토지가 장기보유특별공제대상 토지에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 소재 대지 172.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 86.7.16 취득하여 94.12.30 OO 제1지역 주택조합에 양도하고 95.1.27 기준시가에 의한 자산양도차익을 계산하여 쟁점토지의 양도소득세를 예정신고 하였다. 처분청은 쟁점토지를 장기보유 특별공제대상에서 제외되는 토지로 보아 청구인이 예정신고시 잘못 적용한 장기보유 특별공제를 부인하고 95.12.16 청구인에게 양도소득세 27,966,960원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복 96.2.14 이의신청을 하여 96.3.12 그 결정서를 받고 다시 96.5.6 심사청구를 하여 96.7.1 심사결정서를 받은후 96.8.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 91.3.25 쟁점토지를 청구외 OOO에게 임대하고 동임차인 청구외 OOO는 건축법에 의한 허가를 받아 쟁점토지 위에 가설건축물(29.7㎡)을 건축하여 카센타업을 양도시까지 영위하였으므로 쟁점토지의 양도차익계산시에 장기보유특별공제를 적용하여야 함에도 불구하고 처분청이 이를 부인하고 양도소득세를 부과한 처분은 위법부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지 위에 건축법에 의한 허가를 받아 건축물을 건축하였다고 하나, 양도당시에 건축물이 존재하고 있다는 사실이 건축물관리대장·재산세과세증빙 등 구체적이고도 객관적인 입증자료에 의하여 확인되지 않으므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지가 장기보유특별공제대상 토지에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 (94.12.22 개정 전의 것) 제23조 제2항에 의하면 『양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총 수입금액에서 필요경비를 공제한 금액에서 다시 다음 각 호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 2년 미만인 것과 미등기양도 자산에 대하여는 다음 각 호의 금액을 공제하지 아니한 금액으로 한다』라고 규정하고, 제1호 (생략) 제2호에서는 『제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지는 제외한다)으로서 그 자산의 보유기한이 5년 이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(“장기보유특별공제액”)』이라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령(94.12.31 전면개정 전의 것) 제46조의 3에서는 『법 제23조 제2항에 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는0 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 86.7.16 취득하여 94.12.30 청구외 OO 제1지역 주택 조합에 양도한 사실이 등기부등본에 의하여 확인한다.

(2) 강남구청장의 민원회신 공문에 의하면 쟁점토지의 지상에 칼라알미늄박스(1층, 19.25㎡)가 91.7.10부터 92.7.9 기간동안 존치되었던 사실만 확인될 뿐 건축물이 있었던 사실은 확인되지 아니한다.

(3) 청구인은 쟁점토지 위에 건축물이 있었다는 또 다른 입증자료로 임대차계약서와 서울고등법원의 증인신문조서를 제시하고 있으나 이들 자료에 의하여는 건축물의 존재여부가 확인되지 아니한다. 이상의 사실을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점토지를 임차한 청구외 OOO가 관할구청으로부터 건축허가를 받아 가설건축물을 건축하고 카센타를 운영하였으므로 쟁점토지는 나대지로 볼 수 없어 장기보유특별공제대상토지에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지 양도시에 건축법상 허가 또는 신고된 건축물이 쟁점토지 위에 정착된 사실이 건축허가서, 건축물관리대장 또는 재산세 과세증명원 등 객관적인 입증자료에 의하여 확인되지 않으므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.