금융업을 영위하는 청구법인이 계열법인에게 전산프로그램개발을 위탁하고 지출한 전산프로그램개발비가 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제대상이 되는지 여부(경정)

[주 문] 중부세무서장이 96.5.16. 청구법인에 경정고지한 93사업연도 (1.1.～12.31.: 이하 같다)분 법인세 729,422,790원 및 94사업 연도분 법인세 354,177,160원의 부과처분은 청구법인이 당해 각 사업연도중에 청구외 주식회사 OOO시스템에 전산프로 그램개발을 위탁하고 각각 지급한 용역비 93사업연도분 721,080,000원 및 94사업연도분 535,941,250원에 대한 “기술 및 인력개발에 대한 세액 공제”를 하여 그 세액을 각각 경정 한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 금융업을 영위하는 상장법인으로서 법인세 신고시에 당시에 시행중인 구 조세감면규제법 제17조 또는 개정후 조세감면규제법 제9조에 규정하는 “기술 및 인력개발비에 대한 세액공제”로 93사업연도(1.1.～12.31.: 이하 같다) 및 94사업연도에 각각 210,352,750원, 75,758,120원을 공제하고 법인세를 납부하였다. 처분청은 금융업을 영위하는 법인이 업무능률 향상이나 대고객 서비스개선을 위한 프로그램개발을 위탁하고 지급한 용역비는 기술 및 인력개발비 세액공제대상이 아니라 하여 위 세액공제를 부인하고, 또한, 감가상각비 한도초과액 및 비업무용부동산 관련지급이자 등을 손금불산입하여 96.5.16. 청구법인에게 93사업연도분 법인세 729,422,790원, 94사업연도분 법인세 354,177,160원을 각각 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.7.10. 심사청구를 거쳐 96.11.9. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 조세감면규제법 제9조 및 동 시행령 제9조의 규정에 의하면 제조업·광업 또는 금융·보험업 등의 사업을 영위하는 법인이 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용으로서 기술개발비, 기술개발용역비 등 기술 및 인력개발비에 대하여는 세액공제를 하도록 규정하고 있고, 청구법인이 지급한 이 건 전산프로그램개발비는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조(종전의 시행규칙 제3조의 3)에 의거 과학기술처 장관의 인가를 받은 연구개발부서를 보유한 기업에게 전산프로그램을 위탁하고 지출한 비용으로서 세액공제대상이 되는 비용이다. 국세청의 유권해석(법인 22601-1189, 92.5.30.) 및 재정경제원의 유권해석(조세 46070-310, 96.10.14. 청구법인이 질의한 것임)을 보면, 금융업을 영위하는 법인도 연구개발전담부서를 보유한 법인에게 지출한 비용에 대하여는 기술 및 인력개발 세액공제가 가능함을 알 수 있는 바, 처분청이 세액공제를 인정하지 아니한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 금융업을 영위하는 법인이 동 법인의 연구개발 전담부서의 근무요원에게 지급하는 인건비 및 전담부서에서 사용하는 전산용품의 구입비, 전산개발용 기자재의 임차 및 유지에 소요되는 비용은 조세감면규제법 관련규정에 의한 기술 및 인력개발세액공제를 받을 수 없는 것이며(재경원 조세 46019-28, 93.1.21. 같은 뚯임), 금융업을 영위하는 법인이 연구개발 전담부서에 전산프로그램을 위탁함에 따라 지출한 비용 또한 기술 및 인력개발 세액공제를 받을 수 없다고 해석(국세청 법인 46012-2201, 94.8.1.)되는 바, 청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로서 청구법인이 계열사인 청구외 (주)OOO시스템에 지급한 전산프로그램 개발 위탁용역비는 기술 및 인력개발세액 공제 대상이 아니므로 처분청의 이 건 과세는 정당한 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 금융업을 영위하는 청구법인이 계열법인에게 전산프로그램개발을 위탁하고 지출한 이 건 전산프로그램개발비가 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제대상이 되는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관계법령

(1) 93.12.31. 개정된 조세감면규제법 제9조 제1항에서는 “제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다”고 규정하고 있고, 제2항에서는 “제1항의 규정을 적용받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업은 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제9조 제1항 및 제8조 제1항 제5호의 규정에 의하면 “금융·보험업(법인세법 시행령 제37조의 2에 규정된 법인에 한한다)”은 같은 법 제9조 제1항에서 말하는 “대통령령이 정하는 사업”에 해당되는 것으로 규정하고 있으며, 또한, 동 시행령 제9조 제2항에서는 『법 제9조 제1항에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표 4의 비용을 말한다』고 규정하고 있다. 조세감면규제법 시행령 별표4의 내용을 보면 기술개발비로서 위탁 및 공동기술개발의 경우 “국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서”에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용은 기술·인력개발세액공제를 적용 받는 비용으로 규정하고 있다. 한편, 같은 법 시행령 제7조 제1항에서는 “전담부서”에 대하여 규정하고 있는 바, 『영 별표 3의 1 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “재무부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의 3에 규정된 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다』 고 규정하고 있다.

(2) 93.12.31. 개정되기 전 조세감면규제법 제17조 및 동 시행령 제14조, 동 시행규칙 제6조에서는 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제에 대하여 규정하고 있으며, 세액공제대상이 되는 비용은 위에서 본 93.12.31. 개정된 같은 법 제9조 및 동 시행령 제9조 등에서 규정하고 있는 것과 같은 것이다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 금융업을 영위하는 내국법인으로서 금융업은 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하는 기술 및 인력개발세액공제를 받을 수 있는 사업에 해당된다.

(2) 청구외 (주)OOO시스템은 조세감면규제법 시행규칙 제7조 제1항에 규정하는 “기술개발촉진법 시행규칙 제3조의 3에 규정된 기업의 연구개발전담부서”를 보유한 기업에 해당된다.

(3) 청구법인이 ’93사업연도에 721,080,000원, ’94사업연도에 531,945,250원의 전산프로그램 위탁개발비를 청구외 (주)OOO시스템에 지급한 사실이 있고, 92.12.28. 한국산업기술진흥협회장이 발급한 연구개발전담부서 확인서에 의하면 위 청구외법인의 업무개발부는 기술개발촉진법시행규칙 제3조의 3 제2항 및 과학기술처공고 제91-6호에 의한 연구개발전담부서(신고연월일: 92.12.3.)임이 확인되고 있다.

(4) 위 사실관계에 관계법령을 적용하면, 청구법인이 청구외 (주)OOO시스템에 전산프로그램개발을 위탁하고 지출한 비용은 같은 법 시행령 제9조 제1항 및 “별표 4”에 해당하는 비용임을 알 수 있는 바, 이 건 기술 및 인력개발비는 조세감면규제법 제9조에서 규정하는 “기술 및 인력개발에 대한 세액공제”대상이 되는 것으로 판단된다.(재정경제원 조세 46070-310, 96.10.14. 같은 뜻임)

• 라. 결론 따라서, 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.