제조업을 영위하는 중소기업이 ’94 사업년도의 법인세 신고시 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투세액공제를 중복 적용한 경우 ’94 사업년도 및 그 이후 사업년도에 당해법인에 유리한 중소제조업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하는 것인지 여부(경정)

[주 문] OO세무서장이 ’96.6.16 청구법인에 결정고지한 ’94.1. 1～’94.12.31 사업년도 법인세 64,191,010원, ’95.1.1～’95.12.31 사업년도 법인세 70,581,780원의 부과처분은 ’94.1.1～’94.12.31 사업년도의 공제감면세액을 28,165,945원(중소제조업에 대한 특별세액감면 54,547,089원에서 임시투자세액공제 부인액 26,381,144원을 차감한 금액)으로, ’95.1.1～’95.12.31 사업년도 의 공제감면세액을 64,165,263원으로 하여 그 세액을 경정한

[이 유]

1. 처분 개요 청구법인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO에 본점을 두고 콘크리트 전주와 파일을 제조판매하는 중소기업으로서, ’94.1.1～’94.12.31 사업년도 및 ’95.1.1～’95.12.31 사업년도분의 법인세 과세표준 및 세액 신고시 조세감면규제법 제7조에서 규정한 중소제조업등에 대한 특별세액감면금액과 같은법 제27조에서 규정한 임시투자세액공제금액을 다음과 같이 산출세액에서 공제하여 납부할 세액을 계산하고, 이에 따라 산출된 세액을 신고납부하였다.

• 다 음 - (단위: 원) 사업년도 산출세액 공제감면세액 차 감 총부담세액 중소제조업등 특별세액 감면 임시투자세액 공 제 ’94.1.1～’94.12.31 ’95.1.1～’95.12.31 294,729,804 322,229,288 54,547,089 64,165,263 26,381,144

• 213,801,571 258,064,025 처분청은, 청구법인이 ’94 사업년도분에 대한 법인세 신고시 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복하여 적용받았다는 이유로 조세감면규제법 제7조 제1항 단서의 규정에 근거하여 ’94, ’95 사업년도의 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제하고, ’96.6.16 청구법인에게 ’94 사업년도분 법인세 64,191,010원, ’95 사업년도분 법인세 70,581,780원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’96.7.16 심사청구를 거쳐 ’96.9.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 조세감면규제법 제7조 제1항에서 제조업을 영위하는 중소기업에 대하여 제조업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 20%를 감면하도록 규정하면서 그 단서에서 ’94.1.1 이후 최초로 개시하는 과세년도 및 그 이후의 각 과세년도에 있어서 임시투자세액공제를 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 그러하지 아니한다 라고 규정하고 있으며, 같은법 제117조 제6항에서는 제7조의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 경우에는 제27조의 임시투자세액공제를 적용하지 아니한다 라고 규정하고 있어 제7조의 단서규정과 제117조 제6항의 규정이 상충되고 있는 바, 중소제조업에 대한 특별세액감면제도는 중소제조업체를 위한 조세지원정책으로서 임시투자세액공제와 중복하여 적용받게 되는 경우 납세자가 선택하여 적용받을 수 있는 점, 상충되는 각 조항을 적용함에 있어서는 포괄적 통제의미를 갖는 조항이 우선 적용되어야 한다는 점, 세법의 해석 및 적용은 해당조항의 합목적성을 고려해야 하는 점 등을 종합하여 볼 때 중소제조업에 대한 특별감면과 임시투자세액공제는 중복하여 적용받을 수 없다는 것이지 임시투자세액공제를 적용받은 경우 중소제조업에 대한 특별세액감면을 무조건 배제할 수 없는 것이므로, 착오로 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복하여 신청한 청구법인에 대하여 특별세액감면을 배제한 당초처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 ’94 사업년도 법인세 과세표준 신고시 조세감면규제법 제27조의 규정에 의한 임시투자세액공제액 26,381,144원과 조세감면규제법 제7조의 규정에 의한 중소제조업등에 대한 특별세액감면액 54,547,089원을 공제감면세액으로 신고하였으며, ’95년 법인세 과세표준 신고시 조세감면규제법 제7조의 규정에 의한 중소제조업에 대한 특별세액감면액 64,165,263원을 감면세액으로 신고하였다. 그런데 조세감면규제법 제7조에서 ’94.1.1 이후의 과세연도에 조세감면규제법 제27조에 의한 임시투자세액공제를 적용받은 법인은 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제토록 규정하고 있으며, 국세청 예규에서도 『제조업을 영위하는 중소기업이 ’94.1.1 이후 최초로 개시하는 과세연도부터는 조세감면규제법 제27조의 규정에 의한 임시투자세액공제를 적용받는 경우 같은법 제7조의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것』으로 해석(국세청 법인 46012-2680, ’94.9.23)하고 있는 바, 청구법인은 ’94 사업년도중 조세감면규제법 제27조의 규정에 의하여 임시투자세액공제 26,381,144원을 공제받았으므로, ’94, ’95 사업년도 법인세 과세표준 신고시 중소제조업에 대한 특별세액감면을 적용할 수 없으나, 이를 적용 이중으로 법인세를 감면공제신고한 것은 잘못이라 하겠다. 그러므로 처분청이 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제하고 법인세를 추가결정한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 제조업을 영위하는 중소기업이 ’94 사업년도의 법인세 신고시 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투세액공제를 중복 적용한 경우 ’94 사업년도 및 그 이후 사업년도에 당해법인에 유리한 중소제조업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하는 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법 제7조(’93.12.31 전면개정된 것) 제1항에서 『제조업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득(이하 이 조에서 “제조업소득”이라 한다)에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 1994년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도 및 그 이후의 과세연도에 있어서 다음 각호의 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제118조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 특별감가상각비 및 준비금의 손금산입

2. 제118조 제1항 제2호의 규정에 의한 소득공제

3. 제118조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제』라고 규정하고 있고, 같은법 제27조 제1항에서 『정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자를 한 경우에는 그 투자금액의 100분의 10)을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하다』라고 규정하고 있다.

