부동산의 실제 양도가액이 처분청이 조사한 000원인지 아니면 청구법인이 신고한 000원인지 여부 및 ’89년에 계약금과 중도금을 받고 ’90.1.10에 잔금을 받은 부동산의 양도차익에 대하여 ’96.2.16에 법인세를 부과한 과세처분이 법인세 부과제척기간이 경과한 후에 있는 처분인지 여부 및 법인세과세표준 및 세액계산에 잘못이 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 ’90.1.10 서울특별시 강서구 OO동 OOO외 3필지의 토지 2,185㎡, 위 지상 건물 427.14㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 OOOOOO주식회사(이하 “청구외 법인”이라 한다)에 양도한 후, ’91.3.31 ’90.1.1～’90.12.31 사업년도분의 법인세 신고시 쟁점부동산의 양도가액을 640,000,000원으로 하여 법인세(특별부가세포함)과세표준 및 세액을 산정하고, 그에 따라 법인세를 신고납부하였다. 처분청은, 청구법인이 쟁점부동산을 1,117,340,000원에 양도하고도 640,000,000원에 양도한 것으로 신고하여 법인세를 과소신고 납부하였다는 사유로 청구법인이 신고한 양도가액을 부인하고 처분청이 조사한 가액에 의하여 법인세(특별부가세 포함)과세표준 및 세액을 경정한 다음, ’96.2.16 청구법인에게 ’90.1.1～’90.12.31 사업년도분 법인세 534,072,640원(특별부가세 264,338,250원 포함)을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’96.4.12 심사청구를 거쳐 ’96.7.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장

(1) 처분청은 매수인인 청구외 법인이 제시하는 매매계약서 및 확인서만을 근거로 청구법인이 신고한 양도가액 640,000,000원을 부인하고 쟁점부동산의 양도가액을 1,117,340,000원으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세하였으나, 청구법인은 청구외 법인으로부터 1,117,340,000원을 수령한 사실이 없으므로 이 건 법인세 과세처분은 부당하며,

(2) 청구법인은 쟁점부동산에 대한 계약금과 중도금을 ’89년에 수령하고 잔금 234,700,000원을 ’90년에 수령하였으며 잔급수령이 지연된 사유가 매수인에게 있으므로 ’89년도에 지급받은 계약금과 중도금에 대한 법인세는 법인세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과한 후에 부과된 것이어서 이 건 과세처분은 부당하고,

(3) 설사, 처분청이 결정한 양도가액을 실제 매매가액으로 본다 하더라도 그 가액에 의하여 추가로 과세되어야 할 법인세 및 동 방위세는 각각 322,116,026원과 48,000,600원이므로, 처분청이 과세한 법인세중 위 금액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점부동산을 청구외 법인에게 640,000,000원에 양도하면서 ’89.10.17 계약금 80,000,000원, ’89.11.20 중도금 312,660,000원, ’90.1.10 잔금 247,340,000원을 수령하였으므로, 이 건 과세처분은 근거없는 무효의 처분이며 ’89년 귀속분은 이미 법인세를 부과할 수 있는 기간이 도과하였다고 주장하고 있으나, 청구외 법인은 쟁점부동산을 1,117,340,000원에 청구법인으로부터 매입하였다고 확인하고 있고, 청구법인과 매수인인 청구외 법인간에 작성된 부동산매매계약서에 의하여도 매매대금이 1,117,340,000원으로 확인되고 있어 쟁점부동산의 매매대금이 640,000,000원이라는 청구주장은 타당하지 아니하며, 부동산의 양도시기는 당해자산의 대금을 청산한 날로 보는 것으로 ’90.1.10 잔금을 청산한 사실이 명백하게 확인되고 있는 이 건의 경우, 당해국세를 부과할 수 있는 날인 법인세 신고서 제출기한의 다음 날인 ’91.3.31로부터 5년 이내에 부과하였으므로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은

