[요지] 처분청이 부가가치세 경정결정시 공제받을 수 없는 매입세액으로 확정한 000원에 의하여 산정한 초과환급신고가산세 000원의 50%에 해당하는 가산세 000원은 이를 감면함이 타당하다고 판단됨
[요지] 처분청이 부가가치세 경정결정시 공제받을 수 없는 매입세액으로 확정한 000원에 의하여 산정한 초과환급신고가산세 000원의 50%에 해당하는 가산세 000원은 이를 감면함이 타당하다고 판단됨
[주 문] 서대문세무서장이 ’95.9.1 청구조합에 결정고지한 ’95년 제1기 분 부가가치세 3,134,165,340원의 부과처분은 초과환급신고가 산세 142,334,130원을 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정 한다.
[이 유]
1. 처분 개요 청구조합은 서울특별시 서대문구 OO동 OOOO OOOO OOOO재개발조합으로서 ’95년 제1기분 부가가치세 확정신고시 부가가치세 5,568,699,892원을 환급받을 세액으로 신고한 후 공제받을 수 없는 매입세액 2,855,862,818원이 공제매입세액으로 신고되어 동 금액에 상당하는 세액이 과다 환급신고된 사실을 발견하고, ’95.8.16 공제받을 수 없는 매입세액 2,855,862,818원을 공제세액에서 제외하면서 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고한 환급세액의 10%에 상당하는 가산세(이하 “초과환급신고가산세”라 한다) 285,586,281원중 50%에 상당하는 142,793,141원은 국세기본법 제49조의 규정에 의하여 감면하고 나머지 초과환급신고가산세 142,793,140원은 환급세액에서 공제하여 환급받을 세액을 2,570,043,934원으로 하는 수정신고서를 제출하였다. 처분청은, 청구조합이 95년 제1기분 부가가치세 확정신고시 부가가치세를 과다하게 환급신고한 혐의가 있다는 사유로 청구조합을 부가가치세 불성실신고자로 선정하여 부가가치세 경정조사를 실시한 다음, 청구조합이 부가가치세 확정신고시 환급신청한 부가가치세 5,568,699,890원을 환급결정하는 한편, 청구조합이 과소신고한 매출세액 2,558,603원, 과다공제한 매입세액 2,846,682,616원을 추징하면서 청구조합이 처분청에서 조사에 착수한 사실을 알고 수정신고를 하였다 하여 초과환급신고가산세 감면을 배제하고, ’95.9.1 청구조합에게 ’95년 제1기분 부가가치세 3,134,165,340원을 결정고지하였다. 청구조합은 이에 불복하여 ’95.10.25 심사청구를 거쳐 ’96.2.9 심판청구를 하였다.
2. 청구조합 주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제22조 제5항 제1호에 의하면, 사업자가 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조의 규정에 의하여 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 환급세액에서 공제하도록 규정하고 있다.
(2) 한편, 국세기본법 제45조 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때』라고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제49조에서 『관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한 경과후 6월이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제29조 제2항에서 『법 제49조 단서에서 “경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우”라 함은 당해 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준 수정신고서를 제출한 경우를 말한다』라고 규정하고 있다.
(1) 부가가치세 초과환급신고 가산세가 수정신고에 의한 감면대상이 되는 과소신고가산세에 해당되는지 국세기본법 제45조 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때에는 관할세무서장이 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정을 하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다라고 규정하고 있고, 같은법 제49조에서 과세표준수정신고서를 법정신고기한 경과후 6월이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다라고 규정하고 있는 바, 부가가치세에 있어 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 환급신고한 경우는 신고하여야 할 세액에 미달하게 신고(과소신고)한 경우와 같이 매출세액을 과소신고하거나 공제매입세액을 과다신고함에 기인하고, 국세기본법 제45조 제1항에서 과세표준 및 세액을 과소신고한 경우와 같이 수정신고대상으로 규정하고 있으며, 같은법 제49조에서 국세기본법 제45조 규정에 의하여 법정신고기한 경과후 6월이내에 수정신고를 하는 때에는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있으므로, 신고한 부가가치세 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에 부과하는 초과환급신고가산세는 국세기본법 제49조에서 규정하고 있는 과소신고로 인하여 부과하는 가산세에 포함된다고 판단된다.
