[요지] 토지취득후 도시계획법상 아파트지구 및 미관지구로 지정된 경우 ‘유휴토지등’에 해당않는 것으로 보아 장기보유특별공제됨
[요지] 토지취득후 도시계획법상 아파트지구 및 미관지구로 지정된 경우 ‘유휴토지등’에 해당않는 것으로 보아 장기보유특별공제됨
[참조결정] 국심1994서4084
[주 문] 동울산세무서장이 96.6.29 청구인에게 결정통지한 94년도분 양도소득세 1,039,944,197원의 처분은
1. 소득세법 제23조 제2항 제2호 소정의 장기보유특별공제액을 양도차익에서 공제하고,
2. 국민주택건설용지의 양도에 따른 감면세액(100,000,000원)을 계산하여 이를 산출세액에서 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOO 254.2㎡ 및 같은곳 OOOO 364.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 71.6.21 취득하여 94.12.3 OOOO지역주택조합(조합장: OOO, 이하 “쟁점주택조합”이라 한다)에 양도한 후 95.1.23 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세 1,044,437,280원을 예정신고납부하고, 95.5.31 확정신고시에는 국민주택건설용지에 대한 세액감면(감면세액: 100,000,000원) 및 장기보유특별공제를 적용하여 환급확정신고를 하였으나 처분청은 세액감면 및 장기보유특별공제를 배제하고 예정신고내용대로 결정하여 96.6.29 이를 청구인에게 통보하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.7.8 심사청구를 거쳐 96.9.19 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점토지는 취득후에 도시계획상 아파트지구 및 미관지구로 지정되어 사용이 제한된 토지로서 토지초과이득세법상 유휴토지 등에 해당하지 아니하므로 장기보유특별공제대상이다.
(2) 주택조합도 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호에서 규정한 양도소득세감면요건으로서의 주택건설업자와 동일한 지위를 가지는 것으로 보아야 하므로 청구인이 쟁점토지를 쟁점주택조합에 국민주택건설용지로 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 양도소득세의 50%(감면의 종합한도적용으로 감면세액은 100,000,000원임 ; 이하 같음)를 감면하여야 한다.
(1) 쟁점토지 취득후에 아파트지구 및 미관지구로 지정되었다 하더라도 그 기본계획에 따라 사용할 경우 토지의 사용이 아주 금지되는 것은 아니므로 법령에 의하여 토지의 사용이 금지되거나 제한된 토지에 해당하지 아니하고, 따라서 양도일 현재 나대지 상태인 쟁점토지를 유휴토지 등으로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분에 잘못이 없다.
(2) 주택조합은 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호에서 규정한 주택건설등록업자에 해당되지 아니하므로 청구인이 쟁점토지를 쟁점주택조합에 양도한 것에 대하여 양도소득세 감면을 배제한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 쟁점토지가 장기보유특별공제의 대상이 되는 토지인지의 여부 및
(2) 쟁점주택조합이 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호에서 규정한 주택건설등록업자에 해당하는지의 여부를 가리는 데 있다.
(1) 쟁점토지의 양도당시 소득세법 제23조 제2항 제2호의 규정에 의하면 “제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 양도차익에 일정비율(보유기간이 5년이상 10년미만인 것은 100분의 10, 10년이상인 것은 100분의 30)을 곱한 금액을 양도차익에서 공제한다”고 규정하고 있고, 같은법시행령 제46조의 3의 규정에 의하면, 위 법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 영 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 한편, 토지초과이득세법 제8조 제1항 제14호 가목 및 같은법시행령 제21조 제1항 제1호의 규정에 의하면, 어느용도로도 사용되고 있지 아니하는 토지는 나지로서 유휴토지 등에 해당한다고 규정하고 있고, 같은법 제8조 제3항 및 같은법시행령 제23조 제1호의 규정에 의하면, 토지의 취득후 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에는 위 같은조 제1항의 규정에 불구하고 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년간 이를 유휴토지로 보지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 부칙(90.12.31 대통령령 제13198호) 제3항에 의하면, 토지 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 토지로서 이 영 시행전에 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한되었고 이 영 시행일 현재에도 계속하여 금지되거나 제한된 경우에는 1989년 12월 31일을 사용이 금지되거나 제한된 날로 보아 제23조 제1호의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며, 또한, 위 같은법시행령 제23조 제1호의 규정은 “토지의 취득후 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에는 그 사용이 금지 또는 제한된 기간” 이를 유휴토지로 보지 아니한다고 개정(94.12.31, 대통령령 제14470호)되었고, 이 개정규정은 같은법시행령 부칙 제2항에 의하여 개정령 시행후 최초로 종료하는 과세기간분부터 적용한다고 규정하고 있다.
