별도로 지급한 상수도공사비 및 오폐수처리장부담금을 공장부지의 취득가액으로 볼 수 있는지의 여부(경정)

[주 문] OO세무서장이 95.12.16 청구법인에게 한 91사업년도분 법 인세 28,401,540원과 93사업년도분 법인세 86,231,290원의 결정고지 및 92사업년도분 법인세 1,442,910원과 94사업년 도분 법인세 855,041원의 환급처분은 오폐수처리장부담금 68,097,000원을 구축물 가액으로 보고 구축물의 내용연수를 적용하여 정율법에 의한 감가상각비를 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 충청북도 진천군 OO공업단지의 부지 42,800㎡(이하 “쟁점공장부지”라 한다)를 분양받기로 충청북도 진천군과 89.10.31 가계약을 체결하고 91.3.31 부지대금 명목으로 1,665,038,000원, 상수도공사비로 256,436,000원을 지급하였으며 92.9.30 본 계약을 체결하고 이후 93.8.31 오폐수처리장부담금으로 68,097,000원을 지급하였다. 청구법인은 위 금액 중 부지대금은 토지가액으로 계상하고 상수도공사비, 오폐수처리장부담금 등의 추가발생비용과 동 건설자금이자를 포함한 398,357,541원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 시설이용권등 무형고정자산으로 계상하여 감가상각하여 왔으며, 한편, 쟁점공장부지 중 일부(0.81653)가 공장기준면적초과로 비업무용부동산에 해당되자 그 취득시기를 본계약체결일인 92.9.30로 보아 95.3월 94사업년도분 법인세신고시에 92, 93사업년도분에 대한 지급이자 및 유지관련비용을 손금부인하여 추가납부세액을 납부하였다. 처분청은 부지대금, 상수도공사비, 오폐수처리장부담금 등 쟁점금액 전체를 토지취득에 대한 부대비용으로 보아 청구법인이 매사업연도마다 상각한 금액(92: 7,265,880원, 93: 23,669,862원, 94: 24,249,832원)을 손금부인하고, 공장기준면적초과분에 대한 비업무용부동산의 판정 및 그에 대한 법인세의 적정납부 여부 등을 판단함에 있어 쟁점공장부지의 취득일을 부지대금완납일인 91.3.31로 보아 이때로부터 2년이 경과된 날(93.3.31)이 속하는 93사업년도의 법인세에 가산하여 납부하여야 되는 것으로 보고 청구법인이 95.3월 신고납부한 것을 무신고로 보아 가산세 등을 결정하여, 95.12.16 청구법인에게 91사업년도분 법인세 28,401,540원 및 93사업년도분 법인세 86,231,290원을 각각 결정고지하고, 92사업년도분 법인세 1,442,910원 및 94사업년도분 법인세 855,040원에 대하여는 각각 환급결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.2.15 심사청구를 거쳐 96.6.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구1) 상수도공사비등 쟁점공장 부지매입대금과는 별도로 지급한 금액은 별개의 공사비로 구분표시하고 있고, 이는 입주업체가 공동으로 건설한 건설비용으로서 부지매입과 관련된 부대비용이 아니고 별도의 자산이며, 위 시설을 이용할 수 있는 권리를 갖고 있는 것이므로 무형고정자산인 시설이용권 등으로 회계처리하여 매사업년도마다 균등액을 상각한 것은 정당하다. 청구2) 공장기준면적초과로 비업무용부동산에 해당되는 쟁점공장부지의 취득시기는 본 계약체결일인 92.9.30로 보아 비업무용부동산 관련 규정을 적용하여야 하므로 그 취득시기를 부지대금 등의 납부일인 91.3.31로 보아 가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 현행 법인세법상 고정자산의 취득가액은 취득당시의 고정자산가액과 법인이 고정자산을 취득하여 법인 고유목적사업에 직접 사용할 때까지의 제반비용을 포함하는 것으로 고정자산이 고유기능을 발휘할 수 있는 시점까지 투입된 비용은 자본화하는 것이라고 해석하고 있는 바, 이 건과 같이 청구법인은 쟁점공장부지를 취득하면서 충청북도 진천군으로부터 공장부지 뿐만 아니라 기타 공단으로 조성되는 부대비용까지도 부담하고 취득한 것으로 쟁점금액 또한 쟁점공장부지를 청구법인의 공유목적사업인 공장용지로 사용할 때까지의 제반비용으로 공장부지 조성에 투여된 비용으로 보아야 할 것이지, 청구법인의 주장과 같이 위 상수도 시설과 오폐수처리장을 무형고정자산인 별도의 시설이용권이라고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 토지에 대한 자본적지출로 보아 청구법인이 당초 무형고정자산으로 계상하고 매 사업년도별로 상각한 감가상각비를 부인하여 과세한 당초 처분에는 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 쟁점공장부지의 가액과는 별도로 지급한 상수도공사비 및 오폐수처리장부담금을 공장부지의 취득가액으로 볼 수 있는지의 여부와

(2) 쟁점공장부지의 취득시기를 언제로 하여 비업무용부동산판정 등의 관련 규정을 적용할 것인지에 있다.

