토지의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어 양도당시 시행되던 구 소득세법시행령 부칙 제3항에 의하여야 하는지, 아니면 95.12.30 개정된 소득세법시행령 제164조 제10항에 의하여야 하는지 여부 및 도로로 지목변경된 토지를 지방자치단체에 기부채납한 것으로 보아 필요경비로 공제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 경기도 부천시 OO동 OOOOO 및 같은 곳 OOOOO부터 OOOOO까지 등 합계 10필지 대지 1,748㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 88.12.31 취득하여 90.11.21 양도하고 91.5.30 기준시가에 의하여 양도소득세 과세표준 확정신고를 하면서 90년 귀속 양도소득세 282,945,510원 및 동 방위세 56,589,100원을 납부하였다. 처분청은 청구인이 신고한 내용대로 확정결정하고 96.5.17 청구인에게 서면으로 그 결정내용을 통보하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.6.21 심사청구를 거쳐 96.9.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구 주장 헌법재판소는 95.11.30 구 소득세법(94.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제60조에 대하여 헌법불합치결정을 하여 이 건 양도소득세 결정당시에는 그 효력이 상실되었으므로 94.12.22 개정된 소득세법 제99조의 규정을 적용하여야 함에도 처분청이 효력이 상실된 구 소득세법 제60조 및 이에 근거한 같은 법 시행령 제115조의 규정을 적용하여 기준시가로 과세한 것은 부당하고, 또한 청구인이 당초 취득한 토지 중 일부(같은 곳 OOOOO, 도로 59.6㎡)를 부천시에 기부채납하였으므로 쟁점토지의 양도가액에서 도로로 기부채납한 토지가액을 필요경비로 공제하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 구 소득세법 제60조의 규정에 대한 헌법재판소의 헌법불합치결정은 그 결정이유의 전후 내용에 비추어 볼 때, 구 소득세법의 위헌적 요소를 제거한 개정소득세법을 적용하여야 할 것이나 이 건의 경우처럼 개정소득세법의 소급적용으로는 양도차익의 산정이 불가능하게 되는 등 부득이한 사정이 있는 경우에는 조세부담의 형평 등을 고려하여 구 소득세법 제60조를 한시적으로 계속 적용할 수 있도록 한 것으로 해석함이 상당하다 할 것이므로, 헌법불합치결정의 취지에 따라 쟁점토지의 양도당시에 시행되던 구 소득세법 제60조 및 같은 법 시행령 제115조의 규정을 적용하여 그 취득당시 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 1) 쟁점토지의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어 양도당시 시행되던 구 소득세법시행령 부칙(90.5.1 대통령령 제12994호) 제3항에 의하여야 하는지, 아니면 95.12.30 개정된 소득세법시행령 제164조 제10항에 의하여야 하는지 여부와 2) 도로로 지목변경된 토지를 지방자치단체에 기부채납한 것으로 보아 필요경비로 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구 소득세법(94.12.22 법률 제4803호로 전면 개정되기 전의 것) 제60조(기준시가의 결정)에 “제23조 제4항과 제45조 제1항 제1호에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다.”고 규정하고, 같은 법 시행령 제115조 제1항 제1호에서 “토지에 대한 법 제60조에 규정하는 기준시가의 결정은 (가) (나)목의 경우를 제외하고는 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별 필지에 대한 지가, (나) 국세청장이 지정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 부칙(90.5.1 대통령령 제12994호) 제3항에 이 영 시행 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 90년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가에 90년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가고시일 현재의 과세시가표준액에서 취득당시의 과세시가표준액이 차지하는 비율을 곱하여 환산한 가액으로 한다고 규정하고 있다. 