토지의 양도시기가 언제인지 여부(경정)

[주 문] 남산세무서장이 95.9.18 청구인에게 결정고지한 ’93년도 귀속 분 양도소득세 13,896,640원은 서울특별시 중구 OO동 OOOOO 대지 지분권 45.3㎡의 양도시기를 83.3.29로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 서울특별시 중구 OO동 OOOOO 소재 연립주택(OO주택) OOO OOOO 62.15㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 83.3.29 청구외 OOO에게 소유권이전등기하고 그 대지 지분권 45.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 93.2.3에 청구외 OOO에게 소유권이전등기하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 등기부상 소유권이전등기 접수일인 93.2.3로 보아 기준시가로 양도차익을 계산하여 95.9.18 청구인에게 ’93년도 귀속분 양도소득세 13,896,640원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.11.15 심사청구를 거쳐 96.3.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 83.3월 쟁점주택을 양도하면서 그 부수토지의 지분권인 쟁점토지를 동시에 양도하였는데 그 당시 쟁점토지 일대가 주택재개발 사업으로 인한 토지구획정리사업중에 있었으므로 동 토지에 대한 소유권이전등기가 불가능하여 이전하지 못하다가 85.6.28 쟁점토지일대의 토지구획정리사업이 완료되었으나 동 토지에 대한 소유권이전등기를 서로 잊어버리고 있다가 93.2월초 매수인 OOO이 금융기관 대출을 받고자 동 토지의 등기부등본을 확인해보니 쟁점 토지의 소유권이 이전등기되어있지 아니함을 알게 되어 그때에 비로소 소유권이전등기하게 된것일뿐 쟁점토지의 양도시기인 83.3.29에 쟁점토지도 함께 청구외 OOO에게 양도된 것이므로 부과제척기간이 만료된후에 과세함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지를 83.3월초순 양도하였다고 주장하면서 양수인 및 소개인의 확인서 등을 제시하였으나 위 확인서등은 사인간의 이해관계에 따라 임의적으로 사실과 다르게 작성될 수도 있으므로 위 증빙자료만으로는 청구주장을 인정하기 어렵고 매매대금청산일을 입증할 수 있는 객관성있는 증빙자료 및 매매계약서등을 제시한바 없으므로 쟁점토지의 소유권이전등기접수일을 양도시기로 보아 과세한 당초처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건의 다툼은 쟁점토지의 양도시기가 언제인지를 가리는데 있다.
• 나. 먼저 관계법령을 보면 소득세법 제27조에 의하면 『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제53조 제1항에서는 『법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다』고 규정하면서 같은항 제1호에서는 『대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일, 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 다음으로 사실관계를 보면

(1) 등기부등본 및 토지대장등본에 의하면 쟁점주택은 81.9.18 청구인 명의로 소유권보존등기되어 83.3.25 매매를 원인으로 83.3.29 청구외 OOO에게소유권이전등기되었고, 쟁점토지가 소재한 서울특별시 중구 OO동 OOOOO 대지 1,030.2㎡는 쟁점토지인 같은동 OOOO 대지 26㎡(이하 “종전토지”라 한다)등 22필지의 대지 936.38㎡가 구획정리에 의한 환지(81.12.14 구획정리완료)로 85.6.28 등기부에 정리등재되었고 그 소유권등기도 85.6.28 구획정리를 원인으로 같은날 1,030.2㎡중 103.3㎡가 청구인명의로 등기되었다가 그중 45.3㎡(쟁점토지)를 83.3.25 매매를 원인으로 93.2.3 청구외 OOO에게 소유권이전등기하였음이 확인된다.

(2) 위에서 본 바와 같이 쟁점주택이 청구인 명의로 소유권보존등기된 81.9.18로부터 3년9개월이 경과된 후인 85.6.28에야 쟁점토지에 대한 환지처분에 따른 지번·지적 및 소유권에 관한 등기가 이루어진점과 구획정리시행중인 토지의 경우 환지처분이 확정된이후에 등기이전이 가능한 점에 비추어볼때 쟁점 주택의 소유권을 청구외 OOO에게 이전등기한 83.3.29 당시에는 그 부수토지인 쟁점토지의 소유권이전등기는 불가능하였던 것으로 인정된다 하겠다.

(3) 쟁점주택 및 쟁점토지의 양수자인 청구외 OOO의 주민등록등본에 의하면 위 OOO세대는 쟁점토지의 환지전토지인 종전토지소재지(같은동 OOOO)로 83.3.10 전입하여(그후 환지후의 지번으로 정정됨)현재까지 거주하고 있는것으로 확인되고 있으며, 청구외 OOO은 쟁점주택과 쟁점토지를 청구인으로부터 매입하여 83년 3월초 잔금을 청산하고 즉시 입주하였고 쟁점주택은 소유권이전등기하였으나 쟁점토지는 환지확정등기가 되어있지 아니하여 소유권이전등기가 불가능하였었다고 확인하고 있고, 쟁점주택과 쟁점토지의 매매를 중개하였다는 청구외 OOO(OO부동산)도 83년 2월초 매매계약하여 83년 3월초 대금이 청산되었음을 확인하고 있다.

(4) 주택을 양도·양수하는 경우에는 주택과 그 부수토지를 별도로 매매하지 아니하고 토지 및 건물을 일괄하여 매매하는 것이 부동산 거래통념상 부합되는 것이므로 쟁점토지의 경우도 특별한 사유가 없는한 쟁점주택이 양도등기된 때인 83.3.29에 쟁점주택과 함께 일괄하여 양도된 것으로 봄이 실체적 진실에 가깝다 할 것이다.

(5) 위의 사실들을 종합하여 볼때 청구인은 실지로 쟁점토지를 83.3.29 쟁점주택과 함께 양도하였으나 쟁점토지 일대가 토지구획정리에 따른 환지확정등기가 되어있지 아니하여 그 당시 소유권이전등기를 하지 못하다가 나중에야 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 하였다는 청구주장이 인정된다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.