(1) 쟁점부동산의 실제 양도가액이 처분청이 조사한 1,117,340,000원인지 아니면 청구법인이 신고한 640,000,000원인지 여부

(2) ’89년에 계약금과 중도금을 받고 ’90.1.10에 잔금을 받은 쟁점부동산의 양도차익에 대하여 ’96.2.16에 법인세를 부과한 이 건 과세처분이 법인세 부과제척기간이 경과한 후에 있는 처분인지 여부

(3) 이 건 법인세과세표준 및 세액계산에 잘못이 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점①에 대하여

(1) 관련법령 법인세법 제32조 제2항에서 『정부는 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해법인의 각사업년도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다』라고 규정하고 그 제1호에서 『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고 있으며, 같은법 제59조의 5에서 위 규정은 법 제59조의 2 규정에 의한 특별부가세 과세표준에 관한 경정에 관하여 준용하도록 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

1. 이 건 과세기록에 의하면, 처분청은 청구법인에 대한 법인세 실지조사과정에서 청구법인이 쟁점부동산을 청구외 법인에 1,117,340,000원에 양도하고도 640,000,000원에 양도한 것으로 신고하고, 지출증빙이 없는 운송원가등 4,065,000원을 손금에 계상하였음이 적출되었다 하여 청구법인의 ’90.1.1～’90.12.31 사업년도의 법인세과세표준 및 특별부가세 과세표준을 다음과 같이 경정하여 이 건 법인세를 과세하였음이 확인된다. 다 음 (단위: 원) 구 분 신고한 과세표준 처분청 가산금액 경 정 한 과세표준 부동산 양도차익 기타 각사업년도법인세 특 별 부 가 세 57,480,573 282,696,231 477,340,000 477,340,000 4,065,000

• 538,885,573 759,936,231

2. 청구법인은 쟁점부동산의 실지양도가액은 청구법인이 신고한 640,000,000이며, 청구법인이 청구외 법인으로부터 쟁점부동산의 매매대금으로 1,117,340,000원을 지급받은 사실이 없으므로, 처분청이 쟁점부동산의 매매가액을 1,117,340,000원으로 보아 법인세를 과세함은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 그런데, 처분청이 제출하는 쟁점부동산에 관한 매매계약서, 매수인인 청구외 법인의 거래사실확인서, 매매대금수령에 따른 영수증, 청구법인이 쟁점부동산의 잔금 310,000,000원을 매매계약당시 정한 기일보다 먼저 지급받으면서 ’89.11.20 청구외 법인에게 제출한 각서, 쟁점부동산의 소유권 및 점유권 이전이 청구법인의 사정으로 지체됨에 따라 청구법인이 ’89.12.18 청구외 법인에게 제출한 각서등의 내용을 종합하여 보면, 청구법인은 ’89.9.4 쟁점부동산을 청구외 법인에게 1,123,700,000원으로 양도하기로 매매계약을 체결한 후 청구법인이 부동산 명도시 지급받기로 한 잔금 중 310,000,000원을 먼저 지급받으면서 매매대금에서 공제하기로 한 이자상당액 6,360,000원을 차감한 1,117,340,000원을 다음과 같이 청구외 법인으로부터 지급받았음이 확인되는 바, 위와 같은 사실을 반증하는 입증자료의 제시가 없는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다. 다 음 (단위: 원) 구 분 매매계약서상 지급조건 실제 지급금액 약 정 일 금 액 지급일 금액 계약금 중도금 잔 금 잔 금 ‘89.9.4 ‘89.10.17 ‘89.12.4 200,000,000 360,000,000 563,700,000 ‘89.9.4 ‘89.10.17 ‘89.11.20 ‘90.1.10 200,000,000 360,000,000 310,000,000 247,340,000 합 계 1,123,700,000 1,117,340,000

• 다. 쟁점②에 대하여

(1) 관련법령

1. 국세기본법 제26조의 2 제1항에서 『국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다』라고 규정하면서 그 제1호에서『법인세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년간』으로 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제12조의 3 제1항에서 『법 제26조의 2 제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다』라고 규정하면서 그 제1호에서 『과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날』이라고 규정하고 있다.

