구공장의 양도가 공장이전에 따른 양도소득세 감면대상에 해당되는지의 여부(경정)

[참조결정] 국심1994서0734

[주 문] 삼성세무서장이 1996.2.16 청구인에게 결정고지한 양도세 22,912,570원 및 동방위세 4,582,510원의 과세처분은 조세감면 규제법시행령(1989.12.30 개정) 제55조의 10 제1항에 의거산출세액에 강원도 명주군 OOO리 OO 대지 5,121㎡ 및 공장건물 1,802.4㎡의 가액이 인천광역시 서구 OO동OOOOOO 대지 548.1㎡ 및 공장건물 139.9㎡의 가액에서 차지하는 비율 (100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액을 면제하는 세액으로 하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 인천광역시 OO동 OOOOOO 대지 548.1㎡ 및 공장건물 139.9㎡(이하 "구공장“이라 한다)를 1990.8.18 양도하고 강원도 명주군 OOO리 OO 대지 5,121㎡를 취득하여 1992.6.4 공장건물 1,802.4㎡(이하 "신공장"이라 한다)를 신축하여 2년이상 가동한 구공장을 이전하였다 하여 구조세감면규제법 제67조의 12 제1항의 규정에 의거 1990.9.4 구공장의 양도소득세를 면제신청하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 신공장의 대지를 부동산등기특별조치법에 의하여 취득하였고 그 취득일이 1984.5.6이어서 면제비율이 "0"일 뿐만 아니라 청구인은 구공장을 양도한후 서울특별시 도봉구 OO동 OOOOO에서 절임식품 제조·도매업을 영위하였으므로 공장이전에 해당하지 아니한다 하여 청구인이 신청한 감면을 배제하여 1996.2.16 청구인에게 1990년 귀속 양도소득세 22,912,570원 및 동 방위세 4,582,510원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.4.10 심사청구를 거쳐 1996.7.29 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 신공장의 대지를 부동산등기특별조치법에 의하여 소유권을 이전하게 된 것은 양도자인 청구외 OOO의 사유서와 같이 양도인의 무지와 동 대지의 여건상 부득이한 사유로 인한 것으로 이러한 사실관계를 충분히 납득할 수 있는 서류를 제출한 바 그 취득일을 1984.5.6으로 본다는 것은 국세기본법상 실질과세원칙에 위배되는 처분이며, 청구인이 구공장 양도후 서울특별시 도봉구 OO동 OOOOO에서 절임식품 제조·도매업을 영위하였으므로 공장이전에 해당하지 아니한다고 하였으나 당시 청구인은 거래처 관계상 사업을 계속할 필요가 있어 동 공장을 임대하여 운영하였으며 현재도 별도의 사업체로 운영하고 있는 바 면제요건을 갖춘후에는 신공장에 입주 가동하는 기간중에 다른 곳에서 계속하여 사업을 하는지의 여부는 불문하고 면제한다는 재무부 예규(재일01254-928, 1990.5.24)도 있어 처분청의 주장은 일리가 없으며, 조세감면규제법상 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우에 구공장의 양도일로 부터 1년 이내에 신공장을 시공하고 시공일로 부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하여야 한다고 규정하고 동 기한내에 공장을 시공하지 아니할 경우 면제세액을 추징하도록 하고 동 추징요건에서 제외하는 부득이한 사유를 규정하고 있는 바, 청구인이 비록 구공장을 1990.8.18 양도하고 신공장 건축허가는 1991.10.4 받았으나 청구인은 1990.9.25 토지매매계약을 체결한 후 동 토지에 공장을 설립하려고 사전준비를 계속한 바 동 공장지역이 해안가로서 군사 보호시설구역이며 또한 농지로서 이에 대한 농지전용허가를 득하는데 시일이 걸렸으나 청구인은 법규정상 소정의 기일을 지키기 위하여 1991.6.25 건축허가신청서를 제출하였는 바 1991.5.31 건축법이 새로 개정되어 1차 반려되고 다시 1991.6.29 재신청하였으나 군부대협의등의 미비로 건축심의가 1991.8.29에야 이루어지고 최종 건축허가를 1991.10.4자로 받게 된 것으로서 이는 청구인이 고의로 시공을 늦춘 것이 아니고 관할관청의 허가가 늦어진 것이므로 관련 규정상 부득이한 사유에 해당하므로 추징사유에서 제외된다고 볼 수 있다. 따라서 청구인이 부동산등기특별조치법에 의거 소유권이전등기를 한 사유를 무시하고 토지의 취득을 1984.5.6로 보아 기존 구입토지로 구공장을 이전한 것으로 본 것은 실질과세원칙을 무시한 부당한 처분이며 신공장의 건축허가일자인 1991.10.4을 시공일로 보아 1년 이내에 시공하지 못하였다는 사유로 면제세액 추징요건에 해당한다고 하는 것은 공장의 이전을 도우려는 관련규정의 취지에 반하는 부당한 처분이므로 이 건 과세처분은 취소함이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 구조세감면규제법 제67조의 12 및 같은법 시행령 제55조의 10에 의하여 2년이상 가동한 공장의 이전으로 인한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하기 위하여는 구공장의 대지면적 이상을 취득하여야 하고, 이 경우 취득한 대지면적에는 기존부터 소유하고 있던 토지는 제외하여야 할 것인 바, 이 건의 경우 청구인은 신공장의 대지를 1990.9.25 매매계약하여 취득하였으나 신공장토지의 양도인들의 사정으로 부득이 부동산등기특별조치법에 의하여 소유권을 이전하게 되었다는 주장이나, 청구인이 제출한 신공장대지의 등기부등본에 의하면 양도자인 청구외 OOO의 지분에 대하여 근저당권자인 청구외 OO물산주식회사가 청구인으로 소유권을 