종교법인이 고유목적 사업용 토지의 양도에 대해 세액면제신청서를 제출하지 아니하였다 하여 특별부가세 면제규정을 배제한 처분의 당부 및 토지 양도에 대해 90년도 개별 공시지가가 없다하여 91년도 개별 공시지가를 적용하여 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문] 서부세무서장이 96.3.2 청구법인에게 부과처분한 90년1.1.-12.31 사업년도 특별부가세 59,567,510원 및 동 방위세7,869,750원은 법인세법 제59조의2 제3항, 소득세법시행령제115조 제1항 제1호 (가)목단서 및 같은법시행규칙 제56조의5 제1항의 규정에 따라 쟁점토지에 대한 취득 및 양도 당시의 기준시가를 재조사하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 충청북도 청주시 OO동 OOOOO 대지 419.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 74.8.6 취득하여 90.11.5 청구외 OOO외 1인에게 양도한 바 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 양도와 관련하여 특별부가세 면제신청을 별도로 하지 아니하였다고 하여 96.3.2 청구법인에게 90년 1.1-12.31 사업년도 특별부가세 59,567,510원 및 동 방위세 7,869,750원을 부과 처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.4.17 심사청구를 거쳐 96.7.8 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 조세법률주의에 의하여 조세감면규제법 제67조 14의 제4항은 법률로 명백히 규정하여야 하는 사항임에도 불구하고 포괄적으로 그 시행령을 대통령에게 위임하고 있으므로 본 규정은 법률로서 감면하게 한 것을 시행령으로 규제하는 규정으로서, 행정입법으로서 새로운 과세요건을 규정할 수 없다는 과세요건 법정주의의 기본에 어긋난다고 할 것인 바, 면제신청을 별도로 하지 아니하였다고 하여 감면배제한 이 건 부과처분은 부당하다. 또한 처분청은 쟁점토지의 특별부가세를 결정하면서 90년도의 공시지가가 없다하여 91년도 공시지가를 기준으로 하여 취득가액을 산출한 것은 명백히 법률에 어긋나므로 이 건 부과는 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 종교의 보급 기타 교화목적으로 설립된 법인이 고유목적사업에 직접 사용하던 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득의 감면요건은 당해 토지를 고유목적사업에 직접 사용만 하면 되는 것이지 반드시 면제신청을 하여야 하는 것은 아니라고 주장하고 있으나 쟁점토지 양도당시 시행되던 구조세감면규제법 제67조의14 제4항에서는 당해법인이 면제신청을 하는 경우에 한하여 그 특별부가세를 면제하도록 규정하고 있는 바, 조세감면규제법은 조세특례사항을 규정한 법으로서 그 해석 및 적용을 함에 있어 엄격히 하여야 할 것으로 비록 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하다 이를 양도하였다 하더라도 법소정의 면제신청을 별도로 하지 아니하였다면 그 특별부가세를 면제할 수는 없다 할 것이므로 동 면제규정을 적용하지 아니한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 종교법인이 고유목적 사업용 토지의 양도에 대해 세액면제신청서를 제출하지 아니하였다 하여 특별부가세 면제규정을 배제한 처분의 당부와

(2) 쟁점토지 양도에 대해 90년도 개별 공시지가가 없다하여 91년도 개별 공시지가를 적용하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

• 나. 쟁점1에 대하여 본다.

(1) 관련법령 조세감면규제법 제67조의 14 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유사업목적에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다”고 규정하면서, 그 제2호에서 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적사업에 직접 사용하는 토지”로 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제55조의 12 제4항에서 “법 제67조의 14의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 청구법인이 쟁점토지를 양도하고 이 건 관련 세액 면제신청서를 제출하지 아니한 사실에 대해서는 다툼이 없으나 청구법인은 세액 면제신청서를 별도로 제출하지 아니하였다고 하여 이 건 감면배제한 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 위 관련법령에 의하면 종교의 보급 기타 교화를 목적을 설립된 법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로서 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제하도록 규정되어 있고 동 면제 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정되어 있으며 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세 면제신청서를 제출하여야 한다고 각각 규정되어 있는 바, 청구법인이 이 건 관련 특별부가세 면제신청서를 제출하지 않았으므로 처분청이 이 건 특별부가세 면제를 배제한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

• 다. 쟁점2에 대하여 본다

(1) 관련법령 법인세법 제59조의2 제3항에서 “토지의 양도로 인하여 발생한 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 금액으로 한다. 다만 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득 당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하고 있고, 같은법시행령 부칙 제3항에서 “이영 시행 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. 90.1.1 기준으로 한 공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액 / 90.1.1기준으로 한 공시지가 고시일 현재의 과세 시가표준액”으로 규정하고 있다. 소득세법 제60조에서 “소득세법 제23조 제4항 및 제45조 제1항 제1호에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다”고 규정하고 있으며 동법시행령 제115조 제1항 제1호에서 토지에 대한 기준시가는 국세청장이 지정하는 지역을 제외하고는 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 “개별공시지가”라 한다)로 하되 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 규정하고 있고 동법시행규칙 제56조의5 제1항에서 “소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 (가)목 단서에서 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액이라 함은 당해 토지와 지목 이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지의 개별공시지가를 기준으로 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 세무서장이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 비교표를 적용함에 있어서는 당해 인근토지를 표준지로 본다”고 규정하고 있다. 지가 공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항에서 “건설부 장관은 제1항의 목적을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 표준지와 지가산정대상토지의 지가형성요인에 관한 표준적인 비교표(이하 “토지가격 비준표”라 한다)를 작성하여 관계행정기관 등에 제공하여야 하며 관계 행정기관 등은 이를 사용하여 지가를 산정하여야 한다”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 첫째, 처분청은 쟁점토지의 양도가액을 결정함에 있어서 쟁점토지에 대한 90년도 개별공시지가가 고시된 바 없고, 90년도중 지가가 상승할 만한 요인이 없어 91년까지 같은 수준을 OO하였다고 보아 91년도 공시지가(㎡당 270,000원)을 적용하였음이 처분청의 공시지가 조사 복명서 및 이 건 관련 과세자료에 나타나고 있다. 둘째, 당심이 충청북도 청주시 상당구청장에게 확인한 바에 의하면 쟁점토지는 조사대상 기준일(90.1.1)현재 종교법인 토지(비과세)로서 미조사된 필지라고 회신한 바 있다. 셋째, 위 관련 법령에 의하면 개별공시지가가 없는 토지에 대해서는 세무서장이 당해 토지와 지목·이용상황 등 지가 형성요인이 유사한 인근토지의 개별공시지가를 기준으로 건설부장관이 제공하는 표준지와 지가산정대상 토지의 지가형성요인에 관한 표준적인 비교표 즉 토지특성(용도지역, 토지용도, 도로접면상태 등)의 조사·비교, 가격조정율을 가감적용 이를 산정하여야 하나 처분청의 고시지가 조사 복명서에 위 표준적인 비교표를 사용한 사실이 나타나지 아니하는 바, 처분청은 위 관련법령에 따라 쟁점토지에 대한 개별공시지가를 재조사하여 이 건 과세하여야 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.