2. 한편, 법인세법 제9조 제1항에서 『내국법인의 각사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』라고 규정하고, 같은법 제17조 제3항에서 『상품·제품 기타 생산품에 해당하지 아니하는 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도로 한다』라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

1. 쟁점①에서 본 바와 같이 청구법인은 쟁점부동산의 매매대금으로 ’89.9.4 계약금 200,000,000원, ’89.10.17 중도금 360,000,000원, ’89.11.20 잔금중 일부인 310,000,000원, ’90.1.10 잔금 247,340,000원을 지급받았음이 확인되는 바, 쟁점부동산의 양도시기는 대금청산일인 ’90.1.10로 보아야 할 것이다.

2. 그런데, 국세기본법 제26조의 2 제1항, 같은법 시행령 제12조의 3 제1항에서 법인세는 법인세과세표준과 세액에 대한 신고기한의 다음 날부터 5년이 경과된 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 법인세법 제9조 제1항, 같은법 제17조 제3항에서 부동산의 양도에 따른 익금과 손금은 원칙적으로 대금청산일이 속하는 사업년도에 귀속된다고 규정하고 있는 바, 쟁점부동산의 대금청산일이 ’90.1.10임이 확인되는 이 건의 경우 쟁점부동산의 양도에 따른 익금과 손금은 ’90.1.1～’90.12.31 사업년도에 귀속되고, ’90.1.1～’90.12.31 사업년도의 법인세과세표준 및 세액의 신고기한은 ’91.3.31이므로, 쟁점부동산의 양도차익에 대한 법인세 부과제척기간은 ’91.4.1～’96.3.31로 보아야 할 것이다. 한편, 청구법인은 매매계약서상 잔금지급약정일이 ’89.12.4이며 잔금수령이 지연된 사유가 매수인에게 있으므로, ’89년에 지급받은 계약금, 중도금에 대한 법인세는 부과제척기간이 경과되었다고 주장하고 있으나, 부동산 양도차익에 대한 법인세 부과제척기간은 계약금, 중도금, 잔금의 각 지급일로 구분하여 가리는 것이 아니고, 또 매매대금이 지연지급되었는지 여부와는 관계없이 대금청산일이 속하는 사업년도를 기준으로 결정되는 것이므로 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

• 라. 쟁점③에 대하여 청구법인은 쟁점부동산의 매매대금을 처분청이 조사한 1,117,340,000원으로 인정한다 하더라도 청구법인이 쟁점부동산의 매매대금 640,000,000원에 대하여 법인세 및 방위세를 신고 납부하였으므로 과소신고한 소득금액은 533,340,000원이어서 산출되는 법인세는 금 160,002,000원(533,340,000×30%)이 되고 과소신고가산세와 과소납부가산세는 각각 48,000,600원(160,002,000×30%)과 114,113,426원(160,002,000×4/10,000×1,783)이 되어 부과되어야 할 법인세는 322,116,026원이 되며, 이로부터 산출되는 방위세는 40,000,500원(160,002,000×25%)이 되고 가산세는 8,000,100원(40,000,500×20%)이 되어 부과되어야 할 방위세는 48,000,600원이 되므로 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인의 주장은 쟁점①에서 본 바와 같이 과소신고금액을 잘못 계산하고 운송원가등 손금불산입액 4,065,000원과 부동산 양도차익에 대한 특별부가세를 감안하지 아니한 독자적인 계산에 근거한 것일뿐 처분청의 법인세(특별부가세포함)과세표준 및 세액산정에 달리 잘못이 없으므로 받아들일 수 없다고 판단된다.
• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.