(2) 청구조합이 부가가치세 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서를 제출한 것인지
1. 청구조합은 ’95.7.25 ’95년 제1기분 부가가치세 확정신고시 부가가치세 5,568,699,892원을 환급받을 세액으로 신고한 후, ’95.8.16 공제받을 수 없는 매입세액 2,855,862,818원이 매출세액에서 공제되어 동 금액에 상당하는 세액이 과다하게 환급받을 세액으로 신고되었다는 사유로 매입세액 2,855,862,818원을 환급받을 세액에서 제외하는 수정신고를 하였으며, 이 때 초과환급신고가산세 285,586,281원(초과환급신고세액의 10%)의 50% 상당하는 142,793,140원을 감면신고하였음이 청구조합의 95년 제1기분 부가가치세 수정신고서에 의하여 확인된다.
2. 처분청은 ’95.8.4 청구조합이 부가가치세를 과다하게 환급신고한 혐의가 발견된다 하여 청구조합을 부가가치세 불성실신고자로 선정하고, ’95.8.16 조사기간을 ’95.8.16～’95.8.29까지로 하는 조사계획을 수립하여 부가가치세 조사에 착수한 다음 이 건 부가가치세를 과세하였는 바, 청구조합이 처분청의 조사가 있을 것임을 미리 알고 ’95.8.16 수정신고서를 제출하였다 하여 수정신고에 의한 신고불성실가산세 감면을 배제하였음이 관계기록에 의하여 확인된다.
3. 한편, 처분청은 청구조합이 부가가치세 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서를 제출하였음을 입증하는 자료로 ’95년 3/4분기 부가가치세 불성실신고자 조사계획, 조사원증 사본, 95.8.17자로 작성된 일일복명서 사본을 제출하고 있으며, 또한 당심의 요구에 의하여 제출한 심리자료에서 청구조합에 대한 현지출장조사를 ’95.8.17 착수하였다고 답변하고 있다. 위와 같은 사실관계를 종합하여 보면, 처분청은 ’95.8.16 청구조합에 대한 부가가치세 조사계획을 수립·시행하면서 현지출장조사는 사전통지 없이 ’95.8.17 착수하였음이 확인되는 바, 처분청이 내부적으로 청구조합의 수정신고서 제출이 있기 직전에 청구조합을 부가가치세 불성실신고자로 선정하여 조사에 착수하는 것으로 조사계획을 수립하고 있었으며, 청구조합이 처분청의 조사착수가 계획된 ’95.8.16 수정신고서를 제출하였다 하더라도 위 사실만으로는 청구조합이 처분청의 현지출장조사가 있은 ’95.8.17 이전에 처분청의 조사가 있을 것임을 알았다고 추정할 수는 없다고 할 것이므로, 결국 청구조합이 처분청에서 조사에 착수한 것을 미리 알고 부가가치세 수정신고서를 제출하였다고 단정할 수는 없다고 할 것이다. 그러므로, 청구조합이 조사에 착수한 것을 미리 알고 수정신고서를 제출했다고 하여 수정신고에 의한 초과환급신고가산세 감면을 배제함은 부당하다고 판단되는 바, 처분청이 이 건 부가가치세 경정결정시 공제받을 수 없는 매입세액으로 확정한 2,846,826,167원(청구조합이 공제받을 수 없는 것으로 수정신고한 매입세액 2,855,862,818원과의 차액은 공제매입세액으로 인정)에 의하여 산정한 초과환급신고가산세 284,682,616원의 50%에 해당하는 가산세 142,334,130원은 이를 감면함이 타당하다고 판단된다.