[요지] 쟁점매입세액은 등록전매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제한지 아니한 처분은 잘못이 없음
[요지] 쟁점매입세액은 등록전매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제한지 아니한 처분은 잘못이 없음
[참조결정] 국심1995경0569
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 91.8.19 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 91.9.7 처분청으로부터 고유번호(605-82-04374)를 지정받아 세법상의 제의무를 이행하여 오던 중 94.11.25 부산광역시 북구 OO동 OOO에 조합원에게 분양할 목적으로 상가신축공사 및 부대공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 하는 과정에서 쟁점공사 수급자인 OOOOOO주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 지급한 선금 7,222,770,000원에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 94.12.26 교부받아 95.1.25에 94년도 제2기 부가가치세 신고시 쟁점매입세금계산서에 의한 매입세액 656,615,455원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 환급신고 하였으며 그 후인 95.10.4 사업자등록을 하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 사업자등록일(95.10.4) 이전인 94.12.26 수취하였으므로 쟁점매입세액은 등록전 매입세액에 해당한다고 보아 이를 매출세액에서 공제하지 아니하고 95.12.1 청구법인에게 94년도 제2기 부가가치세 2,276,450원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.1.9 이의신청, 96.4.2 심사청구를 거쳐 96.7.23 이건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 부가가치세법 시행령 제8조 제2항에서 고유번호는 등록번호에 준한다고 규정하고 있는 취지로 보아 청구법인이 고유번호를 지정받은 91.9.7 사업자등록을 한 것으로 간주되는 바, 쟁점매입세금계산서는 그 후인 94.12.26 교부 되었으므로 쟁점매입세액은 등록전 매입세액이 아닌데도 이를 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 부당하고, 설령 고유번호를 지정받은 것을 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없다고 하더라도 청구법인이 91.8.29 사업자등록을 신청한 것에 대하여 처분청이 이를 반려하고 91.9.7 고유번호를 지정한 것이므로 신의칙상 91.8.29를 사업자등록일로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제해 주는 것이 타당하다.
(2) 쟁점매입세금계산서는 쟁점공사의 선급금에 대하여 교부된 것이므로 쟁점공사의 공급시기는 1차 기성분 계상시점인 95.11.17이고 이날 쟁점매입세금계산서가 교부되어야 하는데도 착오로 이보다 앞선 94.12.26 교부된 것인바, 쟁점공사의 공급시기인 95.11.17은 청구법인이 사업자등록을 한 95.10.4 이후이므로 쟁점매입세액을 등록전 매입세액이라고 하여 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 고유번호를 지정받은 것을 부가가치세법 제5조에 의한 사업자등록으로 보아야 한다고 주장하나, 부가가치세법 제5조 제1항 규정의 사업자등록의무자는 부가가치세 납세의무가 있는 사업자에 한하고 부가가치세 납세의무가 없는 비영리법인은 등록의무가 없다고 할 것이므로 청구법인이 고유번호 지정받은 것을 사업자등록과 동일시 할 수는 없고, 따라서 쟁점매입세액은 등록전매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제한지 아니한 처분은 잘못이 없다.
(2) 부가가치세법 제9조 제3항에서 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 세금계산서를 교부하는 때를 공급시기로 하는 것이므로 쟁점공사의 1차 기성분 계상시점이 95.11.7이라 하더라도 쟁점세금계산서가 교부된 94.12.26이 공급시기이고 청구법인은 95.10.4에 이르러서야 사업자등록을 하였으므로 사업자등록 이전인 94.12.26 교부된 쟁점매입세금계산서상의 쟁점매입세액을 등록전 매입세액이라고 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제5조 제1항에서 『신규로 사업을 개시하는 자는 사업장 마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다』고 규정하고 있고, 동조 제2항에서 『정부는 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다』고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제7조 제1항에서 『법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 소관 세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 사업자의 인적사항
2. 사업자등록신청사유
3. 사업개시연월일 또는 사업장설치착수연월일
4. 기타 참고사항』이라고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제8조 제2항에서 『소관세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항에 규정하는 자 에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 지정할 수 있다.』고 규정하고 있다.
(2) 부가가치세법 제9조 제2항에서 『용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다』고 규정하고 있고, 동조 제3항에서 『사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 간이세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다』고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제22조 제2호에서 『완성도기준지급·중간지급·연불 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한때』를 용역의 공급시기로 보도록 규정하고 있다.
(3) 부가가치세법 제17조 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하면서, 그 제5호에서 『제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액』을 규정하고 있다.
(1) 쟁점공사와 관련된 사실관계를 살펴보면 94.11.10 청구법인이 청구외 법인(후에 수급인으로 OOOO주식회사 추가)과 계약금액 72,227,700,000원의 쟁점공사 도급계약을 체결하였고 그중 94.12.26 선금 7,222,770,000원에 대한 쟁점세금계산서를 교부받았음이 쟁점공사의 도급계약서와 쟁점세금계산서에 의하여 확인된다.