• 나. 관련법령 먼저 자산의 취득가액계산에 관한 관련규정을 보면, 법인세법 제17조 제2항에서 “내국법인이 매입·제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제37조 제1항에서는 “법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액”이라고 규정하고 있다. 다음 자산의 취득시기에 관한 관련규정을 보면, 법인세법시행령 제124조의 2 제13항에서 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용하도록 하고 있으며, 같은령 제53조 제2항에서 “완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우에 당해자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다”라고 규정하고 있다. 한편, 법인세법시행규칙 제18조 제3항에서 “비업무용부동산등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다하고 그 제1호에서 지방세법시행령 제84조의 4 제1항에 규정된 공장용부지의 경우에는 취득한 후 2년이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 규정하고 있으며, 같은조 제7항에서는 “제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한내에 당해부동산을 업무에 직접사용하지 아니한 경우에는 당해부동산을 취득한 날부터 비업무용부동산으로 본다. 이 경우 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도이전 사업년도의 지급이자 및 령 제30조 제1호의 규정에 의한 유지·관리비를 손금에 산입하지 아니한 때에는 다음 각호의 방법에 의하여 계산하여 증가하는 세액중 하나를 선택하여 동 세액을 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도의 법인세에 가산하여 납부한다.

1. 전사업년도의 각 사업년도소득·과세표준 등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 전사업년도의 결정세액을 차감한 세액

2. 전사업년도의 과세표준금액과 손금에 산입되지 아니하는 지급이자 등을 합한 금액에 법 제22조의 규정에 의한 세율(공공법인의 경우에는 조세감면규제법 제8조의 규정에 의한 세율)을 적용하여 산출한 세액에서 전사업년도의 산출세액을 차감한 세액“이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점금액중 91.3.31 납부한 상수도공사비 256,436,000원 및 동 건설자금이자에 대하여는 공업용수시설이용권(176,440,494원)과 하수종말처리장이용권(153,820,047원)으로 각각 계상하고, 93.8.31 추가납부한 오폐수처리장부담금 68,097,000원에 대하여는 폐수처리장이용권으로 계상하여 각각 정액법으로 감가상각하였으나 처분청은 위 상수도공사비, 오폐수처리장부담금을 쟁점공장부지 취득에 따른 부대비용으로 보아 청구법인이 손금계상한 감가상각비를 손금부인하여 과세하였음이 결정결의서 등 관련서류에 의하여 확인된다. 청구법인은 쟁점공장부지를 충청북도 진천군으로부터 취득함에 있어 89.10.31 위 진천군과 분양가계약을 체결하였고, 그 내용을 보면 부지금액을 1,625,600,000원으로 정하고 공단조성완료후 부지가격, 부지면적등의 정산 및 본계약을 체결키로 하였으며, 91.3.29 부지대금 1,665,038,000원과 상수도공사비등의 명목으로 256,436,000원 합계 1,921,474,000원을 납부완료하였고, 한편 분양자인 위 진천군이 91.5.18 쟁점공장부지를 포함한 OO공업단지조성공사를 준공함에 따라 92.9.30 청구법인은 위 진천군과 부지분양총액을 1,921,474,000원(부지가액: 1,665,038,000원, 부대비용: 256,436,000원)으로 하는 본 계약을 체결하였으며, 그후 폐수처리장비용등이 추가발생되어 93.8.31 청구법인부담해당액 68,097,000원을 납부하였음이 OO공단부지분양가계약서, 본계약서, 준공검사조서 및 추가부담금내역표등에 의하여 확인되고 있다.

