[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분개요 청구인은 1994.5.5 일반사업자로 사업자등록을 하여 경상북도 영덕군 영덕읍 OO리 OOOOO에 임대용건물(이하 “쟁점부동산”이라 함)을 신축(1994.8.29 준공)하면서 1994년 제1기 및 1994년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액 21,363,630원을 환급받은 사실이 있다. 처분청은 청구인의 1994년도 1역년(1994.8.29부터 1994.12.31까지)의 공급가액(600,000원)을 12월로 환산한 금액이 360,000,000원에 미달된다 하여 부가가치세법 시행령 제74조의 2 제1항의 규정에 의하여 1995년 제2기부터 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 1996.5.1 청구인에게 1995년 제2기 부가가치세 17,619,980원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.6.24 대구지방국세청에 의한 의의신청 및 1996.9.17 심사청구를 거쳐 1996.12.7 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구인은 당초부터 일반과세자로 사업자등록을 하였고 1995년 7월 과세특례자로 유형 전환된다는 처분청의 구두통지를 받고서 적법한 절차에 따라 1995.8.3 과세특례 포기신청을 하였으며, 현재까지 일반과세자로 사업자등록이 되어 있고 과세특례자로 등록된 적이 없으므로 과세특례자로 유형전환이 되었다고 볼 수 없고 따라서 재고매입세액의 추징은 부당한 처분으로 취소되어야 한다. 또한 처분청의 주장에 따르더라도 청구인이 1995.8.3에 과세특례포기신고서를 제출하였으므로 그 익월인 1995.9월부터는 일반과세자에 관한 규정을 적용받아야 할 것이고, 따라서 청구인이 과세특례자로 추정 적용되는 기간은 1995년 7월 및 8월의 2개월 뿐이므로 재고매입세액 추징액은 676,510원(2,029,544원×2개월÷6개월)이 되어야 한다.
- 나. 국세청장 의견 일반과세자에서 과세특례자로 과세유형이 전환되는 사업자에 대하여는 그 통지에 관계없이 과세특례규정을 적용하는 것이고 청구인의 1994년 1역년의 공급대가 환산금액이 3,600만원에 미달하고 과세특례 적용 과세기간 개시 20일전까지 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 이 건의 경우 1995.7.1 과세특례자로 유형이 변경되는 것이므로, 당시의 재고품 등에 대하여 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고매입세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 재고납부세액을 계산하여 부가가치세를 추징한 처분이 적법한 것인지 여부
- 나. 관련법령 부가가치세법 제25조 및 동법 시행령 제74조 제1항 제1호에서 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 36,000,000원에 미달하는 개인사업자는 과세특례자로 보도록 규정하고 있고, 동법 시행령 제74조의 2 제1항에서 “법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하는 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다”고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서는 “제1항의 경우에 당해사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시전일까지 교부하여야 한다”라고 규정하고 있고 같은조 제3항에서는 “제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다”라고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법 제26조의 2(재고매입세액가산)에서는 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제17조의 3에서는 “제25조의 규정에 의한 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”라고 규정하고 있고 동법 시행령 제63조의 3 제1항에서는 “과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액공제대상인 것에 한한다)을 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세 전환시 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다”라고 규정하고 있다.
- 다. 사실 및 판단 청구인의 1994년 1역년의 공급대가 환산금액이 36,000,000원에 미달하는 사실에는 다툼이 없으며 이 경우 위 부가가치세법의 규정에 의하여 1995년 제2기부터 과세특례자로 유형이 전환되는 것이고 이에 따라 이미 매입세액으로 공제받은 재고매입세액을 추징하는 것임을 알 수 있다. 처분청은 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환시 당해 과세기간 개시 20일전까지 청구인에게 통지는 하지 아니한 것으로 밝혀지고 있으나 위 부가가치세법 규정상 이 경우 통지에 관계없이 과세특례자로 전환되는 것이므로 적법한 기간내에 통지를 하지 아니하였다는 이유로 일반과세자로 적용하여야 한다는 청구주장은 이를 받아들일 수 없는 것으로 판단된다. 한편, 청구인은 특례포기기간의 개시일을 1995.9.1로 표기하여 1995.8.3자로 처분청에 특례포기신고서를 제출한 것으로 밝혀지고 있어 청구인은 1995.7.1자로 과세특례자로 전환되었다가 특례포기 신고에 의하여 1995.9.1부터 다시 일반과세자로 전환된 것으로 볼 수 있는데 위 부가가치세법 제17조의 3의 규정에 의하면 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 변경당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하고 있고 동법 시행령 제63조의 3 제1항에 의하면 이 경우 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 사업장 관할 세무서장에게 신고하도록 규정하고 있음을 알 수 있는데 청구인은 1995.8.3 과세특례포기신고서만 제출하였을 뿐 과세특례 전환기간(1995.7.1 ～ 1995.8.31)에 대한 확정신고나 재고품 및 감가상각자산신고서를 제출한 바 없는 것으로 밝혀지고 있어 부가가치세법상 일반과세 전환에 따른 매입세액을 공제할 수 없는 것으로 판단된다. 따라서, 청구인이 일반과세자로서 매입세액을 공제받은 후 1995년 제2기부터 과세특례자로 전환됨에 따라 처분청이 전환시점에서 재고납부세액을 계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 적법한 것으로 판단된다. 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.