청구법인이 손금으로 산입하였던 「공장지방이전준비금」 전액을 「공장시설을 지방으로 이전하지 아니하였다」고 하여 일시에 익금에 가산한 후 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문] 시흥세무서장이 96.1.16 청구법인에게 경정고지한 94사업년도 준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 개요 청구법인은 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것) 제41조(지방이전준비금의 손금산입) 제1항의 규정에 의하여 서울특별시 구로구 OOO동 OOOOOOOO에 소재하고 있던 본사공장의 품목별 제조장중 일부를 대전광역시 대덕구 OO동 OOOOOO OOO공단 소재 대전공단으로 이전하기 위하여 지방이전준비금 10억원(91.3.31 설정한 90사업년도분 300,000천원, 92.3.31 설정한 91사업년도분 700,000천원으로서 이하 “쟁점준비금”이라 한다)을 손금산입하였으며, 이후 94사업년도에 위 제조장들을 이전하였다고 하여 쟁점준비금중 당해 과세년도 환입해당분 333,333,330원(10억원×12개월÷36개월)을 익금에 OO하였다. 처분청은 청구법인이 대도시내의 독립된 제조장을 지방이전한 것이 아니고 지방에 공장을 추가로 신설한 것에 불과함으로 미환입된 지방이전준비금 666,666,667원을 94사업년도(94.4.1～95.3.31)에 전액 익금산입하여야 한다는 서울지방국세청의 감사지적 통보에 따라 96.1.16자로 청구법인에게 94사업년도분 법인세 382,224,360원 및 농어촌특별세 14,666,660원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.3.13 심사청구를거쳐 96.6.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 본사공장에 소재하고 있던 독립된 제조장중 일부(5층건물의 1·4·5층과 3층건물의 1·3층에 소재한 제조장)를 OO OO공단에 위치한 대전공장으로 이전하였다. 따라서 처분청이 대전공장은 지방으로 이전한 공장이 아니라 추가로 신설한 공장에 지나지 아니한다고 하여 관련 지방이전준비금을 익금에 환입하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.

3. 국세청장 의견 청구법인의 경우 대도시내의 공장을 전부 이전한 것이 아니고 그중 일부만을 이전하였고, 일부 공장의 이전후에도 이전전의 제품인 저항기 등을 대도시내의 공장에서 계속 생산하고 있는 점으로 미루어 보아 지방에서 공장을 추가로 신설한 것에 지나지 않는 것으로 보여진다. 따라서 지방이전준비금으로 설정한 10억원 전액을 익금에 OO하여야 하는 바, 처분청이 666,666,667원을 추가로 익금에 OO하여 이 건 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

4. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 손금으로 산입하였던 공장지방이전준비금 전액을 공장시설을 지방으로 이전하지 아니하였다고 하여 일시에 익금에 OO한 후 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것으로서 이하 “구 조세감면규제법”이라 한다) 제41조(지방이전준비금의 손금산입) 제1항은 “대통령령이 정하는 대도시권(이하 “대도시”라 한다)안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 공장시설을 대도시이외의 지역(이하 “지방”이라 한다)으로 이전하는데 소요되는 자금에 충당하기 위하여 지방이전준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해과세년도의 종료일 현재의 대통령령이 정하는 공장시설가액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 과세년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다”고 규정하고, 그 제2항은 “제1항의 규정에 의하여 각 과세년도의 손금에 산입한 지방이전준비금의 합계액은 다음 각호에 따라 익금에 산입한다.

1. 당해 지방이전준비금을 최초로 손금에 산입한 과세년도의 종료일 이후 4년이 되는 날이 속하는 과세년도의 종료일까지 공장시설의 지방이전에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 4년이 되는 날이 속하는 과세년도부터 각 과세년도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세년도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.(이하 생략)”고 규정하고 있으며, 그 제5항과 제6항의 규정을 종합하여 보면 “지방이전준비금의 손금산입은 당해 내국인이 이전계획서 및 지방이전준비금에 관한 명세서를 제출한 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있다. 한편, 조세감면규제법시행령(93.12.31 대통령령 제14084호로 전면 개정되기 전의 것으로서 이하 “구 조세감면규제법시행령”이라 한다) 제35조(지방이전준비금의 범위) 제1항은 “법 제41조 제1항에서 대통령령이 정하는 공장시설가액이라 함은 지방으로 이전하는 공장(제조장단위로 독립된 것을 말한다. 이하같다)의 지방이전준비금을 손금으로 계상한 과세년도의 종료일 현재의 사업용건물과 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다. 다만, 과세년도가 12월미만인 경우에는 그 합계액을 12로 나눈 금액에 당해과세년도의 월수를 곱하여 산출한 금액으로 한다”고 규정하고, 그 제2항은 “법 제41조 제2항 제1호에서 공장시설의 지방이전에 소요된 금액이라 함은 공장시설의 이전비용과 이전한 공장건물 및 기계장치의 개체·증축 및 증설에 소요된 금액의 합계액을 말한다”고 규정하고 있으며, 그 제3항은 법 제41조의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 이전계획서(지방이전준비금을 최초로 손금에 산입한 과세년도에 한한다)와 지방이전준비금명세서(지방이전준비금을 최초로 손금에 산입한 과세년도종료일 이후 4년이 되는 날이 속하는 과세년도에 있어서는 그 지방이전준비금사용명세서)를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.