(2) 또한, 같은법 제117조(중복지원의 배제) 제6항에서 제6조·제7조·제31조 제7항 및 제8항·제32조 제8항·제34조·제46조·제50조 내지 제54조 또는 이 법 부칙 제13조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제5조·제10조·제25조 내지 제27조·제37조·제45조 제1항 및 제2항·제51조 제2항·제88조·제98조 및 이 법 부칙 제14조의 규정은 이를 적용하지 아니한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세기록에 의하면, 처분청은 청구법인이 ’94 사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고시 조세감면규제법 제7조에서 규정한 중소제조업에 대한 특별세액감면과 같은법 제27조에서 규정한 임시투자세액공제를 중복적용하였다는 이유로 ’94, ’95 사업년도의 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제하고, 이 건 법인세를 과세하였음이 확인된다.

(2) 한편, 청구법인은 이에 대하여 중소제조업에 대한 특별세액 감면제도는 중소제조업체를 위한 조세지원정책으로서 임시투자세액공제와 중복하여 적용받게 되는 경우 납세자가 선택하여 적용받을 수 있는 점, 중복지원배제에 관하여는 조세감면규제법 제117조의 규정이 우선 적용되어야 하는 점, 세법의 해석 및 적용은 해당조항의 합목적성을 고려해야 하는 점에 비추어 청구법인이 착오로 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복하여 신청했다는 이유로 청구법인에 유리한 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제함은 부당하다고 주장하고 있어 살펴보면, 첫째, 조세감면규제법 제7조에서 제조업을 영위하는 중소기업에 대하여 당해 제조업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하면서 그 단서에서 ’94.1.1 이후 최초로 개시하는 과세년도 및 그 이후의 각 과세년도에 있어서 조세감면규제법에서 규정한 특별상각·준비금등의 손금산입, 소득공제, 세액공제를 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제하도록 규정하고 있는 바, 위 단서규정의 의미는 ’94.1.1 이후에 일단 위 단서에서 규정하고 있는 조세감면규제법상 여타 감면(특별상각·준비금등의 손금산입, 소득공제, 세액공제)을 적용받은 사실이 있으면 그 이후 과세년도에는 중소제조업에 대한 특별세액감면을 받을 수 없다는 것으로 해석되므로(재무부발간 간추린개정세법 해설책 참조), 위 개정규정이 최초로 적용되는 ’94 과세년도에 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복하여 신청한 청구법인의 경우에 위 단서의 규정을 적용하여 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제할 수는 없다고 보여지며, 둘째, 조세감면규제법 제117조(중복지원의 배제)에서는 조세감면규제법상 각종감면이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받게 하거나 특정감면을 배제하도록 규정하고 있는데, 그 제6항에서 같은법 제7조(중소제조업에 대한 특별세액감면)의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 경우에는 같은법 제27조의 임시투자세액공제를 배제하도록 규정하고 있는 바, 조세감면규제법상의 각종 감면의 중복지원 및 배제에 관하여는 위 규정이 우선 적용되는 것으로 보아야 할 것이므로, 중소제조업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있는 법인이 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복하여 적용한 경우에는 중복지원의 배제에 관하여 규정한 위 제117조의 규정에 따라 임시투자세액공제를 배제함이 타당하다 할 것이며, 셋째, 설사 청구법인이 ’94 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액신고시 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복 적용하였다 하더라도 처분청이 조세감면규제법 제117조 제6항의 규정에 따라 임시투자세액공제를 배제하는 경우에는 ’94 사업년도에 있어서 임시투자세액공제를 적용받거나 적용받은 것으로 볼 수는 없다고 할 것이다. 위와 같이 ’93.12.31 개정된 조세감면규제법 제7조의 단서규정은 기왕에 그 단서에서 규정한 각종 감면을 적용받은 사실이 있는 경우에 그 후 과세년도에 있어서는 중소제조업에 대한 특별세액감면 적용을 배제한다는 것으로 해석되는 점, 중소제조업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있는 기업이 임시투자세액공제를 중복하여 적용하는 경우에는 중복지원의 배제에 관한 규정을 적용하여 임시투자세액공제를 배제해야 하며, 위 규정에 따라 임시투자세액공제를 배제하는 경우 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복하여 적용받거나 적용받은 사실이 없게 되는 점, 중소제조업에 대한 특별세액감면제도가 제조업을 영위하는 중소기업을 위한 조세지원제도인 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 ’94 사업년도분의 법인세 과세표준 신고시 중소제조업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복적용했다는 이유로 청구법인에게 유리한 ’94, ’95 사업년도분의 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제함은 부당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.