과세특례포기신고서의 제출이 없었다고 보는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 부산광역시 금정구 OO동 OOO O OO의 지상에 근린생활시설 638.19㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 일반과세자로 사업자등록을 하고 부동산임대업을 운영하고 있는 자로서, 94년 제1기 부터 과세특례 적용 대상 사업자에 해당함에도 계속 일반과세자로 부가가치세를 신고납부하였다. 처분청은 94년 1기 부터 과세특례자로 유형전환된 것으로 인정하고 쟁점부동산의 신축시 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하여, 95.8.16 청구인에게 94년 1기분 부가가치세 12,978,200원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.9.25 이의신청 및 95.12.13 심사청구를 거쳐 96.4.4 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 92.7.27 사업자등록시 과세특례포기서를 제출하였을 뿐만아니라, 사업개시후 일반과세자로 부가가치세를 신고납부하였으므로 과세특례적용 대상에 해당 되더라도 계속 일반과세자로 남겠다는 의사표시를 한 것으로 보아야 하고, 또한 과세특례를 적용하려면 과세특례전환통지를 하여야 함에도 불구하고 처분청은 청구인에게 아무런 통지도 없이 94년 1기부터 과세특례자로 전환시켜 쟁점부동산 신축시 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 과세함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 92.7.27 사업자등록시 과세특례포기서를 제출하였다고 주장하나 처분청의 92년도 문서대장·과세유형전환대장·사업자등록신청서등을 살펴본바 청구인이 과세특례포기서를 제출한 사실이 없고, 청구인의 경우 부가가치세 신고내용으로 보아 관련 부가가치세법령상 94년 1기 부터 과세특례 적용대상이므로, 94년 1기 부터 과세특례자로 전환된 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 적합하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 과세특례포기신고서의 제출이 없었다고 보아 과세특례전환통지 없이 과세특례를 적용한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제25조 제1항 및 같은법시행령 제74조 제1항 제1호에서 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)의 합계액이 3,600만원에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 제25조 내지 제30조의 과세특례규정을 적용한다고 규정하고 있고, 같은법 제30조 제1·2항 및 같은법시행령 제78조 제1항에서 일반과세자로 적용받고자 하는 과세특례자는 그 적용받고자 하는 과세기간 개시 10일전에 과세특례포기서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 한편, 같은법시행령 제74조의 2 제1항에서는 법 제25조(과세특례)의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조(과세특례의 범위)제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로 부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 제1항의 경우에 당해사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계 없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 또한, 같은법시행령 제74조의 3 제3항에서는 일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 재무부령이 정하는 산식에 의하여 계산한 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액(이하 “재고납부세액”이라 한다)을 공제받은 경우 이를 부가가치세 신고납부시 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실 및 판단

(1) 처분청이 제출한 청구인의 쟁점부동산 임대사업 개시후 부가가치세 신고내용을 살펴보면 청구인의 경우 위 부가가치세법 제25조 제1항 및 같은법시행령 제74조 제1항·제74조의 2 제1항 단서의 규정에 의하여 94년 제1기 부터 과세특례자에 해당된다.

(2) 청구인은 92.7.27 사업자등록시 과세특례포기서를 제출하였을 뿐만아니라, 사업개시후 일반과세자로 부가가치세를 신고납부하였으므로 과세특례적용 대상에 해당되더라도 계속 일반과세자로 남겠다는 의사표시를 한 것으로 보아야 하고, 또한 과세특례를 적용하려면 과세특례전환통지를 하여야 함에도 불구하고 처분청은 청구인에게 아무런 통지도 한바 없으므로, 청구인을 과세특례자로 전환시켜 쟁점부동산 신축시 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 처분청이 92년도 문서접수대장·과세유형전환대장·사업자등록신청서등을 살펴본바 청구인이 92.7.27 사업자등록시 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 없는 것으로 조사된 반면, 청구인은 과세특례포기신고서를 제출한 사실을 입증하지 못하므로, 과세특례포기신고를 하였다는 청구인의 주장을 사실로 인정할 수 없다 하겠으며, 과세특례자가 과세특례포기서를 제출하지 아니한 채 일반과세자로 부가가치세를 신고한 것만으로는 과세특례의 포기를 한 것으로 볼 수 없는 것이며, 일반과세자에서 과세특례자로 전환되는 경우에는 위 부가가치세법 제74조의 2 제3항의 규정에 의하여 과세유형전환통지에 관계 없이 과세특례자로 전환되는 것이므로(같은 뜻: 대법 90누4068 90.9.11, 국심 94서 22 94.2.25등 다수), 청구인의 주장은 받아들이기 어렵고, 청구인을 94년 1기 부터 과세특례자로 보아 쟁점부동산 신축시 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하여 과세한 이 건 처분은 타당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.