청구법인을 교회로 볼수 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 96.4.17 청구인에게 결정고지한 90년도분 양도소득 세 76,165,500원 및 동 방위세 15,233,100원(96.5.15 양도소득세 38,099,932원으로 감액경정됨)은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 양천구 OO동 OOOOOO OOOOO OO OO 소재 예수교 대한OO교회 OO교회(구 명칭은 OOOO교회이며 이하 “쟁점교회”라 한다)의 목사인 바, 처분청은 청구교회가 서울특별시 양천구 OO동 OOOOO 대지 225㎡를 79.8.15 취득하고, 같은곳 OOOOO 대지 172㎡, 같은곳 OOOOO 대지 139㎡ 및 위 지상 교회건물 218.68㎡(이하 대지·건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 83.4.29 취득하여 쟁점부동산을 90.8.21 청구외 (주)OOOOOOO에 양도한 사실에 대하여 96.4.17 쟁점교회의 목사인 청구인에게 90년도분 양도소득세 76,165,500원 및 동 방위세 15,233,100원(96.5.15 쟁점부동산중 OO동 OOOOO 및 OOOOO 소재 대지에 대한 취득시기를 당초 79.8.2에서 83.4.29로 정정하고 쟁점부동산중 토지에 대한 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 38,099,932원으로 감액경정고지함)을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.6.13 심사청구를 거쳐 96.9.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산을 79.8.15 취득하여 쟁점교회로 사용하여 오던중 (주)OOOOOOO에게 반강제로 90.8.21 양도하게 된 것이며, 쟁점부동산을 양도하고 91.11.14 쟁점교회를 세법상 법인으로 보아 처분청에 법인세 과세표준 및 세액신고 납부를 이행하였는데 5년이 지난 96.4.17 처분청에서 다시 청구인에게 양도소득세가 결정고지되었는 바, 종교의 보급과 교화를 목적으로 세워진 비영리단체인 쟁점교회가 주무관청의 허가를 받아 설립된 단체가 아니라고 해서 쟁점교회 소유인 쟁점부동산에 대한 양도차익에 대하여 청구인을 납세의무자로 하여 과세함은 부당하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

3. 국세청장 의견 쟁점교회는 국세기본법 및 시행령에서 규정하는 주무관청의 허가를 받아 설립한 사단·재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것이거나 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것에 해당되어 법인으로 보는 법인격이 없는 사단·재단에 해당되지 아니하므로 청구인이 시무하는 교회를 개인으로 보아 쟁점부동산을 양도한 것에 대하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

• 가. 청구교회를 법인으로 볼 수 있는지에 그 쟁점이 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제13조 제1항에서는 “법인격이 없는 사단·재단·기타단체중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이법과 세법을 적용한다”고 규정하고 있으며 동법시행령 제8조에서는 “법 제13조 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 사단·재단·기타단체는 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단·기타단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것”이라고 규정하고 있다. 소득세법 제1조 제3항에서는 “법인격 없는 사단·재단·기타단체중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체외의 단체로서 그 단체의 대표자 또는 관리인이 선임되어 있고, 이익의 분배방법 및 분배비율이 정하여져 있지 아니한 경우에는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다”고 규정하고 있다.

• 다. 심리 및 판단 쟁점교회는 주변에 OOOOOOO공사가 진행되자 부득이 90.7.5 쟁점부동산을 (주)OOOOOOO에 555,000,000원에 양도하는 계약을 체결한 후 같은해 8.21 소유권이전등기를 해주었고, 같은해 90.7.15 서울특별시 양천구 OO동 OOOOOO OOOOO OO OO 243.67㎡를 750,000,000원에 취득하기로 약정하고 같은해 8.31 쟁점교회 명의로 소유권이전등기하여 교회를 이전한 사실이 있으며, 91.11.14 쟁점교회는 처분청에 쟁점부동산 양도에 대한 특별부가세를 조세감면규제법 제67조의 14 제1항 제2호의 규정에 의하여 감면신청하고 특별부가세분 방위세는 할증하여 7,874,136원을 신고납부하였고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 쟁점교회는 89.3.22 민법 제32조의 규정에 의하여 문화체육부로부터 설립허가된 재단법인 예수교 대한OO교회 유지재단 산하 서울서지방회 소속 교회임이 문화체육부장관의 법인설립허가서·소속증명서등에 의하여 확인되고 있으며, 쟁점교회는 부동산등기법 제41조의 2의 규정에 근거하여 양천구청에 종교단체로 등록(등록번호 OOOOO-OOOOO)된 사실이 확인된다. 쟁점교회가 법인인지 여부를 살펴보면, 쟁점교회 개별교회를 주무관청의 허가를 받아 설립된 단체나 주무관청에 등록된 단체로 보기는 어렵지만, 교회가 그 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 부동산이 있을 경우 이를 공익을 목적으로 출연한 기본재산이 있는 단체로 보는 것이 타당한 것으로 판단되며(국세기본법 기본통칙 1-4-02…13 참조), 따라서 쟁점교회와 같이 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단은 등기되지 아니하더라도 국세기본법 시행령 제8조 제2호(공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것)에 해당되어 법인으로 보는 단체로 보아야 할 것이다. 그러므로 쟁점부동산의 양도에 따른 소득은 특별부가세가 과세되는 것이 타당한 것이므로 청구인을 교회의 대표자로 보아 양도소득세를 과세한 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.