주식의 양도가 유가증권인 주식만의 양도인지 또는 시설물(창고)이용권이 포함된 주식의 양도인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구법인은 화물운송대행업을 영위하는 법인으로 청구법인이 출자한 주식회사OOOO터미널의 발행주식 14,925주(이하 “쟁점주식”이라한다)를 ’93년 9월 및 11월 주식회사OO항공에 양도(208,000,000원)하고 93.1.1～93.12.31 사업년도의 법인세 신고시 쟁점주식의 처분이익으로 74,349,388원을 계상하여 법인세를 납부하였다. 처분청은 쟁점주식 양도의 경우 법인세법 제59조의2 제1항 및 동법 시행령 제124조의3 제9항의 규정에 의한 특별부가세 과세대상이 되는 “시설물 이용권”이 포함된 주식의 양도에 해당된다고 보아 쟁점주식의 양도차익을 74,349,388원으로 계산하여 95.12.30 청구법인에 93.1.1～93.12.31 사업년도분 법인세(특별부가세) 25,197,000원을 부과하는 한편, 부가가치세법 제1조 제1항 및 제2항의 규정에 의거 쟁점주식 양도를 주식형태의 특정시설물 이용권의 공급(공급가액: 208,000,000원)으로 보아 93년 제2기분 부가가치세 24,870,000원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’96.1.24 심사청구를 거쳐 ’96.4.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 쟁점주식을 주식으로 인식하여 거래하였으며, 매수자인 주식회사 OO항공도 창고이용권을 확보하기 위하여 취득한 것이 아니고 지배목적으로 취득한 것이며, 쟁점주식 양도가액 208,000,000원은 주식가액[장부가액 74,625,000원(액면가)]과 창고시설 임차료 선급액으로서 특정시설물(창고) 이용권과는 관련이 없으므로 이건 법인세(특별부가세)와 부가가치세를 과세한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 주식회사 OOOO터미널의 정관 제15조(주식 및 이용권 양도제한) 제2호를 보면 창고시설이용권의 지분은 주주중에서 회사설립과정에 참여한 자에게 있으며, 창고시설이용권의 지분율은 주주의 소유주식 비율에 따라 결정되고, 주주의 자격을 상실한 때는 동시에 창고시설이용권의 지분도 상실된다고 약정하고 있는 점으로 볼 때 쟁점주식은 법인세법 시행령 제124조의3 제9항 및 소득세법 시행령 제44조의2 제1항 제4호에 규정된 “주식 또는 출자지분”에 해당된다고 판단되므로 처분청이 쟁점주식 및 이용권의 양도에 대하여 특별부가세를 과세한 것은 달리 잘못이 없고, 아울러 이용권이 포함된 쟁점주식의 양도는 시설물의 이용권의 양도로서 부가가치세법 제1조 제2항 및 같은법 시행령 제1조 제2항에 규정된 “재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든것”(무체물)에 해당된다 할 것이므로 쟁점주식 및 이용권의 양도에 대하여 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점주식의 양도가 유가증권인 주식만의 양도인지 또는 시설물(창고)이용권이 포함된 주식의 양도인지 여부
• 나. 관련법령 법인세법 제59조의2 제1항에서 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.고 규정하고 있고, 동법시행령(94.12.31 개정전의 것) 제124조의3 제9항에서 법 제59조의2 제1항에서 “주식 또는 출자지분”이라 함은 소득세법 시행령 제44조의2 제1항 제1호·제4호 및 제5호에 규정된 자산(제44조의2 제4호의 자산의 경우에는 동호에 규정된 주식등에 한한다.)을 말한다 고 규정하고 있으며, 소득세법시행령(94.12.31 전면 개정전의 것) 제44조의2 제1항 제4호 후단에서 특정법인의 주식등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 당해주식등이라고 규정하고 있는바, 이와 같이 특정시설물의 이용권이 포함된 주식양도의 경우 특별부가세 과세대상으로 규정하고 있음을 알 수 있다. 한편, 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 및 제2항에서 재화의 공급에 대하여는 부가가치세를 부과하는 것으로 규정하고 있고, 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말하는 것으로 규정하고 있어 재산적 가치가 있는 권리의 양도의 경우 무체재화의 공급으로서 부가가치세의 과세대상에 해당되는 것으로 보아야 할 것이다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 출자한 청구외 주식회사 OOOO터미널은 OOOO의 취급 및 보관업(창고업)을 영위할 목적으로 87.11.19 설립된 법인으로서 주주구성 내용을 보면 청구법인을 비롯한 32개 OOOO운송법인으로 되어 있고, 그 설립이유는 항공법시행규칙 제307조에서 항공운송주선업자의 경우 국제공항이 위치하고 있는 지역에 건축법 규정에 의한 창고 165㎡이상을 보유하여야 하는 등록기준에 따라 위 32개 OOOO운송법인이 출자(93년말 현재 자본금:22억원)하게 된 것이며 당초 창고 신축자금 2,405,040,000원은 위 주주들이 분담하고 창고건물 6,376㎡를 주주각자가 임차하여 사용하고 있다.

(2) 위 주식회사 OOOO터미널의 정관규정(제15조) 및 동법인과 동 법인의 주주들간에 작성한 약정서(제6조)의 내용에 의하면 청구법인과 같은 주주들은 위 창고시설물(6,376㎡)을 사용할 수 있는 이용권(이용권 지분율은 소유주식비율에 따라 결정)을 얻고, 쟁점주식과 창고이용권을 분리하여 양도할 수는 없으며 주주의 자격이 상실된 때에는 동시에 창고시설 이용권의 지분도 상실되며, 주식 및 창고이용권을 제3자에게 양도할 경우에는 이사회의 과반수의 동의를 얻어야 하는 것으로 되어 있어 쟁점주식을 소유하는 경우 창고시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리를 가지게 됨을 알 수 있다.

(3) 청구법인이 쟁점주식을 청구외 주식회사 OO항공에 양도하면서 작성한 계약서 내용을 보면 매매대금은 208,000,000원으로 하고 주주로서 보유하고 있는 모든 권리(창고시설물 이용권 포함), 의무가 이전되는 것으로 약정하였다. 한편 쟁점주식의 위 거래가액 208,000,000원은 1주당 거래가액이 13,936원으로서 93년말 현재의 순자산기준 1주당 평가액 809원과 비교하여 보면 현격히 높은 가액이고 주식회사 OOOO터미널이 설립된 이후 매년 계속적인 손실발생으로 상속세법 규정에 의한 1주당 평가액이 부수(負數)로 나타나고 있는점을 감안하여 볼 때 위 주식회사 OO항공이 양수한 쟁점주식의 가액에는 창고시설물 이용권과 관련된 가액을 포함시켜 거래한 것으로 볼 수 밖에 없다. 위와 같이 쟁점주식의 경우 창고시설물 이용권과는 불가분의 관계에 있고 청구법인과 같은 주주들만이 동 창고시설물 이용이 가능하며 쟁점주식 자체에 OO 평가액이 액면가액(5,000원)에도 훨씬 미치지 못하고 있는데도 주식회사 OO항공이 1주당 13,936원에 양수한 점으로 보면 특정시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리의 가액을 포함시켜 거래한 것으로 인정되므로 처분청이 앞에서 살펴본 법인세법 및 부가가치세법 관련규정에 의하여 이 건 법인세(특별부가세)와 부가가치세를 과세한 것은 정당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.