한편, 소득세법이 94.12.22 전면 개정되면서 위의 기준시가산정에 관한 사항을 소득세법 제99조에 규정하였고, 95.12.30 같은 법 시행령 제164조 제10항을 신설하여, “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990.8.30 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 1990.1.1을 기준으로 한 개별공시지가에, 1990.8.30 현재의 과세시가표준액과 그 직전에 결정된 과세시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 금액에서 취득당시의 과세시가표준액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저 쟁점토지의 취득당시의 기준시가를 산정함에 있어 양도당시 시행되던 구 소득세법시행령 부칙(90.5.1 대통령령 제12994호) 제3항에 의하여야 하는지, 아니면 95.12.30 개정된 소득세법시행령 제164조 제10항에 의하여야 하는지 여부에 대하여 보면,

(1) 청구인이 쟁점토지를 88.12.31 취득하여 90.11.21 양도한 것과 양도소득세를 기준시가에 의하여 신고·납부한 사실 및 양도당시 기준시가를 개별공시지가로 한데 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구인은, 헌법재판소에서 구 소득세법 제60조에 대하여 개정 소득세법(94.12.22 개정된 제99조)을 적용할 것을 내용으로 하는 헌법불합치결정을 하였으므로 이 건 과세도 개정 소득세법을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 95.11.30 헌법재판소의 결정은 그 결정의 이유에서, 구 소득세법 제60조를 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 모든 미확정사건에 개정소득세법을 적용하여야 한다는 이유를 설시하기에 앞서 구 소득세법 제60조에 대하여 “단순 위헌결정을 선고하여 당장 그 효력을 상실시킬 경우에는 기준시가에 의한 양도소득세를 부과할 수 없게 됨은 물론 법적 공백상태를 야기하게 되고 이에 따라 조세수입을 감소시키고 국가재정에 상당한 영향을 줌과 아울러 이미 이 조항에 따른 양도소득세를 납부한 납세의무자들과의 사이에 형평이 어긋나는 결과를 초래하는 데다가 구 소득세법 제60조의 위헌성은 국회에서 법률로 제정하지 아니한 단지 입법형식의 잘못에 기인하는 것으로서 이를 한시적으로 계속 적용한다고 하더라도 그것이 반드시 구체적 타당성을 크게 해쳐 정의와 형평 등 헌법적 이념에 심히 배치되는 것이라고는 생각되지 아니하고”라는 설시를 전제로 하고 있다. 따라서 헌법재판소의 헌법불합치결정이유의 전·후 내용에 비추어 볼 때, 구 소득세법의 위헌적 요소를 제거한 개정 소득세법을 적용하여야 할 것이나 개정소득세법을 소급 적용할 법리상 근거도 없을 뿐만 아니라 개정 소득세법의 적용으로는 양도차익의 산정이 불가능하게 되는 등 부득이한 사정이 있는 경우에는 조세부담의 형평 등을 고려하여 위헌성이 제거된 개정소득세법이 시행되기 전까지는 구 소득세법 제60조를 한시적으로 계속 적용할 수 있도록 함으로써 헌법재판소법 제47조 제2항 본문에 대한 예외를 인정한 것으로 위 헌법불합치 결정의 취지를 제한하여 해석함이 상당하다 할 것이므로(대법원 96누11068, 97.3.28 같은 뜻임), 처분청이 이 건 쟁점토지의 양도당시에 시행되던 구 소득세법 제60조, 같은 법 시행령 제115조 및 같은 법 시행령 부칙(90.5.1 대통령령 제12994호) 제3항의 규정을 적용하여 취득당시의 기준시가를 환산하여 과세한 처분은 타당하다고 판단된다. 다음으로 도로로 지목변경된 토지를 지방자치단체에 기부채납한 것으로 보아 필요경비로 공제할 수 있는지 여부에 대하여 보면,

(1) 청구인은 쟁점토지와 연접한 같은 곳 OOOOO 도로 59.6㎡를 부천시에 기부채납하였으므로 동 토지의 취득가액을 쟁점토지의 양도차익계산시 필요경비로 공제하여야 한다는 주장이나, 동 토지의 등기부등본을 보면, 도로 59.6㎡는 심판청구일 현재까지도 청구인의 소유임이 확인되고 있어 동 토지인 도로 59.6㎡를 부천시에 기부채납한 사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 설사 도로 59.6㎡를 청구인의 주장대로 부천시에 기부채납하였다고 하더라도 이 건 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 것이므로 소득세법 시행령 제94조 제5항의 규정이 적용되어 동 도로 59.6㎡의 취득가액을 필요경비로 공제할 수 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.