양도에 따른 특별부가세를 감면할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] OO세무서장이 95.10.4 청구법인에게 결정고지한 92.1.1-92.12.31 사업년도분 법인세(특별부가세) 913,074,240원 의 처분은 92.7.10 청구법인이 서울특별시에 양도한 서울특별 시 도봉구 OO동 OOOOO 답 1,832㎡ 및 같은 동 OOOOO 전 2,154㎡(합계 3,986㎡)에 대하여는 그 양도에 따 른 법인세(특별부가세)를 감면하여 그 과세표준과 세액을 경 정하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인으로서 86.10.31 서울특별시 도봉구 OO동 OOOOO 답 1,832㎡ 및 87.5.7 같은 동 OOOOO 전 2,154㎡ 합계 3,986㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)를 취득하여 보유하고 있던중 동 토지가 92.3.3 도시계획법에 의하여 학교신설용지로 도시계획시설 결정(서울특별시 고시 제1992-54호)된 후 92.7.10 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 의하여 사업시행자인 서울특별시 교육감(그 권한의 위임을 받은 북부교육청 교육장)에게 OOOO국민학교 시설용지로 협의양도하고, 85.7.19～86.11.21 취득한 위 같은 동 OOOOO 외 10필지 답 1,675㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다)는 86.12.12 도시계획법에 의하여 도로용지로 도시계획시설 결정(서울특별시 고시 제890호)된 후 92.8.18 청구외 OO토건 주식회사에게 양도하면서, 쟁점1토지의 양도에 대하여는 구조세감면규제법 제57조의 공공사업용 토지등에 대한 특별부가세 감면규정을 적용하고, 쟁점2토지의 양도에 대하여는 같은 법 제62조의 국민주택건설용지에 대한 특별부가세 감면규정을 적용하여 감면신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지들을 취득한 후 건설에 착공하는 등 업무에 사용하지 아니하다가 6년여가 경과된 시점에서 비업무용부동산인 상태에서 이를 양도한 것이라 하여 구조세감면규제법 제66조에 의하여 청구법인이 신고한 특별부가세 감면을 배제하여 95.10.4 청구법인에게 92.1.1-92.12.31 사업년도분 법인세(특별부가세) 913,074,240원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.11.30 심사청구를 거쳐 96.3.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점토지들은 청구법인이 주택건설사업을 위하여 취득하여 보유하고 있던 중 도시계획법에 의하여 학교 및 도로시설로 결정된 후 양도된 것인 바, 양도 당시에는 학교 및 도로 시설외에 다른 건축행위 등 어떠한 목적에도 사용할 수 없는 법령상 제한을 받고 있었던 것이므로 이를 비업무용부동산으로 보아 특별부가세의 감면규정을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 법인세법시행규칙상 법령상 사용제한 규정은 법인이 보유하는 업무용부동산이 사용제한 조치를 이유로 비업무용부동산에 해당하게 된 경우에 이를 비업무용부동산에서 제외한다는 규정이지 사용제한일 현재 업무에 사용하지 않거나 비업무용으로 판정된 부동산에 대하여는 적용되지 않는 것이므로, 건축 유예기간인 2년내 건설에 착공한 사실이 없어 비업무용부동산으로 판정된 상태에서 학교 및 도로용지로 결정고시된 쟁점토지들에 대하여는 비업무용부동산에서 제외되는 법령상 사용제한 규정을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지들을 취득후 ‘법령의 규정에 의하여 사용이 사실상 금지 또는 제한된 부동산’으로 보아 그 양도에 따른 특별부가세를 감면할 수 있는지 여부를 가린다.
• 나. 관련법령 구조세감면규제법 제57조 제1항 제1호에서 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 양도 대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 80)에 상당하는 세액을 감면한다(단서 생략)고 규정하면서 같은 법(91.12.27 개정) 부칙 제19조 제2항에서 위 본문 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지등을 92.12.31 까지 양도하는 경우에는 제57조 제1항 및 제66조의 3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은법 제62조 제1항 제1호에서 내국인이 토지를 국민주택의 건설용지로 주택건설등록업자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으며, 같은법 제66조 및 같은법시행령 제54조의 규정에 의하면 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산중 81.1.1 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 판정기준에 해당하는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니하도록 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제20조의2 제1항에서 영 제54조에서 재무부령이 정하는 『법인의 업무와 관련이 없는 부동산』이라 함은 양도일까지 1년이상 계속하여 당해 법인이 업무에 직접 사용하지 아니한 것(매매사업용 부동산을 포함한다)과 법인세법시행규칙 제18조 제3항에 제2호 내지 제22호에 해당하는 것을 열거하고 있으며, 위 열거된 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제12호 단서에서 부동산매매업을 주업으로 하거나 주택신축판매업을 하는 법인이 취득한 매매용부동산(주택신축판매업의 경우에는 주택신축용 토지에 한한다)으로서 취득후 2년이 경과되지 아니한 것(주택 등 건물의 신축판매업용 부동산의 경우에는 토지를 취득한 후 2년이내에 착공한 것으로서 공사진행중에 있는 것)은 비업무용부동산에서 제외한다고 규정하는 한편, 위 규칙 같은조 제2항 제4호에서는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호·제1호의 2·제4호 내지 제9호 등에 해당되는 부동산은 