(2) 조세감면규제법 제66조 제1항에서 “내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 『주택건설등록업자』라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 『국민주택』이라 한다)의 건설용지
2. ～ 3. (이하 생략)”라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자 등이 감면신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제63조 제1항에서 “법 제66조 제1항 본문에서 『대통령령이 정하는 토지』라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.
1. 건축물이 장착되어 있는 토지
2. 주택건설등록업자 등이 새로이 건설한 국민주택 등에 부수되는 토지로서 당해 건물연면적의 2배를 초과하는 토지”라고 규정하고 있으며, 같은조 제9항에서 “법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자등은 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 그 기한 내에 세액감면신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다.
1. 주택건설업등록증 또는 사업자등록증 사본
2. 양수한 토지의 등기부등본
3. 매매계약서 사본
4. (이하 생략)”이라고 규정하고 있다. 한편, 주택건설촉진법 제6조 제1항에서 “연간 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업 또는 연간 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 영위하고자 하는 자는 건설교통부장관에게 등록하여야 한다. 다만 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지공사 및 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 하여 설립된 지방공사와 제44조의 규정에 의한 주택조합 및 고용자인 사업주체는 그러하지 아니한다”고 규정하고 있고, 같은법 제44조(주택조합의 설립등) 제1항에서 “조합을 구성하여 그 구성원의 주택을 건설하고자 할 때에는 관할시장등의 인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 주택조합을 해산하고자 할 때에도 또한 같다”고 규정하면서, 같은조 제3항에서 “제1항의 주택조합 또는 근로자를 고용하는 자(국가 또는 지방자치단체의 장을 포함하며, 이하 『고용자』라 한다)가 그 구성원 또는 근로자의 주택을 건설하는 경우에는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 등록업자와 공동으로 사업을 시행하여야 한다. 이 경우 주택조합 또는 고용자와 등록업자를 공동사업주체로 본다.”고 규정하고 있다.
(1) 쟁점 1에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지는 청구인이 취득(71.6.21)한 이후인 76.8.21 아파트지구로 지정되어 96년 11월 현재까지 아파트지구에 속하여 있음이 관할 강남구청장의 공문(도정58412-3398, 94.11.23) 및 토지이용계획확인서등에 의하여 확인되고, 위 토지를 포함한 같은 아파트지구내의 다른 토지의 소유자들이 위 강남구청장에게 단독필지로의 건축계획심의신청 등을 한 데 대하여 강남구청장이 아파트지구내의 개발사업시행계획은 주구단위로 계획하여야 하고, 지구의 특수성으로 주구단위별 개발이 곤란한 경우에는 300세대이상의 규모로 나누어 시행계획을 수립할 수 있으나, 단독필지들의 건축계획심의신청은 아파트기본계획에 위배되어 반려하였다고 공문회신(주택30411-2915, 92.12.5 및 주택30411-620, 92.3.26)한 사실이 확인되는 바, 토지 취득후에 아파트지구로 지정된 경우에는 위 토지초과이득세법 제8조 제3항 및 같은법시행령 제23조 제1호에 규정한 “법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 토지”로서 유휴토지 등에서 제외되는 토지에 해당한다 할 것이다(국심 94서4084, 96.7.12 등 같은뜻임). (나) 94.7.27 헌법재판소는 구 토지초과이득세법(제정 1989.12.30 법률 제4177호, 개정 1993.6.11 법률 제4561호, 1993.6.11 법률 제4563호) 전부에 대하여 헌법에 합치되지 아니한다는 결정(92헌바49, 52 병합사건)을 하면서, 입법자에게 법의 폐지 혹은 개정은 물론, 법을 개정하는 경우에 있어서 미실현이익의 과세문제, 이중과세문제, 과세대상의 범위 문제 등 결정이유에서 제기된 여러 위헌적 요소의 제거와 그 밖에 위헌시비가 있는 부분의 개선까지를 광범위하게 입법자의 재량에 위임하였고, 이에 따라 1994.12.22 법률 제4807호로 위 결정에서 위헌성이 있음이 구체적으로 지적된 조항을 포함한 여러 토지초과이득세법 조항이 개정되었으며, 이를 계기로 하여 하위법령에 있어서도 그 취지가 반영되어 