 공장용지와 공장건축물을 양도한 경우 OO법인의 임대에 사용하던 임대부동산의 공장건축물 3,176.8㎡는 OO법인이 제조업에 사용하던 제조공장으로 볼 수 없으므로『공장입지 기준면적』계산시 공장건축물에 연면적에서 제외되어야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세등 감면에 있어서 공장용지와 공장건축물중 일부를 임대하다가 양도한 경우 임대공장건물부분에 상당한 공장입지기준 면적에 대하여 감면을 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구조세감면규제법 제42조(공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제)제1항에서 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받은 이전보상금에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다”고 규정하고 제2항에서 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제36조 제1항에서 “법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액을 면제대상소득에 대한 산출세액의 이전후의 공장(이하 “신공장”이라 한다)의 가액이 이전전의 공장 (이하 “구공장”이라 한다)의 가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이경우 구공장 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의합계액으로 하고, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이번비용과 토지·건물 및 긱계장치의 장부가액의 합계액으로 한다”고 규정하고 제6항에서 “구공장 또는 신공장의 대지가 재무부령이 정하는 공장입지 기분면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 제1항 내지 제5항 및 법 제42조의 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제13조의2(공장입지기준면적0에서 령 제36조 제6항에서 “재무부령이 정하는 공장입지기준면적”이라 함은 다음 각호의 면적을 말한다

1. 제조공장의 경우에는 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호의 공장입지기준면적

2. (생략) 라고 정하고 있다. 또한 지방세법시행령 제84조의 4(법인의 비업무용 토지의 범위) 제3항에서 다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1.-5 생략

6. 공장용 건축물의 부속토지로서 내무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 토지라고 규정하면서 같은법시행규칙 제46조의5에서 령 제84조의 4 제3항 제6호에서 “내무부령이 정하는 공장입지 기준면적”이라 하은 별표4의 공장입지 기준면적을 말한다 고 규정하고 별표4에서 공장입지 기준면적 = 공장건축물연면적÷품목별 기준공장면적율이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 임대에 사용하였던 공장건축물 3,176.8㎡을 제외하고 OO법인이 제조업에 직접 사용하였던 공장건축물면적에 의하여 산출한 공장입지 기준면적이 OO법인의 제조업 해당 공장용지면적에서 차지하는 비율을 쟁점부동산의 제조업 공장용지에 적용한 기준면적과 쟁점부동산의 공장용지 비율로 법인세와 특별부가세의 산출세액에 안분하여 감면하였는 바, OO인은 일부 임대하였으나 원상회복하여 본래용도로 사용중 양도하고 일부임대공장면적을 제외한다는 규정이 없으므로 감면대상에 포함하여야 한다는 주장인 바, 이 건 양도경위를 보면 OO법인은 74년 구공장을 취득하여 전체를 OO법인이 제조업에 직접 사용중 88.6월부터 구공장의 건물 일부인 3,176.8㎡를 OO외 21인에게 임대하다가 92.7.1 쟁점부동산을 OO외 법인에게 양도하기로 매매계약을 체결한 후, 임차인과 임대차계약을 해지하고, 93.5.12 쟁점부동산을 양도하고 구공장으로 이전하였음이 관련서류에 의하여 확인된다.

(2) 대도시안의 공장의 지방이전을 위한 구공장의 양도에 따른 조세감면은 대도시안에 있는 공장의 지방으로의 이전을 축진하는 한편 공장시설을 이전한 이후에도 계속적인 공장운영을 지속할 수 있도록 공장시설의 이전을 지원하려는데 그 입법취지가 있고, 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항에서 규정하는 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인”이라 함은 이전하는 다해 공장시설의 소유자로서 그 공장시설을 이용한 사업을 자기의 계산아래 직접 영위한 사업자를 말하는 것이므로 당해 공장시설의 소유자로 하더라도 그 공장시설을 이용한 사업을 자기의 계산아래 직접 영위하지 아니한 공장시설의 임대인은 여기에 포함되지 아니한다고 할 것이다(같은 뜻 대법 87누 745, 88.3.8).

(3) 그렇다면 대도시안의 공장 지방이전에 따른 구공장건물의 일부를 임대하였을 경우 임대부분에 대하여는 법인세 등 감면이 배제되어야 할 것이므로 이건의 경우와 같이 OO법인이 직접 제조업에 사용하지 아니하고 임대하던 부분에 대하여 법인세 등 감면을 배제하고 OO법인이 직접 사용하던 공장건물의 기준면적에 대하여만 조세감면한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판OO는 OO주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.