세금계산서가 사실과 다른 매입세금계산서에 해당되어 그 매입세액을 공제할 수 없는지의 여부(취소)

[주 문] 용산세무서장이 95.7.16 청구법인에게 결정고지한 94년 제2기 분 부가가치세 53,111,240원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 94.7.12 설립되어 생석회 및 석회분 도매를 주업으로 하는 법인으로서 청구외 OO석회공업사 OOO으로부터 94.12월중 생석회 6,829.070톤 석회분 728.910톤(공급가액 482,829,525원, 매입세액 48,282,952원)을 공급받은 것으로 하여 이에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 함)를 교부받아 94년 2기분 부가가치세 확정신고시 그 매입세액등을 공제하여 부가가치세를 신고 납부하였다. 처분청은 동안양세무서장으로부터 쟁점세금계산서가 허위로 발행되었다는 과세자료통보결과에 따라 쟁점세금계산서의 필요적 기재사항등이 사실과 다른 세금계산서라 하여 그 매입세액을 불공제하고 95.7.16 청구법인에게 94년 제2기분 부가가치세 53,111,240원을 경정결정 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.9.14 심사청구를 거쳐 95.12.19 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청은 쟁점세금계산서와 관련된 거래를 위장가공거래로 보았으나 이 건 거래물량을 청구외 OO석회공업사 OOO이 자기 책임하에 청구외 OO산업사의 공장에서 위탁가공하여 청구법인에게 납품하였고, 청구법인은 이를 청구외 주식회사 OO에게 납품한 것이 사실이며, 이는 대금지급시의 어음으로 결재한 내용, 석회석등의 운송비를 위 OOO이 온라인예금으로 송금한 사실등에 의하여서도 확인되는 바, 청구외 OO석회공업사 OOO이 공장을 가동하지 아니한 기간에 매입한 94.12월분을 위장거래로 보아 사실과 다른 매입세금계산서의 매입세액이라고 그 매입세액을 불공제한 처분은 부당하며, 설령 청구외 OO석회공업사 OOO이 위장하여 세금계산서를 발행한 것으로 본다 하더라도 위 사업자는 청구법인과 94.8월부터 계속하여 거래하여 오던 정상사업자로 거래시 사업자등록증등을 확인(94.10.1 동안양세무서 검인)하고 거래하였는 바, 청구법인은 선의의 거래당사자로 매입세액을 공제하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 94.7.12자로 신규설립된 법인으로서 94.8.1～94.11.30 기간 동안 생석회 및 석회분을 청구외 OO석회공업사로 전량 공급받은 사실(공급가액 1,735,574,256원, 부가가치세 별도)에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없음을 알 수 있으며, 청구외 OO석회공업사의 확인서에 의하면 청구외 OO석회공업사는 안산시 OO동 OOOOO 소재 청구외 주식회사 OO가스로부터 사업장을 임차하여 사용하던 중 위 법인이 94.12월부터 청구외 OO석회공업사의 작업을 중단해 달라는 공문에 의하여 청구외 OO석회공업사가 작업을 중단하였음을 알 수 있는 바, 첫째, 94.12월 중에는 청구외 OO석회공업사는 작업을 중단하여 제품을 공급할 수 없는 점, 둘째, 청구외 OO석회공업사의 확인서에 의하면 청구법인이 94.12.1～94.12.31 기간동안 청구외 주식회사 OO로부터 생석회 등을 매입하고, 이에 대한 세금계산서는 청구외 OO석회공업사로부터 청구외 OO석회공업사 명의의 세금계산서를 교부받은 사실이 확인되는 점으로 보아 쟁점거래에 대한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 동 부가가치세를 매출세액에서 공제하지 아니한 당초처분은 정당하다 할 것이고, 또한 청구법인은 청구외 OO석회공업사의 사업자등록증을 확인하고 이 건 거래를 하였으므로 선의의 피해자라고 주장하나, 첫째, 청구외 OO석회공업사가 청구법인의 단일 매입처로서 94.8월～94.11월 기간동안 거래한 금액이 1,735,574,256원(부가가치세 별도)인 사실로 보아 청구법인이 청구외 OO석회공업사가 작업을 중단한 사실을 모를리 없을 것이라는 점, 둘째, 청구외 OO석회공업사의 확인서에 의하면 청구법인은 95년 1월부터 청구외 주식회사 OO로부터 생석회등을 매입하기로 되어 있었는데 1개월 앞당겨 청구법인과 청구외 주식회사 OO와의 거래할 경우에 청구외 OO석회공업사의 거래신용문제 및 운반회사 등에서 운송요금 인상으로 인한 조정기간의 필요 즉, 청구법인과 청구외 OO화학공업사의 쌍방의 필요에 의하여 생석회 등을 청구외 주식회사 OO로부터 매입하고 청구외 OO석회공업사 명의의 세금계산서를 교부받은 사실이 확인되므로 선의의 피해자라는 청구주장은 설득력이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 다툼은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 매입세금계산서에 해당되어 그 매입세액을 공제할 수 없는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 같은법시행령 제60조 제2항에 의하면, 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 제출하지 아니하거나 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 교부하였거나 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적, 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니하는 것으로 규정되어 있다.
• 다. 사실 및 판단

1. 청구법인은 94.7.12 설립하여 청구외 주식회사 OO과 연간 일정량을 공급하기로 하는 계약(생석회 80,000톤/년;단가 89,300원/톤, 석회분 7,000톤/년;단가 51,880원/톤)을 94.8.1 체결하였고, 위 계약물량을 공급하기 위하여 청구외 OO석회공업사 OOO과 연간 일정량을 공급받기로 하는 계약(생석회 80,000톤, 석회분 7,000톤)을 같은날 체결하였음이 관련 공급계약서에 의하여 확인된다.

