[요지] 소득세법 시행령 개정규정은 90.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있으므로 개정된 규정에 따라 양도소득세 비과세를 배제한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 소득세법 시행령 개정규정은 90.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있으므로 개정된 규정에 따라 양도소득세 비과세를 배제한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[참조결정] 국심1989서1078
[주 문] 상주세무서장이 96.5.27 청구인에게 결정고지한 90년도 귀속분 양도소득세 16,297,530원 및 동 방위세 3,265,490원은 경북상주시 OO동 OOOO 답 1,701㎡의 양도에 따른 양도차익을 68,000,000원으로 하여 그 과세표준과 세액을 각각 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 내용 청구인은 71.12.21 경북 상주시 OO동 OOOO 답 1,701㎡(구획정리로 인하여 현재 지번은 OO동 OOOOOO, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 OOO으로부터 취득하여 90.3.28 청구외 OOO에게 양도하고, 91.5.31 취득가액 20,000,000원, 양도가액 68,000,000원으로하여 실지거래가액으로 양도소득세를 신고납부하였다. 처분청은 쟁점토지의 실지거래취득가액이 신빙성이 없고 불분명하다는 이유로 기준시가에 의한 취득 및 양도가액을 적용하여 양도소득세 16,297,530원 및 방위세 3,265,490원 합계 19,563,020원을 96.5.27 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.9.11 심사청구를 거쳐 96.11.21 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점토지는 청구인의 금전채권 20,000,000원에 갈음하여 대물변제계약을 체결하고 채무자인 청구외 OOO으로부터 취득한 것으로서 처분청이 취득시의 매매계약서가 신빙성이 없다하여 기준시가로 과세한 것은 부당하다.
(2) 쟁점토지는 71.12.21 취득하여 부동산등기특별조치법에 의하여 85.5.31 소유권이전등기를 필하였고 90.3.28 양도하였으므로 8년이상 소유하고 자경한 농지이며, 소득세법 시행령 제14조 제3항의 제1호 및 제2호(8년이상 자경농지이나 비과세되지 않는 농지의 경우를 규정)는 88.12.31 개정되어 89.1.1부터 시행된 것으로서 쟁점토지를 비록 90.3.28에 양도하였으나 89.1.1 이전에 이미 8년 자경으로 비과세 요건을 충족하고 있었으므로 동조항 시행과 관계없이 비과세 되어야 한다.
3. 심리 및 판단
① 청구인이 신고한 실지거래취득가액을 인정할 수 있는지 여부
② 쟁점토지의 양도가 8년이상 자경한 농지로서 양도소득세가 비과세 되는 경우에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
1. 양도일 현재 도시계획법 제17조에 규정하는 주거지역·상업지역 및 공업지역 내의 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 1년이 지난 농지.
2. (생략)』이라 규정하고 있다.
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점토지를 금전채권 20,000,000원에 갈음하여 대물변재 계약에 의해 채무자 OOO으로부터 인수하였다고 주장하면서 이에 대한 증빙으로 쟁점토지의 취득시 매매계약서 및 양도시 매매계약서와 쟁점토지를 청구인에게 양도한 OOO의 사실확인서를 제출하였는 바, 취득시 매매계약서를 보면 대물변제 관련 내용이 기재되어 있지 않을 뿐 아니라 부동산 중개인의 입회없이 작성되었고, 처분청이 취득가액과 관련하여 매도인 OOO에게 확인한 결과 청구인에 대한 채무(정확한 액수는 미상)에 갈음하여 쟁점토지의 소유권을 넘겨주었으나 별도의 매매 계약서를 작성한 사실은 없다고 진술하고 있으며, 또한 OOO에 대한 청구인의 채권액수가 불분명하므로 신고된 취득가액(20,000,000원)도 불분명한 경우에 해당된다 할 것이며, 한편, 신고된 취득가액이 기준시가의 639.8%로서 과도한 차이가 있고 인근 부동산 중개업소에서도 쟁점토지 취득당시의 시세를 추정해 볼 때 과도하게 높은 가격이라고 말하고 있는 점등을 감안할 때 이를 사실로 받아들이기는 어렵다 하겠다. 위의 사실관계를 종합해 볼 때 신고된 양도가액(68,000,000원)에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없으나 취득가액(20,000,000원)은 신빙성이 없으므로 소득세법 제170조 제1항의 규정에 의하여 기준시가에 의한 취득 및 양도가액으로 양도차익(74,124,054원)을 산정한 것은 원칙적으로 잘못이 없다 할 것이다. 그러나 위의 양도차익은 실지거래양도가액(68,000,000원)을 초과하여 자산의 양도로 인하여 발생된 소득에 한하여 과세한다는 양도소득세의 기본법리(소득세법 제4조 제1항)에 합당하지 아니하며, “세법의 해석 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다”(국세기본법 제18조 제1항)는 세법의 기본 이념과도 상충된다 할 것인 바, 소득세법 규정상 취득가액을 기준시가로 하는 경우 양도가액도 기준시가로 하여 과세할 것이지만 기준시가가 일반적으로 부동산의 시가를 나타내는 평균치라 할지라도 간혹 특수한 경우에는 이 기준시가가 부동산의 시가를 제대로 반영하지 못할 가능성을 배제할 수 없는 것이 사실이므로 이 건과 같은 경우 기준시가에 의한 양도가액에서 동 양도가액을 기준으로 한 환산취득가액을 공제한 금액은 어떠한 경우에도 실지 양도가액보다 커서는 안될 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이므로(같은 뜻 대법원 판례 82누138, 83.2.22 이외 다수) 이건은 기준시가로 계산한 양도차익 74,124,054원을 실지 양도금액 68,000,000원까지만 인정, 계산하여 (그 차액 6,124,054원은 발생하지 아니한 소득으로 보아서 과세 대상에서 제외함) 그 양도차익을 68,000,000원으로 하여 해당 양도소득세를 결정하도록 하는 것이 타당하다고 판단된다. (같은 뜻 국심 89서1078, 89.9.12 이외 다수)
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 『도시계획법 제17조에 규정하는 주거·상업·공업지역내의 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 1년이 지난 농지』는 양도소득세 비과세대상에서 제외된다는 내용의 소득세법 시행령 제14조 제3항 제1호의 규정은 89.1.1부터 시행되었으나 그 이전에는 없던 규정으로서 쟁점토지는 동 규정시행이전에 이미 청구인이 8년이상 자경하여온 농지이므로 비록 90.3.28 양도하였다 하더라도 이미 비과세요건을 충족한 상태에서 양도하였으므로 당연히 비과세하여야 한다는 주장인 바 쟁점토지의 토지이용계획확인서와 상주시장이 처분청에 회시한 공문(도시 58400-833, 96.9.12)에 의하면 쟁점토지가 85.8.29 이전에는 도시계획법상 주거지역으로 편입되어 있다가 그 이후 상업지역으로 편입되었음이 확인되므로 쟁점토지의 양도당시 이미 소득세법시행령 제14조 제3항 제1호의 규정에 따라 “도시계획법 제17조에서 규정하는 주거·상업·공업지역내의 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 1년이 지난 농지”에 해당되므로 양도소득세 비과세 대상 농지에 해당되지 않으며, 또한 소득세법 시행령 제14조 제3항 제1호의 개정규정은 90.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있으므로(개정된 시행령 제12564호 부칙 제3조 제2항) 90.3.28 양도한 쟁점토지의 경우 개정된 규정에 따라 양도소득세 비과세를 배제한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.