[요지] 사업상 필요로 공유수면매립에 의한 항만축조공사를 하여 항만시설은 국가에 귀속하고 항만부지 일부를 취득 및 무상사용 수익하는 경우, 당해 공사 관련매입세액을 불공제함은 부당함
[요지] 사업상 필요로 공유수면매립에 의한 항만축조공사를 하여 항만시설은 국가에 귀속하고 항만부지 일부를 취득 및 무상사용 수익하는 경우, 당해 공사 관련매입세액을 불공제함은 부당함
[주 문] 울산세무서장이 1996.7.1 청구법인에게 결정·고지한 1995년 제2기분 부가가치세 228,800,000원, 1996년 제1기분 부가가치세 361,258,000원, 합계 590,058,000원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 사실 및 처분개요 청구법인은 항만하역, 하역품보관, 운송업 및 이에 관련되는 부대사업을 사업목적으로 하여 설립된 영리내국법인이다. 청구법인은 자기가 영위하는 위 사업과 관련하여 1992.7.8 해운항만청장으로부터 경상남도 울산시 울주군 OO면 OO리 OO항 일대 공유수면 매립에 의한 OO항 부두축조공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 시행허가를 득하여, 쟁점공사 완료후 동 공사로 준공된 항만시설은 준공과 동시에 국가에 귀속하되 총사업비의 범위내에서 항만부지 일부는 청구법인이 취득하고, 또한 일정부지는 청구법인이 무상사용수익 한다는 조건으로(무상사용수익기간 및 청구법인 귀속 부지면적, 국가귀속 부지면적 등은 공사완료후 해운항만청에서 결정) 1995년 6월부터 공사를 시작하여 이 사건 부가가치세 고지일 현재 약 60%의 공정진행중에 있다. 한편, 청구법인은 쟁점공사를 건설회사인 OO건설주식회사와 공사도급금액 10,600,000,000원(공급가액)에 도급계약을 체결하여 공사용역을 제공받고, 위 OO건설주식회사로부터 1995.10.31부터 1996.3.27까지 6매의 세금계산서 (공급가액 5,364,163,636원)를 수취하고 동 세금계산서상의 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 이에 처분청은 쟁점매입세액이 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항의 규정에 의한 토지의 조성 등을 위한 자본적지출과 관련된 매입세액으로 매입세액이 불공제되는 세액으로 보아, 1996.7.1 청구법인에게 1995년 제2기분 부가가치세 228,800,000원, 1996년 제1기분 부가가치세 361,258,000원, 합계 590,058,000원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1996.7.19 심사청구를 거쳐 1996.10.4 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
① 청구법인이 해운항만청장으로부터 항만축조공사(쟁점공사) 허가를 얻어 공사를 시행하고 준공인가를 받은 날에 항만법, 동법시행령 및 항만축조공사 허가시 허가조건 등의 관계규정이 정하는 바에 따라 동 공사로 인하여 조성된 토지 중 항만공사에 소요되는 총사업비에 상당하는 토지의 소유권 및 항만시설에 대한 무상전용사용권을 취득하게 되는 한편 그 나머지 토지 및 준공된 항만시설 등은 국가에 원시적으로 귀속하게 되는 것이고, 청구법인은 항만하역업, 하역품보관, 운송업 및 이에 관련되는 부대사업을 그 목적으로 하고 있으므로 청구법인이 항만시설을 축조하여 국가에 기부채납하는 행위는 청구법인이 영위하는 위 항만하역업등의 범위내에서 이와 관련 또는 부수하여 이루어진 용역의 공급에 해당한다 할 것이다.
② 한편, 국가가 청구법인을 항만축조공사 시행자로 지정하여 항만시설 등을 완성하여 국가에 귀속토록 한 것은, 총사업비에 상당하는 일부토지의 소유권 및 항만시설에 대한 무상전용사용권을 대가로 제공하고 민간자본을 유치하여 예산을 절약하면서 공공시설을 설치 관리하기 위한 취지에서 비롯된 것이라 할 것이므로 동 항만축조공사 용역은 대가를 받지 아니하고 타인에게 공급한 것이 아니라 국가에 유상으로 제공한 것이라 봄이 상당하고 청구법인이 그와 같은 용역제공의 대가로 총사업비에 상당하는 토지의 소유권 및 항만시설에 대한 무상전용사용권을 취득하게 되는 이상 그 용역의 제공과 토지 및 무상전용사용권의 취득사이에는 경제적, 실질적 대가관계가 있는 것이라고 보지 아니할 수 없으므로 이 사건 항만축조공사는 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 및 동법 제7조 제1항 규정에 의한 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당한다.(동지: 대법원 판례 95누15308, 1996.3.12, 대법원 판례 90누7272, 1991.4.26, 대법원 판례 90누7357, 1991.3.22, 대법원 판례 90누6972, 1991.3.12, 국세청예규 부가 46015-113, 1996.1.19, 국세청예규 부가 22601-189, 1985.1.28)
③ 또한, 개정된 항만법시행령 제18조 제7호의 신설된 규정에 의하면 총사업비의 범위에 토지 및 항만시설 등을 국가에 귀속시킬 경우 항만축조공사에 소요되는 사업비를 공급가액으로 하여 납부하는 부가가치세를 포함하도록 되어 있는데 이는 항만축조공사 관련용역이 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당된다는 표현이라 할 것이다. 그리고 대법원 판례(93누4809, 1993.5.25, 95누15308, 1996.3.12)에서는 공유수면매립공사는 그 매립지 일부의 취득을 대가로 하는 유상의 용역공급에 해당되므로 원고가 그 용역공급에 관련된 매입거래에서 거래징수 당한 세액은 부가가치세 납부세액 산정에 있어서 이를 매출세액에서 공제받을 수 있는 것이라고 판결하였고, 또한 공유수면매립공사는 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당한다고 판결한 바 있다.(거래징수 당한 매입세액을 선공제한 후 용역의 공급으로 과세하였음.)
