실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다가 기준시가로 수정신고한 경우 실지거래가액으로 과세한 것이 적법한 처분인지 여부(취소)

[참조결정] 국심1996부2077

[주 문] OO세무서장이 96.8.16 청구인에게 한 94년도 귀속분 양도 소득세 588,839,880원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 90.2.14 서울특별시 동대문구 OO동 OOOOOO 대지 457㎡ 및 여관용 건축물 847㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 94.12.20 충청북도 중원군 양성면 OO리 OOOOO 대지 3,275㎡ 및 호텔용 건축물 2,989㎡(이하 “쟁점외 부동산”이라 한다)와 교환양도하고 95.5.31 양도가액 800,000,000원 및 취득가액 585,000,000원을 실지거래가액으로 하여 양도소득과세표준확정신고를 하였다가 95.12.20 기준시가(양도가액 1,269,664,580원, 취득가액 849,855,600원)로 수정신고하였다. 처분청은 청구인이 실지거래가액으로 신고하였다가 기준시가로 수정신고한 것은 양도차익 계산방법의 변경신고로서 이는 국세기본법 제45조 제1항의 수정신고에 해당되지 아니한다고 보아 조사확인한 양도가액 1,800,000,000원 및 취득가액 585,000,000원을 실지거래가액으로 하여 96.8.16 청구인에게 94년도 귀속분 양도소득세 588,839,880원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.8.28 심사청구를 거쳐 96.12.9 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 이 건 수정신고는 94.12.22 개정된 국세기본법 제45조 제1항 제1호의 규정에 의하여 적법한 신고에 해당되고, 또한 당초 신고한 실지거래가액이 사실과 다름이 처분청의 조사내용에 의하여 확인되므로 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세함이 타당하므로 처분청의 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 국세청 예규(재일 46014-1554, 96.6.28)에 의하면 양도차익의 계산방법을 변경하는 것은 국세기본법상 수정신고 대상에 해당되지 아니하는 것으로 되어 있고, 또한, 쟁점부동산의 교환계약서등에 의하면 쟁점부동산의 실지거래가액이 확인되므로 처분청의 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다가 기준시가로 수정신고한 경우 실지거래가액으로 과세한 것이 적법한 처분인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 구 소득세법 제23조 제4항 제1호 및 제45조 제1항 제1호 가목과 같은법 시행령 제170조 제4항 제2호 및 제3호(93.12.31 개정된 것)의 규정을 종합하여 보면, 자산양도차익을 결정함에 있어서 취득 및 양도가액은 기준시가에 의함이 원칙이되, 다만, 부동산의 취득 및 양도경위와 이용실태등에 비추어 투기성이 있는 거래로 인정되거나 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 실지거래가액에 의하여 신고한 경우에는 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있으며,

(2) 국세기본법 제45조(94.12.22 개정) 제1항 제1호의 규정에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 관할 세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 있고, 또한 같은법 부칙 제1조 및 제4조에서 위 제45조의 개정규정은 이 법시행(95.1.1)후 최초로 수정신고하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.

• 다. 사실 및 판단

(1) 청구인이 90.2.14 쟁점부동산을 취득하여 94.12.20 쟁점외 부동산과 교환양도하고 95.5.31 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득과세표준확정신고를 하였다가 95.12.20 기준시가로 수정신고한 데 대하여, 처분청은 동 수정신고가 신고기한내에 이행된 것이나 그 내용이 양도차익 계산방법의 변경에 관한 사항으로서 이는 국세기본법 제45조 제1항에서 규정한 수정신고에 해당되지 아니한다고 보아 실지거래가액에 의하여 이 건 양도소득세를 과세하자, 청구인은 위의 수정신고가 적법한 신고에 해당되므로 기준시가로 과세함이 타당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(2) 소득세 처럼 정부가 과세표준과 세액을 결정하는 때에 납세의무가 확정되는 조세에 있어서는 납세자의 신고내용에 따라 조세채권이 확정되는 것이 아니므로 양도소득세의 경우 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고 또는 과세표준수정신고는 모두 법적으로는 납세자의 의사표시에 불과한 것으로 볼 수 있고, 또한 국세기본법상 소득세의 경우에도 수정신고를 할 수 있도록 명문규정을 두고 있는 점등에 비추어 볼 때 수정신고는 납세자의 당초 신고당시 의사표시를 정정할 수 있는 기회를 부여해 준 것으로 볼 수 있으므로, 이 건과 같이 과세표준수정신고를 하면서 당초 신고시의 의사표시를 정정하여 기준시가에 의하여 양도차익을 결정받겠다는 의사표시를 명백히 표명한 납세자에게 수정신고대상이 아니라고 제한적으로 해석하는 것은 수정신고제도의 취지에 어긋나는 불합리한 점이 있다 할 것이다.

(3) 소득세법상 양도소득세의 경우 기준시가에 의한 양도차익 결정을 과세원칙으로 규정하면서 기준시가에 의한 과세방법과 실지거래가액에 의한 과세방법을 납세자가 선택할 수 있도록 규정하고 있는 상황에서 납세자가 과세표준확정신고시 실지거래가액으로 신고하였다는 이유만으로 수정신고에 의하여 밝혀진 납세자의 의사에 반하여 실지거래가액으로 과세하는 것은 과세형평상 타당치 아니하며, 또한 어느 방법이 유리한지 모르고 신고한 납세자에게 있어서 신고내용이 사실과 다른 경우에는 결과적으로 유리한 기준시가 과세가 가능하나 신고내용이 사실인 경우에는 기준시가에 의한 과세가 불가능하다면 성실한 자가 불이익 받는 결과를 초래하여 불합리한 점이 있으므로 양도소득세의 경우 납세자의 선택사항으로 되어 있는 과세방법의 변경은 수정신고대상으로 보는 것이 합당하다 하겠다(국심 96부2077, 97.1.3, 같은 뜻임).

(4) 이 건 수정신고분이 적용되는 94.12.22 개정 국세기본법 제45조 제1항 제1호의 규정에 의하면 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 수정신고대상에 해당된다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 당초 실지거래가액으로 신고한 양도차액 215,000,000원이 기준시가로 수정신고한 양도차액 419,800,000원에 미달하므로 95.12.20 청구인의 수정신고는 적법한 수정신고에 해당된다 하겠다.

(5) 위의 법령 및 사실을 종합하여 볼 때 청구인이 95.12.20 기준시가로 신고한 수정신고가 적법한 신고에 해당되므로 수정신고내용 대로 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.