세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액의 공제를 부인한 처분의 당부(취소)

[주 문] OO세무서장이 1996.3.16 청구인들에게 결정고지한 부가가치

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인 OOO, OOO, OOO(이하 “청구인”이라 한다)는 1992.12.9 청구인이 소유하고 있는 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO, O, O, OOO 지상에 지상 20층 지하6층의 OO빌딩(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축키로 하고 경상북도 포항시 OOO동 OOOO에 본점을 두고 있는 청구외 OOOO주식회사(현재 OOOOO주식회사, 이하 “OOOOO”이라 한다)와 건설공사도급계약을 체결하였으며, 청구인은 OOOOO로 부터 1993.10.19자로 1차 기성고 금액 3,416,018,000원에 대하여, 1993.12.31자로 2차 기성고금액 3,147,068,000원에 대하여, 1995.12.7자로 3차 기성고금액 4,291,614,000원에 대하여 각각 기성고사정을 거쳐 매입세액 계산서를 발행받고 그에 대한 매입세액을 부가가치세 신고시 각각 공제받았다. 이에 대하여 처분청은 공사현장의 공정표에 의한 기성율을 기준으로 공급가액을 다시 계산하여 청구인이 교부받은 세금계산서중 1993년 1기분 기성금액 1,376,187,509원이 1993년 2기분으로 지연발행된 것으로, 1993년 2기분 기성금액중 457,566,015원이 1995년 1기분에 12,000,000원 및 1995년 2기분에 445,566,015원으로 지연발행되었다 하여 이를 각각 그 공급 시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 그에 대한 매입세액을 불공제하여 1996.3.16 청구인에게 부가가치세 1993년 제2기분 151,380,620원, 1995년 제1기분 1,320,000원, 1995년 제2기분 49,012,260원을 각각 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.5.15 심사청구를 거쳐 1996.8.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 부가가치세법시행령 제22조 제2호에서는 “완성도기준 지급 또는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”를 공급시기로 보도록 되어 있고 같은법기본통칙 2-3-9…9에서는 “사업자가 완성도기준 지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다”고 규정하고 있는 바, 이 건 공사도급계약서 제15조에는 “공사대금의 계산은 착공일로 부터 매 3개월마다 공사 수급자가 산출한 기성금액을 공사도급자가 사정하여 기성고로 인정한다”라고 되어 있어 이 건 공사대금의 각 부분이 확정되기 위하여는 공사수급자가 공사도급자에게 기성을 신청하여야 하고 공사도급자가 기성신청금액을 사정하여야만 비로소 지급할 금액이 확정되는 것이라 할 것이다. 청구인은 공사수급자로부터 기성청구를 받아 1993.10.19 기성금액을 사정하여 9.78%의 기성율에 따른 기성고 3,416,018,000원을 확인하여 주고 같은 날 같은 금액의 세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 처분청에 제출한 바 있으며, 1993.12.31 기성금액을 사정하여 9.01%의 기성율(누계기성율 18.79%)에 따른 기성고 3,147,068,000원을 확인하여 주고 같은 날 같은 금액의 세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 처분청에 제출하였는 바 처분청이 일방적으로 계산한 기성율에 의한 기성금액을 기준으로 위 각 세금계산서를 공급시기에 발행 되지 아니한 것으로 보아 이 건 과세처분한 것은 부당하며, 또한 이 건 공사도급계약서상 기성금 지급기일에 대한 확정된 약정일이 없으므로 이 건 건설공사 용역의 공급시기는 준공검사가 완료된 때로 보아야 할 것이므로 이 건 과세처분은 취소함이 타당하다.
• 나. 국세청장의견 이 건 쟁점은 청구인이 교부받은 쟁점건물 신축관련 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이므로 이에 대하여 살펴보면, 첫째, 청구외 OOOOO은 청구인으로부터 쟁점건물의 건설도급을 받아 쟁점건물의 건설용역을 제공하였으므로 그 공급시기는 용역의 공급시기 규정을 적용하여야 하고, 둘째, 처분청이 확인하여 이 건 경정결의서에 첨부한 쟁점건물의 공사도급계약서를 보면 도급금액과 공사기간은 약정되어 있으나, 공사대금 지급시기에 대하여는 별도의 약정이 없고, 다만 계약서 제15조 제1항에서 “공사대금의 계산은 착공일로 부터 매 3개월마다 수급자가 산출한 기성금액을 도급자가 사정하여 기성고로 인정한다”라고 약정되어 있음을 알 수 있으며, 셋째, 쟁점공사의 수급자인 OOOOO의 관할세무서인 포항세무서에서 OOOOO에 대하여 조사를 실시한 결과 OOOOO은 공사가 진행되는 동안 착공일로부터 매월마다 현장에서 직접 기성을 파악한 것으로 나타났고 동 사실은 포항세무서에서 의견서 제출시 제시한 “OO빌딩 신축공사 공정표”에 의해서도 입증되고 있는 반면, 청구인은 동 기성율이 일방적이고 근거없이 작성된 것이라고 주장하면서도 그에 대한 입증자료를 별도 제시하지 못하고 있어 동 청구주장을 사실로 받아 들이기는 어렵다 하겠다. 이상의 내용을 종합하여 볼 때 청구인은 확정된 공사금액에 대하여 매 3개월마다 세금계산서를 교부받아 신고하여야 함에도 불구하고 과세기간이 경과된 이후에 일괄 교부받아 신고하였으므로 동 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 할 것이므로 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 과세처분한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 청구인이 교부받아 관련 매입세액을 공제받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액의 공제를 부인한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제9조 제2항에는 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제22조에는 『법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·연불 또는 기타조건부로 용역을 제공하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 용역의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때』로 규정되어 있으며, 같은법 제17조 제2항에는 사업자가 제출한 세금계산서중 그 내용이 사실과 다른 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있다.

