[요지] 이자소득은 이를 당해 사업년도의 익금에 산입하고, 같은금액을 지급준비금으로 손금산입하여야 하며, 이 건 원천징수된 법인세는 당해 사업년도 법인세결정시 기납부세액으로 공제환급하는 것이 타당함
[요지] 이자소득은 이를 당해 사업년도의 익금에 산입하고, 같은금액을 지급준비금으로 손금산입하여야 하며, 이 건 원천징수된 법인세는 당해 사업년도 법인세결정시 기납부세액으로 공제환급하는 것이 타당함
[주 문]
1. 서대문세무서장이 1996.4.19 청구법인에게 1995.1.1～12.31 사업년도분 법인세 24,828,030원의 환급을 거부하여 그 과세 표준과 세액을 결정한 처분은 당해 사업년도중 법인세 원천 징수세액중 20,788,540원을 기납부세액으로 공제하여 이를 경 정한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각한다
[이 유]
1. 원처분개요 청구법인은 청구법인의 1995.1.1～1995.12.31 사업년도에 대한 법인세신고를 하면서 1995.5.1 청구법인(OOOO의료보험조합, 이하 “합병법인”이라 한다)에 흡수합병된 OO건설의료보험조합(이하 “피합병법인”이라 한다)의 의제사업년도인 1995.1.1～1995.4.30 사업년도에 대한 이자소득을 합병법인인 청구법인에 합산하여 신고하고 피합병법인이 원천징수당한 법인세 4,039,490원을 포함하여 465,779,930원을 환급청구하였으나, 처분청은 피합병법인의 원천납부세액에 대해서는 처분청이 납세지가 아니라는 사유로 이를 환급거부하였고, 나머지 청구법인의 원천납부세액에 대해서는 청구법인이 고유목적사업준비금을 과소 설정하였다는 사유로 설정된 고유목적사업준비금에 100분의 20(원천징수세율)을 곱한 원천납부세액인 440,951,900원만을 환급결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1996.6.15 심사청구를 거쳐 1996.9.20 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
1. 청구법인의 1995사업년도의 원천납부세액을 이자소득으로 환산한 금액과 청구법인이 신고한 이자수입금액과 일치하지 않는 사유는 청구법인이 이자소득을 발생주의 원칙에 따라 기간이 경과함에 따라 수입계상하였으나 원천징수는 이자소득을 지급받을 때 당하여 그 차이에 기인된 것으로 청구법인의 1995사업년도에 과소 설정된 것으로 된 고유목적사업준비금은 전사업년도에 과다 설정된 금액이므로 처분청이 1995사업년도의 원천납부세액 중 고유목적사업준비금이 설정되지 않았다고 환급하지 않은 세액은 추가로 환급되어야 한다.
2. 청구법인은 피합병법인을 흡수합병하여 그 권리의무를 승계하였으므로 피합병법인이 원천징수당하였으나 아직 환급되지 않는 법인세액 4,039,490원도 환급되어야 한다.
1. 현행 법인세법상 일반적으로 이자소득의 귀속시기는 이자소득이 확정된 날이라고 할 수 있는 바, 이를 구체적으로 본다면 소득세법시행령 제45조에 규정된 이자수입시기, 즉 무기명 공채·사채 등의 이자는 그 지급을 받은 날, 또는 원본에 전입한 날, 해약의 경우 해약일 등이 될 것이고, 법인세법 제39조 규정에 의하면 원천징수의 시기는 소득세법 제131조 규정등에 정한 시기로 규정하고 있으므로 이자소득의 귀속시기와 원천징수 시기는 일치한다 할 것이고, 또한 비영리법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금을 계상한 경우에 한하여 이를 손금에 산입하는 것이고 동 준비금을 손금으로 계상하지 않은 이자수입에 대해서는 법인세를 과세하는 것이나 비영리법인의 경우 분리과세를 선택할 수 있으므로 청구법인이 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 않은 이자수입금액은 원천징수로서 그 납세의무를 종료하였다 할 것이므로 처분청이 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 않은 이자수입의 원천납부세액에 대하여 이를 환급하지 않은 당초처분은 달리 잘못이 없다.