위 제1항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 동 제3항에서 제1항 각호의 규정에 의한 부동산에의 해당 여부에 관한 판정은 양도일을 기준으로 한다고 규정하고 있으며, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호에서 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(이하 이 호에서 “사용제한 부동산”이라 한다)으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산을, 그 제1호의 2에서는 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 국가 또는 지방자치단체가 직접 사용하기로 계획된 부동산(도시계획확인원 등 공부에 의하여 확인되는 것에 한한다)을 각각 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1토지에 대하여 본다. 원처분개요에서 밝힌 쟁점토지의 취득 및 양도 경위 등 사실관계는 서울특별시의 고시문 등 관련 공문, 공공용지 손실보상, 매매계약서, 등기부등본 등 관련서류에 의하여 확인되고 다툼이 없다. 먼저 법인세법시행규칙상 비업무용부동산에 해당여부의 판정에 있어서 법령상 사용제한 규정이 적용되기 위해서는 그 사용제한일 현재 동 부동산이 반드시 업무용 상태에 있어야 하는 것인지 여부에 대하여 살펴본다. 쟁점토지는 취득후 위 관련규정에 의한 건축 유예기간인 2년이내 주택신축을 위한 건설에 착공된 사실이나 그 양도당시 청구법인의 업무에 사용한 사실이 확인되지 아니하고 처분청 및 국세청장은 그러한 사유로 쟁점토지에 대하여 법령상 사용제한 규정을 적용할 수 없다는 것이나, 비업무용부동산에서 제외되는 예외사유를 규정하고 있는 위 조세감면규제 법시행규칙 제20조의 2 제2항 제4호 및 같은 호에서 준용하고 있는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 및 제1호의 2의 규정을 보면 “취득후 법령의 규정에 의한 사용제한 부동산으로서 그 사용제한일로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산”이나 “취득후 법령의 규정에 의한 사용제한 부동산으로서 국가 또는 지방자치단체가 직접 사용하기로 계획된 부동산”에 대하여는 유예기간이나 기준면적 또는 수입금액 비율등에 의하여 비업무용부동산 판정기준을 정하고 있는 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항의 규정에 불구하고 이를 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정되어 있을 뿐, 법령상 사용제한 당시 당해 부동산이 반드시 업무용에 사용되고 있을 것을 요건으로 하고 있지 아니하고(대법원 94누2503, 94.11.22 같은 뜻) 있고, 법령상 사용제한된 부동산에 대하여는 비업무용 여부에 불구하고 비과세 또는 감면규정을 적용받을 수 있도록 한다는 것이 위 규정의 입법취지인 것으로 보이므로(’85간추린개정세법 p190～191, 재무부 간행), 쟁점토지 양도이전 동 토지를 학교용지로 결정고지한 도시계획시설 결정이 법령상 사용제한에 해당되는지 여부를 따져 보지도 아니하고 단지 쟁점토지 양도당시 법인의 업무에 사용한 사실이 없다는 사유만으로 동 토지의 양도에 따른 특별부가세 감면규정을 배제한 처분은 부당한 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점토지 취득후 양도전인 92.3.3 동 토지를 도시계획법에 의하여 학교용지로 결정한 도시계획시설 결정을 법령상 사용제한으로 볼 수 있는지 여부를 살펴본다. 법인이 보유하고 있는 부동산에 대하여 그 보유기간중의 이용실태 등으로 보아 그 부동산이 비업무용에 해당되는 경우 동 기간에 지급된 차입금 지급이자중 일정 금액을 법인의 각사업년도의 소득금액계산상 손금불산입하는 등 비업무용부동산의 보유 사실에 대하여 그 기간중 불이익을 가하고자 마련된 법인세법시행규칙상 비업무용판정기준과는 달리, 부동산의 양도시점에서 그 양도에 따른 특별부가세 등의 감면 및 감면배제를 규정하고 있는 조세감면규제법시행규칙에서는 그 제20조의2 제3항에서 비업무용부동산에의 해당 여부에 관한 판정은 양도일을 기준으로 한다고 규정하고 있고, 일반적으로 학교용지는 장차 국가, 지방자치단체 또는 국가, 지방자치단체로부터 허가를 받은 재단 등이 교육사업(학교시설사업)을 위하여 직접 사용하기로 계획한 토지이므로 용도결정 고시후에는 도시계획법에 의하여 교육사업에 지장을 주는 토지형질변경 및 건축물의 신축, 증축이 원칙적으로 금지되고 토지형질변경 허가를 함에 있어서도 당해 도시계획시설의 신축, 중축에 지장이 없는 경우에만 허용하고 있으므로 학교용지 결정고시후에는 토지소유자의 의사대로 자유롭게 당해토지를 사용, 수익하는 데 많은 제약이 있고, 이러한 제약은 사회정의 및 공평원칙의 관점에서 볼 때 통상적인 수인의 범위를 벗어난 법령에 의한 사용의 금지나 제한에 해당된다 할 것이다. 위 사실 및 관련법령과 동 해석들을 종합하여 보면, 취득후 학교용지로 결정고시되고 서울특별시에 OOOO국민학교 시설용지로 양도된 쟁점토지는 그 양도당시 법령상 사용제한된 부동산으로서 국가 또는 지방자치단체가 직접 사용하기로 계획된 부동산이라고 할 것이므로 위 관련규정에 의하여 비업무용부동산에서 제외되고 따라서 동 토지의 양도에 따른 특별부가세를 감면하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점2토지에 대하여 본다. 쟁점토지는 그 취득후 2년이내에 건설에 착공한 사실이 없고, 동 토지에 대하여 86.12.12 도시계획법에 의하여 도로용지로 결정고시된 도시계획시설 결정을 법령상 사용제한으로 본다 하더라도 동 사용제한일로부터 3년이 경과된 후 양도하였으며, 달리 위 관련규정에 의하여 비업무용부동산에서 제외되는 예외사유 역시 발견되지 아니하므로 주택건설등록업자인 청구외 OO토건 주식회사에게 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도한 사실만으로는 그 양도에 따른 위 특별부가세 감면규정을 적용하기 어렵고 따라서 처분청에서 동 토지의 양도에 대하여 특별부가세 감면을 배제한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있고 나머지는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.