1994.12.31 대통령령 제14470호로 토지초과이득세법시행령이, 1995.5.19 총리령 제506호로 토지초과이득세법시행규칙이 각 개정되었는바, 위 토지초과이득세법시행령 제23조 제1호의 규정은 토지의 취득후 법령의 규정에 의하여 그 사용이 금지 또는 제한된 기간을 계속하여 유휴토지 등으로 보지 아니하는 부득이한 사유의 하나로 개정한 바 있으며, 위와 같이 구 토지초과이득세법령 중에서 입법자가 헌법불합치결정에 따라 그 결정에서 지적된 위헌적 요소를 제거하거나 그 개선을 위하여 개정한 법, 시행령 및 시행규칙의 각 조항은 그것이 납세의무자에 불리하게 적용되지 아니하는 한 모두 당해 사건 등에 대하여 적용된다고 보는 것이 대법원, 및 우리심판소의 그 간의 토지초과이득세 과세사건에 대한 결정입장(대법원 96.1.26 선고, 93누17911외 다수, 국심 94구3601, 96.5.23외 다수 같은뜻임)일 뿐만 아니라, 94.12.31 개정한 토지초과이득세법시행령 부칙 제2항에 의하여 개정령 시행후 최초로 종료하는 과세기간분(93.1.1 ～ 95.12.31)부터 적용한다고 규정하고 있으므로 94년도에 양도된 쟁점토지는 위 같은법시행령 제23조 제1호의 규정에 의하여 “토지의 취득후 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에는 그 사용이 금지 또는 제한된 기간” 이를 유휴토지로 보지 아니한다고 개정한 규정의 적용대상이다. (다) 살피건대, 토지등의 양도소득세액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제의 대상에서 제외되는 토지인지 여부에 대하여 소득세법 자체로 그 적용이 충족되도록 하는 규정을 따로 두지 아니하고, 토지초과이득세법에 규정한 유휴토지 등의 개념을 차용하여 당해 토지가 토지초과이득세법 제8조에 규정한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 경우 이를 장기보유특별공제의 대상이 되는 토지라고 규정하고 있는 바, 쟁점토지는 청구인이 이 토지를 취득한 후에 아파트지구로 지정되어 94.12.3 양도할 때까지 사용금지 또는 제한이 해제되지 아니하였으므로 94.12.31 개정된 토지초과이득세법시행령 제23조 제1호 및 같은법시행령 부칙 제2항의 규정에 의하여 양도일 현재 유휴토지 등에 해당하지 아니하고, 따라서 장기보유특별공제의 대상이 되는 토지라고 판단된다(같은뜻: 국심 96경3056, 97.10.14 합동회의).
(2) 쟁점 2에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점토지를 94.12.3 쟁점주택조합에 국민주택건설용지로 양도하고 감면신청을 하지 아니한채 95.1.23 자산양도차익예정신고납부를 하였으나, 95.5.31 확정신고시에는 쟁점주택조합은 청구인의 주소지 소관세무서장에게 조세감면규제법시행령 제63조 제9항의 규정에 의하여 쟁점토지를 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 50%에 대한 감면을 신청하였으며, 청구인은 위 감면세액상당액에 대한 예정신고납부세액에 대하여 환급을 신청한 사실이 쟁점토지의 등기부등본, 세액감면신청서, 자산양도차익 예정신고서 및 과세표준확정신고서에 의하여 각각 확인된다. (나) 위 사실내용과 관련법령을 종합하여 볼 때, 전시한 조세감면규제법 제66조 제1항은 국민주택건설용지를 싼값에 공급하려는 데 그 입법취지가 있고, 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지개발공사 등에게는 주택건설촉진법 제6조 제1항의 등록의무가 면제되는 것은 그 등록을 하지 않아도 등록업자와 동일한 지위를 갖게 하려는 취지라 할 것인데, 주택조합도 위 국가 등과 마찬가지로 등록의무가 면제될 뿐만 아니라 전시한 주택건설촉진법 제44조 제3항은 주택조합을 등록업자와 공동사업주체로 보고 있으므로, 주택조합도 주택건설촉진법 제6조 제1항의 규정에 의한 주택건설등록업자와 동일한 지위를 갖는다 할 것(대법원 94누8440, 95.12.12, 같은뜻)인 바, 쟁점주택조합이 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 아니라 단지 주택건설촉진법 제44조에 의하여 설립인가된 주택조합일 뿐이므로, 청구인이 쟁점토지를 쟁점주택조합에 양도함으로써 발생한 양도소득이 조세감면규제법 제66조 제1항에서 규정한 양도소득세 감면대상이 되지 않은 것으로 보아 청구인의 환급신청을 거부한 이 건 처분은 부당한 반면, 주택조합도 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호에서 규정한 주택건설등록업자(주택건설촉진법 제6조 제1항의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자)와 동일한 지위를 가지므로 청구인이 쟁점주택조합에 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도함으로서 발생한 소득에 대하여 양도소득세의 50%를 감면하여야 한다는 청구주장은 이유있다고 판단된다(같은뜻: 96서 3173, 97.7.15 합동회의)