(2) 먼저 고유번호를 지정받은 후이지만 사업자등록을 하기 전에 교부된 쟁점매입세금게산서상의 쟁점매입세액이 등록전 매입세액에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인은 91.1.19 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 91.8.29 처분청에 사업자등록을 신청하였으나, 처분청은 청구법인이 비영리법인인 데다가 사업자등록신청서에 업태 및 종목을 기재하지 않는등 부가가치세 납세의무가 있는 사업자라고 볼 수 없다는 이유로 이를 반려하고 대신에 부가가치세법 제8조 제2항의 규정에 의하여 고유번호(605-82-04374)를 지정통지한 사실이 청구법인의 사업자등록신청서 및 처분청의 관련공문(부산진세무서 법인22631-4447, 91.9.7 참조)에 의하여 확인된다.
2. 청구법인은 부가가치세법 제8조 제2항에서 고유번호는 등록번호에 준한다고 규정하고 있으므로 고유번호 지정통지후에 교부된 쟁점매입세금계산서상의 쟁점매입세액은 등록전 매입세액이 아니라고 주장하고 있다.
3. 살피건대, 전시 부가가치세법상의 고유번호 제도는 부가가치세 납세의무가 없는 비영리법인등의 과세자료를 효율적으로 처리하는데 그 입법취지가 있다고 할 것인바, 이러한 입법취지를 고려한다면 부가가치세 납세의무가 없는 자가 고유번호를 지정받았더라도 그 후 부가가치세 과세사업을 하게되면 부가가치세 납세의무가 발생하므로 고유번호를 지정받은 것과는 별도로 사업자등록을 하여야 한다고 해석하는 것이 타당하다고 할 것이다. 그렇다면, 고유번호를 지정통지 받은 후이지만 사업자등록이전에 수취된 쟁점매입세금계산서상의 쟁점매입세액은 등록전 매입세액에 해당하므로 이를 매출세액에서 공제하지 아니한 원처분은 잘못이 없다고 하겠다.
4. 한편, 청구법인은 91.8.29 사업자등록 신청을 하였는데도 처분청이 이를 반려하고 청구법인에게 고유번호를 지정통지한 것이므로 신의칙상 사업자등록 신청일인 91.8.29을 사업자등록일로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 91.8.29 제출한 사업자등록신청서에는 업태 및 종목등이 기재되어 있지 않아 명칭만 사업자등록신청서일뿐 그 실질내용으로는 사업자등록신청이라고 하기는 어렵다고 할 것이므로 청구법인이 당초 사업자등록신청서를 제출한 날인 91.8.29을 사업자등록일로 보아야 한다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점매입세금계산서는 쟁점공사의 공급시기 이전에 착오로 교부된 것이므로 쟁점매입세금계산서가 쟁점공사의 공급시기에 교부된 것으로 보아 등록전 매입세액에 해당하는지 여부를 가려야 한다는 청구주장이 타당한지에 대하여 살펴본다.
1. 선급금과 계약금의 구분과 관련하여 기성고에 따라 배분되고 정산에 관한 규정이 있으면 선급금으로 보아야 할 것인바(국심95경569, 95.10.13, 같은뜻임), 쟁점공사 도급계약서상의 선금 7,222,770,000원은 도급계약 일반조건 제11조 제3항에서 1회 기성대금으로 대체하도록 되어 있고 청구외법인의 문서(OOOOOO주식회사 OOO사 제OOO호, 기성부분급 청구에 관한 건, 95.11.7 참조)에 의하여 위의 금액이 95.11.7 제1회 기성대금으로 정산되었음이 확인되므로 쟁점세금계산서상의 금액은 선급금으로 보는 것이 타당할 것이다.
2. 기성고에 의하여 대금을 지급하기로 한 완성도기준지급의 경우에는 부가가치세법 제22조 제2호에서 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 정하고 있으므로 쟁점공사의 경우 1차 기성대금이 지급된 95.11.7이 원칙적으로 공급시기일 것이나, 부가가치세법 제9조 제3항에서 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 이전에 세금계산서가 교부된 경우에는 그 교부한 때를 공급시기로 보도록 규정하고 있으므로 쟁점공사의 경우에도 쟁점매입세금계산서가 교부된 94.12.26을 공급시기로 보아야 할 것이다. 한편, 청구법인은 95.11.7 쟁점매입세금계산서를 수취하여야 할 것인데도 착오로 94.12.26 쟁점매입세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 쟁점매입세금계산서가 착오로 교부되었다는 입증이 없으므로 이 부분에 대한 청구주장을 받아 들이기는 어렵다고 판단된다.
3. 그렇다면, 청구법인의 사업자등록일(95.10.4) 이전인 94.12.26 교부받은 쟁점매입세금계산서상의 쟁점매입세액은 등록전 매입세액에 해당한다 할 것이므로 이를 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.