④ 따라서 청구법인이 공사시공자인 OO건설주식회사로부터 수취한 세금계산서상의 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출과 관련한 매입세액이 아니고 국가소유의 공유수면에 항만축조공사 용역을 제공하고 그 대가로 토지 및 무상전용사용권을 취득하는 용역의 공급과 관련된 매입세액으로서 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의한 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액이라 할 것이다.(동지: 대법원 판례 93누4809, 1993.5.25) 즉, 청구법인 이 시행하는 항만축조공사는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당되고, 이 용역의 공급과 관련된 매입세액에서 징수 당한 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액이라 할 것이다.
⑤ 한편 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 규정의 “자본적 지출”의 정의는 동법 규정에 명시된 바가 없고, 법인세법 시행령 제57조에 “법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 수선비는 수익적 지출로 하고 당해 고정자산의 내용년수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비는 이를 자본적 지출로 본다.”라고 규정되어 있는 바, 위 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 규정에 명시된 “토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액”에서 “매입세액”의 범위는 회계상 토지를 소OO 법인이 당해 토지의 조성 등을 위하여 지출한 비용에 관련된 매입세액으로 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것에 한정된다 할 것이다.
⑥ 청구법인이 건설중인 항만시설 등은 청구법인 소유의 토지가 아닌 국가소유의 공유수면에 건설하고 있음이 입증되므로 청구법인이 타인소유의 공유수면에 조성중인 항만공사와 관련한 매입세액은 처분청의 과세근거인 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 규정의 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액의 범위에서 원천적으로 제외되며, 청구법인은 토지조성외 안벽공사, 호안공사, 도로조성 및 준설공사 등 구축물 성격인 항만시설을 국가를 대신하여 건설하여 주고 그 대가로 건설비(총사업비) 상당의 토지를 현물로 받고 그 토지는 화물의 보관 및 처리 등을 위한 항만운영관련 용지로 사용토록 제한되어 있으며, 타 용도에 당해 토지를 이용하게 될 경우에는 항만시설 등은 전혀 필요없는 시설로서 오히려 본 시설을 제거하여야 하는 등 추가적인 제거비용을 요하게 될 것이므로 항만축조공사가 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것이 아님이 명백하다. 따라서, 청구법인의 항만축조공사를 토지의 조성과 관련한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 볼 수는 없다.(동지: 국세청 예규 부가 46015-423, 1993.3.4)
⑦ 따라서 청구법인의 항만공사와 관련한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법 시행령 제60조 제6항에 규정된 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련한 매입세액에 해당되지 아니하고 용역의 유상공급에 대한 매입세액으로 부가가치세법 제1조 제1항 제1호, 동법 제7조 제1항 및 동법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의한 용역의 공급에 대한 매입세액으로 봄이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 경정고지한 이 사건 부가가치세 금590,058,000원(1995년 제2기분: 228,800,000원, 1996년 제1기분: 361,258,000원)의 부과처분은 부당한 처분이므로 취소하여야 한다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제1조(과세대상) 제1항은『부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.
1. 재화 또는 용역의 공급
2. 재화의 수입』이라고 규정하고 있고, 동법 제7조(용역의 공급) 제1항은『용역의 공급은 계약상 또는 법률상 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.』라고 규정하고 있다.
(2) 한편, 부가가치세법 제17조(납부세액) 제1항에서『사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』이라고 규정하면서, 제2항 제4호에서는『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은『법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.』라고 규정하고 있다.
(1) 이 사건 관련기록에 의하면, 청구법인은 청구법인이 영위하는 사업과 관련하여 해운항만청장으로부터 경상남도 울주시 울주군 OO면 OO리 일대 공유수면 매립에 의한 OO항 부두축조공사(쟁점공사) 시행허가를 득하여 동 공사를 시행하고(건설공사는 건설회사인 OO건설주식회사에 도급주어 청구법인 자신의 계산으로 공사를 시행하였다) 쟁점공사와 관련하여 건설회사인 OO건설주식회사로부터 1995.10.31부터 1996.3.27까지 6매의 세금계산서(공급가액: 5,364,163,636원)를 수취하고 동 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고한 사실, 쟁점공사완료후 동 공사로 준공된 항만시설은 국가에 귀속하되 총사업비 범위내에서 일부 항만부지는 청구법인이 취득하고 또한 일부부지는 무상사용 수익한다는 조건(무상사용수익기간 및 청구법인에게 귀속되는 부지면적과 국가에 귀속되는 부지면적 등은 공사완료후 해운항만청에서 결정함)인 사실이 확인되고 있고, 이러한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.