이전하기 전인 1993.8.20 근저당권을 말소등기한 사실이 있어 OOO지분에 대하여는 정상적인 방법에 의하여 소유권이전이 가능하였던 것으로 보아 부동산등기특별조치법을 위반하면서까지 변칙적인 방법으로 소유권을 이전하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 한편, 구조세감면규제법시행령 제55조의 10 제5항에 구공장을 양도하고 공장을 이전하면서 공장을 신설하는 경우에는 구공장의 양도일로 부터 1년 이내에 시공하여야 한다고 규정하고 있으므로 청구인이 구공장을 양도하고 신공장의 대지를 취득하였다 하더라도 구공장의 양도일인 1990.8.18로 부터 1년 이내인 1991.8.18까지는 신공장의 시공을 하여야 할 것인데 청구인이 제출한 신공장의 건축물대장에 의하면 청구인은 1991.10.4 신공장의 건축허가를 받은 것으로 보아 신공장을 1991.10.4이후에 시공하였다 할 것이므로 조세감면규제법시행령 제55조의 10 제5항의 규정에 의거 청구인이 양도한 구공장의 양도소득세는 면제할 수 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 구공장의 양도가 공장이전에 따른 양도소득세 감면대상에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법(1989.12.30 개정) 제67조의 12 제1항에는 개인이 2년이상 계속하여 가동한 공장을 이전을 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지등을 양도함으로서 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세를 면제한다고 되어 있고, 같은법 시행령 제55조의 10 제5항에는 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우에 있어서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일로 부터 1년 이내에 시공하고 시공일로 부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하며 기존공장을 취득하는 때에는 구공장의 양도일로 부터 1년 이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 한다고 규정되어 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인의 신공장부지 취득일을 등기부상 취득원인일인 1984. 5.6로 보아 청구인이 기존소유 토지에 구공장을 이전한 것이므로 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보았으나 청구인은 정상적인 방법에 의하여 신공장부지의 소유권이전등기가 어려웠으므로 불가피하게 부동산소유권이전등기등에 관한 특별조치법에 의거 소유권이전을 하다보니 위 법규정상 매매일을 1984.5.6로 한 것일 뿐 실제로는 1991.6.10 잔금을 청산하고 취득하였으므로 1991.6.10을 취득시기로 보아야 한다고 주장하면서 이에 대한 증빙으로 부동산매매계약서, 매매대금수령영수증, 신공장부지 매매시 중개인인 청구외 OOO 및 양도자인 청구외 OOO의 사실확인서, 청구외 OOO의 제적등본을 제출하고 있는 바 이에 대하여 살펴본다. 신공장부지의 매매계약서에 의하면 청구인을 양수자로 청구외 OOO을 양도자로 청구외 OOO를 중개인으로 하여 매매대금 25,000,000원에 1991.1.20 매매계약이 되었으며 잔금지급일은 1991.6.10로 되어 있음이 확인되고, 매매중개인인 청구외 OOO의 사실확인서에 의하면 신공장부지에 대한 계약을 1990.9.25 가계약체결시키고 1991.1.20 정식 매매계약서를 작성하여 신공장부지계약을 중개하였음을 확인하고 있고, 양도자인 청구외 OOO의 사실확인서에 의하면 신공장부지는 청구외 OOO의 소유였으며 양도자가 1962년 10월경 매입하여 경작하던중 1969년 등기부상 공유자 OOO가 사망하였고 양수자에게 매각시 등기이전을 하려고 하니 OOO의 자녀가 여러명으로 본인을 찾을 수 없었으며 양도자의 어업관계로 OO물산(주)에서 돈을 빌려쓰고 근저당권을 설정한 바 이의 말소등기에 시간이 걸렸으며 이러한 여러 어려움으로 사법대서소에서 시키는 쉬운 길을 택하여 청구외 OOO의 장남인 청구외 OOO과 마을 농지위원들의 동의를 얻어 부동산소유권이전등기등에 관한 특별조치법에 의하여 등기이전을 하게 된 것임을 확인하고 있으며, OOO의 제적등본에 의하면 OOO는 1969.5.11 사망하였고 그 자녀가 10명임이 확인된다. 신공장부지의 등기부등본에 의하면 1962.3.10 청구외 OOO가 소유권보존등기를 양도자인 OOO이 소유권일부이전등기를 하였고, 1993.11.30 공유자 전원의 지분이 청구인 앞으로 소유권이전등기되었는 바, 이와 위의 사실관계를 모두어 볼 때 청구인이 공유자 OOO의 지분을 이전등기하기 위하여는 청구인의 자녀앞으로 상속등기를 거쳐 청구외 OOO앞으로 소유권이전등기를 한 후 청구외 OOO이 청구인에게 소유권이전등기를 하여야 하나 OOO의 자녀들의 소재를 파악하여 위와 같은 절차를 거치기에는 많은 어려움이 있을 것으로 예상되므로 청구인이 부동산소유권이전등기등에 관한 특별조치법에 의하여 소유권이전등기를 하게 되었으므로 이 법에 의하면 1985.12.31이전 매매분에 한하여 이 법의 적용이 가능하므로 소유권이전등기를 하기 위하여는 불가피하게 1984.5.6 매매를 원인으로 한 것이 인정된다 할 것이고 신공장의 건축물관리대장에 의하면 신공장의 건축허가일이 1991.10.4임이 확인되는 바 1991.1.20 매매계약을 체결하여 1991.6.10 잔금을 청산하고 신공장의 부지를 취득하였다는 청구인의 주장은 타당한 것으로 인정된다 할 것이다.