• 다. 심리 및 판단

(1) 쟁점건물의 공사도급계약서 제15조(공사대금 지급방법)에는 공사대금의 계산은 착공일로부터 매 3개월마다 OOOOO이 산출한 기성금액을 청구인이 사정하여 기성고로 인정하며, 공사대금은 분양수입금의 발생시 우선적으로 지급하고, 건물완공후 분양이 미진하여 공사대금의 일부를 지급하지 못할 경우에는 청구인과 OOOOO의 합의에 의하여 건물의 해당면적에 대한 소유권의 이전으로 공사대금을 대체한다고 규정되어 있는 바, 완성도기준지급조건부란 건설용역의 제공이 완료되기 전에 역무의 완성도에 따라 분할하여 받기로 한 공급을 말한다고 할 것이며, 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 보아야 할 것으로[부가가치세법기본통칙 2-3-9…9(완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기), 국세청예규 부가46015-2215(1995.11.24) 등 같은 뜻임], 이 건 공사도급계약은 3개월마다 그 완성도에 따라 대가를 지급토록 되어 있으므로 완성도기준지급조건부의 계약으로 볼 수 있고 그 공급시기는 OOOOO의 기성고 청구에 의하여 청구인이 사정하여 기성고로 인정하는 때라고 할 것이다.

(2) 처분청이 이 건 과세근거로 삼은 OOOOO의 쟁점건물 신축공사 공정표는 OOOOO의 내부자료로 청구인이 인정한 공정표가 아니므로 이에 근거한 기성고는 위 계약서상 공급으로 볼 수 있는 기성고로 인정하기는 어렵다 할 것이며, 청구인이 제출한 기성고조서 및 OOOOO 사장 OOO의 확인서(1996년 10월)에 의하면 1993.9.25 기성검사를 하여 1993.10.19 기성율 9.78%(금액 3,416,018,000원)을 확인하고 당일자로 해당 공사대금에 대한 세금계산서를 교부받았으며, 1993.12.20 기성검사를 하여 1993.12.31 기성율 9.01%(금액 3,147,068,000원)을 확인하고 당일자로 해당 공사대금에 대한 세금계산서를 교부받은 사실이 확인되는 바, 위 세금계산서는 이 건 공사도급계약서에 의하여 적법하게 교부받은 세금계산서로 인정된다 할 것이므로 위 세금계산서 공급가액의 일부를 그 공급시기가 사실과 다른 것으로 한 이 건 과세처분은 부당하다 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.