(2) 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 OO건설주식회사로부터 수취한 매입세금계산서 명세는 다음과 같다. (단위: 원) 일 자 수 취 세 금 계 산 서 일 자 수 취 세 금 계 산 서 공급가액 세 액 공급가액 세 액 95.10.31 980,000,000 98,000,000
96. 2.29 1,156,800,000 115,680,000 95.11.30 500,000,000 50,000,000
96. 3.27 827,363,636 82,736,364 95.12.30 600,000,000 60,000,000
96. 1.31 1,300,000,000 130,000,000 계 5,364,163,636 536,416,364
(3) 건설업자가 건설자재의 전부 또는 일부를 부담하여 건설한 건물 기타 건축물을 타인에게 공급한 경우 동 공사용역은 부가가치세법 시행령 제2조 제1항 제1호, 제18조 제1항의 규정에 의하여 용역의 공급에 해당함이 명백하다. 그러나 건설업자 아닌 자가 건설업자에게 도급주어 자신의 계산으로 건설공사를 시행하여 타인에게 공급한 경우에도 부가가치세법 제7조 제1항에 규정된 용역의 공급에 포함되는 것이라 보아야 할 것이나 다만, 이 경우 그 용역의 공급자는 위 법 제2조 제1항 소정의 사업자에 해당하여야만 부가가치세 납세의무를 지게되므로 그 공급이 자기가 영위하는 사업의 범위내에서 이와 관련 부수하여 행하여져야 할 것이다.
(4) 이 사건의 경우 청구법인은 항만하역업 및 이에 관련되는 부대사업을 그 목적으로 하고 있으므로 청구법인의 위 항만시설축조, 기부채납 행위는 청구법인이 영위하는 위 항만하역업 등의 범위내에서 이와 관련 또는 부수하여 이루어진 용역의 공급에 해당한다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 이 사건 항만시설을 축조하여 국가에 기부채납한 것은 용역을 공급한 경우에 해당하고, 이는 청구법인의 사업과 관련 또는 부수하여 이루어진 것으로 보아야 하고, 또한 청구법인이 자신의 명의와 계산으로 위 공사의 시행자가 된 이상 제3자에게 그 구체적인 업무를 위탁하였다 할지라도 그 용역공급의 주체는 여전히 청구법인이라고 보아야 할 것이다.
(5) 한편, 해운항만청장이 청구법인으로 하여금 이 사건 항만시설을 완성하여 국가에 기부채납하도록 한 것은 무상사용권을 대가로 제공하고 민간자본을 유치하여 예산을 절약하면서 공공시설을 설치 관리하기 위한 취지에서 비롯 된 것이라고 할 것이므로, 청구법인의 이 건 항만시설의 축조 및 기부채납이라는 용역의 공급과 그에 대한 무상사용권 등의 취득과는 서로 경제적, 실질적 대가관계에 있다고 볼 수밖에 없고, 또한 이와 같이 위 항만시설의 축조 및 기부채납행위를 용역의 공급으로 보는 이상 이를 부가가치세가 면제되는 토지의 공급으로 볼 수는 없다 할 것이다.
(6) 위 관련법령 및 사실관계를 종합해 볼 때, 건설업자가 아닌 청구법인이 자기가 영위하는 사업과 관련하여 그 사업상의 필요에 따라 해운항만청장으로부터 공유수면매립에 의한 항만축조공사 시행허가를 득하여, 동 공사완료후 당해 공사로 준공된 항만시설은 준공과 동시에 국가에 귀속하되 총사업비의 범위내에서 항만부지 일부는 청구법인이 취득(청구법인에게 귀속)하고 또한 일정 부지는 무상사용수익조건으로 공사용역을 제공한 이 사건의 경우, 위 항만시설의 축조 및 기부채납행위는 부가가치세법 제7조 제1항에 규정된 용역의 공급에 포함되는 것이라 할 것이고, 위 항만시설의 축조 및 기부채납행위를 용역의 공급으로 보는 이상 이에 대응하는 쟁점공사 관련 매입세액은 당연히 공제대상 매입세액에 해당된다(대법원 95누15308, 1996.3.12외 다수 같은 뜻임, 재정경제부 소비 46015-71, 1998.5.9 같은 취지임)고 할 것이다.
(7) 따라서, 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 쟁점공사 시공자 OO건설주식회사로부터 교부받은 세금계산서가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 세금계산서에 해당된다는 이유로 관련 매입세액을 매입세액 불공제한 이 사건 부가가치세 과세처분은 부당하므로 취소하여야 할 것으로 판단된다.