매입세금계산서가 매입세액공제가 되지 아니하는 사실과 다른 세금계산서인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 폐차업을 영위하는 법인으로서 93년 7월 청구외 법인인 (주)OO인테크 플랜트와 소각로 및 대기오염시설 설치 1차계약(공급가액: 66,000천원)을 체결하여 위 시설을 공급받은 후 93.12.31 동 공급가액에 대한 매입세금계산서를 발행받았다. 그러나 기설치한 위 시설에 하자가 있어 가동이 곤란하자 94.10.15 청구외 법인과 소각로 및 대기오염시설 설치 수정계약(공급가액: 113,000천원)을 체결하였고, 95.7.25 청구법인의 부가가치세 확정신고시에는 위 수정계약에 따른 소각로 및 대기오염시설공사 대가에 대한 매입세금계산서(매입가액:47,000,000원; 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 제출하지 아니하였다. 96.1.25 청구법인은 95년 1기분 부가가치세 확정신고시 제출누락한 95.6.14자 쟁점매입세금계산서를 추가로 제출하여 경정청구를 한데 대하여 96.3.25 처분청은 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서이므로 매입세액공제를 할 수 없다는 내용의 환급거부처분을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.5.25 심사청구를 거쳐 96.7.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장의견

• 가. 청구인주장 쟁점매입세금계산서는 95.6.14 실제로 발행되었으나 청구외 법인의 설치공사의 하자로 인해 청구법인이 수취거절하였던 세금계산서였으므로 95년 1기 부가가치세 확정신고시 제출누락하였으며, 위 수정계약에 따른 공사용역의 완료시점은 위 수정계약서 내용에 따라 하자이행증권 제출시인 95.10.25이 되므로 쟁점매입세금계산서는 공급시기전 교부된 세금계산서로서 적법한 세금계산서이므로 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다.
• 나. 국세청장의견 청구법인은 처분청의 부가가치세 경정조사시점인 95.10.30까지 쟁점매입세금계산서를 수취한 사실이 없으며 위 수정계약에 따른 공사용역의 공급시기는 환경관리공단의 검사완료시점인 95.5.31이므로 쟁점매입세금계산서는 공급시기 이후에 소급하여 교부받은 세금계산서이므로 처분청이 그 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 3정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서가 매입세액공제가 되지 아니하는 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제16조 제1항을 보면, “납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호 내지 제4호외에 대통령령이 정하는 사항”라고 하고 있고, 같은 법 제20조 제1항에서는 “사업자는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별 세금계산서 합계표와 매입처별 세금계산서 합계표를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다.

1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 거래기간

3. 작성일자

4. 거래기간 동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액”이라고 하고 있으며, 같은 법 제17조 제2항 제1호의 2에서는, 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(필요적 기재사항)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외하도록 규정하고 있다. 한편 부가가치세법 시행령 제60조(94.12.31 개정) 제1항 제1호의 2에서, 법제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우로서 “법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서 합계표를 국세기본법 시행령 제25조의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우(95.12.30 신설)”를 규정하고 있고 이 시행령은 96.1.1부터 시행하도록 하고 있다. 부가가치세법 제9조와 같은 법 시행령 제22조 규정을 모아보면, 용역의 공급시기에 대하여 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때를, 완성도 기준 지급·중간 지급·연불 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급 단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를, 그리고 이 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 공급이 완료되고 그 공급 가액이 확정되는 때를 그 공급시기로 하고 있고, 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있다.

• 다. 심리

1. 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 교부받은 날이 언제인지에 대하여 살펴본다. 청구법인은 95.6.14 쟁점매입세금계산서를 교부받았다고 주장하고 있으나 자신의 주장을 입증할 서류를 제출하지 못하고 있는 반면, 처분청 조사시 청구법인의 대표인 OOO의 확인서상 기재내용을 보면 95년 11월 현재 세금계산서 수취사실 없음을 확인하고 있고, 청구외 법인의 부가가치세 신고내역을 보면 95년 1기 확정신고시 쟁점매입세금계산서 금액이 매출처별 세금계산서 합계표에서 제외된 것이 확인되며 청구외 법인이 법정수정신고기한내에 수정신고한 사실도 없고 처분청의 과세자료 통보에 의해 96.4.1 청구외 법인 관할 세무서인 서초세무서에서 위 세금계산서 금액을 매출누락으로 하여 부가가치세를 경정결정한 것이 확인되고 있다. 이러한 사실을 모아 보면 청구인은 95년중 쟁점매입세금계산서를 교부받은 사실이 없으며 96년 1월중 이를 교부받은 것으로 보아야 할 것이다.

2. 한편, 위 수정계약에 따른 용역의 공급시기가 언제인지에 대하여 살펴본다. 위 수정계약서상 대금(각 대금은 부가가치세 포함금액임)지불조건을 보면 계약금(26,400,000원)은 기지불분으로 충당하도록 하고 있고 중도금(42,000,000원)은 지급이행 보증증권을 94.10.20까지 제출하도록 하고 있으며, 잔금(55,900,000원)은 인허가 및 시운전완료, 성능검사완료하고 하자이행증권 제출시를 그 지급시기로 하고 있다. 시운전 및 성능검사완료일이 언제인지에 대하여 95.5.18 청구법인이 환경관리공단에 신청한 일반폐기물 소각시설 성능검사 신청에 대하여 95.6.7 위 환경관리공단이 성능검사 성적서를 송부하였음이 관련공문에 의하여 확인되고 있는 점으로 보아 이 건 용역의 공급시기는 95.6.7이 된다고 봄이 타당하다 할 것이다. 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점매입세금계산서는 96년중 교부받은 것으로 보아야 할 것인 바, 이 건 용역의 공급시기와 쟁점매입세금계산서의 교부시기의 과세기간이 다르므로 쟁점매입세금계산서에 대하여는 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없는 것이라 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 이를 심리한 바, 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.