2. 청구법인은 처분청에 피합병법인의 납세자 변경신고를 한 사실이 없는 것으로 확인되고 있어 법인세법상 처분청은 피합병법인의 납세자가 아니므로 피합병법인의 원천납부세액은 처분청이 환급할 세액이 아니어서 당초처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
1. 이자소득만 있는 비영리내국법인이 기업회계기준에 따라 수익을 인식하여 회계처리하고 법인세 과세표준신고를 하였을 경우에 세무회계처리시와 차이가 나는 이자소득에 대한 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하지 아니한 처분의 당부
2. 피합병법인이 납세지 변경신고를 하지 아니하고 합병법인의 납세지에 법인세를 환급신청한 경우 이를 적법한 신청으로 볼 수 있는 것인지 여부
1. 법인세법 제9조 제1항에서 『내국법인의 각사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 제외한 금액으로 한다』고 규정하고 있고, 같은 법 제12조 제4항에서 『의료보험·연금관리·공제사업 기타 공익목적사업을 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 이자소득(증권투자신탁수익의 분배금을 포함한다)을 그 법인의 고유목적사업에 충당하기 위하여 지급준비금을 설정한 경우에는 대통령령이 정하는 금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다』고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제16조 제8항 제1호에서 『법 제12조 제4항에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 다음 각 호의 법인을 말한다.
1. 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험·연금관리 및 공제사업을 영위하는 비영리법인』이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제16조 제9항에서 『법 제12조 제4항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 당해년도 중에 발생한 소득세법 제17조 제1항 제1호 내지 제10호의 규정에 의한 금액을 말한다』고 명시하고 있으며, 같은 법 제26조 제1항에서 『납세의무있는 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은 법 제27조 제1항 및 제2항에서 『비영리법인은 이자소득에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니하며, 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다』고 명시하고 있으며, 공익법인의 설립운영에관한법률시행령 제22조 제1항에서는 『공익법인에 관한 회계는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 그 사업의 경영성과와 수지상태를 정확하게 파악하기 위하여 모든 회계거래를 발생의 사실에 의하여 기업회계의 원칙에 따라 처리한다』고 명시하고 있다.
2. 법인세법 제7조 제6항에서는 “법인의 납세지가 변경된 때에는 그 변경된 날부터 15일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 변경후의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다”라고 규정하고 있고 동 제7항에서는 “제6항의 신고가 없는 경우에는 종전의 납세지를 그 법인의 납세지로 한다”라고 규정하고 있다. 또한 동법 시행규칙 제2조 제3항에서는 “내국법인이 사업년도 기간중에 합병으로 인하여 소멸한 경우에 합병등기일이 속하는 각 사업년도의 소득 및 청산소득에 대한 피합병법인의 법인세납세지는 합병 후 존속하거나 합병으로 인하여 설립한 법인의 납세지로 할 수 있다”라고 규정하고 있고 동 제4항에서는 “제3항의 규정에 의하여 납세지를 변경할 경우에는 법 제7조 제6항의 규정에 의하여 그 변경후의 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다. 이 경우 납세지의 변경신고를 받은 세무서장은 그 신고받은 내용을 변경전의 납세지 관할세무서장에게 통보하여야 한다”라고 규정하고 있다.
1. 첫째, 청구법인의 1989사업년도～1995사업년도의 과세표준신고 내용을 살펴보면
① 청구법인은 비영리법인에게 지급하는 이자소득에 대하여 과세로 전환한 1989.1.1 이후 법인세법 제26조의 규정한 신고납부방법에 의하여 이자소득에 대하여 일관되게 발생주의로 계상하여 이를 전액 과세표준으로 하여 신고하여 왔으며,
② 같은 법 제12조 제4항 및 동법 시행령 제16조 제9항에 의하여 이자소득금액 전액을 『지급준비금』으로 설정하여 고유목적사업에 이용한 사실이 청구법인이 우리 국세심판소에 제출한 관련회계장부 및 수익증권통장에 의하여 확인되고 있으므로,
③ 청구법인이 이자소득에 대한 과세표준신고를 함에 있어서 법인세법 제26조 규정에 의한 『신고납부방법』과 같은 법 제27조 규정에 의한 『원천분리과세방법』중에서 『신고납부방법』을 선택하여 계속적·반복적으로 과세표준을 신고한 것으로 인정된다. 둘째, 청구법인이 발생주의에 의하여 계상한 수입이자액과 법인세법상 수입이자가 확정되는 사업년도의 수입이자액에 대하여 살펴보면,
① 1989～1995년에는 발생주의에 의한 수입이자는 1989년 363,641,726원, 1990년 571,522,364원, 1991년 877,743,945원, 1992년 1,222,414,352원 합계 3,035,322,387원이고, 수입이자가 확정되는 사업년도의 수입이자는 1989년 295,770,604원, 1990년 554,993,674원, 1991년 636,847,900원, 1992년 887,165,500원 합계 2,374,777,678원이 되어 1989～1992년에는 발생주의에 의한 수입이자가 660,544,709원이 더 많고,
② 1993～1995년에는 발생주의에 의한 수입이자는 1993년 1,397,454,793원, 1994년 1,597,520,966원, 1995년 2,204,769,419원, 합계 5,199,745,178원이고, 수입이자가 확정되는 사업년도의 수입이자는 1993년 1,554,937,307원, 1994년 1,951,623,226원, 1995년 2,328,904,789원, 합계 5,835,465,322원이 되어 1993～1995년에는 수입이자가 확정되는 사업년도의 수입이자가 635,720,144원이 더 많은 사실을 알 수 있다.
