[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인의 아버지인 청구외 망 OOO(이하 “피상속인”이라 한다)이 소유하던 서울특별시 성북구 OOO동 OO OOOO, OOOO, OOOO, OOOOOO의 대지 281.1㎡ 및 건물 758.68㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)은 94.7.14 서울특별시에 도로용지로 수용되었다. 처분청은 95.12.18 조세감면규제법(93.12.31.법률 제4666호) 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 쟁점부동산에 대한 94년 귀속 양도소득세 100,665,550원은 면제하고, 쟁점부동산이 피상속인이 자경하던 농지가 아니라 하여 동 양도소득세면제세액에 대한 농어촌특별세 22,146,420원을 피상속인에게 부과하였다. 피상속인은 96.1.16 사망하였고, 청구인은 그의 상속인으로서 위 처분에 불복하여 96.2.15 심사청구를 거쳐 96.5.20 심판청구를 하였다.
2. 청구인 주장 농어촌특별세법시행령 제4조(비과세) 제7항에서 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당규정에 대하여 동법부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있는 있고, 쟁점부동산에 대한 양도소득세는 위 법률 제4666호 부칙 제16조 제3항에 의하여 양도소득세가 면제된 것이므로 동 면제세액에 대한 농어촌특별세를 부과하지 아니하여야 한다. 농어촌특별세법은 94.7.1 시행되었고, 법률 제4666호 부칙은 94.1.1 시행되었는 바, 동 부칙에 의한 양도소득세 면제에 대하여 94.7.1 시행된 농어촌특별세를 부과하는 것은 소급과세 금지를 규정한 국세기본법 제18조 제2항에 위배된다.
3. 국세청장 의견 청구인은 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 후반부 “···동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”에 의하여 쟁점부동산에 대한 양도소득세 면제에 대하여는 농어촌특별세가 비과세되어야 한다는 주장이나, 동 규정의 전반부 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당 규정에 대하여···”를 종합적으로 보면, 농어촌특별세법에서 비과세로 규정한 경우와 같은 취지의 조세감면규제법 규정(예를 들면 자경농지등과 같은 경우)에 대하여만 농어촌특별세가 비과세되고, 그외의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세가 부과된다는 뜻이므로 청구인의 주장은 관련 법규정을 잘못 해석한 것으로서 이를 받아들일 수 없다.
4. 심리 및 판단
- 가. 이 건 심판청구의 다툼은 조세감면규제법(93.12.31.법률 제4666호) 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 자경농지가 아닌 쟁점부동산에 대한 양도소득세가 면제된 경우 그에 대한 농어촌특별세가 비과세 대상인지 여부를 가리는데 있다.
- 나. 농어촌특별세법 제3조(납세의무자) 제1호는 조세감면규제법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 동법 제5조(과세표준과 세율) 제1항 제1호에서 그 감면세액을 농어촌특별세의 과세표준으로 규정하고 있으므로, 조세감면규제법에 의하여 양도소득세가 감면된 경우에는 특별히 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 규정된 경우를 제외하고는 농어촌특별세가 부과된다 할 것이다. 농어촌특별세법시행령 제4조(비과세) 제7항은 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다. 따라서 법률 제4666호 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 모두에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는 것이 아니라, 동 경과조치 중 농어촌특별세법 또는 같은 법 시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정한 조세감면규제법상의 감면과 같은 취지의 경과조치에 대하여만 농어촌특별세가 비과세되는 것이라 할 것이다. 쟁점부동산에 대한 양도소득세는 법률 제4666호 부칙 제16조(양도소득세 등에 관한 경과조치) 제3항에 의하여 감면되었고, 동 규정은 92.12.31. 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 조세감면규제법 제63조의 개정규정에 불구하고 양도소득세를 면제한다는 경과조치로서 이는 조세감면규제법 제63조(공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면)에 대한 경과조치이므로, 동 경과조치에 의한 양도소득세의 감면에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지 여부는 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다. 농어촌특별세법 제4조(비과세) 제2호는 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조(비과세) 제1항 제1호는 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면의 경우에는 동 감면 중 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 대한 양도소득세 등의 감면에 한하여 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 이와같이 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호에서 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면에 대하여는 농지소재지에 거주하는 자가 직접 경작한 농지에 대한 감면에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있으므로 법률 제4666호 부칙 제16조 제3항의 경과조치에 의한 감면의 경우에도 그와 같은 취지의 감면에 한하여 농어촌특별세가 비과세된다 할 것인데, 쟁점부동산은 대지 및 건물로서 피상속인이 직접 경작한 농지가 아님이 명백하므로(이에 관하여는 청구인도 다툼이 없음), 쟁점부동산에 대한 양도소득세 면제에 대하여는 농어촌특별세가 비과세되지 아니하는 것으로 판단된다.
- 다. 청구인은 또한 농어촌특별세법은 94.7.1 시행되었고, 법률 제4666호 부칙은 94.1.1 시행되었는 바, 동 부칙에 의한 양도소득세 면제에 대하여 94.7.1 시행된 농어촌특별세를 부과하는 것은 소급과세 금지를 규정한 국세기본법 제18조 제2항에 위배된다고 주장하나, 국세기본법 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) 제2항은 국세를 납부할 의무가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 부칙 제3조 제1항 단서에서 양도소득세의 감면을 받는 세액에 부과하는 농어촌특별세는 1994.7.1.부터 2004.6.30까지 양도하는 분에 대하여 적용하도록 규정하고 있으며, 피상속인은 1994.7.14 쟁점부동산을 양도하였으므로 쟁점부동산의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 양도소득세의 면제세액에 대하여 농어촌특별세를 부과하는 것은 소급과세에 해당하지 아니하는 것이므로 위 청구주장 또한 이유 없다.
- 라. 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.