(2) 쟁점공장부지 분양본계약서 제3조 및 제4조에 의하면, 부지대금은 공장부지조성비와 이에 수반되는 부대시설에 소요된 일체의 비용을 포함한 금액으로 하되, 부대공사에 소요된 금액은 공사완료후 증감액을 조정토록하였는 바, 이에 따라 청구법인은 쟁점공장부지대금의 일부로 쟁점금액을 지급하였음을 알 수 있고, 한편, 현행 법인세법상 고정자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용 등을 가산한 금액으로 하고 있으며, 다만, 이 건 오폐수처리장부담금의 경우처럼 법인의 폐수처리시설을 설치·사용할 목적으로 폐수처리장의 설치에 따른 비용을 공동부담하여 설치한 경우에는 각자 부담분에 대하여 구축물계정으로 처리한 후 각각 감가상각할 수 있는 것이며 이 경우 감가상각내용연수는 구축물(폐수처리장)의 내용년수를 적용하는 것이라 할 것인 바(같은뜻: 국세청예규 법인22601-1996, 86.6.20), 위 사실내용과 관련규정을 종합하여 볼 때 쟁점금액중 상수도공사비 256,436,000원 및 동 건설자금이자 73,824,541원 합계 330,260,541원은 그 대금의 지급이 부지대와 동시에 포함지급되었고 공장부지로의 사용에 필수적인 관련비용이라 할 것이므로 쟁점공장부지의 매입에 따른 부대비용으로 보아 취득가액으로 봄이 타당하다 할 것이며, 별도의 자산으로 구분계상이 가능한 오폐수처리장부담금 68,097,000원은 유형고정자산인 구축물계정으로 구분계상하고 구축물에 대한 감가상각의 내용연수(법인세법시행규칙 별표의 고정자산 내용연수표 별표1중 종류: 3. 구축물, 구조 및 용도: (6) 기타)를 적용하여 정율법에 의한 감가상각비를 손금계상하는 것이 타당하다고 판단된다. 한편, 청구법인이 계상한 무형고정자산과 그 관련규정을 보면, 폐수처리장이용권 및 하수종말처리장이용권은 법인세법시행규칙 별표3의 무형고정자산의 내용년수표상 규정되어 있지도 아니하며, 공업용수시설이용권은 규정되어 있으나 공업용수시설이용권에 관하여 정의하고 있는 수도법 제3조에 의하면 공업용수도사업자가 원수, 정수를 공업용에 적합하게 처리하여 수요자에게 공급하기 위한 수도에 관련된 시설의 이용권으로 규정하고 있는 바, 청구법인이 회계처리한 공업용수시설이용권은 법규정상의 시설이용권의 개념이 아닌 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. 쟁점공장부지중 일부(전체면적의 0.81653해당)가 공장기준면적초과로 비업무용부동산에 해당되어 당초 취득일로부터 동 비업무용부동산에 대한 관련지급이자 및 유지비용을 손금부인하여 해당사업년도의 추가납부세액을 비업무용부동산에 해당되게 되는 때가 속하는 사업년도의 법인세에 가산하여 납부하는 대상이 되었는 바, 이에 대하여 청구법인은 쟁점공장부지의 취득시기를 본 계약체결일인 92.9.30로 보고 그로부터 2년이 경과하는 94.9.30을 비업무용부동산으로 판정하는 때로 보아 94사업년도 법인세과세표준 및 세액신고시에 92, 93사업년도의 동 추가납부세액을 납부하였으나, 처분청은 91.3.31이 쟁점공장부지대금의 청산일로서 그 취득일이므로 비업무용부동산으로 판정하는 시점을 93.3.31로 보아 93사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시에 동 추가납부세액을 신고납부하여야 하는 것으로 보고 이를 불이행하였으므로 가산세를 적용과세하였음이 결정결의서, 법인세신고서등 관련서류에 의하여 확인되고 있다. 쟁점공장부지는 충청북도 진천군이 조성한 OO공업단지부지중의 일부로서 동 OO공업단지는 앞에서 확인한 바와 같이 공단부지조성전에 청구법인과 분양가계약, 대금납부등의 절차를 거쳐 분양받게된 것으로 이는 완성되지 아니한 자산을 취득한 경우로서, 대금지불은 완료되었으나 토지의 조성공사가 완료되지 아니하여 사용하지 못하는 경우에는 당해토지의 조성공사가 완료된 날을 취득일로 보아야 할 것인 바(같은뜻: 국세청 예규 법인22601-839, 92.4.15 외 다수), 쟁점공장부지의 경우 대금지급은 사실상 91.3.31 완료되었으나 부지조성공사는 91.5.18 준공되었음이 충청북도 진천군의 OO공업단지조성공사에 대한 준공검사조서에 의하여 확인되고 있으므로 준공과 함께 완료되었다 할 것인 바, 그 취득일은 91.5.18로 봄이 타당하다고 할 것이나, 이는 이 건 처분시에 처분청이 그 취득일로 본 91.3.31과 동일 사업년도이므로 이 건 과세처분이 변경될 수는 없다 할 것이므로 처분청이 92·93사업년도분에 대한 이 건 비업무용부동산에 관련된 지급이자 및 그 유지비용을 손금부인함에 따라 추가로 발생하는 법인세를 94사업년도의 법인세에 가산하여납부하지 아니하였다하여 가산세를 적용하여 과세한 처분은 타당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.