③ 위와 같이 사업년도에 따라 발생주의에 의하여 계상한 수입이자액과 법인세법상 수입이자가 확정되는 사업년도의 수입이자액간에 차액이 발생하는 이유는 수익의 인식시기가 서로 다르기 때문으로 인정된다. 셋째, 청구법인이 1995사업년도 과세표준신고시 환급신고한 법인세에 대하여 살펴보면,
① 1995사업년도분 확정이자중 단기수익증권이자 11,468,230원(이자발생기간 1994.1.30～1995.2.25)에 대하여는 당해 펀드설정일인 1.29에 결산하여 이자를 지급하고 이자수입에 대한 법인세를 원천징수하였고, 장기수익증권이자 2,142,858,213원(이자발생기간 1993.12.6～1994.12.5)에 대하여는 당해 펀드설정일인 12.5에 결산하여 이자를 지급하고 이자수입에 대한 법인세를 원천징수하였으며, 예금이자 등 174,578,346원에 대하여는 12.31에 이자를 지급하고 이자수입에 대한 법인세를 원천징수하였고,
② 청구법인이 발생주의에 기초하여 1995사업년도분 법인세과세표준으로 신고한 발생이자 내역을 보면 단기수익증권이자 11,468,230원(이자계상기간 1995.1.1～1995.12.31), 장기수익증권이자 2,142,858,213원(이자계상기간 1995.1.1～1995.12.31), 예금이자 등 174,578,346원(이자계상기간 1995.1.1～1995.12.31)이 된다.
③ 위와 같이 청구법인이 청구외 OOOO금융(주)등에 예금하여 발생된 이자에 대하여는 원천징수의무자인 청구외 OOOO금융(주)등에서 원천징수하였고, 1995년 신고누락된 이자 124,140,337원은 1994 회계년도에 과세표준 신고되었고, 1994년도 이자차액 354,102,260원은 1993년도에 신고된 것으로 확인되고 있다. 넷째, 청구법인이 발생주의에 의하여 회계처리한 이유 등에 대하여 살펴보면,
① 청구법인이 이자소득을 발생주의에 의하여 계상한 것은 『공익법인의 설립운영에 관한 법률 시행령 제22조』에서 발생주의(같은 취지: 기업회계 기준 예규56-310, 1985.10.4)에 의하도록 하고 있어 이에 따른 것으로 인정되며,
② 국세기본법상의 기업회계 존중의 원칙을 고려하고, 청구법인이 1977년 설립된 후부터 계속적·반복적으로 이자소득에 대하여 발생주의로 회계처리하여 과세표준신고를 해왔고 이런 부분에 대하여 수년간 과세관청에서 아무런 지적이 없었던 점은 납세관행이 성립되었다고 볼 수도 있다. 위의 내용을 종합하여 보면 청구법인은 이자소득에 관하여 법인세법 제26조의 규정의 신고납부방법에 의하여 과세표준을 신고해 온 것으로 인정되고, 같은법 제12조 제4항 및 동법시행령 제16조 제9항에 의하여 이자소득금액 전액을 『지급준비금』으로 설정하여 고유목적사업에 이용한 사실이 인정되므로 1995사업년도에 속하는 이자소득은 이를 당해 사업년도의 익금에 산입하고, 같은금액을 지급준비금으로 손금산입하여야 하며, 이 건 원천징수된 법인세는 당해 사업년도 법인세결정시 기납부세액으로 공제환급하는 것이 타당하다 할 것이다.
2. 위 법인세법 제7조 제7항 및 같은법 시행규칙 제2조 제3항, 4항의 규정등을 종합하여 보면 합병으로 소멸된 피합병법인의 각사업년도 소득 및 청산소득에 대한 법인세 납세지는 합병법인의 납세지로 할 수 있으나, 피합병법인의 납세지가 합병법인의 납세지와 다른 경우에는 합병법인은 피합병법인의 납세지 변경신고를 하여야 하고 납세지 변경신고를 하지 않은 경우에는 종전의 납세지를 피합병법인의 납세지로 하는 것임을 알 수 있다. 합병법인인 청구법인은 처분청에 피합병법인의 납세지 변경신고를 하지 아니한 것으로 밝혀지고 있어 법인세법상 피합병법인의 납세지는 종전의 피합병법인 관할세무서가 되는 것이며 따라서 처분청은 피합병법인의 납세지가 될 수 없으므로 처분청이 피합병법인의 원천징수 법인세액에 대하여 환급거부한 처분은 적법한 것으로 판단된다. 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.