청구인등이 95.5.31 교부받은 세금계산서상의 매입세액이 매출세액에서 공제되는지 여부(경정)

[주 문] 건설(주)로부터 95.5.31 교부받은 공급가액 195,000,000원 의 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 세 액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인 OOO외 16인(이하 “청구인등”이라 한다)은 서울특별시 마포구 OO동 OOOOOO외 18필지 대지 1,003.65㎡위에 상가를 신축하여 분양할 목적으로 공동사업을 개시한 사업자들이다. 95.4.19 청구인등은 청구외 OOOO건설주식회사와 위 토지 위에 지상6층, 지하1층 3,362.46㎡의 건물신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 도급계약을 체결하고 95.5.31 공급가액 195,000,000원, 부가가치세 19,500,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 이를 95년 제1기 부가가치세 예정신고시에 처분청에 제출하고 관련매입세액을 환급받았다. 처분청은 쟁점세금계산서의 매입세액 19,500,000원은 등록전 매입세액으로 보아 매입세액불공제 하고 95.12.16 청구인등에게 95년 제1기 부가가치세 21,450,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.2.13 심사청구를 거쳐 96.6.11 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인들 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인등은 95.4.21 공사계약금으로 OOOO건설(주)에 214,500,000원을 지급하고 OOOO건설(주)로부터 청구인등이 사업자등록을 한 95.5.22 이후인 95.5.31 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 이의 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 건설공사도급계약시 계약체결일에 계약금을 지급하는 것이 일반적인 거래의 관행으로 이 건 도급계약서에 기재된 계약금 214,500,000원은 명칭여하에 불구하고 계약일인 95.4.21 지불한 계약금에 해당하는 바, 완성도기준지급 조건부로 용역을 제공하면서 그 대가의 일부를 계약금으로 받은 경우 그 계약금을 받은 때를 공급시기로 보아야 하므로 사업자등록일 95.5.22 이전인 95.4.21 공사대금을 지급하고 95.5.31 교부받은 쟁점세금계산서는 사업자등록전 세금계산서에 해당되어 동 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 청구인등이 95.5.31 교부받은 쟁점세금계산서상의 매입세액이 매출세액에서 공제되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

(1) 부가가치세법 제5조 제1항은 『신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.』라고 규정하고 있고, 동 법 시행령 제7조 제1항은 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 사업자의 인적사항 등을 기록한 사업자등록신청서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다.』고 규정하고 있다.

(2) 부가가치세법 제17조 제1항은 『사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액인 매출세액에서 다음 각호의 세액인 매입세액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액이라고 규정하고 있고, 동조 제2항 제5호는 『제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액』은 매출세액에서 공제하지 아니함을 규정하고 있으며, 동 법 시행령 제60조 제7항은 『법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.』라고 규정하고 있다.

(3) 한편, 부가가치세법 제9조 제2항은 『용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.』라고 규정하고 있고, 동 법 시행령 제22조 『법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.』라고 하면서, 제2호에서 『완성도기준지급·중간지급·장기 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계

(1) 청구인등과 청구외 OOOO건설(주)간의 쟁점공사에 관한 도급계약서인 “민간건설공사 표준도급계약서”에 의하면 쟁점공사의 도급금액을 1,950,000,000원으로 하고 공사대금은 공사진행정도에 따른 기성부분의 공사대금을 시공자인 청구외 OOOO건설(주)의 청구에 의하여 지급하도록 동 계약서 제17조에서 규정하고 있다. 한편 동 계약서에 첨부된 공사비지급내역에 의하면 위 도급금액에 부가가치세액을 포함한 설계비 80,000,000원을 총 공사비로 하고 그 대금지급은 계약금, 6층 콘크리트 타설시, 준공서류제출전, 준공후 60일 이내에 나누어 지급하도록 되어 있다. 위와 같은 쟁점공사에 대한 공사비지급에 관한 당사자간의 약정에 의하면 쟁점공사에 따른 건설용역의 부가가치세법상의 공급시기는 전시 부가가치세법시행령 제22조에서의 “완성도기준지급”에 해당된다 하겠으므로 각 공사대금을 지급하기로 한때가 된다 하겠다.

(2) 이 건의 경우 청구인등이 95.4.21 지급한 214,500,000원은 부가가치세액이 포함된 가액으로서 위 지급액이 공사대금으로 지급되었다면 전시 부가가치세법시행령 제22조에 의하여 동 대금을 지급하기로 한 날이 용역의 공급시기가 되므로 이날에 세금계산서가 교부되었어야 하며 청구인등이 이날 이후인 95.5.22 처분청에 사업자등록을 하였으므로 위 대금지급에 관련된 부가가치세 상당액은 매입세액이 공제되지 아니하는 등록전 매입세액이 된다 하겠다. 그러나 청구인등이 지급한 위 가액이 공사대금으로 지급된 것이 아니라면 동 대금이 공사대금으로 대체되었다고 볼 수 있는 날이 용역의 공급시기가 된다 하겠다.

(3) 그런데 전시 청구인등과 청구외 OOOO건설(주)간의 “민간건설공사 표준도급계약서” 제6조에서는 청구인등이 선금을 지급한 경우 OOOO건설(주)는 노임지급 및 자재확보에 우선 사용하도록 하였으며 위 도급계약서에는 계약이 해약되는 경우에 대한 해약금 또는 손해배상액의 예정에 관하여 약정한 바 없다. 한편 청구외 OOOO건설(주)가 쟁점공사와 관련하여 기장한 바에 의하면 청구인등으로부터 지급받은 전시 214,500,000원을 선수금으로 기장하였음이 인정되고 있다. 위와 같은 청구인등과 청구외 OOOO건설(주)간의 쟁점공사계약내용과 OOOO건설(주)의 기장내용에 의하면 청구인등이 지급한 전시 214,500,000원은 계약이 해약되는 경우에 해약금 또는 손해배상액을 예상하여 지급되었다기보다는 청구외 OOOO건설(주)가 쟁점공사를 하는데 있어서 자재 및 노임지급을 위한 준비를 하도록 하기 위하여 지급되었다고 보인다. 그러하다면 이는 쟁점공사의 계약금이 아닌 선급금이라 하겠으므로 동 선급금이 공사대금으로 충당된 때가 전시 부가가치세법시행령상의 공급시기가 되어야 하는데 이날은 당사자가 공사대금으로 충당하기로 하고 세금계산서를 교부한 95.5.31이 된다 하겠다. 그러하다면 청구인등이 사업자등록을 95.5.22하고 95.5.31 교부받은 쟁점세금계산서는 청구인등이 사업자등록을 한 후 교부받은 세금계산서라 하겠으므로 동 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있다고 판단되어 국세기본법 제81조 및 제5조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.