[주 문] 도분 양도소득세 701,277,530원은 양도부동산의 양도차익을 취득 및 양도당시의 기준시가를 적용하여 결정하고 그 과세 표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구인은 1987.3.16 OOOO공사로부터 취득하여 1991.6.7 해운항만청에 수용된 부산광역시 남구 OO동 OOOOOOO 외 3필지 대지 4,888㎡, 답 1,370㎡등 6,258㎡(청구인의 지분 3분의1 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 1991.6.30 취득가액은 106,851,178원으로 하고 양도가액은 1,637,510,000원으로 하여 양도소득금액 1,530,658,822원을 실지거래가액으로 양도차익 예정신고를 하고, 1991.10.19 토지수용 재결보상금 추가 수령에 따라 1992.1.31 양도가액을 1,740,360,250원으로 하고 양도소득금액은 1,632,009,052원으로 하여 추가신고하였으며, 1992.6.29 기준시가에 의거 양도소득금액을 354,798,307원으로 수정신고하였다. 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액으로 양도소득금액을 결정하여 감면한도액 3억원을 공제하고 1996.1.16 양도소득세 701,277,530원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.3.12 심사청구를 거쳐 1996.6.13 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구인은 확정신고기한내에 실지거래가액에 의거 양도소득세를 신고하였으나, 확정신고기한 경과후 1월이내인 1992.6.29 기준시가에 의하여 수정신고를 하였으므로 양도차익을 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 쟁점토지 양도는 조세감면규제법 제57조 제1항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세가 전액 감면되는 경우인데 청구인은 같은법 제88조의 규정에 의한 감면의 종합한도가 3억원인 것을 모르고 실지거래가액에 의한 법소정의 예정신고 및 추가신고를 하였으나 추후 이 사실을 알고 당초신고의 오류를 정정하여 기준시가에 의하여 수정신고를 하였으므로 수정신고 내용대로 양도소득세를 결정하여야 하며 또한, 소득세법 시행령 제170조 제4항 제3호의 취지는 정부가 일방적으로 실지거래가액에 의한 과세를 하도록 규정한 같은 시행령 같은 조 같은 항 제2호의 경우와 달리 기준시가를 적용한 양도차익이 실지거래가액에 의한 것 보다 양도자에게 불리한 경우를 배려하여 당해 납세자에게 선택권을 준 것으로 해석되며, 따라서 양도자가 착오로 불리한 실지거래가액으로 신고하였다 하더라도 정부는 납세자에게 유리한 가액으로 결정하여야 당해 조항의 합목적성에 부합된다고 보므로 이 건 양도소득세는 기준시가에 의하여 결정하여야 한다.
- 나. 국세청장 의견 첫째, “자산양도차익예정신고기한 도과후 확정신고기간 도래전에 제출한 신고서는 예정신고로서의 효력은 없으나, 동 신고서를 반려하지 아니하고 접수한 상태에서 확정신고기간이 도래하면 확정신고로서의 효력이 발생하는 것”(재산 1264-2494, 1984.7.27)이라고 해석하고 있으므로 이 건의 경우 1992.1.31 실지거래가액으로 신고한 것이 확정신고의 효력은 있다 하겠다. 둘째, “양도소득세의 과세표준을 지방세법의 규정에 의한 과세시가 표준액으로 확정신고한 후 이를 다시 실지거래가액으로 변경하는 것은 수정신고의 대상이 되지 아니하는 것”(징세 46101-2865, 1993.7.9)이라고 해석하고 있으며, “기준시가로 양도소득세를 신고한 경우 다시 실지거래가액으로 양도소득세 수정신고를 할 수 없는 것”(재무부 총괄1231-438, 1977.2.24)이라고 해석하고 있어 이 건의 1992.6.29 기준시가에 의한 수정신고는 수정신고의 효력이 없다. 위 사실들을 모두어 보면, 이 건의 경우 쟁점토지의 양도에 대하여 1992.1.30 실지거래가액으로 신고한 것은 확정신고의 효력이 있으나, 1992.6.29 수정신고는 수정신고의 효력이 없으므로 처분청이 소득세법 시행령 제170조 제4항 제3호에 의거 신고한 실지거래가액에 의거 양도차익을 결정한 당초처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다가 기준시가로 수정신고한 경우 실지거래가액으로 과세한 것이 적법한 것인지 여부
- 나. 관련법령 이 건 양도당시 시행된 구 소득세법 제23조 제4항 제1호에서는 “양도가액은 그 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의한다”라고 규정되어 있고, 같은법 제45조 제1항 제1호 (가)목에서는 “거주자의 양도차익 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비(취득가액)는 당해 자산의 취득당시의 기준시가에 의한 금액. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액”으로 결정할 수 있다” 라고 규정되어 있으며, 같은법 시행령 제170조 제4항에서는 “대통령령이 정하는 경우라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.～2. (생 략)
3. 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서 류에 의거 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우”라고 규정되어 있다. 한편, 구 국세기본법 제45조 제1항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 다음 각호에 게기하는 기한내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기간 경과후 6월내
2. 제1호 이외의 국세의 경우에는 법정신고기간경과후 1개월”이라고 규정되어 있다.
