청구인이 직장주택조합에 국민주택건설용지로 양도한 토지에 대하여 조세감면규제법상의 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부(경정)

[주 문] OO세무서장이 96.1.20 청구인에게 한 94년도 귀속분 양도소득세 333,264,230원의 부과처분은 서울특별시 노원구 OO동 OOOOO호외 6필지 2,490.3㎡의 양도가 조세감면규제법 제66조의 감면요건에 해당하므로 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 76.11.10 취득한 서울특별시 노원구 OO동 OOOOOO 외 6필지 2,490.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 94.10.11 청구외 OO은행 OO동 직장주택조합에 조합주택 건설용지로 양도하고 94.7.31 쟁점토지의 양도소득세 과세표준 예정신고 및 납부를 하였으며 95.5.31 양도소득세 과세표준 확정신고시에는 양도시기를 수정하여 양도소득세 88,868,000원을 추가로 납부하면서 기히 납부한 세액에 대한 환급을 신청하였고 청구외 OO은행 OO동 직장주택조합이 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면신청서를 처분청에 제출하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 양수인인 청구외 OO은행 OO동직장주택조합이 주택건설 등록업자가 아니어서 조세감면규제법 제66조 소정의 양도소득세 감면요건에 해당하지 아니하는 것으로 보아 96.1.20 청구인에게 양도소득세 333,264,230원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.3.18 심사청구를 거쳐 96.6.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인이 쟁점토지를 국민주택 건설용지로 직장주택조합에 양도하였고, 주택건설업자의 등록을 규정한 주택건설촉진법에서는 주택조합을 주택건설등록업자의 등록대상에서 제외하고 주택건설등록업자와 공동으로 사업을 시행하도록 의무화하여 주택조합과 등록업자를 공동사업주체로 보도록 규정하고 있으므로 주택조합도 주택건설사업자와 동일한 지위를 가지므로 청구인이 쟁점토지를 국민주택건설용지로 주택조합에 양도한 것에 대하여 조세감면규제법 제66조의 규정에 의하여 양도소득세를 감면하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 주택조합도 조세감면규제법 제66조 제1항의 주택건설등록업자에 포함된다고 주장하고 있으나 조세감면규제법 제66조 제1항의 주택건설업자는 주택건설촉진법 제6조에 의하여 건설부장관에게 등록한 자만을 말하고 등록되지 아니한 주택조합은 이에 해당하지 않으므로 처분청이 양도소득세의 감면을 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구인이 직장주택조합에 국민주택건설용지로 양도한 쟁점토지에 대하여 조세감면규제법상의 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

① 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호에서는 내국인이 토지를 주택건설 등록업자에게 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있으며, 같은조 제3항 및 같은법 시행령 제63조 제9항에는 양도소득세의 감면은 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 적용하며, 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자는 당해토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한 내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서에 주택건설업자등록증 사본 또는 사업자등록증 사본, 양수한 토지의 등기부등본, 매매계약서 사본을 첨부하여 양도자의 소관 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

② 한편, 주택건설촉진법 제6조 제1항에서는 연간 대통령령으로 정하는 일정호수 이상의 주택건설사업 또는 일정면적 이상의 대지조성사업을 영위하고자 하는 자는 건설부장관에게 등록토록 하고 있는 한편, 국가의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사와 주택조합 등은 주택건설등록업자의 대상에서 제외토록 규정하고 있으며, 같은법 제44조 제3항에서는 주택조합이 조합주택을 건설하는 경우 등록업자와 공동으로 사업을 시행토록 의무화하고 이 경우 주택조합과 등록업자를 공동사업주체로 본다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구인은 76.11.10 취득한 쟁점토지를 94.10.11 청구외 OO은행 OO동 직장주택조합에 양도한 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다.

② 청구인은 94.7.31 쟁점토지에 대한 자산양도차익 예정신고 및 납부를 하였으며, 95.5.31 양도소득세 과세표준확정신고시 쟁점토지의 양도시기를 수정하여 추가로 88,868,000원을 납부하면서 기납부한 양도소득세의 환급을 신청한 사실과 청구외 OO은행 OO동 직장주택조합이 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면신청서를 처분청에 제출한 사실 등이 확인된다.

③ 서울특별시 중구청장은 94.7.6 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의하여 청구외 OO은행 OO동 직장주택조합의 설립을 인가한 사실이 확인된다. 이상의 사실을 종합하여 보면, 조세감면규제법 제66조 제1항은 국민주택건설용지를 싼값에 공급하려는데 그 입법취지가 있고, 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지개발공사 등에게는 주택건설촉진법 제6조 제1항의 등록의무가 면제되는 것은 그 등록을 하지 않아도 등록업자와 동일한 지위를 갖게 하려는 취지라 할 것인데, 주택조합도 위 국가등과 마찬가지로 등록의무가 면제될 뿐만 아니라 전시한 주택건설촉진법 제44조 제3항은 주택조합을 등록업자와 공동사업주체로 보고 있으므로, 주택조합도 주택건설촉진법 제6조 제1항의 규정에 의한 주택건설등록업자와 동일한 지위를 갖는다 할 것(대법원 94누8440, 95.12.12, 같은 뜻)인 바, 쟁점주택조합이 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 아니라 단지 주택건설촉진법 제44조에 의하여 설립인가된 주택조합일 뿐이므로 청구인이 쟁점토지를 쟁점주택조합에 양도함으로써 발생한 양도소득이 조세감면규제법 제66조 제1항에서 규정한 양도소득세 감면대상이 되지 않은 것으로 보아 청구인의 환급신청을 거부한 당초 처분은 부당한 반면, 주택조합도 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호에서 규정한 주택건설등록업자(주택건설촉진법 제6조 제1항의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자)와 동일한 지위를 가지므로 청구인이 주택조합에 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여야 한다는 청구주장은 이유있다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.