(2) 구공장 양도후 신공장부지를 취득한 경우 관련규정상 신공장을 구공장 양도일로부터 1년 이내에 시공하고, 시공일로 부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하여야 양도소득세 면제대상에 해당되는 바 이에 대하여 살펴본다. 구공장의 대지 및 공장건물의 등기부등본에 의하면 청구인은 1990.8.18 구공장을 양도한 사실이 확인되고, 신공장의 공장설립신고확인서에 의하면 청구인은 1991년 5월을 착공예정일로 하고 1992.4.30을 준공예정일로 하여 1991.5.9 명주군수에게 공장설립신고를 하였음이 확인되며, 농지전용허가신청서 및 명주군의 농지전용허가공문(산업27210-10080, 1991.6.27)에 의하면 청구인은 1991.5.6 식품공장시설을 목적으로 신공장부지에 대한 농지전용허가를 신청하였으며, 명주군수는 1991.6.27 농수산물처리가공(절임식품제조업)시설용지로 농지전용허가를 하였음이 확인되고, 청구인의 사업자등록증에 의하면 청구인은 신공장의 소재지를 사업장으로 하여 상호를 OO물산으로, 개업년월일을 1991.7.19로, 사업의 종류를 제조·도매(절임식품·농수산물)로 하여 1991.7.26 사업자등록을 하였음이 확인되며, 신공장건물의 건축물관리대장에 의하면 그 용도가 단무지 제조공장으로 되어 있고 건축허가일이 1991.10.4로, 준공검사일이 1992.6.4로 되어 있음이 확인된다. 또한 91.7.1자 강원도 강릉시 OOOO중장비협회 회장 청구외 OOO가 작성한 영수증기재에 의하면 신공장부지의 정리와 성토운임 및 작업비로 2,000,000원을 영수한 것으로 확인된다. 처분청은 청구인이 구공장 양도후 신공장부지를 취득하였다 하더라도 신공장건물의 건축허가일이 1991.10.4이므로 건축허가일이후 시공된 것으로 보아 구공장 양도일로 부터 시공일까지의 기간이 1년을 초과하므로 청구인이 양도한 구공장은 양도소득세 면제대상이 아니라고 하였으나, 위 관련법령에서 규정하고 있는 『공장』이라 함은 공장의 건축물만 의미하는 것이 아니라 공장을 구성하는 공장부지 및 건축물의 일체를 의미하는 것으로 해석하여야 하고 신공장을 구성하는 공장건물의 건축공사를 시공하기에 앞서 그 건축물이 세워질 부지 조성공사를 시공하는 것도 신공장을 시공하는 것으로 보아야 하는 것인 바[대법원 92누2257(1992.10.27), 국심 94서0734(1994.9.30 합동회의) 등 같은 뜻임], 위에서 살펴본 바와 같이 청구인이 공장건축을 위한 농지전용허가, 공장설립신고가 구공장 양도일로 부터 1년 이내에 이루어졌고, 공장부지 성토비가 구공장 양도일로 부터 1년 이내인 1991.7.1 지급된 사실이 확인되므로 신공장의 부지조성공사는 구공장의 양도일인 1990.8.18로 부터 1년 이내에 이루어진 것으로 인정된다 할 것이다. 그렇다면 신공장은 구공장의 양도일로 부터 1년 이내에 시공하고 2년 이내에 준공하였으므로 양도소득세 면제대상에 해당된다 할 것이며, 청구인이 다른 장소에서 다른 사업을 하였다 하더라도 위와 같이 면제요건을 충족한 이상 양도소득세 면제를 배제할 수 없다 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있다 할 것이므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.