- 다. 사실 및 판단 위 처분개요에서 보는 바와 같이 청구인은 1991.6.7 쟁점토지를 양도하고 예정신고기한내인 1991.6.30자로 실지거래가액으로 자산양도차익 예정신고를 한 후 과세표준확정신고기한내인 1992.1.31자로 추가수용보상금을 포함한 실지거래가액에 의하여 추가신고를 하고 별도의 과세표준 확정신고를 이행한 바는 없으나 1992.1.31자 추가신고는 과세표준 확정신고기한(1992.5.31)내의 신고로서 이를 소득세법상의 과세표준 확정신고로 볼 수 있는데에는 다툼이 없음을 알 수 있고 청구인은 위 국세기본법에서 규정하는 수정신고기한(법정신고기간 경과후 1개월)내인 1992.6.29자로 기준시가에 의하여 수정신고한 사실에도 다툼이 없다. 이 건 양도당시 시행된 위 국세기본법 제45조에서는 신고서상의 기재사항에 누락·오류가 있을 때 수정신고 할 수 있도록 규정하고 있을 뿐 기재사항의 누락·오류에 대한 정의 규정이나 누락·오류의 범위에 대한 명문규정이 없어 이 건과 같은 양도소득세 결정방법의 변경이 수정신고대상에 포함되는지 여부에 대하여 논란이 있을 수 있으나 이는 수정신고제도의 취지 및 소득세법상의 양도소득세 과세원칙이나 과세의 형평등을 고려하여 합목적으로 해석·적용하는 것이 합당할 것으로 판단된다. 첫째, 소득세처럼 정부가 과세표준과 세액을 결정하는 때 납세의무가 확정되는 조세에 있어서는 납세자의 신고내용에 따라 조세채권이 확정되는 것이 아니므로 양도소득세의 경우 양도차익예정신고나 과세표준 확정신고 또는 과세표준 수정신고는 모두 법적으로는 납세자의 의사표시에 불과한 것으로 볼 수 있으며 국세기본법상 소득세의 경우에도 수정신고 할 수 있도록 명문규정을 두고 있다는 점에 비추어 볼 때 이 경우 수정신고는 납세자의 신고당시 의사표시를 정정할 수 있는 기회를 부여해 준데 불과하다고 볼 수 있으므로 이 건과 같이 과세표준 수정신고를 하면서 당초 신고시의 의사표시를 정정하여 기준시가에 의하여 양도차익을 결정받겠다는 의사표시를 명백히 표명한 납세자에게 이러한 경우 수정신고대상이 아니라고 제한적으로 해석하는 것은 수정신고 제도의 취지에 어긋나는 불합리한 점이 있다 할 것이다. 둘째, 소득세법상 양도소득세의 경우 기준시가에 의한 양도차익 결정을 과세원칙으로 규정하면서 기준시가에 의한 과세방법과 실지거래가액에 의한 과세방법을 납세자가 선택할 수 있도록 규정하고 있는 상황에서 납세자가 과세표준 확정신고시 실지거래가액으로 신고하였다는 이유만으로 수정신고에 의하여 밝혀진 납세자의 의사에 반하여 실지거래가액으로 과세하는 것은 과세형평상 타당치 아니하며 또한 어느 방법이 유리한지 모르고 신고한 납세자에 있어서 신고내용이 사실과 다른 경우에는 결과적으로 유리한 기준시가 과세가 가능하나 신고내용이 사실인 경우에는 기준시가에 의한 과세가 불가능하다면 성실한 자가 불이익 받는 결과를 초래하여 불합리한 점이 있으므로 양도소득세의 경우 납세자의 선택사항으로 되어 있는 과세방법의 변경은 수정신고대상으로 보는 것이 합당한 점이 있으며 위 국세기본법상의 관련규정에 비추어 볼 때에도 양도소득세 과세방법을 변경하여 신고하는 경우 신고서상의 기재내용인 양도가액 및 취득가액이 달라지게 되므로 이를 당초 신고서상의 기재내용의 오류에 포함된다고 볼 수 있다 할 것이다. 셋째, 이 건 양도당시 시행된 국세기본법에서는 납부세액을 증가·감소시키는 사유를 모두 수정신고에 의하여 처리하였으나 1995.1.1부터 적용되는 국세기본법에서는 납부세액을 감소시키는 사유를 경정청구제도에 의하여 처리하도록 하면서 1994.12.22 신설된 국세기본법 제45조의 2에서 과세표준 및 세액을 감소시키는 것을 경정청구대상으로 한다고 명문규정을 두고 있어 일반국민들은 이 건과 같이 양도차익 결정방법을 달리하여 납부세액을 감소시키는 것도 국세기본법상의 수정신고 대상이 된다고 충분히 해석할 수 있었다고 보며 특히, 국세행정의 집행에 있어서도 양도차익예정신고시 실지거래가액으로 신고한 후 과세표준 확정신고시 기준시가로 신고한 경우 적법한 신고로 인정(국세청 재일45014-110, 1996.1.13)하여 기준시가로 과세하여 오고 있는 점에 비추어 볼 때 이 건과 같이 과세표준 확정신고시 실지거래가액으로 신고하였다가 과세표준 수정신고시 청구인에게 유리한 기준시가로 신고한 경우 기준시가로 과세하지 못할 합리적인 이유는 없다 할 것이다. 위와 같은 점을 종합하여 판단하면 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액에 의하여 양도차익을 예정 및 확정신고 한 후 적법한 수정신고 기한내에 기준시가에 의하여 과세표준을 수정신고 한 청구인의 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하고 양도소득세를 과세하는 것이 적법한 것으로 판단된다. 그러므로이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 1996.12.20자 국세심판관 합동회의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.