2. 처분청에서는 94.8～94.12월간 청구법인이 청구외 주식회사 OO에 공급한 매출거래(생석회 33,035.730톤, 석회분 3,525.126톤)는 그 거래사실을 인정하고 있으나, 같은기간중 청구법인이 청구외 OO석회공업사 OOO으로부터 공급받은 물량은 94.8월～94.11월간에 공급받은 물량만 정당거래로 인정하여 이에 대한 매입세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하고, 94.12월 거래분은 정당한 거래가 아니라하여 이에 대한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 인정하고 있다.

3. 처분청에서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 인정한 과세근거자료에 의하면, 당초 조사관서인 동안양세무서장이 청구외 OO화학공업사 OOO의 부가가치세 조사시 위 OOO으로부터 『94.8월부터 94.12월까지 본인이 (주)OO에서 생석회등을 구입하여 납품하기로 하였으나, 석회석 선별시 공장의 분진이 발생한다는 민원에 따라 94.12월분부터는 청구법인이 직접 (주)OO로부터 구입하여 영월군 OO리에 소재하는 OO산업사에서 선별조작하여 판매하였으나, 당초계약시 94.12월분까지 본인이 납품하기로 되어 있어서 94.12월분은 본인이 구입·매출한 것으로 허위세금계산서를 수취·발행하였음』이라는 요지의 확인서를 징취하고 이에 따라 쟁점세금계산서를 허위매출세금계산서로 인정하고, 위 OOO을 수원지방검찰청에 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였음을 알 수 있다.

4. 위 3)의 검찰고발에 대한 수원지방검찰청의 조세범처벌법위반에 대한 조사에서 무혐의로 『공소부제기』하였는 바, 그 조사결과 요지는 아래와 같다. 『피의자(OO석회 OOO)는 안산시 소재 OO가스공업주식회사 내 사업장을 얻어 94.5월부터 (주)OO OO광업소등 5개업체에서 생석회등을 구입·선별하여 청구법인등에 납품하였는데, 생석회등을 선별하는 과정에서 발생하는 분진때문에 주변에서 민원이 야기되자 94.12월까지만 작업하여 납품하기로 하고, 자신의 친형이 영월군 OO리에서 OO산업사라는 상호로 같은 업종을 하고 있어 그 곳에서 작업하여 납품한 것이지 실물거래없이 세금계산서만 청구 법인에 발행한 것이 아니라는 피의자의 변명이, 각 거래처의 진술내용과 거래장부등 제증빙에 의하여 피의자의 변명에 부합되어 달리 피의사실 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없으며 범죄혐의 없음』

5. 청구법인이 94년 12월중 청구외 주식회사 OO에 매출하고 거래대금으로 수취한 받을어음(95.1.12 발행 2매 262,106,955원)을 청구외 OO석회공업사 OOO에게 94년 12월분 생석회등의 매입대금 일부로 위 어음을 배서교부하였고, 위 OOO은 이를 (주)OO에 석회석등 구입대금으로 다시 배서교부한 사실이 동 어음사본의 배서내용, 받을어음장, (주)OO의 사실확인서등에 의하여 인정된다.

6. 청구외 OO석회공업사 OOO은 당초 확인서가 허위로 진술한 것이라고 다시 진술한 확인서를 제시하는 바, 이에 의하면 『94년 12월분 생석회 등의 원료를 (주)OO로부터 본인이 매입하였으며, 운반비 지급도 본인이 하였고, 그 매입대금도 어음등으로 지급하였음이 사실이며, 당초 본인은 관련 증빙서류를 본인이 보지 못하고 진술하였기 때문에 잘못 진술하였음』이라는 요지의 내용으로 인감증명서를 첨부하여 확인하고 있다.

7. 위 관련법령 및 사실관계등을 종합하여 판단한다. 처분청은 쟁점세금계산서와 관련된 매입내용이 사실과 다르다고 인정하면서 그 과세근거로 청구외 OO석회공업사 OOO의 확인서 이외에 다른 명백한 입증자료의 제시가 없는 반면, 이 건 당초조사관서인 동안양세무서장이 위 OOO을 수원지방검찰청에 조세법처벌법위반 혐의로 고발한 조사결과에 따르면 당초 동안양세무서장이 조사한 피의사실을 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없다고 무혐의 처리되어 있는 점, 쟁점세금계산서와 관련된 거래대금 중 일부가 청구법인이 매출하고 수취한 어음으로 청구외 OO석회공업사 OOO에게 배서교부되어 있고, 이 어음이 (주)OO에서 최종결재한 사실이 확인되는 점, 쟁점세금계산서와 관련된 매입에 대응하는 매출은 그 거래사실을 처분청에서도 인정하고 있는점 등을 모아 볼 때 쟁점세금계산서의 공급자는 청구외 OO석회공업사 OOO이라는 청구 법인의 주장이 신빙성이 있다 할 것이므로 쟁점세금계산서는 필요적 기재사항등이 사실과 다른 세금계산서로 볼 수는 없다고 판단된다. 그렇다면, 이 건 쟁점세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 같은법시행령 제60조 제2항의 규정에 의한 불공제하여야 하는 매입세액에 해당되지 아니하므로, 이를 매출세액에서 공제함이 타당하다 할 것이다. 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.