쟁점건물내 청구인과 특수관계 없는 임차인의 임대가액을 정상임대가액으로 보고, 청구인과 특수관계 있는 청구외 법인의 임대가액과의 차액에 대해 부가가치세를 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문] 처분청이 95.12.16 청구인에게 한 93년 제2기 부가가치세 875,900원, 94년 제1기 부가가치세 1,300,200원, 94년 제2기 부가가치세 1,366,200, 95년 제1기 부가가치세 1,533,840원의 부과처분은 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOO 소재 부동산 임대용역의 시가를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 및 원처분개요 청구인이 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOO 소재 건물(지하1층, 지상6층 연면적 1,091.23㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)의 임대에 따른 부가가치세 과세표준을 93년 제2기분 10,032,876, 94년 제1기분 9,732,054원, 94년 제2기분 12,854,794원, 95년 제1기분 13,524,282원으로 각각 신고한데 대하여 처분청에서는 청구인의 쟁점건물 임대가액이 부당하게 낮다 하여 임차회사 (주)OO종합상사의 임대가격을 시가로 간주 이 시가보다 과소신고된 임대가액과의 차액만큼 부가가치세 과세표준을 경정하여 93년 제2기 875,900원, 94년 제1기 1,300,200원, 94년 제2기 1,366,200원, 95년 제1기 1,533,840원 계 5,076,140원의 부가가치세를 95.12.16 추가로 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.2.14 심사청구를 거쳐 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 임대업의 경우 위치, 입주자의 업종, 임대면적 등 여러 가지 상황에 의해 임대가격이 형성되는 것이 현실인 바 쟁점건물은 OO동과 OO동의 경계선도로변에 위치하고 있으며, 남부순환도로로 연결되는 언덕에 위치한 사람 통행이 한적한 교통오지로 상가가 형성되지 않고 있으며, 쟁점건물 바로 뒤편은 교회가 위치해 있고 특히 6층은 GMA의 예배실이 있어 소음등 임대조건이 타지역보다 매우 불리한 건물임에 따라 건물준공일 이후 1층을 계속 임대하지 못하고 있었으며, (주)OO종합상사가 93.6.28 이사간 후에도 처분청은 (주)OO종합상사와의 임대료를 시가로 보아 청구인과 특수관계에 있는 (주)OO코리아(이하 “청구외법인”이라 한다)의 임대가격을 부당하게 저가로 임대하였다고 간주하고 그 차액에 대하여 과세한 것은 부당하고 더구나 건물1층은 94.6.30까지 임대사실없었으며 2층도 93.6.1～94.6.30까지 임대하지 않았으나 임대한 것으로 과세함은 실질과세원칙에 위배되어 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장의견 청구인과 청구외 법인은 특수관계에 있음은 다툼이 없고, 처분청이 조사한 쟁점건물의 임차인 중 청구인과 특수관계가 없는 임차인인 (주)OO종합상사에 비해 청구외 법인에 부당하게 낮은 대가로 임대용역을 공급한 것으로 인정되므로 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 쟁점건물내 청구인과 특수관계 없는 임차인의 임대가액을 정상임대가액으로 보고, 청구인과 특수관계 있는 청구외 법인의 임대가액과의 차액에 대해 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 다툼이 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제13조 제1항에서 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다』고 규정하고 있고, 제3호에서 『부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가』라고 규정하고 있으며 동법시행령 제52조 제1항에서 『법 제13조 제1항 제3호에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 현저하게 낮은 대가로 한다』고 규정하고 있고 동법시행령 제50조 제1항에서『법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계있는 자(소득세법시행령 제111조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제46조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다』고 규정하고 있으며 소득세법시행령 제111조 제1항에서 『법 제55조에서 “특수관계있는 자”(이하 이 조에서 같다)라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다』고 규정하고, 제5호에서 『당해 소득자가 단독으로 또는 제1호 내지 제3호에 게기하는 자와 공동으로 총발행주식 또는 총출자지분의 100분의50 이상을 출자하였거나 그 소득자가 대표자인 법인』을 열거하고 있다.
• 다. 처분청은 쟁점건물 2층 47평을 92년부터 93년 사이에 임차한 청구외 (주)OO종합상사의 임대보증금 40,000,000원 월세 811,000원을 기준으로 하여 청구인이 특수관계 있는 청구법인에게 임대한 건물부분에 대한 임대가액을 산정하였다.

(1) 청구외 (주)OO종합상사는 청구인소유의 쟁점건물2층을 93.5.31까지 임차하고 다른 장소로 사업장을 이전하여 영업하고 있음이 청구외 법인의 등기부등본에 의하여 인정되고 있을 뿐만 아니라 청구인이 임대차계약이 종료한 93.5.31 임대보증금 40,000,000원을 지급한 사실이 나타나고 있다. 그런데 이와같이 청구외 (주)OO종합상사는 93.5.31까지 쟁점건물 2층을 임차하였을 뿐인데도 이를 기준으로 93년2기 이후의 청구외 법인에 대한 임대수입금액을 산출함은 임대기간이 다름에 따라서 임대가액이 다른 점을 감안하지 아니한 것으로써 부당하다.

(2) 이건 기준이된 청구외 (주)OO종합상사가 임차한 부분은 쟁점건물의 2층인데, 청구외법인이 임차한 부분은 93년2기 및 94년1기에는 쟁점건물의 3층이며 94년2기부터 95년1기에는 쟁점건물의 1층, 2층, 3층으로서 임대층수가 다르다. 그런데 임대가액은 동일 건물일지라도 층이 다르다든지 임대면적이 다름에 따라서 달라지는 것이 일반적인데도 처분청은 이와같은 임대에 따른 특수성을 무시하고 청구외법인에 대한 평당 임대가액과 청구외 법인이 임차한 부분의 평당임대가액이 동일한 것으로 보았다. 이와같은 점에 비추어 볼때에 청구인이 청구외법인에 임대한 건물의 임대가액은 적법하게 결정되었다 하기 어려우므로 처분청은 청구외법인에 임대한 건물부분에 대한 각 과세기간의 적정임대료를 재조사결정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.