• 다. 청구법인은 쟁점준비금을 설정한 후 처분청에 제출한 이전계획서에 따라 본사공장의 5층건물 및 3층건물에 소재한 일부 제조장의 설비를 대전공장에 이전하였고, 이후 동 장소를 임차공장에서 생산하던 품목의 제조장 등으로 사용하고 있음에도 처분청이 공장시설을 지방으로 이전하지 아니하였다고 하여 이 건 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 본사공장시설의 이전계획서 제품별 공정도·서울지방국세청의 청구법인에 대한 감사시 제출한 이전 전·후 제조장별 생산제품명세및 대전공장의 건물등기부등본과 본사공장의 건축물관리대장등을 제시하고 있다. 반면, 처분청은 청구법인이 본사공장 시설의 일부를 대전공장으로 이전한 후에도 본사공장 건물에서 전자부품인 저항기 등을 계속 생산하고 있는 바, 이는 지방에 새로운 공장을 신설한 것에 불과하다고 판단하였음이 처분청의 서류에 의하여 확인된다.
• 라. 청구법인 주장대로 본사공장 건물에 설치된 제품별 제조장이 대전공장으로 이전되었다면 이와 관련된 지방이전준비금이 조세감면규제법상의 지방이전준비금의 손금산입대상에 해당되는지 여부를 본다. 청구법인은 이전한 시설물이 층별로 독립된 제조장이었는 바, 대도시지역에 소재한 일부 제품별 독립된 제조시설을 지방으로 이전한 경우에도 조세감면규제법상 지방이전준비금의 손금산입대상이 되어야 한다고 주장하고 있으며, 반면, 처분청은 구 조세감면규제법 제41조 제1항 및 구법시행령 제35조 제1항의 규정에 의하면 지방으로 이전하는 공장이라 함은 “제조장 단위로 독립된 것을 말한다”고 되어 있고, 이와 관련한 기본통칙 2-12-2···41 〔독립된 제조장의 범위〕제2항은 “두가지 이상의 제품(제조공정이 서로 무관한 제품에 한한다)을 생산하는 내국인이 동일부지내에 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 있는 경우에는 각 제품별 제조설비를 갖춘 장소와 그 부속토지를 각각 독립된 제조장 단위로 한다”고 되어 있는 바, 청구법인 경우에는 대전공장으로 이전한 시설물을 제조 또는 사업단위로 독립된 것으로 볼 수 없다고 판단하고 있다. 살피건대, 구 조세감면규제법 제41조에서 규정하고 있는 지방이전준비금제도는 기업의 대도시내 집중현상을 조세정책적인 차원에서 막기 위하여 기업의 지방이전을 지원하는 제도로서 동 지방이전준비금은 내국인으로서 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 공장시설을 대도시 이외의 지역으로 이전하는데 소요되는 자금에 충당하기 위하여 손금으로 계상하는 경우에 한하여 인정되는 준비금이다. 따라서 공장시설의 일부 이전이라도 제품별 제조장이 이전되는 경우 기업의 지방이전효과는 있었다고 볼 수 있을뿐 아니라, 지방이전준비금은 세액감면 등의 적극적인 제도가 아니라 공장시설의 지방이전에 따라 장래에 소요될 경비를 미리 손금계상하는 것에 불과한 점을 고려할 때 공장이전에 따라 발생하는 공장양도차익 특별부가세 감면등과 이전하기 전단계에서 발생하는 지방이전준비금은 구분될 수 있다고 할 것인 바, 각 제품별로 제조설비 및 공장건물이 별도로 설치되어 있지 아니하였더라도 독립된 제조시설이 지방으로 이전된 것이 확인되는 한 구 조세감면규제법 제41조의 지방이전준비금의 대상으로 보는 것이 합리적이라고 판단된다.
• 마. 다음으로 사실관계를 본다.

1. 청구법인이 대전광역시에 제출한 대전공장의 OO OO공업단지 입주기업체 신청 및 사업계획서상 청구법인은 OOOOO OOOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO와 OO의 시설확장을 위하여 총투자비 약 210억원을 투자할 계획이며 투자비에 대한 자금은 기존설비이설 등으로 조달하는 것으로 기재되어 있다.

2. 청구법인이 제시한 이전 전·후 제조장별 생산제품명세 및 회사의 제품관리 조직도를 보면 청구법인이 처분청에 제출한 이전계획서상 이전자산종목을 이전후에는 대전공장에서 생산하고 있을뿐 아니라 이전자산종목을 생산관리하는 부서도 대전공장으로 옮겼음이 확인되며, 본사공장의 이전장소는 본사의 영업부 및 CF등의 생산시설등 타용도로 사용중인 것으로 보이는 바, 청구법인이 본사공장의 일부시설을 대전공장으로 이전한 것은 인정되나 처분청이나 청구법인이 제출한 서류등에 의하여는 이전완료된 제품별 생산시설과 이전후 본사공장에서의 동일제품의 생산이 계속되고 있는지 여부는 확인되지 아니한다. 위 사실등을 종합하여 판단하건대, 처분청이 청구법인이 대전공장으로 이전한 시설물이 각 제품별로 제조설비 및 공장건물이 별도로 설치되어 있지 아니하였다고 하여 지방이전준비금 설정대상이 아니라고 하여 이 건 과세한 처분은 부당하므로, 대전공장으로 이전이 완료된 품목별 제조장을 조사확인하여 이전된 제조장이 확인되면 해당 지방이전준비금을 관련규정(구 조세감면규제법 제41조 제1항)에 따라 익금산입하여야 할 것으로 판단된다.

• 바. 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.